跳到主要内容
访问密钥 NCBI主页 MyNCBI主页 主要内容 主导航
iScience。2023年1月20日;26(1): 105748.
2022年12月6日在线发布。 数字对象标识:2016年10月10日/j.isci.2022.105748
预防性维修识别码:项目经理C9722615
PMID:36507222

早期肺泡上皮细胞坏死是新冠肺炎诱导的急性呼吸窘迫综合征的潜在驱动因素

关联数据

补充资料
数据可用性声明

总结

新冠肺炎急性呼吸窘迫综合征(ARDS)即使在病毒载量峰值过后,也会因炎症反应而加重;然而,其潜在机制尚不清楚。在本研究中,对新冠肺炎患者肺泡组织损伤标记物和上皮细胞死亡标记物的分析表明,新冠肺炎诱导的ARDS在疾病早期表现为肺泡上皮坏死。这些患者的血清HMGB-1水平也显著升高,HMGB-1是坏死细胞释放的DAMP之一。使用模拟新冠肺炎诱导的ARDS小鼠模型进行的进一步分析表明,肺泡上皮细胞坏死涉及两种形式的程序性坏死,即坏死性下垂和热解性下垂。最后,HMGB-1的中和作用减轻了小鼠模型中的肺泡组织损伤。总之,坏死(包括坏死性下垂和热解性下垂)是早期肺泡上皮细胞死亡的主要形式,随后释放的DAMP是新冠肺炎诱导的ARDS的潜在驱动因素。

主题领域:健康科学、病理生理学、细胞生物学

集锦

  • COVID-19诱导ARDS早期肺泡上皮坏死
  • 给小鼠注射病毒成分重述了新冠肺炎的发病机制
  • 泛下垂参与新型冠状病毒肺炎小鼠模型肺泡上皮损伤
  • 包括HMGB1在内的DAMP是预防新冠肺炎恶化的潜在目标

健康科学;病理生理学;细胞生物学

介绍

感染新型冠状病毒,即严重急性呼吸综合征冠状病毒2型(SARS-CoV-2),会导致2019年冠状病毒病(COVID-19)肺炎。在最严重的病例中,疾病发展为急性呼吸窘迫综合征(ARDS),这与严重的肺泡组织损伤有关。1,2有趣的是,即使在病毒载量达到峰值后,炎症反应也会加剧疾病的严重程度。,4然而,新冠肺炎诱导的急性呼吸窘迫综合征疾病加重的机制尚不清楚。我们和其他人以前曾报道过,在非常早期的疾病阶段,肺泡上皮损伤是新冠肺炎诱导的ARDS的特征,5,6提示肺泡上皮损伤可能是随后疾病进展的触发因素。因此,阐明新冠肺炎诱导的急性呼吸窘迫综合征中肺泡上皮损伤的详细机制可能揭示一个预防疾病加重的治疗靶点。

ARDS肺泡上皮损伤以细胞死亡为特征,细胞死亡分为坏死和凋亡。此外,坏死不仅包括意外细胞死亡,还包括几种形式的程序性细胞死亡。7,8虽然先前的研究表明肺泡上皮坏死和凋亡在ARDS的发病机制中都很重要,9我们最近证实,在脂多糖(LPS)诱导的实验性ARDS中,坏死是肺泡上皮细胞死亡的主要形式。10与不引发炎症的凋亡相反,坏死导致死亡细胞释放损伤相关分子模式(DAMPs),如高迁移率族盒(HMGB)-1。11,12,13因此,在早期疾病阶段的肺泡坏死和随后释放的DAMP可能会推动新冠肺炎相关ARDS的疾病进展。14,15,16,17

在此,我们评估肺泡上皮细胞坏死和随后释放的DAMP是否会加重COVID-19相关ARDS。为了确定患有或不患有ARDS的新型冠状病毒肺炎患者的肺泡上皮细胞死亡模式,我们分析了血清中全长(CK18-M65抗原)和半胱氨酸天冬氨酸激酶(CK18-M30抗原)细胞角蛋白18的水平,这两种细胞角蛋白分别是上皮细胞总死亡和上皮细胞凋亡标记物,除其他几个肺泡上皮和内皮损伤标志物外。此外,我们分析了新冠肺炎诱导的ARDS患者支气管肺泡灌洗液(BALF)中CK18-M65和CK18-M30的水平。最后,我们使用模拟新冠肺炎诱导的ARDS的动物模型研究了肺泡上皮细胞死亡的机制,18并确定阻断坏死细胞释放的DAMP之一HMGB-1能否减轻动物模型中的肺泡组织损伤。

该研究的一些初步结果已在之前发表。5

结果

新型冠状病毒肺炎急性呼吸窘迫综合征患者的循环肺泡组织损伤标志物

在研究期间,84名新冠肺炎住院患者中的48人(18名非ARDS和30名ARDS)和18名年龄和性别尽可能匹配的健康志愿者被纳入循环标志物分析。新冠肺炎患者的特征见表1与入院时未患ARDS的患者相比,ARDS患者的急性生理学和慢性健康评估-II(APACHE-II)评分、白细胞计数、C反应蛋白(CRP)水平、D-二聚体水平较高,动脉氧分压与吸入氧分率(P/F比值)和淋巴细胞计数较低。有8名ARDS患者(26.7%)死亡,而在ARDS患者中,有5名患者出现急性肾损伤,一些患者的总胆红素浓度仅略有增加。因此,大多数患者的器官功能障碍主要局限于肺部。

表1

新型冠状病毒肺炎合并ARDS和非ARDS患者的临床特征

非ARDS(n=18)ARDS(n=30)p值
年龄(岁)65 (49–74)69 (63–76)0.2288
雄性/雌性13/523/70.7519
APACHE2得分8.0 (6.5–10.3)12.5 (9.0–15.0)∗0.0005
入院时的市盈率405.0 (323.1–448.8)170.3 (112.8–238.8)∗ <0.0001
机械通风使用0 (0.0%)30 (100.0%)∗ <0.0001
住院死亡率0 (0.0%)8 (26.7%)∗0.0182
入院时的实验室数据
白细胞计数(/μL)5550 (2,925–7,700)7850 (6,175–10,675)∗0.0178
淋巴细胞计数(/μL)908 (611–1,268)469 (273–803)∗0.0040
血小板计数(×10/μL)185.5 (123.8–270.0)188.0 (138.8–263.5)0.7922
D-二聚体(μg/mL)0.72 (0.00–2.41)1.22 (0.99–1.35)∗0.0185
CRP(mg/dL)1.04 (3.48–4.21)12.32 (7.22–17.22)∗ <0.0001
肌酐(mg/dL)0.84 (0.72–6.76)0.81 (0.63–1.49)0.3074
总胆红素(mg/dL)0.55 (0.40–0.73)0.50 (0.40–0.90)0.8028
治疗
系统性皮质类固醇23 (76.7%)4 (22.2%)∗0.0003
吸入皮质类固醇25 (83.3%)11 (61.1%)0.1008
法维皮拉维10 (33.3%)8 (44.4%)0.5425
雷德西韦16 (53.3%)1 (5.6%)∗0.0007
托西利祖马4 (13.3%)0 (0.0%)0.2824
洛皮纳维-利托那韦7 (23.3%)2 (11.1%)0.4511
既往病史
高血压14 (46.7%)7 (11.1%)0.7652
糖尿病5 (16.7%)7 (11.1%)>0.9999
呼吸系统疾病5 (16.7%)3 (16.7%)>0.9999
心血管疾病3 (10.0%)4 (22.2%)0.4002
肝脏疾病3 (10.0%)1 (5.6%)>0.9999
肾脏疾病4 (13.3%)5 (27.8%)0.2654

数据以计数(%)或中位数(IQR)表示;*p<0.05。

我们评估了三种肺泡组织损伤标记物的循环水平:肺泡上皮损伤标记物(sRAGE)19,20和内皮损伤标记物(ANG-2),21,22以及肺泡通透性指标(SP-D)。23,24ARDS患者入院后的所有肺泡组织损伤标记物水平均显著高于健康对照组(图1A-1C)。然而,只有sRAGE和SP-D水平在伴有和不伴有ARDS的患者中存在显著差异(图1A-1C)。ARDS患者入院时sRAGE水平显著升高,随后逐渐降低(图1D和1G)。与此同时,ANG-2和SP-D水平随后达到峰值(图1E-1G)。总的来说,这些结果与先前的工作一致,即在疾病早期严重的肺泡上皮细胞损伤是新冠肺炎诱导的ARDS的特征。5,6

保存图片、插图等的外部文件。对象名称为gr1.jpg

用酶联免疫吸附试验(ELISA)分析肺泡组织损伤标志物的血清水平

显示了患有或不患有急性呼吸窘迫综合征(ARDS)的新型冠状病毒肺炎患者入院时(第一天或第二天)和健康对照者血清中晚期糖基化终产物(sRAGE)的(A-F)可溶性受体、(B)血管生成素(ANG)-2和(C)表面活性蛋白(SP)-D水平。显示了COVID-19合并ARDS患者入院后前8天血清中(D)sRAGE、(E)ANG-2和(F)SP-D的每日时间变化。在每2天有多个值可用的情况下,使用平均值。当只有一个值可用时,使用该值。

