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生物标记研究。2016; 4: 5.
2016年3月2日在线发布。 数字对象标识:10.1186/s40364-016-0059-2
预防性维修识别码:项目经理4774018
PMID:26937281

c-MYB是ESPL1公司/在中分离BCR-ABL公司-阳性慢性粒细胞白血病

摘要

背景

基因组不稳定和克隆进化是进展性慢性粒细胞白血病(CML)的特征。最近,我们发现克隆进化和爆发危机与Separase的表达和活性改变有关,Separases是一种半胱氨酸内肽酶,在染色体分离和中心粒复制中起着有丝分裂关键作用。人类造血细胞中Separase的过度激活与一种反馈机制有关,这种反馈机制在伊马替尼治疗诱导Separase蛋白水平降低后,翻译后刺激Separase-蛋白水解活性。

方法和结果

为了寻找潜在的治疗应答转录机制,我们研究了转录因子c-MYB在CML细胞系(LAMA-84、K562、BV-173)和临床样本中对Separase表达的作用。定量RT-PCR和Western blot免疫染色实验表明,c-MYB表达水平以伊马替尼依赖的方式降低,并与细胞系和临床CML样本中的Separase表达水平呈正相关。CML细胞株中c-MYB表达的RNA沉默导致Separase蛋白水平降低。Gelshift和ChIP分析证实c-MYB与位于ESPL1启动子内的假定c-MYB结合序列结合。

结论

我们的数据表明ESPL1公司/分离酶是c-MYB的调节靶点。因此,已知c-MYB是BCR-ABL依赖性造血祖细胞转化和白血病发生所必需的,它也可能控制有丝分裂染色体分离和中心粒复制的依赖性保真度,这对维持基因组稳定性至关重要。

关键词:ESPL1公司/分离酶、c-MYB、CML、伊马替尼、BCR-ABL、基因组稳定性

背景

ESPL1公司/Separase是一种半胱氨酸内肽酶,是染色体分离和中心体复制的关键酶。在有丝分裂后期,它完成了凝集素的蛋白水解裂解,凝集素是一种“胶”多蛋白复合体,负责姐妹染色单体和母子中心粒的凝聚力,是中心体垂直定向的核心结构[1]。通过建立准确的染色体分离,适当的分离酶蛋白水解活性的时间和空间激活保证了染色体的保真度[4]。此外,这是半保守中心粒复制的必要前提,因为母子中心粒的分离使中心体的细胞周期相关复制得以实现[5]。否则将导致染色单体过早分离和/或从滞后染色体形成后期桥[6]。此外,Separase的非计划(细胞周期非耦合)激活可导致中心体数量异常增多(即中心体扩增),继而导致有丝分裂纺锤体缺陷[7]。这两种缺陷都会导致出现异常核型(非整倍体),这是大多数晚期人类恶性肿瘤的标志[810]。在染色体分离和中心体复制与细胞周期紧密耦合的非恶性细胞中,Separase在中期到后期的过渡中暂时激活[11,12]。分离在翻译和翻译后两个层面上都受到严格的调控。后者包括结合Securin结合、CyclinB1/CDK1特异性丝氨酸残基磷酸化(pSer1126)、自催化裂解和依赖PP2A稳定Separase结合的Securin的多种抑制机制。所有这些机制共同防止细胞内Separase-分子的异位和计划外活化[1316].

在人类癌症中,西班牙语1/Separase经常过度表达,由此产生的蛋白水解酶活性失调与多余中心体、染色体错位和非整倍体的发生有关[6,9,13,17]。MMTV乳腺中Separase的过度表达-ESPL1公司小鼠模型导致高度非整倍体乳腺癌的发生,其染色体高度不稳定性和侵袭性疾病表型[18]。因此,Separase被确定为一个非整倍体启动子,当其过度表达和过度激活时,可作为癌基因发挥作用,使细胞不仅容易受到染色体错位诱导的非整倍性的影响,还容易受到DNA损伤和与肿瘤发生和疾病进展相关的关键抑癌基因位点的丢失[1820].

