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Am J Respir Crit Care Med.美国急救医学杂志。2011年11月；184(10): 1164–1170.
2011年8月11日在线发布。 数字对象标识：10.1164/rccm.201103-0548（OC）
预防性维修识别码：项目经理4826668
PMID：21836138

支气管肺发育不良易感基因SPOCK2的鉴定

艾丽斯·哈德库尔,1,* Xavier Durrmeyer公司,2 艾曼纽尔·布泽贡,三 罗伯托·因西蒂,4 约翰娜·胡斯科,5 皮尔雷·亨里·贾罗,6,7 理查德·伦克伦,8 弗洛伦斯·德梅奈斯,三 玛丽·劳雷·弗兰科·蒙托亚,4,6 伊内斯·拉尤尼,2 朱莉安娜·帕特凯,7 雅克·波旁,4,6 米科·霍尔曼,5 克劳德·达南,6,2,9和克里斯托夫·德拉科特1
作者信息 版权和许可信息 PMC免责声明

关联数据

补充资料

摘要

理论基础

支气管肺发育不良是早产儿最常见的慢性呼吸道疾病。遗传因素可能与支气管肺发育不良易感性有关。

目标

通过全基因组关联研究确定与支气管肺发育不良相关的遗传变异。

方法

我们前瞻性评估了418例早产儿（胎龄低于28周），其中22%发生支气管肺发育不良。使用DNA池策略，在白人和非洲血统的新生儿中创建了两个发现系列。在一个独立的复制人群中证实了与该疾病相关的多态性。然后通过精细定位探索基因，并在213名芬兰外来新生儿中复制关联。研究了空气或高氧暴露后大鼠肺中经验证的基因表达模式。

测量和主要结果

聚光灯2这两个发现系列都鉴定了该基因。最显著的多态性（rs1245560，第页=1.66×10−7)通过个体基因分型得到证实，并且在复制群体中(第页=0.002). 精细定位证实了在白人和非洲人群中rs1245560与支气管肺发育不良的相关性，校正后的比值比分别为2.96（95%CI[1.37–6.40]）和4.87[1.88–12.63]。在白人新生儿中，rs1049269也与疾病相关（OR=3.21[1.51-6.82]）。这些关联在芬兰人群中重复出现。在新生大鼠肺部，聚光灯2在肺泡发育期，mRNA水平显著升高。大鼠暴露于高氧环境后，聚光灯2与暴露在空气中的对照组相比，表达增加。

结论

我们确定聚光灯2作为支气管肺发育不良新的候选易感基因。其肺部表达模式表明其在肺泡分化中具有潜在作用。

关键词：非洲大陆祖先组，动物，基因型，人类，婴儿，新生儿，婴儿，早产儿，肺，男性，多态性，单核苷酸，蛋白聚糖，大鼠，动物，新生儿，支气管肺脏发育不良，欧洲大陆祖先组

简介

支气管肺发育不良（BPD）是早产儿最常见的慢性呼吸道疾病，其治疗对卫生服务提出了主要要求，定义为经后36周（PMA）时需要补充氧气(1). 尽管在极低出生体重儿（VLBW）的产科和新生儿护理方面取得了显著进展，但仍有20%至40%的幸存者出现BPD(2). BPD似乎是由多种因素造成的，这些因素可能会损伤未成熟的肺并中断正常的肺泡和远端血管发育(三). 除了公认的环境因素的有害影响外，VLBW双胞胎一致性研究最近也表明遗传因素的作用(4–6). 在控制协变量后，遗传因素占BPD方差的53%至82%。一些遗传关联研究试图确定候选的BPD易感基因(7–11). 全基因组关联研究（GWAS）有可能确定复杂性状和疾病背后的遗传因素。基于DNA池的策略最近被用于筛选主要的遗传关联(12)提供与病例和对照个体基因分型相同的效率和力量(13,14). 该策略已成功用于初步确定单核苷酸多态性（SNP）的优先级，以通过多种复杂疾病的个体基因分型进行验证(15–18). 此外，DNA池研究可以准确估计等位基因频率，即使在只有大约50个个体的池中也是如此(19). 在研究影响早产儿的BPD等疾病时，这一点尤其重要。为了确定影响BPD易感性的遗传变异，我们对一个多中心人群进行了GWAS，结合基于集合的全基因组病例对照分析、基因精细定位和动物实验。

方法

详细方法见在线补遗.