(G) 显示了患有ARDS的新型冠状病毒肺炎患者肺泡组织损伤标记物浓度达到峰值的天数。数值以四分位范围的中位数表示。*p<0.05,**p<0.01,**p<0.0001。

新型冠状病毒肺炎急性呼吸窘迫综合征患者的上皮坏死标记物和HMGB-1增加

接下来,评估上皮细胞死亡标记物的水平,以阐明新冠肺炎诱导的ARDS早期疾病阶段肺泡上皮细胞死亡的主要形式。测定血清CK18-M65和-M30抗原水平,以区分肺泡坏死和细胞凋亡。CK18只在上皮细胞中表达,在细胞死亡时释放。M65抗原是上皮细胞坏死和凋亡的指示物。相反,CK18半胱天冬酶裂解后产生的M30抗原是上皮细胞凋亡的指示物。25尽管CK18在各种上皮细胞中表达,但CK18的大部分可能来源于该队列中的肺泡上皮细胞,因为器官损伤几乎仅限于肺部。新冠肺炎患者入院时血清M65和M30水平与疾病严重程度呈正相关(图2A和2B),表明凋亡和坏死都会导致新冠肺炎肺泡上皮细胞死亡。M30/M65比率是上皮细胞总死亡中凋亡比例的指标,ARDS患者的M30/M65[中位数:31.5%,IQR:19.4-43.3]明显低于非ARDS患者[中位数46.7%,IQR:36.6-80.5]或健康对照组[中位数98.9%,IQR:83.1-100.0](图2C) ●●●●。此外,我们分析了6例新冠肺炎急性呼吸窘迫综合征患者BALF中CK18-M30/M65比值,该比值直接反映了肺部病理(图S1). BALF分析中纳入患者的特征如所示表S1BALF中的M30/M65比率为27.8%[IQR:13.3-38.5](图S1)与血清样本相似。总之,这些结果表明,新冠肺炎急性呼吸窘迫综合征肺泡上皮细胞死亡主要由坏死引起。血清CK18-M65水平(图2D) 而不是CK18-M30水平和M30/M65比率(图2E和2F),入院后7或8天时显著低于入院后。

保存图片、插图等的外部文件。对象名称为gr2.jpg

患有或不患有急性呼吸窘迫综合征(ARDS)的新型冠状病毒肺炎患者和健康对照者血清样本中上皮细胞死亡和高迁移率群框(HMGB)-1标记物的血清水平

(A-F)(A)CK18-M65(上皮细胞总死亡标记物)和(B)CK18M30(上皮细胞凋亡标记物)的水平;(C) CK18-M30/M65比率,是入院时(入院第一天或第二天)上皮细胞凋亡与所有类型细胞死亡比例的指标。COVID-19合并ARDS患者血清中(D)CK18-M65、(E)CK18-M30和(F)CK18_M30/M65比值的时间变化。

(G) 显示了患有或不患有ARDS的COVID-19患者和健康对照的血清样本中的HMGB-1水平。数值以中位数和四分位范围表示。*p<0.05,**p<0.01,**p<0.0001。

与细胞凋亡不同,坏死会诱导DAMP的释放和炎症的加剧。HMGB-1是一种被广泛研究的DAMP,在ARDS或脓毒症期间介导器官损伤,在严重的新型冠状病毒肺炎中增加。我们还证实,与非ARDS患者和健康对照组相比,ARDS患者的血清HMGB-1水平显著升高(图2G) ●●●●。此外,对新型冠状病毒肺炎患者血清中这些生物标记物之间的相关性分析表明,HMGB-1水平与总上皮细胞死亡标记物M65水平的相关性最强(相关系数=0.612,p<0.0001,图S2).

气管内滴注SARS-CoV-2棘突蛋白联合poly(I:C)诱导小鼠模拟COVID-19诱导的急性呼吸窘迫综合征的肺损伤

SARS-CoV-2组分的先天免疫反应是新冠肺炎炎症和肺泡组织损伤的主要驱动因素。26,27,28为了阐明新冠肺炎诱导的急性呼吸窘迫综合征肺泡上皮细胞死亡的机制,我们通过气管内滴注SARS-CoV-2棘突蛋白和poly(I:C)(一种基于先前报道的双链RNA合成类似物)建立了严重和轻度新冠肺炎的动物模型18和我们的初步实验(图S3). 在新冠肺炎动物模型中,白细胞浸润(图3A) BALF中蛋白质、sRAGE和ANG-2水平增加(图3A-3D)和肺组织损伤(图3E) 观察到。此外,先前报道的几种趋化因子和细胞因子水平在新冠肺炎患者中升高29,30与对照组相比,严重新冠肺炎动物模型的BALF显著增加(图3F) ●●●●。

保存图片、插图等的外部文件。对象名称为gr3.jpg

轻度和重度新型冠状病毒肺炎小鼠模型的应用

显示了新冠肺炎小鼠模型和对照组支气管肺泡灌洗液(BALF)中的(A-D)白细胞计数、(B)总蛋白、(C)晚期糖基化终产物可溶性受体(sRAGE)和(D)血管生成素(ANG)-2水平。数值表示为平均值±SE。*p<0.05,**p<0.01,**p<0.0001。

(E) 苏木精和伊红染色切片的代表性肺组织图像如图所示。比例尺=50μm。

(F) 通过对严重新型冠状病毒肺炎小鼠模型与对照小鼠BALF中细胞因子水平的综合分析构建的热图。†q值<0.05。

我们还对肺组织转录组进行了生物信息学分析,以确定使用SARS-CoV-2棘突蛋白和poly(I:C)的新型冠状病毒肺炎模型是否再现了先前报道的感染SARS-CoV 2的小鼠模型中观察到的生物反应。与对照组相比,我们在严重冠状病毒肺炎模型中发现了3491个上调和3174个下调差异表达基因(DEGs)(图S4). 此外,基因集富集分析(GSEA)31REACTOME通路显示,在严重的新型冠状病毒肺炎模型中,免疫和炎症通路上调,而代谢通路下调(图4A) ●●●●。我们从NCBI基因表达综合数据库中发现了6个SARS-CoV-2感染小鼠的公开肺组织RNA-seq数据集(表S2)32,33,34,35,36,37并对包括本研究获得的数据在内的所有数据集进行了比较分析。即使在感染模型之间进行比较,差异表达基因(DE-Gs)的比较也只显示出很小的重叠(表S3). 然而,互惠GSEA31,38上调基因集的高度一致性和下调基因集的适度一致性(图4B) ●●●●。此外,我们比较了数据集中REACTOME途径的标准化富集分数(NES)。该分析包括至少一个数据集中发生显著变化的路径。NES的模式在各组之间显示出高度一致性(图4C) ,我们数据中的NES与之前报告的感染模型的平均NES之间有很强的相关性(相关系数=0.71,p<0.001,图4D) ●●●●。最后,分析了几种关键炎症的基因表达模式(图S5)和细胞死亡途径(图S6)在本研究中的新型冠状病毒肺炎模型和感染模型之间的基因表达表现出明显的一致性。总的来说,生物信息学分析表明,我们的COVID-19模拟模型重现了SARS-CoV-2感染小鼠的生物反应,至少在关键免疫和细胞死亡途径中。

保存图片、插图等的外部文件。对象名称为gr4.jpg

本研究中COVID-19小鼠模型和先前报告的感染模型的肺组织转录组分析

(A) 本研究中严重COVID-19小鼠模型中前10个上调和下调REACTOME通路。

(B-D)每个数据集中NES的相互GSEA(C)热图,以及(D)本研究中严重COVID-19模型的NES与之前报告的感染模型的平均NES之间的相关性。在这些分析中(C,D),REACTOME途径至少在一个数据集中发生了显著变化。

坏死,包括坏死下垂和热解下垂,是严重新型冠状病毒肺炎小鼠模型肺泡上皮细胞死亡的主要形式

与对照组相比,新冠肺炎模型的BALF中CK18-M30和CK18总量(相当于CK18-M65)均增加(图5A和5B),表明坏死和凋亡均参与肺泡上皮细胞死亡。在新冠肺炎患者中观察到,随着肺损伤严重程度的增加,CK18-M30/总CK18比率(细胞凋亡率相对于总上皮细胞死亡的指标)降低(图5C) ●●●●。此外,与其他两组相比,严重冠状病毒肺炎动物模型中HMGB-1水平显著升高(图5D) ●●●●。综上所述,这些结果表明,严重新型冠状病毒肺炎动物模型显示出与患有ARDS的新型冠状肺炎患者相同的肺泡上皮细胞死亡模式。

保存图片、插图等的外部文件。对象名称为gr5.jpg

新型冠状病毒肺炎小鼠模型肺泡上皮细胞死亡机制

(A和B)显示了COVID-19小鼠模型支气管肺泡灌洗液(BALF)中(A)CK18-M30和(B)总CK18的水平。

(C) 显示了CK18-M30/总CK18的比率,这是细胞凋亡率与上皮细胞总死亡率的指标。

(D) 新冠肺炎小鼠模型BALF中HMGB-1水平。

(E和F)混合谱系激酶结构域样(MLKL)的图像和(F)密度测定,-显示了从COVID-19小鼠模型的肺中提取的蛋白的MLKL、GSDMD和裂解GSDMD免疫印迹。

