核酸研究。2005年1月1日；33（数据库问题）：D54–D58。
Entrez Gene：NCBI以基因为中心的信息
美国马里兰州贝塞斯达中心大道45号5AS.13B室，国立卫生研究院国家医学图书馆，国家生物技术信息中心，邮编：20892-6510
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2004年9月15日收到；接受日期：2004年9月22日。
摘要
Entrez基因(www.ncbi.nlm.nih.gov/enterz/query.fcgi？db=基因)是NCBI的基因特定信息数据库。它不包括所有已知或预测的基因；相反，Entrez Gene关注的是已经完全测序的基因组，这些基因组有活跃的研究社区来提供基因特定信息，或者计划进行密集的序列分析。Entrez Gene的内容表示来自NCBI参考序列项目（RefSeq）、合作模型生物数据库以及NCBI可用的许多其他数据库的数据的管理和自动集成结果。记录被指定为唯一、稳定和跟踪的整数作为标识符。内容（命名法、地图位置、基因产物及其属性、标记、表型、引文链接、序列、变异细节、地图、表达、同源物、蛋白质域和外部数据库）随着新信息的出现而更新。Entrez Gene是NCBI的LocusLink向前迈出的一步，它不仅大大增加了分类范围，而且通过与NCBI Entrez相关的许多工具改进了访问。
简介
Entrez Gene是美国国家生物技术信息中心（NCBI）的基因特定数据库，该中心是美国国家医学图书馆（NLM）的一个分部，位于美国马里兰州贝塞斯达的美国国立卫生研究院（NIH）校园内。Entrez Gene为模型生物子集的基因和其他位点提供唯一的整数标识符。它跟踪这些标识符，并与Entrez系统集成，用于交互式查询、LinkOut和E-utilities访问(1). 维护的信息包括命名法、染色体定位、基因产物及其属性（例如蛋白质相互作用）、相关标记、表型、相互作用，以及引用、序列、变异细节、地图、表达报告、同源物、蛋白质域内容和外部数据库的丰富链接。
Entrez Gene中的数据来自于管理和自动分析的混合。NCBI参考序列项目中的序列注释(2)或国际核苷酸序列数据库合作组织（DDBJ、EMBL、GenBank）(三)与来自合作模型生物数据库、文献综述（尤其是功能或基因RIF的基因参考）的信息集成(1)和公共用户，由RefSeq员工根据需要进行管理。
Entrez Gene是NCBI中基因特定信息表示的组成部分。通过建立“基因到序列”关系传递的信息被其他NCBI资源使用(1)例如BLAST、Geo、HomoloGene、Map Viewer、UniGene、UniSTS和NCBI的基因组注释管道。例如，与GeneID关联的名称在HomoloGene、Map Viewer、UniGene和哺乳动物基因集合中使用(4). NCBI工作人员与外部命名机构合作，调查并解决了基因及其序列表示的不一致性。
Entrez Gene的内容、显示和批量报告仍在开发中。用户可能有兴趣订阅vog.hin.mln.ibcn@ecnuonna-eneg以接收有关修改的信息。
数据库的功能
Entrez Gene的主要目标是为基因提供跟踪的唯一标识符，并报告与这些标识符相关的信息，以供不受限制的公共使用。指定的标识符（GeneID）是一个整数，并且是特定于物种的。换言之，人类营养不良蛋白的整数与其他物种的不同。对于在LocusLink中表示的基因组，GeneID与LocusID相同。GeneID在RefSeq记录中报告为“db_xref”（例如，/db_xref=“GeneID:856646”，采用GenBank格式）。
Entrez Gene提供多个报告。对于交互式用户，默认值是Entrez查询产生的HTML摘要显示（图)或通过单击摘要页面中的符号获得特定于基因的报告（图). 基因表显示选项可用于获得RefSeq基因组序列上注释的基因内含子/外显子组织的报告，并快速导航到任何这些基因特征的序列。除了来自Entrez的多个视图外，Gene还提供了ASN.1格式的完整数据库提取，以及用于ftp传输的几个制表符分隔的报告(ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene公司/). 数据也可从Entrez的编程接口获得，即电子实用程序(1).
