分子遗传学医学。2019年12月;7(12):e983。
墨西哥精神病患者自杀未遂的基因水平全基因组关联分析
,1,2 ,2,三 ,4 ,2 ,5 ,
三,5和
三 塞尔玛·比阿特丽斯·冈萨雷斯‐卡斯特罗
1梅恩德斯贾尔帕多学科研究院,塔巴斯科华雷斯奥托诺马大学,墨西哥城墨西哥
2萨卢德大学多学科学院,塔巴斯科华雷斯奥托诺马大学,比利亚赫尔莫萨墨西哥
何塞·杰米·马丁内斯‐马加尼亚
2科西翁科学院多学科研究所,华雷斯大学塔巴斯科分校,比利亚赫尔莫萨墨西哥
三国家药物研究所(INMEGEN),萨卢德秘书处,墨西哥城墨西哥
卡洛斯·阿方索·托维利亚·萨拉特
4科马尔卡科多学科研究院,塔巴斯科华雷斯奥托诺马大学,科马卡科墨西哥
Isela Esther Juárez‐Rojop女士
2科西翁科学院多学科研究所,塔巴斯科华雷斯奥托诺马大学,比利亚赫尔莫萨墨西哥
伊曼纽尔·萨米恩托
5Psiquiátrico Infantil医院“Juan N.Navarro医生”,墨西哥城墨西哥
Alma Delia Genis‐门多萨
三国家药物研究所(INMEGEN),萨卢德秘书处,墨西哥城墨西哥
5Psiquiátrico Infantil医院“Juan N.Navarro医生”,墨西哥城墨西哥
温贝托·尼科里尼
三国家药物研究所(INMEGEN),萨卢德秘书处,墨西哥城墨西哥
1梅恩德斯贾尔帕多学科研究院,塔巴斯科华雷斯奥托诺马大学,墨西哥城墨西哥
2萨卢德大学多学科学院,塔巴斯科华雷斯奥托诺马大学,比利亚赫尔莫萨墨西哥
三国家医学研究所(INMEGEN),萨卢德秘书处,墨西哥城墨西哥
4科马尔卡科多学科研究院,塔巴斯科华雷斯奥托诺马大学,科马卡科墨西哥
5Psiquiátrico Infantil医院“Juan N.Navarro医生”,墨西哥城墨西哥
通讯作者。2019年5月7日收到;2019年8月20日修订;2019年9月3日验收。
版权©2019作者。分子遗传学与基因组医学由威利期刊公司出版。 - 补充资料
GUID:FECE0AAA-03BB-4F0F-8420-445FC1DC59E1
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不适用。
摘要
背景
证据表明自杀行为的责任是遗传的;此外,自杀在一定程度上与其他精神疾病有关。然而,迄今为止报告的大多数信息都是针对白种人和亚洲人的。因此,我们的目的是对被诊断为自杀未遂的墨西哥精神病患者进行基因水平的关联研究。
方法
我们从墨西哥的两个临床中心招募了192名患者。所有参与者都出生在墨西哥,父母和祖父母都是墨西哥人。使用商业平台Infinium PsychArray BeadChip进行直接基因分型。一第页低于1e‐05的值被视为基因水平显著第页低于1e‐04的值被视为基因水平标称显著。
结果
我们的分析表明SCARA5公司在基因水平上与自杀意图相关,具有统计学意义(第页值=1.12e‐6)。其他基因名义上与自杀企图相关:GHSR公司(第页值=0.0004),RGS10型(第页值=5.13e‐5),以及STK33号机组(第页值=3.62e‐5)。关于基因变异分析,SNP与统计关联(第页>.05)为rs561361616、rs1537577、rs11198999RGS10型,和rs11041981、rs11041993、rs11041994、rs11041995、rs11041997、rs10840083、rs10769918用于STK33号机组对于这些基因,先前的研究SCARA5公司患有抑郁症,GHSR公司酒精依赖和抑郁,以及RGS10型精神分裂症和抑郁症。迄今为止,STK33号机组没有任何精神障碍。
结论
我们的结果表明SCARA5公司,GHSR公司,RGS10型和STK33号机组在我们的墨西哥精神病样本中可以被视为自杀未遂行为的风险生物标志物。我们建议进行更大规模的分析以获得结论性结果。
关键词:全基因组、墨西哥人口、精神病、自杀未遂
从墨西哥的两个临床中心招募了192名患者。我们的分析表明SCARA5公司,GHSR公司,RSG10,和STK33号机组在基因水平上与自杀意图相关。我们建议进行更大规模的分析以获得结论性结果。
1.简介
自杀是全世界的一个重要健康问题;2016年全球观察到近80万人自杀死亡(Organiztion,2019). 据报道,80%以上死于自杀的人至少有一次精神病诊断(Galfalvy等人。,2015,2013). 例如,有人建议精神分裂症和双相情感障碍患者自杀率较高(Mirkovic等人。,2016; Zai等人。,2015)主要是由于内化(如创伤后应激、抑郁)和外化(如物质使用、反社会人格)问题的过程(Schneider和Grozinger,2010).