(G) 免疫组化分析的代表性图像-显示小鼠肺切片中的MLKL和GSDMD。比例尺=50μm。数值表示为平均值±SE。*p<0.05,*p<0.01,*p<0.0001。

接下来,我们确定泛下垂(焦下垂、凋亡和坏死下垂)、,39在新冠肺炎动物模型中,炎症程序性细胞死亡途径与肺泡上皮细胞死亡有关。在严重新型冠状病毒肺炎动物模型的肺组织中,磷酸-MLKL和裂解GSDMD(坏死性下垂的执行者)的水平40,41和热解,42分别显著高于其他两组(图5E、 5F、,第7部分、和第8节). 此外,在COVID-19动物模型中,作为细胞凋亡执行者的裂解caspase-3也显著增加(图S9). 免疫组织化学分析表明,磷酸-MLKL和GSDMD均位于肺泡壁内(图5G) ●●●●。总的来说,这些结果表明泛下垂,包括坏死下垂和焦下垂,是导致新冠肺炎诱导的ARDS肺泡上皮细胞死亡的原因之一。

抗-HMGB-1抗体治疗减轻重症新冠肺炎动物模型肺泡组织损伤

肺泡上皮细胞坏死似乎发生在新冠肺炎诱导的ARDS发病的早期阶段,在入院前很难预防肺泡上皮坏死。因此,我们评估了在严重的新型冠状病毒肺炎动物模型中,抑制DAMP之一HMGB-1是否减轻了肺泡组织损伤。气管内滴注poly(I:C)和SARS-CoV-2 spike蛋白4小时后,用抗HMGB-1中和抗体治疗可显著降低BALF中白细胞浸润、总蛋白、ANG-2、总CK18和CK-18 M30的水平(图6A-6F)。另一方面,CK18-M30/总CK18比率不受抗HMGB-1治疗的影响(图6G) ●●●●。这些结果表明,HMGB-1等DAMP是有希望的治疗靶点,可用于预防入院后COVID-19诱导的ARDS加重。

保存图片、插图等的外部文件。对象名称为gr6.jpg

高迁移率族盒(HMGB)-1中和对严重新型冠状病毒肺炎小鼠模型肺泡组织损伤的影响分析

(A-G)白细胞计数,(B)总蛋白,(C)晚期糖基化终产物可溶性受体(sRAGE),(D)血管生成素(ANG)-2,(E)总CK18,(F)CK18-M30水平,和(G)显示了用抗HMGB-1中和抗体或同型对照抗体处理的重症COVID-19小鼠模型BALF中CK18-M30/总CK18的比率。数值表示为平均值±SE。*p<0.05,*p<0.01,*p<0.0001。

讨论

在本研究中,我们证明坏死是新冠肺炎诱导的ARDS肺泡上皮细胞死亡的主要形式。此外,在严重新型冠状病毒肺炎小鼠模型中,肺泡上皮坏死涉及两种形式的程序性坏死,即坏死下垂和热解下垂。动物实验还表明,HMGB-1等坏死细胞释放的DAMP是新冠肺炎诱导的ARDS疾病加重的潜在驱动因素。

严重新型冠状病毒肺炎患者肺泡组织损伤在超过病毒载量峰值后加重。,4因此,仅针对严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2型的高炎症反应就其本身而言无法完全解释疾病进展的机制。先前的研究报告称,SARS-CoV-2感染的巨噬细胞和单核细胞会经历炎症小体激活和凋亡,可能导致DAMP释放和过度炎症。43,44,45然而,损伤对非免疫细胞的病理作用尚不明确。最近,我们提出,在疾病早期的肺泡上皮损伤可能会引发随后的新冠肺炎进展。5在此,我们表明,最初的肺泡上皮坏死和随后释放的DAMP也可能是过度炎症的一个原因,即使在病毒载量达到峰值后,炎症也会加重。SARS-CoV-2的细胞感染和炎症介质(包括TNF-α和IFN-γ)均可引起程序性坏死。39免疫细胞和肺泡上皮细胞的程序性坏死可能协同增加炎症反应和细胞死亡或彼此增加。

ARDS患者肺泡上皮细胞损伤涉及坏死和凋亡。9由于使用TUNEL染色或caspase检测可以很容易地评估细胞凋亡,因此肺泡上皮细胞凋亡在ARDS中的作用已被广泛研究。46然而,我们之前已经通过CK18-M30和总CK18的定量(相当于CK18-M65)以及细胞标记技术证明,坏死是LPS诱导的ARDS中肺泡上皮细胞死亡的主要形式。10特别是,使用商用ELISA试剂盒定量CK18-M30和M65水平,可用于临床环境中上皮细胞凋亡和坏死的评估。事实上,上皮细胞的死亡模式,如败血症47,48和肺移植后的移植物排斥反应49已经过分析。据我们所知,这是首次研究表明坏死是人类ARDS肺泡上皮细胞死亡的主要形式。进一步的研究需要确定ARDS中上皮细胞死亡的肺泡模式,ARDS是由除新型冠状病毒肺炎以外的其他疾病引起的。

此前人们认为坏死会导致细胞意外死亡;然而,一些形式的坏死,被称为程序性坏死,是通过分子途径调节的。7一些动物研究表明,程序性坏死与ARDS肺泡上皮细胞死亡有关。50,51,52,53此外,研究表明SARS-CoV-2激活细胞内坏死和凋亡途径,39,44,45,54,55,56受体相互作用蛋白激酶3(一种坏死性下垂所需的激酶)的循环水平在新型冠状病毒肺炎危重患者中升高。57根据这些研究的结果,我们的动物实验表明,坏死性下垂和热解性下垂与新冠肺炎急性呼吸窘迫综合征肺泡上皮细胞死亡有关。程序性坏死是消除SARS-CoV-2感染的一种反应,但它也可能导致过度炎症和随后的组织损伤。

DAMP释放到细胞外间隙是坏死的一个特征,这与凋亡不同。58之前的几项研究也报告了DAMP的循环水平,如HMGB-1,59,60,61,62组蛋白,62,63无细胞DNA,62,63线粒体DNA64,65,66和S100蛋白67,68在严重的新冠肺炎中升高。肺泡上皮坏死可能在新冠肺炎进展的早期发生5,6并可能导致疾病进展。此外,这些DAMP可能会从巨噬细胞等免疫细胞的坏死中释放出来。44,45在这两种情况下,在出现临床症状之前预防坏死是困难的;因此,需要一种预防DAMP介导的疾病加重的策略。HMGB-1是研究最广泛的DAMP,在ARDS或脓毒症期间导致组织损伤;我们的动物研究结果表明,抑制HMGB-1可以有效地减缓疾病进展。然而,目前尚不清楚对疾病进展贡献最大的DAMP类型。进一步的研究,包括临床试验,需要调查DAMP抑制剂在新冠肺炎急性呼吸窘迫综合征患者中的临床疗效。

在本研究中,通过给药SARS-CoV-2棘突蛋白结合poly(I:C)建立了一个模拟新型冠状病毒肺炎的动物模型,与之前的研究类似。18,69,70SARS-CoV-2感染株治疗的动物模型通常是新冠肺炎的理想模型;然而,在动物实验中使用感染性病毒可能很困难。首先,野生型小鼠或大鼠不会感染SARS-CoV-2。为了发生感染,需要表达人类ACE受体。其次,在处理传染源时,需要适当的设施和设备来满足所有安全要求。虽然SARS-CoV-2的致病性很复杂,但刺激包括toll样受体在内的病原体相关模式识别受体26,27和维甲酸诱导的基因-I受体28由病毒成分引起的肺部炎症和随后的肺泡组织损伤是主要驱动因素。在本研究中,肺组织转录组的生物信息学分析表明,带有SARS-CoV-2棘突蛋白和poly(I:C)的COVID-19模拟动物模型再现了SARS-CoV 2诱导的炎症和细胞死亡途径中的关键生物反应。32,33,34,35,36,37此外,我们的新冠肺炎动物模型中的肺泡细胞死亡模式与在人类新冠肺炎中观察到的相似。29,30我们的结果突出了利用SARS-CoV-2组分建立的动物模型研究新冠肺炎的病理生理学和治疗的实用性。

我们的数据表明,血浆M30/M65比率(与上皮细胞死亡总水平相关的凋亡指标)是新冠肺炎严重程度的潜在标志。我们的研究结果与之前的一项研究一致,该研究表明,新冠肺炎住院患者的M30/M65比率低于非住院患者。71此外,不同亚型的新型冠状病毒对治疗的反应不同。72,73M30/M65比率可作为选择可能受益于抗DAMP治疗的患者的标志。