研究设计和人群

该研究得到了当地道德委员会（CPPÎle-de-France IX）的批准。获得父母的书面知情同意。我们前瞻性地纳入了2002年至2009年间来自法国三个新生儿重症监护病房的418名胎龄低于28周的新生儿(图E1). BPD的定义基于沃尔什验证的生理测试(20). 我们的种群被分为两个发现系列和一个独立的复制系列。我们在两个发现系列中基于DNA池策略进行了GWAS。在这两个群体中，通过个体基因分型验证了与BPD相关的SNPs。然后在两个不同的复制人群中对验证的SNP进行基因分型：内部复制人群和外部人群，由213名怀孕30周前出生的芬兰新生儿组成，包括1997年至2010年间来自芬兰奥鲁大学医院新生儿重症监护室的新生儿。还对新生大鼠的选定基因进行了研究，重点关注健康对照组和暴露于高氧的动物的肺发育基因表达模式以及远端肺发育过程中基因表达的变化。

DNA混合池

第一个发现系列包括22例白人病例和76例白人对照，第二个发现系列是21例非洲黑人病例和86例非洲黑人对照。每个序列中病例组和对照组的混合DNA样本一式四份。使用Infinium II Illumina HumanHap300基因分型芯片阵列对高加索人群（318237个SNP）进行基因分型，并使用Illumian HumanHap650Y阵列对非洲人群（660918个SNPs）进行基因分析。每个微阵列的原始和转换数据集可在http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi（加入号码GSE22284标准).

我们使用两种方法选择SNP进行进一步的个体基因分型。首先，根据病例和对照之间的等位基因频率差异对SNP进行排序，并选择排名靠前的1%。第二种方法基于综合Z评分分析(15)和关联信号达到阈值第页≤7.2×10−8在非洲(21)和较不严格的阈值第页≤5×10−7白种人(22)，因为该人群的基因分型具有较少的SNP，所以被保留。我们认为，在30kb范围内至少两个显著SNP的鉴定反映了一个位点(23). 最后，我们在两个序列中选择了两种统计方法确定的复制位点。

精细映射聚光灯2区域

利用HapMap数据，我们鉴定了70个SNP，其最小次要等位基因频率（MAF）为0.05，位于聚光灯2基因。我们鉴定了29个标记SNP，它们可以用r2=1使用Haploview4.1中实现的成对方法。我们的病例对照样本的基因分型是使用Integraggen和Golden Gate Illumina技术进行的。对照组中显示偏离Hardy-Weinberg平衡的SNP(第页≤0.05）或基因分型成功率低于90%的个体DNA样本均被排除在分析之外，所有SNP的基因分型失败率均低于70%。22个SNP通过了质量控制，3个DNA样本被排除在外。

动物实验

收集对照组和暴露于高氧环境的大鼠肺组织，进行RNA提取、细胞分离和冷冻组织切片。通过qPCR测定mRNA表达谱，并通过免疫荧光研究SPOCK2蛋白的位置。

统计分析

个体基因分型

为了评估复制过程所需的病例数和对照数，进行了功率计算，结果表明，样本量至少为120个对照组和30个病例，允许检测病例和对照组之间的平均等位基因频率差异至少为10%，I型风险误差为5%，功率为80%。我们的内部复制组由49例病例和163名对照组组成（30名和112名欧洲人，15名和32名非洲人，4名和19名婴儿，父母一方为白人，另一方为非洲黑人）。我们对来自白人和非洲血统的新生儿进行了单独的分析，以避免人口分层问题。通过logistic回归估计SNP和BPD之间关联的比值比（OR）和95%置信区间（CI）。单因素分析中支气管肺发育不良相关临床因素的调整(第页≤0.05）。在次要等位基因的加性和显性遗传模型下测试单个SNP对疾病的影响。在精细制图过程中，为了校正测试多个SNP（n=22）的效果，我们使用Li和Ji的方法估计了独立SNP的有效数量（Meff）(24)，基于成对LD度量r2SNP之间。然后使用Meff估计值进行Bonferroni修正，得出第页-白人和非洲受试者的阈值分别为0.0056和0.0036。进行额外分析以评估聚光灯2使用相同的统计模型，多态性也与轻度疾病相关，轻度疾病定义为28天需要供氧，36周需要室内空气呼吸。在芬兰人群中，也使用了相同的统计模型。所有统计分析均使用Stata10进行。