还观察到自杀具有显著的遗传成分(索科洛夫斯基、瓦瑟曼和瓦瑟曼,2016年a; Stein等人。,2017; Willour等人。,2012). 例如,Fu等人在越南时代双胞胎登记处的3372对男性双胞胎中研究了自杀意念(SI)和自杀行为(SB)之间的关系,他们发现单卵双胞胎(MZ)比双卵双胞胎更容易发生自杀企图;即使在调整了SB的其他风险因素后,精神病诊断也没有被排除在纳入标准之外。他们报告了SI的遗传率为43%,自杀未遂的遗传率为30%(SA;Fu等人。,2002). 另一个例子是Glowinski等人的研究,该研究报告了3416对女性自杀未遂双胞胎的代表性样本的遗传率为38%,这些样本来自酒精中毒遗传的儿童半结构评估,其中包括一个详细的SB部分。此外,他们观察到MZ双胞胎的一致性比率为25%,而DZ双胞胎为12.8%。然而,这些研究中的确切遗传倾向尚未完全了解(Glowinski等人。,2001). 因此,识别有助于精神疾病患者自杀行为/企图的遗传成分将有助于深入了解这些疾病的生物学基础(Sokolowski等人。,2016年a; 索科洛夫斯基、瓦瑟曼和瓦瑟曼,2016年b).
遗传学研究的重点是寻找候选基因,以便更好地了解精神疾病,并作为可能的生物标记物,帮助预防、诊断或治疗这些疾病(Eftekharian等人。,2018; Genis‐Mendoza等人。,2017; Lopez‐Narvaez等人。,2015; Molina‐Guzman等人。,2017). 然而,候选基因的关联研究经常产生矛盾的结果;因此,技术进步导致了全基因组关联研究(GWAS),以便使用个体的整个基因组定位基因或位点(Kimbrel等人。,2018; Lasky‐Su&Lange,2010; Melroy‐Greif、Gizer、Wilhelmsen和Ehlers,2017). Willour等人(2012)对2698名双相情感障碍患者进行了GWAS,其中1201名受试者曾有过自杀企图;他们发现与位于染色体区域2p25的标记rs300774有关(Willour等人。,2012). 此外,Perlis等人观察到,自杀未遂组与来自基因间染色体10标记rs1466846的双相情感障碍的相关性最强(Perlis等。,2010). 然而,一项小型研究使用GWAS来识别候选基因,并没有发现任何达到传统意义阈值的变体,但表达阵列确定了一组与神经免疫功能有关的基因(Galfalvy等人。,2013). GWAS是发现与影响疾病的遗传因素相关的信号的极好工具;然而,这些遗传信号是通过个体化变异产生的;然而,GWAS并没有测量特定基因的可能影响,这是一种限制(Powers等人。,2016; 王,贾,沃尔芬格,陈,赵,2011). 尽管通过GWAS获得了重要信息,但结果主要反映了高加索或亚洲人口,因为没有足够的拉丁美洲人口数据(Melroy‐Greif等人。,2017; Mullins等人。,2014; 索科洛夫斯基、瓦瑟曼和瓦瑟曼,2014).