总之,我们的数据表明,坏死(包括坏死性下垂和热解性下垂)是新冠肺炎诱导的ARDS肺泡上皮细胞死亡的主要形式。坏死的肺泡上皮细胞释放的DAMP是新冠肺炎肺泡组织进行性损伤的潜在驱动因素,因此是预防新冠肺炎患者ARDS加重的有希望的靶点。

研究的局限性

这项研究有一些局限性。首先,由于临床样本的可用性有限,仅纳入单个中心的患者进行分析。需要对来自不同国家多个中心的样本进行进一步研究。第二,由于支气管肺泡灌洗液只能从有限数量的新型冠状病毒肺炎重症患者中获得,因此在人体研究的大多数部分中都使用了血清样本。然而,在当前队列中,严重器官损伤几乎仅限于肺部,血清样本中的组织损伤标记物可能很好地反映了肺部病理。第三,我们的动物模型是通过将小鼠暴露于SARS-CoV-2的成分,而不是SARS-CoV-2的感染株而建立的。尽管如此,本研究和以前的报告对新型冠状病毒的病理学观察18,70支持动物模型的使用。重要的是,非传染性模型的使用对于不专门从事传染病研究的实验室来说很方便。第四,评估仅抑制单一DAMP HMGB-1的疗效。坏死细胞释放出几种类型的DAMP;因此,DAMP的类型是否是新冠肺炎的主要治疗靶点尚待确定。

STAR★方法

关键资源表

试剂或资源来源标识符
抗体

抗HMGB1中和抗体Arigo生物实验室ARG66714型
小鼠IgM-Kappa同位素控制抗体Arigo生物实验室银66747
MLKL抗体(小鼠特异性)细胞信号技术分类号28640;注册登记号:AB_2802139
磷脂酶-MLKL(Ser345)(D6E3G)兔单克隆抗体细胞信号技术类别号37333;RRID:AB_2799112号
半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶-3抗体细胞信号技术分类号9662;注册登记号:AB_331439
裂解Caspase-3(Asp175)抗体细胞信号技术分类号9661;RRID:AB_2341188号
抗GSDMD抗体[EPR20859]Abcam公司类别号ab219800;注册登记号:AB_2888940
GSDMD(全长+N末端)兔pAbAB克隆A20197型
山羊抗狂犬病IgG(H+L)-HRP结合物美国伯乐产品目录号170-6515;收到日期:AB_11125142
小鼠产生的单克隆抗β-肌动蛋白抗体Sigma-Aldrich公司A5411型
PHOSPHO-MLKL(S345)重组兔单克隆抗体[JM92-37]华比奥牌手表ET1705-51型
GASDERMIN D(N端)兔多克隆抗体华柏欧ER1901-37型

生物样品

人类血清样本横滨市立大学先进医学研究中心生物银行部不适用

化学品、肽和重组蛋白质

SARS-CoV-2尖峰蛋白(ECD、His和FLAG标签)金思特科技Z03481号
聚肌苷-多囊酸钠盐Sigma-Aldrich公司第1530页

关键商业分析

人RAGE DuoSet ELISA研发系统DY1145型
人血管生成素-2双抗体ELISA研发系统DY623型
人SP-D双套ELISA研发系统DY1920型
M65酶联免疫吸附试验VLVBio公司#10040
M30-凋亡ELISAVLVBio公司#10011
蛋白质组分析器小鼠细胞因子阵列试剂盒,面板A研发系统2006年3月
Pierce™BCA蛋白检测试剂盒赛默飞世尔科技公司23225
小鼠RAGE DuoSet ELISA研发系统DY1179型
小鼠/大鼠血管生成素-2量化因子ELISA试剂盒研发系统MANG20公司
小鼠角蛋白,I型细胞骨架18片段(K18-Asp396)ELISA试剂盒库萨比奥CSB-E14265M型
小鼠角蛋白,I型细胞骨架18(KRT18)ELISA试剂盒库萨比奥CSB-E17158M型
小鼠/大鼠HMGB1 ELISA试剂盒Arigo生物实验室ARG81310型
PVDF膜用Pierce™可逆蛋白染色试剂盒赛默飞世尔科技公司24585
FastGene™RNA Premium试剂盒日本遗传学发改-81050

存放的数据

小鼠肺组织RNA-seq数据NCBI地理邮编154104
小鼠肺组织RNA-seq数据NCBI地理GSE166778
小鼠肺组织RNA-seq数据NCBI地理GSE174382标准
小鼠肺组织RNA-seq数据NCBI地理GSE180557
小鼠肺组织RNA-seq数据NCBI地理GSE189015
小鼠肺组织RNA-seq数据NCBI地理2014年2月25日
小鼠肺组织RNA-seq数据NCBI GEO(本研究)GSE216644标准

实验模型:生物体/菌株

小鼠C57BL/6J日本SLC不适用

软件和算法

适用于macOS的Prism 9GraphPad(图形板)
图像J2版本2.3.0/1.53f美国国立卫生研究院
Trim Galore版本0.6.7Babraham生物信息学
鲑鱼1.9.0版。Patro等人。75
R版本4.2.0这个R基金会用于统计计算
tximport R软件包版本1.24.0Soneson等人。76
DESeq2 R软件包版本1.36.0Love等人。77
fgsea R包版本1.22.0Korotkevich等人。78

资源可用性

引线触点

有关资源和试剂的更多信息和请求应发送给主要联系人Kentaro Tojo,并由其完成(ktojo@yokohama-cu.ac.jp).

材料可用性

这项研究没有产生新的独特试剂。

实验模型和主题细节

人体受试者

血清分析包括2020年1月至2021年1月在横滨城市大学医院住院的48名新冠肺炎成人患者(男性=36;女性=12;中位年龄=68.5)和18名健康对照组(男性=12;女性=6;中位年纪=52.0)。对2021年4月至2022年1月在横滨市大学医院住院的6名新冠肺炎诱导的ARDS患者(男性=5名;女性=1名;中位年龄=58.0岁)进行支气管肺泡灌洗液分析。研究方案由横滨市大学医院机构审查委员会(B200700100,B200200048)审查和批准。由于研究的观察性质,放弃了知情同意的要求。

动物

从日本SLC(日本静冈)购买的8–10周龄雄性无甲状腺C57BL/6J小鼠,在12小时的光/暗循环下饲养,并提供食物和水随意所有动物实验方案均由横滨城市大学动物研究委员会批准。所有实验均按照相关监管标准进行。

方法详细信息

临床研究设计

在这项单中心、回顾性、前瞻性观察研究中,我们分析了2020年1月至2021年1月在横滨城市大学医院住院的新冠肺炎成年患者的血清样本,健康对照组的年龄和性别尽可能匹配。新冠肺炎患者的纳入标准如下:1)基于实时PCR检测阳性的新冠肺炎诊断,2)年龄≥18岁,以及3)可用的残余血清样本。此外,我们分析了2021年4月至2022年1月在横滨城市大学医院住院的新冠肺炎诱导的ARDS患者的BALF样本。ARDS是根据柏林定义诊断的。研究方案由横滨市大学医院机构审查委员会(B200700100,B200200048)审查和批准。由于研究的观察性质,放弃了知情同意的要求。之前已经公布了一些来自回顾性收集样本的初步数据。5

临床数据收集

从纳入患者的病历中回顾性收集入院前8天测量的以下临床数据:基本特征、生命体征、实验室检查和血气分析结果。

人血清样本分析

在每日实验室测试后从新冠肺炎患者收集的残余血清样本被冷冻以备将来使用。晚期糖基化终产物(sRAGE)的人血清可溶性受体浓度(DY1145,研发系统,明尼阿波利斯,明尼苏达州),血管生成素(ANG)-2(DY623,研发系统),表面活性蛋白(SP)-D(DY1920,研发系统),细胞角蛋白(CK)18-M65(M65 ELISA,#10040,VLVBio AB,Nacka,瑞典),CK18-M30(M30-凋亡ELISA试剂盒,#10011,VLVBio),根据制造商的说明,使用商用酶联免疫吸附测定(ELISA)试剂盒对HMGB-1(#381–10531,日本大阪扶桑)进行测定。计算CK18-M30/M65的比值,当该值超过100%时,视为100%。

比较ARDS和非ARDS患者入院时(入院第一天或第二天)和健康对照组中这些标记物的初始浓度。此外,对ARDS患者入院后8天内标记物水平的时间变化进行评估。在每天测定两次数值的情况下,使用平均值。在只有一个值可用的情况下,使用该值。

新冠肺炎致ARDS患者BALF样本分析

BALF样本取自6名新冠肺炎诱导的ARDS患者。将纤维支气管镜楔入右中叶外侧或内侧段支气管,用三等分的50 mL无菌等渗氯化钠溶液进行灌洗。收集的BALF在300×在4°C下保存5分钟,上清液在−80°C下储存,直到分析。使用ELISA定量CK18-M65和CK18-M30的水平,同时如上所述计算CK18-M30/M65的比率。

动物实验

所有动物实验方案均由横滨城市大学动物研究委员会批准。从日本SLC(日本静冈)购买的8–10周龄雄性无甲状腺C57BL/6J小鼠用于所有动物实验。将小鼠置于12小时光/暗循环下,并提供食物和水随意.