动物研究

使用Kruskal-Wallis非参数检验评估治疗组之间的差异，并使用Mann-Whitney U检验评估两组比较；第页≤0.05表示有统计学意义。

结果

研究人群

418名法国新生儿的平均胎龄和出生体重分别为26.4±0.1周（范围23.6–27.9）和845±9克（范围460–1410）。91名婴儿（22%）被诊断患有BPD（白人22%，非洲23%）。在整个样本中，以下五个临床因素与BPD显著相关：出生体重（OR[95%CI]=0.996[0.995–0.998]/克出生体重，第页<0.001），男性（1.60[0.99–2.56]，第页=0.05），需要第二剂量的表面活性剂（2.60（1.59–4.22），第页<0.001），接受手术治疗的永存动脉导管（6.62[3.19–13.74]，第页<0.001）和产后败血症（2.40[1.49–3.98]，第页<0.001). 因此，这些因素被用作遗传分析中的调整协变量。在芬兰人群中，平均胎龄为27.8±0.1周（范围23-29.9），平均出生体重为1017±20克（范围370-1755）。55名婴儿（26%）被诊断患有BPD。该人群中可用的调整协变量为出生体重、性别和新生儿呼吸窘迫综合征（RDS）的发生率。

DNA混合池

等位基因频率差分法在高加索和非洲系列库中分别选择了388个基因的583个SNP和933个基因的1458个SNP。在这两个群体中，共鉴定出105个基因。在这两个群体中检测到属于四个基因的相同SNP(IRF2，配件，SPOCK2和LRRC4C型)在这两个群体中选择了25个SNPs间隔小于30kb的基因(表E1).

使用组合Z评分分析，我们在高加索和非洲系列库中分别选择了45个基因中的51个SNPs和108个基因中的134个SNPs。在这些基因中，在这两个群体中检测到三个基因（SPOCK2、AGBL1和IL1RAPL1）。聚光灯2在两个群体中，单个基因是否显示出与SNPs相距小于30kb的关联信号(表E2).

聚光灯2（Entrez Gene ID:9806）是使用这两种选择方法在这两个种群中确定的唯一基因。每个对照池的MAF与相应的HapMap数据的比较表明，属于聚光灯2通过池分析确定的区域(表E3). 由于rs1245560是高加索人和非洲对照组中唯一显示类似MAF的SNP（分别为0.463和0.497），因此在两个发现系列和一个独立的复制集（包括来自高加索和/或非洲血统的新生儿）中，通过个体基因分型选择该基因变体进行验证。

发现系列和独立复制样本中rs1245560的个体基因分型

用于汇集研究的DNA样本中rs1245560的个体基因分型证实了通过汇集分析获得的结果。C等位基因与两种白种人患BPD的风险显著相关(第页=0.003）和非洲(第页=0.01）系列。白人和非洲对照组的C等位基因频率分别为0.479和0.512，而白人和非洲BPD新生儿的C等位数频率分别为0.75和0.737。在高加索和非洲序列中，CC基因型分别为3.88[1.39–10.94（p=0.01）和5.22[1.82–15.00]（p=0.002），ORs的风险基因型效应也很显著。在由49例病例和163例对照组成的复制样本中，rs1245560的等位基因C也与BPD风险增加显著相关（调整后的OR=3.57[1.19–10.76]，p=0.02），CC基因型也是如此（调整后OR=3.75[1.61–8.76]，p=0.002）。