与其他词相反,在墨西哥,自杀率在过去40年中有所上升(Borges等人。,2019). 因此,最近在该人群中进行了几项遗传关联研究(Genis‐Mendoza等人。,2017; Molina‐Guzman等人。,2017); 然而,尚未对墨西哥人口进行GWAS研究。因此,我们对患有精神病诊断和SA的墨西哥个体进行了基因水平的全基因组关联分析。此外,我们还对相关变体进行了预测和功能分析。
2.材料和方法
2.1. 道德合规
该方案得到了“国家医学研究所”研究伦理委员会的批准(批准号:23/2015/I)。研究中的所有个人都签署了知情同意书,并根据《赫尔辛基宣言》制定了协议。
2.2. 样品
参与者来自两个临床中心:塔巴斯科州的地区医院Dr.Desiderio G.Carbajal(n个=16),来自墨西哥城卡拉奇医疗集团(n个 = 176). 总样本由192名18至55岁的个体组成,其中男性100人(52.08%),女性92人(49.92%)。包括在内的所有人都出生在墨西哥,并且至少有两代墨西哥血统。
2.3. 案例
病例组包括在上述任何一家医院接受精神病学服务并被诊断出至少一种SA的患者。最初,临床访谈帮助我们确定最相关的症状,使用DSM‐IV标准(精神疾病诊断和统计手册第四版)确定诊断,其中考虑了与轴I相关的疾病;这些诊断由至少两名经验丰富的精神科医生通过西班牙版的DIGS(遗传研究诊断访谈)进行确认。作为排除标准,我们考虑了严重抑郁发作或焦虑状态、严重头部创伤或中枢神经系统紊乱和精神发育迟滞的终身病史以及18岁以下的个人。首先,我们收集了125名候选者,但只有37名患者符合SA的入选标准,有关更多详细信息,请参见图S1(第一阶段)在这37名自杀未遂者中,终身DSM‐IV诊断为妄想型精神分裂症72.97%(年龄范围:18-38;男性/女性:6/4)和双相情感障碍I型27.03%(年龄范围25-49;男性/女孩:14/13),这是在所使用的临床中心更常见的精神病特征。精神分裂症患者组终生物质使用障碍(双重诊断)的患病率为40.28%,双相情感障碍患者为57.72%。自杀未遂者的平均年龄为35.55岁,自杀未遂的平均发病年龄为29.1岁(18-49岁),平均受教育年限为11.51岁(6-13岁);最后,男性20人,女性17人。
2.3.1. 自杀未遂定义
我们将自杀未遂定义为至少有某种自杀意图的自残行为。经过培训的精神科医生使用西班牙版的自杀意图量表(Beck、Schuyler和Herman,1974; Fresan等人。,2015). 当精神科医生确定自伤行为是在没有死亡意图的情况下进行的时,这些人被排除在外(Fresan等人。,2015; Gonzalez‐Castro等人。,2017).
2.4. 比较组
对照组包括没有主动和/或被动自杀意念/自杀未遂或任何自杀意念或自杀未遂家族史的随机个体,这是在精神科医生进行的简短访谈中确定的。如果个人同时患有不允许其同意的医学或神经疾病和智力残疾,则被排除在外。在首次入选的200名受试者中,只有155名符合所有入选标准。对照组的平均年龄为34.37岁(24-55岁),平均受教育年限为13.16岁(10-15岁);样本包括76名男性和79名女性。
2.5. 基因分型和插补
从每个人身上采集静脉血,并放入含有EDTA的试管中。根据先前公布的技术(Genis‐Mendoza等人。,2017; Lopez‐Narvaez等人。,2015; Molina‐Guzman等人。,2017). 根据供应商制定的协议和条件,使用商业平台Infinium PsychArray BeadChip(PsychChip,Illumina)进行直接基因分型。该平台包括分布在整个人类基因组中的约560000个变体,并包含以前与精神疾病相关的多态性。使用Genome Studio平台将强度率转换为PLINK格式的文件。随后,对PLINK(3)进行了基因分型数据的初始QC程序。根据以下标准排除个体:呼叫率低于95%的个体和变体;次要等位基因频率(MAF)低于5%且p值低于1e的变体−06Hardy–Weinberg平衡(HWE)的卡方检验。我们还进行了逐个血统的身份分析,将pihat≥0.1的个体从随后的分析中剔除。为了提高基因组多态性的覆盖率,我们进行了插补。插补过程中使用了多种族1000基因组项目参考小组的比格犬(Browning、Zhou和Browning,2018). 估算后,我们使用MAF高于1%的所有变体,并将高于0.4的估算等位基因剂量视为临界值。插补共产生4835917个单核苷酸多态性。
2.6. 统计分析
2.6.1. 广义基因水平全基因组关联分析
为了评估基因水平与自杀未遂表型的相关性,我们进行了广义基因水平分析,将任何自杀未遂记录为二元变量。在MAGMA(de Leeuw、Mooij、Heskes和Posthuma,2015). 数据在三种不同模型下进行分析:主成分回归、平均SNP关联性检验和顶级SNP关联度检验。所有模型都根据年龄、性别、主要诊断(双相情感障碍或精神分裂症)和全球血统的前五个主要组成部分进行了调整。利用先前发布的一组祖先信息标记进行全球祖先估计,以区分美国人口,主要成分使用GCTA计算(Galanter等人。,2012; Yang、Lee、Goddard和Visscher,2011). 为了统计意义,我们考虑了第页三种不同的基因水平分析模型的值。一第页低于1e‐05的值被视为基因水平显著第页低于1e‐04的值被视为基因水平标称显著。