慢性粒细胞白血病(CML)也是如此,这是一种造血干细胞克隆性肿瘤性疾病,由基因组相互易位t(9;22)(q34;q11)引起,导致费城染色体的形成。融合产物BCR-ABL酪氨酸激酶(TK)是CML发病机制中的关键参与者,具有解除TK活性的调节作用。它通过重新编程造血干细胞和早期祖细胞的先前血统承诺来影响各种下游信号通路[21]。BCR-ABL癌蛋白包含细胞行为的多个方面,包括增殖、凋亡、细胞间信号传导和分化,触发异常克隆造血,并推动疾病从慢性期(CP)向完全转化的急变表型(BC)发展[22]。伊马替尼(IM)是一种选择性TK抑制剂(TKI),是目前CML一线治疗药物之一[23,24]。尽管在IM长期治疗下骨髓室中BCR-ABL mRNA水平显著降低,但BCR-ABI表达低且对IM治疗不敏感的残留CML克隆的持续存在使得通过TKI治疗根除疾病的可能性不大[13,25,26]。最近的证据表明,TKI治疗可以抑制CML干细胞中BCR-ABL癌蛋白的激酶活性,而不会影响CML干电池的存活[27,28]。显然,额外的细胞机制可以促进CML干细胞的存活和维持,使这些细胞对TKI具有抵抗力,并最终促进复发[29,30]。大约35%的慢性胰腺炎患者对IM产生耐药性或不耐受,并经常经历克隆进化[31]。克隆进化表示BCR-ABL阳性造血干/祖细胞中克隆分子变化的异质实体,已分别在约30%和80%的加速期(AP)和BC患者中描述[32]。染色体数目改变,统称为非整倍体,涉及额外的衍生22号染色体、17号染色体异常、8号三体,与预后不良有关[33,34].

最近,我们报道了接受长期IM治疗的CML患者获得性染色体畸变、克隆进化和快速疾病进展(到BC的时间)的增加与各自的Separase蛋白水解活性增强相关在体外模型[35]。从机制上讲,这与BCR-ABL依赖的调节反馈机制有关,该机制在IM诱导b3a2-BCR-ABL融合型CML细胞系中Separase表达降低后,翻译后刺激Separase-蛋白水解活性[35]。到目前为止,尚不清楚BCR-ABL阳性细胞中Separase表达的IM依赖性调节可能涉及哪些潜在的转录或翻译机制。

已知转录因子c-MYB在BCR-ABL依赖性白血病发生中起重要作用。BCR-ABL增强c-MYB的表达[3638]。C-MYB是一种75 KDa核蛋白和亮氨酸拉链转录因子,由原癌基因编码c-MYB公司在正常髓系祖细胞的增殖、存活和分化中起关键作用[39]。有条件淘汰c-MYB公司成人造血干细胞中的表达由于增殖受损和加速分化而导致自我更新能力丧失[40]。另一方面c-MYB公司在髓系和红系细胞系中,已经证明可以阻断分化并防止成熟相关的生长停滞[41]。异常(增强)c-MYB公司已在多种人类恶性肿瘤中发现表达,包括T细胞白血病和急慢性髓细胞白血病[42]。此外,已经报道了影响人类白血病中c-MYB活性的各种遗传损伤,如染色体易位、基因重复和截断[39,43,44]。然而,在CML细胞中c-MYB公司据报道,该基因是完整的,但蛋白质水平通常会增加,部分原因是通过BCR-ABL调节的PI-3K/Akt/GSKIIIß依赖性途径增强了蛋白质稳定性[36]。这种改变的调节机制被认为可以解释为什么白血病原始细胞似乎比正常细胞更依赖高c-MYB表达水平[45]。ChIP-Seq实验对c-MYB的功能研究表明,c-MYB作为造血主调节器发挥作用[46]。它直接与793个基因附近或内部结合,从而影响2300多个基因,这些基因构成了正常和白血病干/祖细胞和髓系发育的基因特征。尽管c-MYB通常被认为是一种反式激活因子,但它也能够通过正转录和负转录调节直接抑制许多靶基因,这些靶基因在骨髓生成和白血病发生中起着重要作用[47]。例如,c-MYB调节CD34、c-Kit、c-Myc、Flt-3和Bcl-2都对造血细胞的增殖和存活起着重要作用[38]。此外,c-MYB直接调节CyclinB1的表达,并有助于控制G2/M细胞周期相[48,49]从而直接控制Separase的关键翻译后抑制剂之一[13,14].