SPOCK2区域的精细映射

在整个白人样本中分别进行精细绘图（51例和185例对照）(图1)在整个非洲样本中（36例和118例对照）(图E2). 在单变量分析中，一个SNP（rs1245560）在两个患有BPD的人群中与BPD显著相关第页白种人样本和非洲样本中BPD风险与CC基因型之间的关联值分别为0.004和0.0007(表1并查看表E4详细的基因型计数和频率）。经过多次测试修正后，这些相关性在统计学上仍然显著。在校正围产期因素后，携带CC基因型仍是BPD的重要危险因素，高加索受试者的OR[95%CI]分别为2.96[1.37–6.40]，非洲受试者为4.87[1.88–12.63](表1). 经过多次测试修正后，这些相关性在统计学上仍具有显著性。由于rs1245560的等位基因频率在两个种族的对照组之间没有差异（白人新生儿为0.489，非洲新生儿为0.479），因此对整个人群（91例和322例对照组）进行了逻辑回归分析。总体OR值为3.71（CI=[2.07–6.64]；第页=10−5)携带CC基因型的受试者有患BPD的风险。在白种人血统的受试者中，四种补充SNP与BPD显著相关（rs1245509、rs1245576、rs1049269和rs1245558，第页范围从0.001到0.05的值）。如所示图1，所有显著的SNPs均处于强连锁不平衡状态。经多次比较校正后，单个相关信号仍显著（rs1049269:OR=3.21[1.51–6.82]，经围产期因素校正后）(表1并查看表E4详细的基因型计数和频率）。在非洲受试者中，一个SNP也与该疾病相关，但经多次比较校正后，这种相关性并不显著。

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精细比例尺映射聚光灯2白人血统新生儿的基因座

白种人（51例和185例对照）中tag-SNP的个体基因分型证实了DNA池研究的结果。统计分析发现5个SNP与BPD显著相关（B）。经过多次测试校正和主要临床风险因素（A，白点）调整后，只有rs1245560和rs1049269仍然显著。使用Haploview 4.1版构建LD图。红色方块表示强连锁不平衡区域（D′给定）。

表1

协会聚光灯2白种人（51例和185例对照）和非洲人群（36例和118例对照组）中BPD基因座。

高加索人
风险等位效应风险基因型效应
SNP公司风险通道案例中的AFAF输入控件OR[95%置信区间]第页价值调整后的OR†[95%置信区间]第页价值风险基因型基因型计数（%）‡在案例/控制中OR[95%置信区间]第页价值调整后的OR†[95%置信区间]P（P）价值
1049269卢比G公司0.70.5411.76 [1.11–2.79]0.0151.79 [1.08–2.99]0.025对29 (58) / 56 (31)2.96 [1.55–5.68]0.0013.21 [1.51–6.82]0.003
1245560卢比C类0.640.4891.75 [1.11–2.78]0.0171.85 [1.10–3.11]0.020科科斯群岛23 (46) / 43 (23)2.62 [1.35–5.09]0.0042.96 [1.37–6.40]0.005
非洲人口
风险等位效应风险基因型效应
1245560卢比C类0.6760.4792.23 [1.26–3.94]0.0062.43 [1.28–4.62]0.007科科斯群岛18 (53) / 26 (22)4.01 [1.79–8.97]0.00074.87 [1.88–12.63]0.001

缩写：AF，等位基因频率；OR，比值比；CI，置信区间；BPD，支气管肺发育不良

该表显示，在调整临床协变量前后，白种人和非洲人的SNP与BPD显著相关。每个SNP在加性模型（风险等位基因效应）和显性模型（风险基因型效应）下进行测试。

†用logistic回归模型计算调整后的ORs，包括BPD的临床显著风险因素，即出生体重、性别、持续动脉导管、产后败血症和第二剂量表面活性剂的需要。
‡对于rs1049269，2份白种人样本（1份病例和1份对照）和5份非洲样本（1件病例和4份对照）的基因分型失败。对于rs1245560，3份白种人样本（1份病例和2份对照）和3份非洲样本（2份病例和1份对照）的基因分型失败。