2.6.2. 变量水平分析
一旦我们通过基因水平分析发现与自杀企图相关的基因,我们就对这些基因进行了点变异的嵌套分析(Wu和Zhi,2013). 对于变量水平分析,我们提取了所有输入的变量,并通过在PLINK中实施的逻辑回归分析进行了基因关联测试自杀企图。所有模型都根据年龄、性别、主要诊断(双相情感障碍或精神分裂症)和全球血统的前五个主要组成部分进行了调整。采用加性遗传模型评估SNP的重要性。一第页Bonferroni校正后,<0.05被确定为显著性。
2.6.3. 功能分析预测
我们使用生物信息学工具RegulomeDB数据库(22955989)预测了基因多态性与精神病患者自杀企图相关的潜在影响。
2.6.4. 富集分析
在我们的样本中,与自杀企图相关的基因被纳入使用Enrichr进行的富集分析(http://amp.pharm.mss.edu/Encrichr/). Enrichr是一个基于web的集成移动软件应用程序,其中包括新的基因集库、对丰富术语进行排序的替代方法以及显示丰富结果的各种交互式可视化方法。Enrichr分析了我们样本中的GO(基因本体论)生物过程和途径京都基因和基因组百科全书-基因组(KEGG),并检测了与自杀企图统计相关的基因/基因水平。为此,Enrichr使用了三种方法:a)标准Fisher精确检验,b)基于直觉分析的Fisher准确校正检验,以生成Z轴‐预期等级偏差得分和3)两者的组合第页使用fisher精确检验和Z轴‐得分;调整后的第页使用Benjamini‐Hochberg方法获得值,用于多假设测试的校正。
3.结果
3.1. 自杀未遂相关新基因的鉴定
在全基因组基因水平关联分析中,我们发现清道夫受体A类成员5(SCARA5公司)基因(OMIM登录号:611306)在基因水平上与自杀意图相关,具有统计学意义(第页=6.77e‐06)。同时,生长激素促分泌受体(GHSR公司,第页=2.92e‐05,OMIM登录号:601898),G蛋白信号调节因子10(RGS10型,第页=4.10e‐05,OMIM注册号:602856)和丝氨酸/苏氨酸激酶33(STK33号机组,第页=8.23e‐05,OMIM登录号:607670)名义上与自杀未遂有关;表。另请参见图S2系列.
表1
染色体 | 基因组位置 | 基因 | #SNV公司 | Z‐状态 | p‐值 |
---|
三 | 172161081–172166246 | GHSR公司 | 12 | 4.02 | 2.92秒−05
|
8 | 27727399–27850369 | SCARA5公司 | 352 | 4.35 | 6.77秒−06
|
10 | 121259339–121302222 | RGS10型 | 128 | 3.93 | 4.10秒−05
|
11 | 8413417–8615836 | STK33号机组 | 526 | 3.77 | 8.23电子−05
|
3.2. 变体水平的遗传关联
一旦我们发现了基因水平的关联,我们对每个基因中包含的所有变体进行了嵌套关联测试。在这个嵌套分析中,我们发现118个SNP与自杀企图相关。与自杀未遂相关的变异如表所示与自杀未遂最密切相关的变异为rs565105GSHR公司,第2685393页,共页SCARA5公司,第561361616页,共页RGS10型和rs11041981STK33号机组(表格和).
表2
染色体 | 基因 | SNP公司 | 英国石油公司 | A1/A2层 | 临床意义 | 基因后果 | A1f案例 | A1f控件 | OR[置信区间95%] |
第页‐价值 |
---|
三 |
GHSR公司
| 565105卢比 | 172162117 | 克/吨 | 温和的 | 3素数UTR变体 | 0.44 | 0.18 | 3.35 [1.77–6.53] | 2.33秒−04
|
482204卢比 | 172162829 | G/A公司 | 温和的 | 3素数UTR变体 | 0.44 | 0.19 | 3.36 [1.75–6.46] | 2.66秒−04
|
495225卢比 | 172166033 | G/A公司 | 温和的 | 同义变体 | 0.44 | 0.20 | 3.04 [1.61–5.75] | 6.40秒−04
|
2948694卢比 | 172165163 | G/A公司 | 未报告 | 内含子变体 | 0.28 | 0.11 | 3.26 [1.54–6.91] | 2.04秒−03
|
8 |
SCARA5公司
| 2685393卢比 | 27831887 | 转交 | 未报告 | 内含子变体 | 0.67 | 0.88 | 3.45 [1.82–6.57] | 1.58秒−04
|
10 |
RGS10型
| 561361616卢比 | 121294102 | A/C公司 | 未报告 | 内含子变体 | 0.74 | 0.47 | 0.20 [0.10–0.42] | 2.08秒−05
|
1537577卢比 | 121284536 | 转交 | 未报告 | 内含子变体 | 0.78 | 0.53 | 0.23 [0.11–0.47] | 7.07秒−05