在本研究中,我们开始研究c-MYB在调节ESPL1公司/CML中的分离酶表达。我们报告称,c-MYB与位于ESPL1公司启动子,并作为ESPL1公司/分离酶表达如c-MYB公司-定向siRNA沉默。此外,IM治疗导致c-MYB和ESPL1公司/分离CML细胞系和原代细胞中的酶表达水平。

结果

为了寻找能够解释IM相关的Separase蛋白水平下调的转录机制,我们分析了c-MYB表达、Separase和IM治疗之间的条件背景。确认并扩展了之前发表的工作,我们在四个人类细胞系上进行了细胞培养实验[13,35]。其中,U937细胞是白血病但BCR-ABL阴性细胞的模型。所有细胞系均按我们之前的研究中所用的治疗剂量IM(1至5μM)进行治疗[13,5052]。根据关于IM的剂量依赖性效应和时间动力学的广泛研究数据,我们对白血病衍生的p210BCR-ABL阳性细胞(LAMA-84和K562)应用较低的IM剂量(范围:1至2.5μM),而对p210BCR-ABL阴性细胞(U937,5μM)则应用较低IM剂量[53,54]。IM剂量高于2.5μM的CML细胞株处理24小时以上的时间阻碍了收集足够的活细胞用于Western blot分析(数据未显示)。

IM治疗下c-MYB和ESPL1表达水平的协同降低

用IM治疗剂量治疗CML细胞株LAMA-84和K562 24小时后,c-MYB和西班牙语1/如典型的Western blot复合图像(图1,表1). 应该强调的是,弱处理方案(24小时≤2.5μM IM)仍能使CrkL磷酸化(图1,下部面板)。因此,与相应的未处理细胞相比,LAMA-84(−25.7±9.6%)和K562(−37.1±9.6%ESPL1公司转录水平分别为−90±3.3%和−25.0±9.7%。有人可能会争辩说,观察到的下降可能是由于细胞周期中IM相关的变化。然而,对受试细胞的FACS分析显示,G2/M细胞比例和凋亡细胞分数(<12%)均无差异,这可以阐明c-MYB和ESPL1公司/分离表达水平(比较图3亿参考文献中[13]). 用IM处理BCR-ABL阴性对照细胞(U937)后,c-MYB蛋白和ESPL1公司/分离表达水平(表1,图1).

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分析c-MYB公司ESPL1公司LAMA-84的转录水平、c-MYB和Separase蛋白水平(),K562(b)和BCR-ABL阴性对照细胞(U937)(c(c))IM治疗后。按照表中的说明进行治疗(剂量、周期)1液位变化(Δ-值,以%表示)是通过与相应的未处理电池进行比较计算得出的。上部面板。转录水平用qRT-PCR分析,蛋白质水平用Western blot免疫染色密度法分析。下面板显示了具有代表性的Western blot图像。在所有qRT-PCR实验中,家政基因格斯(β-葡萄糖醛酸酶)作为内标物。在Western blot免疫染色实验中,肌动蛋白被用作负荷控制和参考参数。密度测定数据来自至少三次重复的实验,如表所示1.P值在相应列的上方给出。缩写:ns,不重要;nd,未确定

表1

百分比变化(Δ值是平均值之间的差异)c-MYB公司ESPL1公司/与相应的未处理细胞相比,IM处理下的分离酶转录和蛋白质水平

细胞系、剂量和疗程 c-MYB公司转录水平 c-MYB蛋白水平b 西班牙语1转录水平 分离酶蛋白水平b
LAMA-84,2.5μM IM,24小时−88.8 ± 4.4, < 0.0001−25.7±9.6, = 0.0233−90.3 ± 3.3, < 0.0001−75.8 ± 16.8, = 0.0064
K562,1μM IM,24小时−82.4 ± 4.4, < 0.0001−37.1 ± 9.6, = 0.0082−25.0 ± 9.7, = 0.0328−53.1 ± 4.4, = 0.0015
U937,5μM IM,48小时−9.1 ± 2.9, = 0.0363+9.8±10.2, = 0.3942−8.1 ± 9.5, = 0.4198−10.5 ± 11.2, = 0.3775