根据先前的报道,建立了一个模仿新型冠状病毒的小鼠模型。18,69通过暴露的气管通过颈部前部的一个小切口,经暴露的气管给药聚肌苷:多囊藻酸(poly(I:C))(P1530,Sigma-Aldrich,St.Louis,MO,USA)和SARS-CoV-2棘突蛋白(Z03481,Lot B2103045,GenScript,Piscataway,NJ)。在手术过程中,用氯胺酮和甲苯噻嗪对小鼠进行全身麻醉。气管内滴注后24小时,对小鼠实施安乐死,并按前述方法采集肺组织和支气管肺泡灌洗液(BALF)样本。10,74

在初步实验中,9只小鼠被随机分为以下三组(每组3只):对照组、Poly(I:C)和Poly(I:C)与SARS-CoV-2棘突蛋白结合。poly(I:C)组给予250μg溶于100μL PBS(PBS)的poly(I:C)气管内注射,poly(II:C)与SARS-CoV-2联合组给予50μg SARS-CoV 2 spike蛋白,250μg poly(III:C)溶于100µL PBS。对照组给予100μL的PBS气管内注射。

根据初步实验结果,对模拟新型冠状病毒肺炎的轻度和重度肺损伤进行了评估。将12只小鼠随机分为以下三组(每组4只):对照组、轻度和重度新冠肺炎。重度COVID-19组接受50μg SARS-CoV-2棘突蛋白和250μg poly(I:C)溶解于100μL PBS中,而轻度COVID-20组接受10μg SARS CoV-2刺突蛋白和50μg poly:C溶解于100微升PBS中。对照组气管内接受100微升的PBS。

最后,我们评估了抗HMGB-1中和抗体对严重新型冠状病毒肺炎动物模型的影响。将6只小鼠随机分为抗HMGB-1抗体组或同型对照组(每组8只)。如上所述,建立重症冠状病毒肺炎动物模型。然后,气管内滴注后4小时,100μg抗HMGB-1中和(ARG66714型台湾新竹市Arigo Biolaboratories)或溶于100μL PBS中的同种对照抗体在异氟醚麻醉下经尾静脉静脉注射。

新冠肺炎小鼠模型的BALF分析

用Samson溶液对小鼠BALF中的白细胞进行染色并计数。BALF中的蛋白质浓度通过双钦尼克酸测定进行量化。sRAGE(DY1179,研发系统)、ANG-2(MANG20,研发系统(ARG81310型Arigo Biolaboratories)根据制造商的说明使用ELISA试剂盒进行测量。根据制造商的说明,使用半定量多重细胞因子分析试剂盒(ARY006,研发系统)对细胞因子和趋化因子进行全面分析。

蛋白质印迹

使用三氯乙酸-丙酮提取小鼠肺组织中的总蛋白,而提取的蛋白被溶解并使用双茚四酮酸测定进行定量。通过十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳分离出一定量的蛋白质(MLKL:5μg、GSDMD和caspase-3:2μg、裂解GSDMD:20μg、pMLKL:30μg和裂解caspase-3:50μg蛋白质),并转移到聚偏氟乙烯(PVDF)膜上。使用抗混合谱系激酶域样(MLKL)(#28640,Cell Signaling Technology,Danvers,MA,稀释度:1:2000)、pospho-MLKL(#37333,Cell信号技术,1:1000)、gasdermin D(GSDMD)(ab219800,Abcam,Cambridge,UK,1:3000)、裂解n端GSDMD(A20197,ABclonal,Woburn,MA,1:1000,胱天蛋白酶-3(#9662细胞信号技术,1:1000),裂解的胱天蛋白酶-3(#9661,细胞信号技术,1:1000)和辣根过氧化物酶偶联的第二山羊抗兔IgG抗体(170–6515;Bio-Rad,Hercules,CA)。74通过总蛋白染色(如果蛋白量>10μg)(PVDF膜可逆蛋白染色试剂盒,24585,Thermo Fisher Scientific,马萨诸塞州沃尔瑟姆)或β-肌动蛋白(A5411,Sigma-Aldrich,1:10000)染色(如果蛋白质量<10μg的话)确认蛋白质载量的相等性。使用ImageJ软件(马里兰州贝塞斯达国立卫生研究院)测定每个蛋白质的密度。

组织学分析

用4%多聚甲醛将小鼠肺组织固定在20 cm H2O压力和石蜡包埋进行组织病理学检查。74肺组织切片用苏木精和伊红染色以评估组织损伤。根据制造商的说明,用抗pMLKL(ET1705-51,HUABIO,Woburn,MA,稀释度:1:100)和抗GSDMD n末端(ER1901-37,HUABIOS,1:200)抗体对肺组织切片进行染色。

肺组织的RNA-seq

使用自旋柱(FastGene RNA,日本东京日本遗传学公司)从严重新型冠状病毒肺炎模型和对照小鼠的肺组织中提取总RNA。RNA-seq文库是使用TruSeq链mRNA(Illumina,San Diego,CA)制备的,并由Macrogen Japan Corp.(Tokyo,Japan)用NovaSeq 6000(Illumena)测序。

公开可用的RNA-seq数据

我们使用以下关键字搜索了国家生物技术信息中心基因表达综合数据库:((SARS-CoV-2)AND(mice OR mouse)AND“小家鼠“[porgn:__txid10090]发现了6个RNA-seq数据集,用于分析SARS-CoV-2感染小鼠的早期(感染后第1-5天)肺部转录体。包含研究的详细信息见表S2。我们比较了感染后第1-5天动物的肺组织转录组数据和每个数据集中的对照组数据。邮编154104数据集,结合感染后第2天和第4天的动物数据,并与对照组进行比较。

肺转录组的生物信息学分析

使用TrimGalore(0.6.7版,Babraham生物信息学)对获得的RNA-seq数据的FASTQ文件(包括我们自己的数据和公开可用的数据)进行质量检查和修整。此后,对Salmon(1.9.0版)进行转录定量,75使用tximport R软件包(版本1.24.0)获得基因级读取计数76在R版本4.2.0(R统计计算基础)中。使用DESeq2 R软件包(版本1.36.0)比较COVID-19模型和对照组在每个数据集中的基因表达。77根据使用fGSEA R软件包(1.22.0版)进行的p值和基因集富集分析(GSEA)确定每个数据集中的基因排名。78

在互惠GSEA中,每个数据集中的上调或下调基因集被定义为前100个上调或下调的基因。评估了其他数据集预先排序的基因列表中每个基因集的富集程度。

还对REACTOME通路基因集进行了GSEA,并获得了每个数据集中的归一化富集分数(NES)。我们选择了至少在一个数据集中显著丰富的路径,并分析了我们自己数据集中的NES与感染模型其他6个数据集中的平均NES之间的相关性。此外,在本研究模型和感染模型之间,比较了REACTOME数据库中参与关键炎症和细胞死亡途径的基因的对数2倍变化。

量化和统计分析

使用Prism 9软件进行统计分析(GraphPad,La Jolla,CA)。p<0.05的值被认为具有统计学意义。临床研究数据以四分位范围(IQR)的中位数表示,并作为非参数数据进行分析。采用Mann−Whitney或Fisher精确测试对患有和不患有ARDS的患者的基本特征、实验室和生理值进行比较。采用Kruskal−Wallis分析和Dunn多重比较试验对患有和不患有ARDS的患者和健康对照者的组织损伤和细胞死亡标记物的血清水平进行比较。使用Friedman试验评估肺泡组织损伤标记物的时间变化,使用Kruskal−Wallis分析和Dunn的多重比较试验比较肺泡组织受伤标记物达到峰值的天数。

对动物实验获得的数据进行对数转换,以平均值±SE表示,并使用学生的t吨测试或单向方差分析,然后进行Tukey的多重比较测试。使用多种细胞因子和趋化因子分析t吨-通过由Benjamini、Krieger和Yekutieli的两阶段递增法组成的错误发现率方法进行测试。79错误发现率设置为5%。

致谢

我们要感谢Yuki Yuba女士和Akiko Adachi女士(横滨城市大学麻醉和危重症护理医学系)提供的技术援助。我们非常感谢Jordan A.Ramilowski博士和Tomohiko Tamura博士(横滨市立大学高级医学研究中心)通过横滨市大学高级医学研发中心的MEXT联合使用/研究中心项目指导生物信息分析。我们还感谢急诊医学系、微生物学系和横滨市大学新型和探索性临床试验中心收集和提供血液和BALF样本。这项工作得到了AMED(批准号JP20he0522001)、横滨医学科学促进基金会(COVID-19研究拨款)、JSPS KAKENHI(批准号21K16575和22K09146)和横滨城市大学(2020-2021研究与发展基金)的部分支持。

作者贡献

概念化和研究设计:KT。临床研究数据的获取:KT,NY,MA。临床样本收集的监督:MN,IT。动物实验数据的获取:KT,NT。生物信息学分析:KT。数据的分析和解释:KT,NY,NT,TM,TG。手稿写作:KT。手稿编辑:所有研究人员。

利益声明

作者声明没有相互竞争的利益。

包容性和多样性

我们支持包容性、多样性和公平的研究行为。

笔记

发布日期:2023年1月20日

脚注

补充信息可在网上找到https://doi.org/10.1016/j.isci.2022.105748.