|
11198999卢比 | 121285930 | A/G公司 | 未报告 | 内含子变体 | 0.76 | 0.51 | 0.25 [0.12–0.49] | 7.84秒−05
|
9732576卢比 | 121294035 | G/A公司 | 未报告 | 内含子变体 | 0.76 | 0.53 | 0.27 [0.14–0.54] | 1.91秒−04
|
9732577卢比 | 121294198 | 转交 | 未报告 | 内含子变体 | 0.76 | 0.53 | 0.27 [0.14–0.54] | 1.91秒−04
|
2014999卢比 | 121287641 | 信用证 | 未报告 | 内含子变体 | 0.76 | 0.54 | 0.29 [0.15–0.57] | 3.38秒−04
|
11199000卢比 | 121288885 | 克/年 | 未报告 | 内含子变体 | 0.76 | 0.54 | 0.29 [0.15–0.57] | 3.38电子−04
|
17098973卢比 | 121288501 | G/A公司 | 未报告 | 内含子变体 | 0.76 | 0.54 | 0.29 [0.15–0.57] | 3.39秒−04
|
11 |
STK33号机组
| 11041981卢比 | 8579208 | T/C(电汇) | 未报告 | 内含子变体 | 0.24 | 0.52 | 0.22 [0.11–0.44] | 1.81秒−05
|
11041993卢比 | 8596554 | T/C(电汇) | 未报告 | 内含子变体 | 0.25 | 0.53 | 0.22 [0.11–0.45] | 2.27秒−05
|
11041994卢比 | 8597866 | 信用证 | 未报告 | 内含子变体 | 0.25 | 0.53 | 0.22 [0.11–0.45] | 2.27秒−05
|
11041995卢比 | 8598233 | A/G公司 | 未报告 | 内含子变体 | 0.25 | 0.53 | 0.22 [0.11–0.45] | 2.27电子−05
|
rs11041997 | 8602016 | G/A公司 | 未报告 | 内含子变体 | 0.75 | 0.47 | 0.22 [0.11–0.45] | 2.27秒−05
|
卢比10840083 | 8608636 | A/G公司 | 未报告 | 内含子变体 | 0.25 | 0.53 | 0.22 [0.11–0.45] | 2.27秒−05
|
10769918卢比 | 8609710 | 转交 | 未报告 | 内含子变体 | 0.25 | 0.53 | 0.22 [0.11–0.45] | 2.27秒−05
|
表3
排名 | 生物过程(登录号) |
第页‐价值 | 已调整第页‐价值 |
Z轴‐得分 | 综合得分 |
---|
1 | 生长激素分泌(GO:0030252) | 0.001399 | 0.01419 | −3.2 | 21.05 |
2 | 多细胞生物生长的正向调节(GO:0040018) | 0.001599 | 0.01419 | −2.78 | 17.91 |
三 | 白细胞介素-1产生的负调控(GO:0032692) | 0.001799 | 0.01419 | −2.76 | 17.45 |
4 | 铁离子传输(GO:0006826) | 0.002598 | 0.01419 | −2.92 | 17.4 |
5 | 肿瘤坏死因子生物合成过程的调控(GO:0042534) | 0.002398 | 0.01419 | −2.71 | 16.34 |
6 | 白细胞介素-1β产生的负调控(GO:0032691) | 0.002997 | 0.01419 | −2.48 | 14.39 |
7 | 白细胞介素-6生物合成过程的调控(GO:0045408) | 0.001999 | 0.01419 | −2.23 | 13.87 |
8 | 白细胞介素-1β产生的调节(GO:0032651) | 0.002797 | 0.01419 | −2.3 | 13.54 |
9 | G蛋白偶联乙酰胆碱受体信号通路(GO:0007213) | 0.003396 | 0.01419 | −2.35 | 13.38 |
10 | 乙酰胆碱受体信号通路(GO:0095500) | 0.003994 | 0.01419 | −2.23 | 12.31 |
11 | 多细胞生物生长的调节(GO:040014) | 0.003595 | 0.01419 | −2.11 | 11.88 |
12 | 细胞铁离子稳态(GO:0006879) | 0.01135 | 0.02327 | −2.62 | 11.73 |
13 | 肿瘤坏死因子产生的负调控(GO:0032720) | 0.007181 | 0.01681 | −2.32 | 11.45 |
14 | 蛋白质三聚体化(GO:0070207) | 0.004592 | 0.01419 | −2.11 | 11.37 |
15 | 肽激素分泌(GO:0030072) | 0.00519 | 0.01419 | −2.07 | 10.9 |
