Npl4蛋白在进化中保守的。序列同源性酿酒酵母Npl4p蛋白（ScNpl4p）（登录号{“类型”：“entrez-protein”，“属性”：{“文本”：“CAA85131”，“term_id”：“536514”，“term_text”：“CAA85131”}}CAA85131号),秒。蓬贝预测蛋白SPBC1711.10c（SpNpl4）（登录号{“类型”：“entrez-protein”，“属性”：{“文本”：“CAB88240”，“term_id”：“347834321”，“term_text”：“CAB88240“}}CAB88240型),秀丽线虫蛋白质F59E12.4（CeNpl4[1]）（加入编号{“类型”：“entrez-protein”，“属性”：{“文本”：“AAB54254”，“term_id”：“2088838”，“term_text”：“3AB54255”}}AAB54254型)和F59E12.5（CeNpl4[2]）（加入数{“类型”：“entrez-protein”，“属性”：{“文本”：“AAB54255”，“term_id”：“2088839”，“term_text”：“AAB54255”}}AAB54255型),D.黑腹果蝇预测蛋白质CG4673（DmNpl4）（加入编号{“类型”：“entrez-protein”，“属性”：{“文本”：“AAF56480”，“term_id”：“61679395”，“term_text”：“AAF56480”}}AAF56480型),R。褐家鼠（大鼠）Npl4(迈耶等。2000年)、和预测智人（人类）蛋白FLJ20657（HsNpl4）（登录号NP 060391）以示意图的形式描述。这个D.黑腹果蝇Npl4蛋白含有大量氨基酸此对齐中省略了插入。十个绝对保守N端的半胱氨酸和组氨酸残基可能构成新型锌2+-手指区域。更高的C端扩展真核生物Npl4同源物编码预测的Nup153样锌指RanGDP-绑定域。受突变影响的残基位置在中酿酒酵母npl4-1和npl4-2号机组指出了突变体。这个npl4-1号机组等位基因替代物323位保守甘氨酸的丝氨酸，以及npl4-2号机组突变导致截短缺乏C末端12个氨基酸的蛋白质。