补充信息

文件S1。图S1-S9和表S1-S3:
单击此处查看。(9.6M,pdf)

数据和代码可用性

工具书类

1Polak S.B.、Van Gool I.C.、Cohen D.、von der Thüsen J.H.、Van Paassen J.《新型冠状病毒肺炎病理学发现的系统综述:疾病进展的病理生理时间轴和可能机制》。国防部。病态。2020;33:2128–2138. doi:10.1038/s41379-020-0603-3。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
2Gerard L.、Lecocq M.、Bouzin C.、Hoton D.、Schmit G.、Pereira J.P.、Montiel V.、Plante-Bordenuve T.、Laterre P.-F.、Pilette C.冠状病毒肺炎相关急性呼吸窘迫综合征中血管紧张素转换酶2增加和肺泡II型细胞丢失。美国J.Respir。批评。护理医学。2021;204:1024–1034. doi:10.1164/rccm.202012-4461oc。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
三。Sundararaj Stanleyraj J.、Sethuraman N.、Gupta R.、Thiruvoth S.、Gupt M.、Ryo A.治疗新型冠状病毒:我们是否错过了机会之窗?J.抗微生物。Chemother公司。2021;76:283–285. doi:10.1093/jac/dkaa442。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
4Munker D.、Osterman A.、Stubbe H.、Muenchhoff M.、Veit T.、Weinberger T.、Barnikel M.、Mumm J.-N.、Milger K.、Khatamzas E.等人。SARS-CoV-2在呼吸道的脱落动力学取决于新冠肺炎患者的疾病严重程度。欧洲复兴银行。J。2021;58doi:10.1183/13993003.02724-2010。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
5Tojo K.、Yamamoto N.、Mihara T.、Abe M.、Goto T.冠状病毒肺炎ARDS患者循环肺泡上皮和内皮损伤标记物的不同时间特征。批评。小心。2021;25:169.网址:10.1186/s13054-021-03596-4。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
6Leisman D.E.、Mehta A.、Thompson B.T.、Charland N.C.、Gonye A.L.K.、Gushterova I.、Kays K.R.、Khanna H.K.、LaSalle T.J.、Lavin-Parsons K.M.等,严重新型冠状病毒肺炎患者肺泡、内皮和器官损伤标记物动力学。美国J.Respir。批评。护理医学。2022;205:507–519. doi:10.1164/rccm.202106-1514oc。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
7Wallach D.,Kang T.-B.,Dillon C.P.,Green D.R.炎症中的程序性坏死:用于识别效应分子。科学。2016;352:aaf2154.doi:10.1126/science.aaf2154。[公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
8Tang D.,Kang R.,Berghe T.V.,Vandenabeele P.,Kroemer G.调节细胞死亡的分子机制。细胞研究。2019;29:347–364. doi:10.1038/s41422-019-0164-5。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
9Tang P.S.、Mura M.、Seth R.、Liu M.急性肺损伤和细胞死亡:细胞死亡的方式有多少?美国生理学杂志。肺细胞分子生理学。2008;294:L632–L641。doi:10.11152/ajplung.00262.2007。[公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
10Tamada N.、Tojo K.、Yazawa T.、Goto T.在脂多糖诱导的实验性急性呼吸窘迫综合征模型中,肺泡上皮细胞死亡的主要形式是坏死而非凋亡。震惊。2020;54:128–139. doi:10.1097/shk.0000000000001425。[公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
11Scaffidi P.、Misteli T.、Bianchi M.E.坏死细胞释放染色质蛋白HMGB1引发炎症。自然。2002;418:191–195. doi:10.1038/nature00858。[公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
12Denning N.-L.、Aziz M.、Gurien S.D.、Wang P.败血症中的DAMPs和NETs。前面。免疫学。2019;10:2536.doi:10.3389/fimmu.2019.02536。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
13MázlóA.、Jenei V.、Burai S.、Molnár T.、Bácsi A.、Koncz G.坏死炎症的类型,细胞死亡方式对无菌炎症的影响。细胞死亡疾病。2022;13:423.网址:10.1038/s41419-022-04883-w。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
14Ivanisenko N.V.、Seyrek K.、Kolchanov N.A.、Ivanisensko V.A.、Lavrik I.N.死亡域蛋白在SARS-CoV-2感染宿主反应中的作用:程序性细胞死亡的调节和翻译应用。细胞死亡疾病。2020;6:101.doi:10.1038/s41420-020-00331-w。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
15Land W.G.DAMP在呼吸道病毒诱导的急性呼吸窘迫综合征中的作用——初步参考SARS-CoV-2肺炎。基因免疫。2021;22:141–160. doi:10.1038/s41435-021-00140-w。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
16Parthasarathy U.、Martinelli R.、Vollmann E.H.、Best K.、Therien A.G.《DAMP介导的炎症对严重新型冠状病毒肺炎及相关疾病的影响》。生物化学。药理学。2022;195doi:10.1016/j.bcp.2021.114847。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
17Day J.D.、Park S.、Ranard B.L.、Singh H.、Chow C.C.、Vodovotz Y.以DAMP为中心的免疫网络模型预测的变异性COVID-19疾病轨迹。前面。免疫学。2021;12doi:10.3389/fimmu.2021.754127。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
18顾T.,赵S.,Jin G.,Song M.,Zhi Y.,Zhao R.,Ma F.,Zheng Y.,Wang K.,Liu H.,等。SARS-CoV-2棘突蛋白在小鼠模型中诱导的细胞因子特征。前面。免疫学。2020;11doi:10.3389/fimmu.2020.621441。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
19.Uchida T.、Shirasawa M.、Ware L.B.、Kojima K.、Hata Y.、Makita K.、Mednick G.、Matthay Z.A.和Matthay M.A.晚期糖基化终产物受体是急性肺损伤中I型细胞损伤的标志。美国J.Respir。批评。护理医学。2006;173:1008–1015. doi:10.1164/rccm.200509-1477oc。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
20Calfee C.S.、Ware L.B.、Eisner M.D.、Parsons P.E.、Thompson B.T.、Wickersham N.、Matthay M.A.、NHLBI ARDS网络急性肺损伤晚期糖基化终产物血浆受体和临床结果。胸部。2008;63:1083–1089. doi:10.1136/thx.2008.095588。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
21van der Heijden M.、van Nieuw Amerongen G.P.、Koolwijk P.、van-Hinsbergh V.W.M.、Groeneveld A.B.J.血管生成素-2、通透性水肿、感染性和非感染性危重患者ALI/ARDS的发生和严重程度。胸部。2008;63:903–909. doi:10.1136/thx.2007.087387。[公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
22.Calfee C.S.、Gallagher D.、Abbott J.、Thompson B.T.、Matthay M.A.、NHLBI ARDS网络血浆血管生成素-2在临床急性肺损伤中的作用。批评。护理医学。2012;40:1731–1737. doi:10.1097/ccm.0b013e3182451c87。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
23.Eisner M.D.、Parsons P.、Matthay M.A.、Ware L.、Greene K.,急性呼吸窘迫综合征网络血浆表面活性剂蛋白水平和急性肺损伤患者的临床结局。胸部。2003;58:983–988. doi:10.1136/thorax.58.11.983。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
24Cheng I.W.、Ware L.B.、Greene K.E.、Nuckton T.J.、Eisner M.D.、Matthay M.A.表面活性蛋白A和D在急性肺损伤患者中的预测价值。批评。护理医学。2003;31:20–27. doi:10.1097/00003246-200301000-00003。[公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
25Kramer G.、Erdal H.、Mertens H.J.M.、Nap M.、Mauermann J.、Steiner G.、Marberger M.、Bivén K.、Shoshan M.C.、Linder S.通过测量细胞外角蛋白18的不同可溶性形式,区分细胞死亡模式。癌症研究。2004;64:1751–1756. doi:10.1158/0008-5472.can-03-2455。[公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
26Zhao Y.,Kuang M.,Li J.,Zhu L.,Jia Z.,Guo X.,Hu Y.,Kong J.,Yin H.,Wang X.,You F.SARS-CoV-2尖峰蛋白与TLR41相互作用并激活TLR41。细胞研究。2021;31:818–820. doi:10.1038/s41422-021-00495-9。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
27Zheng M.、Karki R.、Williams E.P.、Yang D.、Fitzpatrick E.、Vogel P.、Jonsson C.B.、Kanneganti T.-D.TLR2感应SARS-CoV-2包膜蛋白以产生炎性细胞因子。自然免疫学。2021;22:829–838. doi:10.1038/s41590-021-00937-x。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
28Yamada T.、Sato S.、Sotoyama Y.、Orba Y.、Sawa H.、Yamauchi H.和Sasaki M.、Takaoka A.RIG-I在人类肺细胞中触发信号流产的抗SARS-CoV-2防御。自然免疫学。2021;22:820–828. doi:10.1038/s41590-021-00942-0。[公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