16 | 细胞因子生物合成过程的负调控(GO:0042036) | 0.004393 | 0.01419 | −1.95 | 10.6 |
17 | 肌动蛋白聚合或解聚(GO:0008154) | 0.00738 | 0.01681 | −1.93 | 9.5 |
18 | 发育生长的正向调节(GO:0048639) | 0.01036 | 0.02236 | −2.07 | 9.44 |
19 | 蛋白质三聚(GO:0070206) | 0.006584 | 0.01681 | −1.72 | 8.62 |
20 | 白细胞介素-6产生的负调控(GO:0032715) | 0.004991 | 0.01419 | −1.52 | 8.07 |
21 | 炎症反应的负调节(GO:0050728) | 0.01571 | 0.02751 | −1.83 | 7.59 |
22 | 防御反应的负面调节(GO:0031348) | 0.0161 | 0.02751 | −1.74 | 7.17 |
23 | 肽基苏氨酸修饰(GO:0018210) | 0.01788 | 0.02932 | −1.73 | 6.98 |
24 | 铁离子稳态(GO:0055072) | 0.01274 | 0.02487 | −1.56 | 6.8 |
25 | 细胞内过渡金属离子稳态(GO:0046916) | 0.01867 | 0.02944 | −1.57 | 6.24 |
26 | 蛋白质自磷酸化(GO:0046777) | 0.03474 | 0.04189 | −1.79 | 6.03 |
27 | 水解酶活性的正向调节(GO:0051345) | 0.03416 | 0.04189 | −1.7 | 5.74 |
28 | 多细胞生物过程的正调控(GO:0051240) | 0.03999 | 0.04315 | −1.69 | 5.44 |
29 | 肽基苏氨酸磷酸化(GO:0018107) | 0.01373 | 0.02559 | −1.23 | 5.27 |
30 | 肽基丝氨酸磷酸化(GO:0018105) | 0.02888 | 0.03947 | −1.44 | 5.1 |
31 | 内吞作用(GO:0006897) | 0.05177 | 0.05442 | −1.65 | 4.89 |
32 | 肽基丝氨酸修饰(GO:0018209) | 0.03377 | 0.04189 | −1.44 | 4.89 |
33 | 蛋白质同源齐聚(GO:0051260) | 0.03766 | 0.04216 | −1.46 | 4.78 |
34 | 对外界刺激反应的负调节(GO:0032102) | 0.02143 | 0.03254 | −1.19 | 4.58 |
35 | 无机阳离子跨膜转运(GO:0098662) | 0.02791 | 0.03945 | −1.26 | 4.51 |
36 | 肌动蛋白纤维组织(GO:0007015) | 0.02398 | 0.03512 | −1.16 | 4.32 |
37 | 囊泡介导的转运(GO:0016192) | 0.07971 | 0.0817 | −1.61 | 4.08 |
38 | GTPase活性的调节(GO:0043087) | 0.03727 | 0.04216 | −1.21 | 3.97 |
39 | GTPase活性的正调节(GO:0043547) | 0.03805 | 0.04216 | −1.17 | 3.84 |
40 | 炎症反应的调节(GO:0050727) | 0.03299 | 0.04189 | −1.01 | 3.44 |
41 | 蛋白质磷酸化(GO:0006468) | 0.09093 | 0.09093 | −1.07 | 2.56 |
表4
排名 | KEGG途径(登录号) |
第页‐价值 | 已调整第页‐价值 |
Z轴‐得分 | 综合得分 |
---|
1 | cAMP信号通路(hsa04024) | 0.03921 | 0.05426 | −1.94 | 6.3 |
2 | 神经活性配体-受体相互作用(hsa04080) | 0.05426 | 0.05426 | −1.87 | 5.45 |
3.3. 自杀未遂相关变异的功能分析预测
对于118个与自杀企图相关的变异,我们确定了每个变异的类型。我们观察到10个变体为短插入/缺失,108个为单核苷酸变体。关于这些变体的基因定位,我们发现113个是内含子,两个位于非翻译区(rs565105和rs482204),两个靠近剪接区(rs7934396和rs2289921),一个是同义变体(rs495225)。由于变异体位于非编码区,对蛋白质结构没有影响,我们在RegulomeDB数据库中搜索变异体,只报告得分最高的变异体(得分仅为1)。以下变体得分最高,均为基因STK33号机组:rs1374262(分数:1f,TF:FOXA1公司,eQTL:EIF3F公司),rs7101471(分数:1d,TF:SPI1号机组,eQTL:EIF3F公司),rs7939731(分数:1d,TF:ESR1型,eQTL:EIF3F公司),rs10769915(分数:1f,eQTL:c11或17),rs10160430(分数:1f,TF:设置DB1,eQTL:2017年11月).