查询结果的摘要视图。该查询是胶原蛋白ix“阿尔法2”. 这个短语阿尔法2以双引号提交，以限制alpha后跟2的查询。请注意，方框“仅当前记录”(一)自动选中；要检索过期记录，必须取消选中此框。默认的摘要显示选项允许通过链接菜单（展开显示，B类). 摘要包括物种起源、首选和替代（其他别名）符号、首选和其他（其他名称）描述性名称、染色体定位、GeneID。单击复选框左侧的任何符号(C类)链接到完整报告（图). 顶部的黑色导航栏和左侧的蓝色侧栏提供了到其他站点的一般链接，包括基因组特定资源指南（基因组生物学）、FTP站点、提交反馈（反馈）的表单，以及订阅邮件列表以了解更改的表单（订阅）。
部分报告页。标准的特定基因报告页面以首选符号（名称）和基因、物种和ID的描述开头。适当时，它使用与GenBank记录的特征注释一致的标签“基因座标签”提供指向关键外部资源的链接。如果该基因已注释在RefSeq基因组序列（NT_004511）上，则会提供一个图形，显示该基因及其相邻基因的位置。分配给mRNA和蛋白质的材料分别显示在左侧和右侧（本例中为NM_001852，NP_001843）。单击这些添加中的任何一个，将打开一个选项菜单以获取序列。蛋白质添加的菜单(一)显示您可以以FASTA、GenBank或图形格式链接到序列，或使用BLink(1)显示有关相关蛋白质或保守结构域的信息。完整记录右上角的链接菜单（在中展开B类)指示哪些资源具有与该基因特定相关的信息。其中一些链接与摘要显示中看到的链接相同（图)，但通常有其他无法直接从Entrez访问的信息链接。
数据库的范围
何时分配GeneID？
标识符总是分配给RefSeq记录上注释为基因的内容。当基因组的权威来源为基因、映射基因座或性状分配标识符时，也可以创建记录，即使该实体尚未由明确的序列定义。虽然这意味着Entrez基因并不局限于生物学上被认为是基因的东西，但随着性状或其他位点的分子基础的定义，预期这些记录中的一些将变得更加“类似基因”。每个基因记录都从Entrez-Gene的ASN.1规范中的枚举列表中分配一个类型。（有关更多信息，请参阅基因帮助文档。）此类型在Entrez中作为命名属性进行索引（例如基因型蛋白质编码），可以在不更改GeneID的情况下进行更改。
一些当前统计数据
截至2004年9月，Entrez Gene中有2400多个分类群，目前共有约958000个记录。并不是所有的分类群都在Entrez基因中得到了完整的表达；例如，大多数真核生物（总计约600种）只有线粒体基因组的基因记录。所代表的分类群中有一半以上是病毒（～1350）。下一个具有全面基因注释的基因组的是真细菌和古生菌（分别为～200和20）。大约95%的记录是关于蛋白质编码基因的。
记录内容
表总结了可通过Entrez gene检索的基因特定信息、数据显示方式以及这些数据处理方式的一些方面。例如，GeneRIF主要由公众和国家医学图书馆索引部提供，它提供了一份关于当前文献中基因功能、发现和映射的注释书目，并在默认报告中显示。关于同源群簇（COG）的信息(5)可通过链接菜单访问。这种文本和连接的组合旨在提供足够的描述、关键字和链接，使Entrez Gene成为检索感兴趣信息的有效起点。
表1。
Entrez基因中的信息类别
| 子类别 | 展示一 | 评论 |
|---|
| 术语 | | |
| 基因符号和完整描述 | 报告，表 | 资料来源：外部机构、GenBank、出版物。”如果上述官方认可的命名法均无优先权，则分配LOC’+GeneID命名 |
| 蛋白质名称 | 报告，表 | 通常与基因名相同，但可以编辑以使直系人名统一 |
| 基因结构和序列 | | |
| 基因结构 | 报告，表 | 基于参考序列的注释 |
| 参考序列 | 报表、表、链接 | 加入情况显示在报告页面中；序列是从核苷酸或蛋白质中检索的 |
| 相关序列 | 报告，链接 | 基于cDNA或蛋白质比较，最佳基因组放置和管理。访问权限显示在报告页面中；序列从核苷酸或蛋白质中检索 |
| 基因组位置 | | |
| 按顺序 | 报告，链接 | 基因组注释 |
| 通过独立地图 | 链接 | 细胞遗传学位置的共享标记或报告 |
| 引文 | | |
| 未添加注释 | 链接 | 来源：外部主管部门，RefSeq管理 |
| 带批注的 | 报告，链接 | 来源：外部数据库、GenerRIF |
| 功能注释 | | |
| 域内容 | 报告，链接 | 保留域数据库（CDD） |
| GO术语 | 报告 | GO财团 |
| 途径和互动 | 报告，链接 | KEGG，艾滋病毒相互作用数据库 |
| 疾病和其他表型 | 报告，链接 | 外部机构，如OMIM、RefSeq管理 |
| 同源性 | | |
| 按基因 | 链接 | 同源基因 |
| 按蛋白质 | 链接 | COG公司 |
| 保留的分段 | 链接 | 图谱浏览器 |
| 表达式 | | |
| 无害环境技术 | 链接 | 非重复序列 |
| 外部资源 | 链接 | 外部资源被命名并用于锚定链接。表达式数据在该源中可用 |
| 阵列 | 链接 | 地理位置 |
| 相关信息 | | |
| 由Gene员工整合 | 链接 | 可以显示在报告上，也可以显示在“链接”菜单中 |
| 外部来源 | 链接 | “链接”菜单中的“链接输出”选项 |
获得ENTREZ基因
可在NCBI以多种方式访问Entrez Gene中的信息（表). 最直接的方法是从NCBI主页向Entrez提交查询并在Gene中显示结果，或者在任何Entrez查询栏中输入查询并将数据库搜索限制为Gene。另一种方法是利用Entrez系统计算的链接。例如，您可能会找到感兴趣的PubMed记录，并从PubMed's Links菜单中发现Gene中有一条记录连接到出版物。
NCBI中的许多数据库利用Gene维护的GeneID<->序列关系，将感兴趣的序列连接到Entrez Gene记录。例如，BLAST查询匹配与Entrez基因记录相关联的蛋白质或mRNA输入，由蓝色G图标标识。Map Viewer提供了从注释基因到Entrez基因的链接。RefSeq记录将GeneID作为db_xref包含在基因特征中。因此，您不仅可以通过文本查询，还可以通过基因组位置（Map Viewer）、RefSeq注释和相关序列（BLAST、Entrez核苷酸、Entrez-Protein）获得基因特定信息。
ENTREZ基因的外部数据库链接
Entrez Gene可以作为NCBI以外数据库的特定基因信息的目录。外部数据库可以向LinkOut服务注册(1)并提交有关其数据库应如何连接到任何基因记录的信息。Entrez Gene的任何用户使用LinkOuts检索记录后，都可以根据数据提供者的规范连接到注册的数据库。
反馈
我们欢迎您就Entrez Gene界面或其中包含的任何数据提供反馈。您可以使用基因页面上的任何反馈选项（图).
参考文献
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