29Leisman D.E.、Ronner L.、Pinotti R.、Taylor M.D.、Sinha P.、Calfee C.S.、Hirayama A.V.、Mastroiani F.、Turtle C.J.、Harhay M.O.等。重症和危重冠状病毒肺炎患者的细胞因子升高:一项快速系统综述、荟萃分析以及与其他炎症综合征的比较。柳叶刀呼吸。医学。2020;8:1233–1244. doi:10.1016/s2213-2600(20)30404-5。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
30.McElvaney O.J.、McEvoy N.L.、McElvaney O.F.、Carroll T.P.、Murphy M.P.、Dunlea D.M.、NíChoileáin O.、Clarke J.、O’Connor E.、Hogan G.等人。严重新型冠状病毒肺炎炎症反应的表征。美国J.Respir。批评。护理医学。2020;202:812–821. doi:10.1164/rccm.202005-1583oc。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
31Subramanian A.、Tamayo P.、Mootha V.K.、Mukherjee S.、Ebert B.L.、Gillette M.A.、Paulovich A.、Pomeroy S.L.、Golub T.R.、Lander E.S.、Mesirov J.P.基因集富集分析:解释全基因组表达谱的基于知识的方法。程序。国家。阿卡德。科学。美国。2005;102:15545–15550. doi:10.1073/pnas.0506580102。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
32Winkler E.S.、Bailey A.L.、Kafai N.M.、Nair S.、McCune B.T.、Yu J.、Fox J.M.、Chen R.E.、Earnest J.T.、Keeler S.P.等。人类ACE2转基因小鼠的SARS-CoV-2感染会导致严重的肺部炎症和功能受损。自然免疫学。2020;21:1327–1335. doi:10.1038/s41590-020-0778-2。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
33孙S.,顾海,曹立,陈强,叶强,杨刚,李瑞泰,樊宏,邓玉强,宋霞,等。致命小鼠SARS-CoV-2的特性和结构基础。国家公社。2021;12:5654.doi:10.1038/s41467-021-25903-x。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
34Zhu C.、Lee J.Y.、Woo J.Z.、Xu L.、Nguyella X.、Yamashiro L.H.、Ji F.、Biering S.B.、Van Dis E.、Gonzalez F.等。以SARS-CoV-2为靶点的鼻内ASO治疗。国家公社。2022;13:4503.doi:10.1038/s41467-022-32216-0。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
35Donlan A.N.、Sutherland T.E.、Marie C.、Preissner S.、Bradley B.T.、Carpenter R.M.、Sturek J.M.、Ma J.Z.、Moreau G.B.、Donowitz J.R.等。IL-13是新冠肺炎严重程度的驱动因素。JCI洞察力。2021;6doi:10.1172/jci.insight.150107。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
36Cohen Gihon I.,Israel O.,Tidhar A.,Sapoznikov A.,Evgy Y.,Stein D.,Aftalion M.,Gur D.,Orr I.,Zvi A.等。严重新冠肺炎小鼠模型中肺部的转录组分析。前面。维罗尔。2022;2doi:10.3389/fviro.2022.848465。[交叉参考][谷歌学者]
37Dubuc I.、Prunier J.、Lacasse等。,Gravel A.、Puhm F.、Allaeys I.、Archambault A.-S.、Gudimard L.、Villano R.、Droit A.等。SARS-CoV-2感染小鼠肺部炎症的细胞因子和脂质介质。前面。免疫学。2022;13doi:10.3389/fimmu.2022.893792。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
38Bishop C.R.、Dumenil T.、Rawle D.J.、Le T.T.、Yan K.、Tang B.、Hartel G.、Suhrbier A.COVID-19小鼠模型重述了炎症途径,而非基因表达。《公共科学图书馆·病理学》。2022;18doi:10.1371/journal.ppat.1010867。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
39Karki R.、Sharma B.R.、Tuladhar S.、Williams E.P.、Zalduondo L.、Samir P.、郑M.、Sundaram B.、Banoth B.、Malireddi R.K.S.等。TNF-α和IFN-γ的协同作用在SARS-CoV-2感染和细胞因子休克综合征中触发炎性细胞死亡、组织损伤和死亡。单元格。2021;184:149–168.e17。doi:10.1016/j.cell.2020.11.025。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
40Zhao J.、Jitkaew S.、Cai Z.、Choksi S.、Li Q.、Luo J.和Liu Z.-G.混合谱系激酶域样是TNF诱导坏死的关键受体相互作用蛋白3下游成分。程序。国家。阿卡德。科学。美国。2012;109:5322–5327. doi:10.1073/pnas.1200012109。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
41Hildebrand J.M.、Tanzer M.C.、Lucet I.S.、Young S.N.、Spall S.K.、Sharma P.、Pierotti C.、Garnier J.-M.、Dobson R.C.J.、Webb A.I.等。假性激酶MLKL的激活释放四螺旋束结构域以诱导膜定位和坏死细胞死亡。程序。国家。阿卡德。科学。美国。2014;111:15072–15077. doi:10.1073/pnas.1408987111。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
42He W.t.、Wan H.、Hu L.、Chen P.、Wang X.、Huang Z.、Yang Z.-H.、Zhong C.-Q、Han J.Gasdermin D是pyroptosis的执行者,是白细胞介素-1β分泌所必需的。细胞研究。2015;25:1285–1298. doi:10.1038/cr.2015.139。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
43Rodrigues T.S.、de SáK.S.G.、Ishimoto A.Y.、Becerra A.、Oliveira S.、Almeida L.、Gonçalves A.V.、Perucello D.B.、Andrade W.A.、Castro R.等。炎症体在SARS-CoV-2感染时被激活,并与患者的COVID-19严重程度相关。J.实验。医学。2021;218doi:10.1084/jem.20201707。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
44Sefik E.、Qu R.、Junqueira C.、Kaffe E.、Mirza H.、Zhao J.、Brewer J.R.、Han A.、Steach H.R.、Israelow B.等人。感染巨噬细胞中的炎症激活推动了新型冠状病毒肺炎的病理学。自然。2022;606:585–593. doi:10.1038/s41586-022-04802-1。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
45朱奎拉·C·克雷斯波。,Ranjbar S.、de Lacerda L.B.、Lewandrowski M.、Ingber J.、Parry B.、Ravid S.、Clark S.、Schrimpf M.R.等人。FcγR介导的单核细胞SARS-CoV-2感染激活炎症。自然。2022;606:576–584. doi:10.1038/s41586-022-04702-4。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
46Martin T.R.、Hagimoto N.、Nakamura M.、Matute-Bello G.肺中的细胞凋亡和上皮损伤。程序。美国胸科。Soc公司。2005;2:214–220. doi:10.1513/pats.200504-031ac。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
47Hofer S.、Brenner T.、Bopp C.、Steppan J.、Lichtenstern C.、Weitz J.、Bruckner T.、Martin E.、Hoffmann U.、Weigand M.A.细胞死亡血清生物标志物是严重脓毒症肝功能障碍患者生存的早期预测因素。批评。小心。2009;13:R93.doi:10.1186/cc7923。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
48Lorente L.、Martín M.M.、González-Rivero A.F.、Ferreres J.、Solé-Violán J.、Labarta L.、Díaz C.、Jiménez A.、Borreguero-Leon J.M.严重脓毒症患者的caspase-lead细胞角蛋白-18血清水平与死亡率相关:初步研究。公共科学图书馆一号。2014;9doi:10.1371/journal.pone.0109618。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
49Hashimoto K.、Besla R.、Zamel R.、Juvent S.、Kim H.、Azad S.、Waddell T.K.、Cypel M.、Liu M.、Keshavjee S.循环细胞死亡生物标记物可预测人类肺移植的存活率。美国J.Respir。批评。护理医学。2016;194:97–105. doi:10.1164/rccm.201510-2115oc。[公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
50Zhao H.、Ning J.、Lemaire A.、Koumpa F.-S.、Sun J.J.、Fung A.、Gu J.、Yi B.、Lu K.、Ma D.大鼠接受缺血性同种异体肾移植后,坏死和部分死亡参与了远端肺损伤。肾脏Int。2015;87:738–748. doi:10.1038/ki.2014.388。[公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
51Wang L.,Wang T.,Li H.,Liu Q.,Zhang Z.,Xie W.,Feng Y.,Socorburam T.,Wu G.,Xia Z.,Wu Q.受体相互作用蛋白3介导的坏死促进小鼠脂多糖诱导的炎症和急性呼吸窘迫综合征。公共科学图书馆一号。2016;11doi:10.1371/journal.pone.0155723。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
52Siempos I.I.、Ma K.C.、Imamura M.、Baron R.M.、Fredenburgh L.E.、Huh J.-W.、Moon J.-S.、Finkelsztein E.J.、Jones D.S.、Lizardi M.T.等。RIPK3介导实验性呼吸机诱导肺损伤的发病机制。JCI洞察力。2018;doi:10.1172/jci.insight.97102。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