关于轻度疾病，50%的受试儿童患有轻度BPD。未发现与rs1245560的CC基因型有显著关联(第页=0.63），对于轻度BPD。在无BPD、轻度BPD和中重度BPD的婴儿中，C等位基因频率分别为47.9%、49.2%和65.9%，导致第页轻度BPD的值为0.75与无BPD，中度至重度BPD为0.0003与风险等位基因效应无BPD。这些结果强化了rs1245560仅与中度至重度BPD相关的发现。

芬兰人群rs1245560和rs1049269的基因分型

在芬兰复制人群中，rs1245560 CC和rs1049269 GG基因型与BPD风险增加显著相关(表2). 在对可用协变量进行调整后，结果仍然显著，rs1245560的OR=2.38[1.15–4.98]，rs1049269的OR=2.10[1.03–4.28](表2). 详细的基因型计数和频率见表E4.

表2

芬兰人群中rs1245560和rs1049269的个体基因分型（55例和158例对照）

风险等位效应风险基因型效应
SNP公司风险通道案例中的AFAF输入控件OR[95%置信区间]第页价值调整后的OR†[95%置信区间]第页价值风险基因型病例/对照组的基因型计数（%）OR[95%置信区间]第页价值调整后的OR†[95%置信区间]第页价值
1049269卢比G公司0.5640.4941.77 [0.73–4.30]0.21.84 [0.77–4.68]0.2对20 (36) / 35 (22)2.01 [1.03–3.91]0.0402.10 [1.03–4.28]0.040
1245560卢比C类0.5460.4711.87 [0.76–4.59]0.171.99 [0.78–5.09]0.15科科斯群岛19 (35) / 30 (19)‡2.30 [1.16–4.56]0.0172.38 [1.15–4.98]0.019

缩写：AF，等位基因频率；OR，比值比；CI，置信区间。

每个SNP在加性模型（风险等位基因效应）和显性模型（风险基因型效应）下进行测试。

†根据出生体重、性别和新生儿呼吸窘迫综合征调整OR。
‡对于rs1245560，一个病例和一个对照的基因分型失败

斯波克2大鼠肺组织中的表达

mRNA表达研究表明斯波克2在发育中的肺中表达。聚光灯2出生后，整个肺组织中的mRNA逐渐增加，在出生后第18天达到约10倍的水平，直到出生后第28天保持较高水平，成年后恢复到新生儿水平(图2A).聚光灯2在成纤维细胞和气道上皮细胞（AECs）中均表达。在分离的成纤维细胞中，mRNA水平在出生后第7天之前一直较低，然后从第14天到第21天急剧增加，与在整个肺中观察到的模式类似(图2A和2C). 无重大变化聚光灯2AEC中有表达(图2D). SPOCK2蛋白在整个细胞外基质（ECM）中强烈表达(图3). 当幼鼠暴露于高氧环境5天（P5至P10）时，聚光灯2与未经治疗的对照组相比，基因表达增加了约60%(图2B).

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聚光灯2mRNA表达模式

发展聚光灯2大鼠全肺组织（A）、肺成纤维细胞（C）和AECs（D）的mRNA表达模式。通过实时聚合酶链反应（real-time PCR）对每个阶段三到六个个体肺样本从胎儿期到成年期的表达进行量化。整个肺组织中的出生水平和分离细胞中的第一天水平被任意指定为100。数值为平均值±SEM*第页与参考水平相比<0.05。B.肺部变化斯波克2新生大鼠高氧暴露后第5天至第10天的mRNA表达。数值为平均值±SEM，结果以控制值的百分比表示*第页<0.05.

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出生后第14天大鼠肺组织中SPOCK2免疫荧光研究

SPOCK2（绿色标记）和SP-B（红色标记，A）或IV型胶原（红色标记，B）的免疫共定位显示，SPOCK2存在于整个ECM中，包括基底膜，如在某些区域叠加2个荧光信号所示（B，白色箭头）。用小鼠和兔多克隆IgG孵育阴性对照肺，显示荧光局限于细胞核（C）（原始放大倍数x126）。