3.4. 富集分析
我们探索了在我们人群中与自杀企图相关的基因的基因本体论和途径。由此,我们获得了41个生物过程的基因本体论;调整后第页值,38个生物过程的基因本体具有统计意义(第页 < .05). 关于通路,我们只确定了两个:cAMP信号通路和神经活性配体-受体相互作用,调整后没有一个保持统计意义第页值。
4.讨论
众所周知,自杀未遂有多种生物危险因素。GWAS允许探索尚未被研究的生物系统。因此,我们的目的是对墨西哥精神分裂症或双相情感障碍患者进行一项基因水平的关联研究,这些患者曾试图自杀,目的是寻找可能增加SA行为风险的基因决定因素。
最初,我们的研究结果揭示了墨西哥精神疾病患者SA相关的新基因;例如,SCARA5公司显著相关。2006年,SCARA5公司经Jing等人鉴定为SR家族的新成员,其基因位于染色体8p21.1上(Jiang、Oliver、Davies和Platt,2006). 与SA的联系可能是通过启动炎症反应的清道夫受体A类(SR-A);SCARA5公司表达本身与小胶质细胞的激活/极化有关(Tang等人。,2018). 活化的小胶质细胞产生细胞因子和趋化因子,影响突触可塑性、神经递质代谢和与情绪调节相关的神经回路(Isgren等人。,2017). 此外,在自闭症患者的颞叶皮层中观察到SCARA5转录组变异性增加(Garbett等人。,2008); 可以推测,这种途径参与了SR-A在小胶质细胞炎症反应中的作用,这在一些神经精神疾病中观察到(Brites&Fernandes,2015; Cornejo等人。,2018). 协会SCARA5公司在精神病患者中,自杀未遂者从未有过报道;然而,之前的证据表明,GWAS、精神分裂症和抑郁症等与精神疾病相关(Carboni等人。,2018; Rincon‐Cortes等人。,2015; Xu等人。,2013). 因此,我们可以推断SCARA5公司很少参与SA行为。未来对这些结果的验证可以更好地了解影响自杀行为和自杀未遂发展的风险因素。
这项初步研究还表明GHSR公司与墨西哥精神疾病患者的SA相关。GHSR公司编码G蛋白偶联受体家族的一个成员,位于染色体区域3q26.31(Cabral、Lopez Soto、Epelbaum和Perello,2017; Valentina、Susana和Jesica,2018). 据报道,GHSR可以与其他G蛋白偶联受体异源二聚体化,例如与SB密切相关的血清素受体2C和多巴胺受体D1和D2(Cabral等人。,2017; Genis‐Mendoza等人。,2017). GHSR和SA行为之间的关系可能是由于GHSR公司主要表达于垂体和中枢神经系统的其他特定区域;例如,它高度分布于下丘脑,下丘脑是控制神经内分泌功能的重要区域(Kim等人。,2003; Valentina等人。,2018). 高GHSR公司海马体、杏仁核和腹侧被盖区也有表达,它们在情绪调节中起着重要作用(Huang et al。,2017). 由此推断,我们可以认为GHSR活动强烈影响神经元活动,这可能导致生理和行为效应。这些结果将有助于寻找与SA行为倾向相关的候选基因区域。
我们还发现了其他基因与自杀企图之间的联系,例如RGS‐10位于染色体区域10q26.11。G蛋白信号调节器(RGS)通过其对Gα亚单位的GTPase激活蛋白活性,在调节GPCR信号中起着关键作用(Lee&Tansey,2015). 由于GPCR信号下游的各种影响,RGS蛋白与许多疾病有关,从癌症到中枢神经系统疾病(Hishimoto等人。,2004; Lee&Tansey,2015; Stuart Gibbons等人。,2008). 在这个意义上,有人认为通过G蛋白的神经元信号转导功能障碍参与了精神分裂症的病理生理学,也可能是双相情感障碍(Stuart Gibbons等人。,2008). 一些学者认为RGS10型通过蛋白质水平的结构改变改变蛋白质功能,导致氨基酸替换在这些疾病的生物易感性中起作用;例如,改变GAP活动。(Lee&Tansey,2015). 然而,这必须像Rivero等人一样谨慎对待(2013)评估了精神疾病患者死后大脑中RGS4和RGS10蛋白的表达,并发现瑞士和西班牙混合人群中精神分裂症和重度抑郁症患者的RGS4膜和细胞溶质RGS10蛋白质水平未发生变化(Rivero等人。,2013). 需要对墨西哥人群进行进一步研究,以阐明RGS10的功能状态。