53赵海、陈强、黄海、孙克强、阿拉姆A.、崔J.、契卡诺维奇S.、宁J.、卢K.、高田M.等。骨桥蛋白在大鼠缺血肾移植后介导肺损伤坏死。英国作家J.Anaesth。2019;123:519–530. doi:10.1016/j.bja.2019.05.041。[公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
54Li S.,Zhang Y.,Guan Z.,Li H.,Ye M.,Chen X.,Shen J.,Zhou Y.,Shi Z.-L.,Zhow P.,Peng K.SARS-CoV-2通过caspase-8激活触发炎症反应和细胞死亡。信号传输。目标疗法。2020;5:235。doi:10.1038/s41392-020-00334-0。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
55Ferren M.、Favède V.、Decimo D.、Iampietro M.、Lieberman N.A.P.、Weickert J.-L.、Pelissier R.、Mazelier M.、Terrier O.、Moscona A.等。SARS-CoV-2肺部和脑干感染的仓鼠器官型建模。国家公社。2021;12:5809.doi:10.1038/s41467-021-26096-z。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
56王振南,杨晓生,孙杰,赵建中,钟N.S.,唐晓霞。SARS-CoV-2感染小鼠肺部的多组学评估揭示了宿主反应的动力学。iScience。2022;25doi:10.1016/j.isci.2022.103967。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
57.Nakamura H.、Kinjo T.、Arakaki W.、Miyagi K.、Tateyama M.、Fujita J.新冠肺炎患者受体相互作用蛋白激酶-3的血清水平。批评。小心。2020;24:484.网址:10.1186/s13054-020-03209-6。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
58Gong T.,Liu L.,Jiang W.,Zhou R.无菌炎症和炎症性疾病中的DAMP传感受体。《自然免疫学评论》。2020;20:95–112. doi:10.1038/s41577-019-0215-7。[公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
59Chen R.、Huang Y.、Quan J.、Liu J.、Wang H.、Billar T.R.、Lotze M.T.、Zeh H.J.、Kang R.、Tang D.HMGB1作为严重新冠肺炎的潜在生物标志物和治疗靶点。太阳神。2020;6doi:10.1016/j.heliyon.2020.e05672。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
60Sivakorn C.、Dechsanga J.、Jamjumrus L.、Boonnak K.、Schultz M.J.、Dondorp A.M.、Phumratanaprapin W.、Ratanarat R.、Naorungroj T.、Wattanawinitchai P.等。重症监护病房入院时高流动性组框1和白细胞介素6作为新冠肺炎危重患者的生物标志物。美国J.特罗普。医学Hyg。2021;105:73–80. doi:10.4269/ajtmh.21-0165。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
61Yamada H.、Okamoto M.、Nagasaki Y.、Yoshio S.、Nouno T.、Yano C.、Tanaka T.、Watanabe F.、Shibata N.、Arimizu Y.等。2019冠状病毒病(COVID-19)中与严重呼吸衰竭发展相关的早期生物标志物分析诊断。2022;12:339.doi:10.3390/diagnostics12020339。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
62Cartin-Ceba R.、Khatua B.、El-Kurdi B.、Trivedi S.、Kostenko S.、Imam Z.、Smith R.、Snozek C.、Navina S.和Sharma V.等人。表明脂肪毒性恶化19型冠状病毒患者预后的证据以及对潜在机制的见解。iScience。2022;25doi:10.1016/j.isci.2022.104322。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
63Huckriede J.、Anderberg S.B.、Morales A.、de Vries F.、Hultström m.、Bergqvist A.、Ortiz-Pérez J.T.、Sels J.W.、Wichapong K.、Lipcsey m.等。NETosis标记物和DAMP的进化对重症COVID-19患者具有预后价值。科学。代表。2021;11doi:10.1038/s41598-021-95209-x。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
64Scozzi D.、Cano M.、Ma L.、Zhou D.、Zhu J.H.、O'Halloran J.A.、Goss C.、Rauseo A.M.、Liu Z.、Sahu S.K.等。循环线粒体DNA是新冠肺炎严重疾病和死亡率的早期指标。JCI洞察力。2021;6:e143299。doi:10.11172/jci.insight.143299。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
65Valdés-Aguayo J.J.、Garza-Veloz I.、Vargas Rodríguez J.R.、Martinez-Vazquez M.C.、Avila-Carrasco L.、Bernal-Silva s.、González-Fuentes C.、Comas-Garcia a.、Alvarado-Hernandez D.E.、Centeno-Ramirez a.s.H.等人。外周血线粒体DNA水平受SARS-CoV-2感染严重程度的调节,其减少与COVID-19住院患者的死亡率相关。前面。单元格。感染。微生物。2021;11doi:10.3389/fcimb2021.754708。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
66Hepokoski M.L.、Odish M.、Lam M.T.、Coufal N.G.、Rolfsen M.L.,Shadel G.S.、Moyzis A.G.、Sainz A.G.,Takiar P.G.、Patel S.等。在重症监护病房入院期间,通过液滴数字PCR对血浆线粒体DNA进行绝对定量,标志着COVID-19的严重性。美国生理学杂志。肺细胞分子生理学。2022;323:L84–L92。doi:10.1152/ajplung.00128.2022。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
67Aceti A.、Margarucci L.M.、Scaramucci E.、Orsini M.、Salerno G.、Di Sante G.、Gianfranceschi G.、Di Liddo R.、Valeriani F.、Ria F.等。血清S100B蛋白作为Covid-19患者严重程度的标志物。科学。代表。2020;10doi:10.1038/s41598-020-75618-0。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
68郭琦,赵勇,李杰,刘杰,杨欣,郭欣,匡美,夏宏,张忠,曹立,等。警报素S100A8/A9的诱导在新型冠状病毒肺炎发病机制中介导异常中性粒细胞的活化。细胞宿主微生物。2021;29:222–235.e4。doi:10.1016/j.chom.2020.12.016。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
69顾涛,赵S.,金刚,宋M.,智勇,赵R.,马峰,郑勇,王凯,刘海,等。SARS-CoV-2组分致小鼠ARDS的分子机制。生物Rxiv。2020年doi:10.1101/2020.06.07.119032。预打印于[交叉参考][谷歌学者]
70Colunga Biancatelli R.M.L.、Solopov P.A.、Sharlow E.R.、Lazo J.S.、Marik P.E.、Catravas J.D.SARS-CoV-2尖峰蛋白亚基S1可诱导K18-hACE2转基因小鼠出现COVID-19样急性肺损伤,并导致人内皮细胞屏障功能障碍。美国生理学杂志。肺细胞分子生理学。2021;321:L477–L484。doi:10.1152/ajplung.00223.2021。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
71.Henry B.M.、Cheruiyot I.、Benoit S.W.、Sanchis-Gomar F.、Lippi G.和Benoit J.细胞角蛋白18细胞死亡检测作为新冠肺炎中细胞凋亡和坏死定量的生物标志物:一项前瞻性观察研究。临床杂志。病态。2022;75:410–415. doi:10.1136/jclinpath-2020-207242。[公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
72Ranjeva S.、Pinciroli R.、Hodell E.、Mueller A.、Hardin C.C.、Thompson B.T.、Berra L.确定冠状病毒疾病继发的急性呼吸窘迫综合征的临床和生化表型-2019。Eclinicalmedicine公司。2021;34doi:10.1016/j.eclinm.2021.100829。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
73Sinha P.、Furfaro D.、Cummings M.J.、Abrams D.、Delucchi K.、Maddali M.V.、He J.、Thompson A.、Murn M.、Fountain J.等人。潜在类别分析揭示了与COVID-19相关的急性呼吸窘迫综合征亚群对皮质类固醇的反应不同。美国J.Respir。批评。护理医学。2021;204:1274–1285. doi:10.1164/rccm.202105-1302oc。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
74Tojo K.、Tamada N.、Nagamine Y.、Yazawa T.、Ota S.、Goto T.通过抑制氧敏感脯氨酸羟化酶增强糖酵解,保护肺泡上皮细胞免受急性肺损伤。法赛布。J。2018;32:2258–2268. doi:10.1096/fj.201700888r。[公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
75Patro R.、Duggal G.、Love M.I.、Irizarry R.A.、Kingsford C.Salmon为转录表达提供了快速且有偏差的量化。自然方法。2017;14:417–419. doi:10.1038/nmeth.4197。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
76.Soneson C.、Love M.I.、Robinson M.D.RNA-seq差异分析:转录水平估计改善了基因水平推断。F1000研究。2015;4:1521.doi:10.12688/f1000research.7563.2。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
77Love M.I.、Huber W.和Anders S.使用DESeq2对RNA-seq数据的折叠变化和离散度进行了适度估计。基因组生物学。2014;15:550.网址:10.1186/s13059-014-0550-8。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
78Korotkevich G.、Sukhov V.、Budin N.、Shpak B.、Artyomov M.N.、Sergushichev A.快速基因集富集分析。生物Rxiv。2021年doi:10.10101/060012。预打印于[交叉参考][谷歌学者]
79Benjamini Y.,Krieger A.M.,Yekutieli D.控制错误发现率的自适应线性加速程序。生物特征。2006;93:491–507. [谷歌学者]

文章来自iScience公司由以下人员提供爱思维尔