讨论

最近的研究强调了遗传因素对BPD易感性的贡献(4–6). 我们在两个不同的种族群体中进行了基于DNA汇集的GWAS。斯波克2是所有分析中唯一出现的BPD相关基因。精细比例映射聚光灯2该地区验证了其与BPD的关联。这些结果在一个独立的外部人群中重复了两个属于聚光灯2基因型效应的方向和数量级与发现小组相同。此外，聚光灯2正常大鼠肺泡化过程中表达增加。GWAS已经确定了特定基因座和复杂人类疾病之间的大量可靠关联。然而，关于BPD的遗传易感性，新生儿重症监护病房的临床实践差异可能会妨碍分析，必须严格控制环境压力源，以检测这种情况下的遗传关联。在我们的高危研究人群中，中度至重度BPD的发生率相对较低（22%），这表明我们可以很好地控制这些外部因素。此外，在我们的研究人群中系统地收集了BPD的所有潜在危险因素，从而进行了准确的多元分析。我们发现出生体重、男性、持续动脉导管和产后败血症是我们人群中BPD的独立危险因素。这些因素与最近在一项包括3629名受试者的流行病学研究中确定的因素完全一致(25)支持我们人口的良好代表性。选择36周PMA时的补充氧气需求作为分析的主要结果，并通过相同的标准化试验确定(20)在所有参与中心。事实上，遗传和环境影响的相对贡献取决于BPD的严重程度(5). 先前研究表明，基于28天需氧量的BPD变化完全归因于环境影响，而36周时对补充氧气的依赖似乎更好地反映了潜在的遗传易感性(5). 与这些先前的发现一致，本研究中确定的遗传因素与中度或重度BPD相关，但与轻度BPD无关。用于外部验证的芬兰人群包括早产儿较少（胎龄低于30周）。然而，BPD表型也由标准化氧还原试验确定，BPD发生率（26%）与我们的人群非常相似。虽然并没有系统收集所有混杂因素，但我们能够调整该人群的出生体重、胎龄和RDS结果。

SPOCK2（SPARC/骨连接蛋白、CWCV和Kazal-like domains蛋白聚糖2），也称为Testican-2，是细胞外软骨素/硫酸乙酰肝素蛋白聚糖睾丸组的成员。聚光灯2最初是从人类cDNA库中克隆的(26). 其作用主要在中枢神经系统中被探讨(26,27). 在老鼠身上已经显示出聚光灯2在肺部表达(26). 在人类中，现有数据涉及EST数据库的分析，该数据库检测大脑、卵巢、睾丸、视网膜、肺、前列腺和肾脏中的人类SPOCK2 EST(26). 最近的研究表明，人前列腺癌、乳腺癌和结肠癌细胞系中SPOCK2区域的超甲基化(28,29).

我们注意到聚光灯2在发育中的大鼠肺中表达，mRNA水平随肺发育阶段而变化。大鼠的肺泡化发生在第4天至第21天之间。我们发现了斯波克2在大鼠肺发育的小管期和囊状期表达较低，并在接近肺泡分化开始时开始显著增加。最高表达出现在第18天，即肺泡化终止时，并一直升高到第28天，然后在成年时降至新生儿水平。这种表达模式可能与SPOCK2参与间隔的进展和/或终止，而不是触发间隔一致。免疫荧光实验证实了SPOCK_2在肺发育过程中的表达，并发现该蛋白在整个ECM中表达。成纤维细胞和AECs可能有助于聚光灯2在肺部发育过程中。我们还发现聚光灯2高氧诱导新生大鼠肺泡发育障碍大鼠幼鼠mRNA表达增加(30). 根据上文讨论的SPOCK2在肺泡极化过程中的假设作用，高氧诱导的SPOCK1增加可能被解释为一种有害影响，导致间隔提前终止，也可能是一种有益的反应，试图抵消环境损伤对肺发育的影响。需要进一步研究以确定SPOCK2在肺部发育中的作用。

已知SPOCK2与基质金属蛋白酶（MMP）14相互作用(31)其在肺部发育中的关键作用已被证实(32,33). SPOCK2也与MMP16相互作用，我们最近对这种蛋白酶在BPD中的作用提出了争议(7). 特别是，我们发现一种表达模式与这里观察到的非常相似聚光灯2(7).