我们在分析中发现的与SB相关的最后一个基因是STK33号机组STK33于2001年首次被发现,并被归类为与钙/钙调素依赖性激酶家族(CAMK)相关的丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(Mujica,Hankeln,&Schmidt,2001).STK33号机组位于染色体11p15.3区;其全部功能尚未阐明;然而,也有一些建议(Brauksiepe、Baumgarten、Reuss和Schmidt,2014). 例如,Reuss、Brauksiepe、Disque‐Kaiser和Olivier,2017评估大鼠和仓鼠中枢神经系统神经元结构中STK33蛋白的表达和存在,并观察到从大细胞下丘脑到神经垂体的大STK33免疫反应性轴突投射(Reuss等人。,2017). 因此,这种功能联系表明内分泌系统的神经调节与体液调节之间存在桥梁。随后,我们的结果很重要,因为STK33可能存在于SA中;该基因在墨西哥人群SB的关联研究中值得进一步关注。就预测与SA相关的变异类型而言,它们主要是内含子,位于非翻译区或剪接区附近,只有一个是同义变异改变。因此,我们可以说,即使编码区没有变异,这些变异仍可能改变基因表达。
我们想强调的是,我们的发现有一些局限性。首先,可以认为样本量较小,因此统计能力较低,从而降低了检测候选基因小效应的可能性。之前的局限性与我们无法在人群中寻找可能参与自杀未遂发病机制的特定内表型有关。未来的研究将需要通过纳入有助于提高分析能力的协变量(例如SA行为的心理社会风险因素)、自杀未遂者特征表型的分层(如SA行为的早发)或增加样本量来解决这个问题。我们想强调的是,我们使用了DSM IV标准,而不是最近发布的最新版本(DSM‐V);因此,我们没有考虑到神经退行性疾病和物质使用,这可以被视为一种限制,因为其中一些人患有物质使用障碍。在其他墨西哥样本中也观察到了这种与药物使用同时发生的精神疾病(Marin‐Navarrete等人。,2016); 事实上,在墨西哥,患有精神疾病(精神分裂症、躁郁症等)的人经常饮酒或服用其他药物(Fresan等人。,2015; Gonzalez‐Castro等人。,2016). 然后,我们建议在解释研究结果时考虑这一因素。另一个限制是,我们没有评估罕见变异或拷贝数变异对我们人群的影响。然而,我们的研究提出了一些候选基因,可以在未来的研究中用作工具来识别SA严重风险患者。最后,我们没有分析可能与遗传因素相互作用并增加SB风险的环境因素(例如父母死亡)。
总之,我们在基因水平上的结果表明SCARA5公司,GHSR公司,RGS10型、和STK33号机组在我们的墨西哥精神病样本中,这些候选基因可能作为自杀未遂的风险生物标志物参与研究。由于上述限制,我们的调查结果应被视为初步调查结果。尽管如此,我们认为,这项研究可能会导致在更大范围的分析中,建立一个有效的遗传影响假设,以发展墨西哥精神障碍患者的自杀企图。
作者贡献
概念化:Alma Delia Genis‐Mendoza和Humberto Nicolini。数据管理:Emmanuel Sarmiento。资金收购:Humberto Nicolini。调查:塞尔玛·比阿特丽斯·冈萨雷斯-卡斯特罗。方法论,JoséJaime Martínez‐Magaña。项目管理:Humberto Nicolini。资源:Isela Esther Juárez‐Rojop。软件:JoséJaime Martínez‐Magaña。监督:Isela Esther Juárez‐Rojop。验证:塞尔玛·比阿特丽斯·冈萨雷斯-卡斯特罗、阿尔玛·迪莉亚·杰尼斯-门多萨和亨贝托·尼科里尼。可视化,Emmanuel Sarmiento。写作——原稿:卡洛斯·阿方索·托维利亚·萨拉特。写作-评论和编辑:塞尔玛·比阿特丽斯·冈萨雷斯-卡斯特罗(Thelma Beatriz González‐Castro)。
笔记
González‐Castro TB、Martínez‐Magaña JJ、Tovilla‐Zárate CA等人。墨西哥精神病患者自杀未遂的基因水平全基因组关联分析.分子遗传学医学. 2019;7:e98310.1002/mgg3.983[PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者]
资金筹措信息
这项工作得到了Grant 23/2015/I下的“国家医学研究所”和Gonzalo Rio Arronte基金会(编号:S.591)的支持。
参与者信息
Alma Delia Genis‐门多萨,电子邮件:xm.bog.negemni@sinegda公司.
汉贝托·尼科里尼,电子邮件:xm.沼泽地negemni@inilocinh.
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