精细标度作图确定了几个与BPD相关的SNP，并且与rs1245560密切相关。其中，rs1049269与BPD的相关性在芬兰人群中重复出现。rs1049269位于聚光灯2因此可以修改micro-RNA（miRNA）结合。MiRNAs是已知的在转录后水平调节基因表达的小的非编码RNA(34,35). 计算分析聚光灯23′UTR区鉴定出三种miRNAs（mir-194*、mir-939和mir 449b），其与靶序列的结合可被多态性位点rs1049269改变。还需要进一步的实验来探索miRNAs和这种多态性之间的相互作用，并确定其对聚光灯2表达式。

此前在BPD候选基因研究中也提出了其他易感基因(36). 其中，在我们的全基因组DNA池研究中确定了两个：基质金属蛋白酶16和L选择素在白种人系列中，通过等位基因频率差法选择。然而，联合Z评分分析没有证实，也没有入选非洲系列。

因此，一项针对多中心早产儿群体的全基因组关联研究确定聚光灯2作为BPD的一个新的候选易感性基因座。其在肺发育过程中的表达模式表明其在肺泡化中的潜在作用。

概览评论

关于该主题的科学知识

最近的研究强调了遗传因素对支气管肺发育不良易感性的贡献。很少有候选基因关联研究试图确定BPD易感基因。

本研究为该领域增加了什么

通过进行全基因组关联研究，我们发现聚光灯2基因与支气管肺发育不良易感性。在大鼠身上，我们观察到聚光灯2在肺发育过程中高度表达。这些数据表明聚光灯2作为支气管肺发育不良的易感基因。其肺部表达模式表明其在肺泡分化中可能起作用。

补充材料

1

图E1：研究人群流程图 

*经过DNA池质量控制（QC）步骤后，排除了1例病例和1例对照。†QC程序后，将3名对照者排除在个人基因分型数据之外。

图E2：精细映射聚光灯2非洲新生儿的基因座 

非洲人群中tag-SNP的个体基因分型（36例和118例对照）证实了DNA池研究的结果。分析发现rs1245560和rs1245540与BPD（B）显著相关。在对主要临床风险因素进行多次测试和调整后，只有rs1245560（A，白点）仍然显著（p<0.05）。使用Haploview 4.1版构建LD图。红色方块表示强连锁不平衡区域（D′给定）。

表E1：通过等位基因频率差异法在高加索人和非洲人群中选择的基因和SNPs*。

表E2：高加索人和非洲人群中通过联合Z评分分析选择的基因和单核苷酸多态性*。

表E3:SPOCK2中四个SNP的对照组和HapMap数据之间的次要等位基因频率比较，并通过DNA池证明

表E4。不同研究人群中rs1245560和rs1049269的基因型计数。

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致谢

资金/支持：项目Hospitalier de Recherche Clinique AOR 07 018，巴黎医院援助中心。国家医疗机构ANR-09-GENO-037。Hadchouel由INSERM资助。

脚注

贡献者

作者贡献：Hadchouel博士完全可以访问研究中的所有数据，并对数据的完整性和数据分析的准确性负责。

研究概念和设计：德拉科特达南哈德库埃尔。

数据采集：哈卓尔、杜尔梅耶、贾罗、伦克伦、拉尤尼、帕特凯、达南、休斯科、霍尔曼。

数据分析和解释：哈德库埃尔、因西蒂、布泽贡、佛朗哥-蒙托亚、德米奈斯、波旁、特拉科特。

起草本条：哈乔埃尔、德拉考特、因西蒂、布齐贡、弗兰科·蒙托亚。

对重要知识内容的手稿进行批判性修改：哈德库埃尔、杜尔梅耶、布泽贡、贾罗、德梅奈斯、拉尤尼、巴特凯、波旁、达南、德拉科特。

待发布版本的最终批准：哈卓尔、杜尔梅耶、因西蒂、布泽贡、贾罗、德梅奈斯、佛朗哥-蒙托亚、拉尤尼、巴特凯、波旁、达南、特拉科特。

财务披露：无报告。

这篇文章有一个在线数据补充，可从本期的在线目录中访问，网址为网址：www.atsjournals.org.

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