Δ-值[%]由至少三次qRT-PCR实验计算得出,并归一化为看家基因格斯

bΔ-值[%]来自至少三次的Western blot免疫染色实验。所有蛋白质值均归一化为肌动蛋白作为负荷控制

缩写:d日天,小时小时,感应电动机伊马替尼;+增加,−减少

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之后的分离酶表达c-MYB公司在BV-173和LAMA-84细胞中通过RNAi沉默。BV-173(面板)和LAMA-84电池(面板b)用阴性对照siRNA(nc)和c-MYB公司-特异性siRNA(siRNA)。C-MYB公司转录水平通过qRT-PCR(左栏)测量。管家基因格斯(β-葡萄糖醛酸酶)作为内标物。C-MYB和Separase对蛋白质水平的调节在转染后48 h通过定量Western blot免疫染色实验进行测定(分别为中柱和右柱)。相应的代表性Western blot图像显示在A和B的最右侧面板中。肌动蛋白用作Western blot免疫染色的负荷控制。所有密度测定数据均来自至少三次重复的实验

配对临床样本时获得了类似的结果(n个 = 5) 在IM治疗之前(诊断时)和治疗期间,对来自同一CML患者的每一对患者进行比较监测c-MYB公司ESPL1公司转录水平(图2). 两名女性和三名男性患者,均患有b3a2BCR-ABL公司分析融合类型。中位年龄为58岁(范围为47至78岁)。在IM治疗下实现MMR后,从同一患者的第二个样本诊断到取样的平均时间为3.6年(范围为2至6.5年)。这些实验表明c-MYB和ESPL1公司/IM治疗后的分离表达在体外体内.

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对比分析c-MYB公司ESPL1公司CML患者配对cDNA样本中的转录水平(n个 = 5) 在IM治疗之前和之下。百分比变化(Δ-值是平均值之间的差异)与成对样本中的表达水平变化相对应,每对样本来自同一患者在不同时间点(诊断时的样本(IM治疗前)与IM治疗下的主要分子反应(MMR)后的样本)。所有转录水平均归一化为格斯并表示三次qRT-PCR分析的平均值

c后Separase表达水平降低-马来西亚令吉CML细胞系中的沉默

为了测试c-MYB对Separase表达的直接调节作用,我们沉默了c-Myb基因在LAMA-84和BV-173细胞中转录,并监测c-MYB蛋白水平下降对Separase表达的影响(图). siRNA诱导的有效c-MYB分子减少导致BV-173(−49±13.6%)和LAMA-84细胞(−47.6±7.9%)中c-MYB蛋白水平降低。这表明c-MYB和ESPL1公司/分离。

c-MYB与位于ESPL1公司发起人

这个ESPL1公司该启动子具有两个激素反应元件和两个TP53结合位点,位于预测转录起始位点(TSS)上游12777和16059个碱基[20]。有关详细信息,请访问人类基因组浏览器(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene?cmd=Retrieve&dopt=Graphics&list_uids=9700)并在的53662083(+股)位置找到TSSNC_000012.11号染色体12参考GRCh37.913初级装配。Champion ChIP转录因子搜索门户基于SABiosciences的专有数据库DECODE(DNA元素的解密),用于识别推测的c-MYB结合位点Espl1号机组发起人(有关更多信息,请参阅http://www.sabiosciences.com/chipqpcrsearch.php?app=TFBS). 在TSS上游发现了一个假设的c-MYB结合位点15623个碱基(53646460-53646470),因此位于两个TP53位点之间(见图4a类). 为了确定假定的c-MYB结合位点ESPL1公司启动子实际上可以结合c-MYB蛋白,我们进行了电泳迁移率变化分析(EMSA)。从指数生长的BV-173细胞制备的天然核提取物与FITC-标记的双链寡核苷酸孵育(图4b个通道1)具有c-MYB结合位点ESPL1公司发起人。如图所示4b个左图,将核提取物添加到FITC-标记的寡核苷酸(通道2)中导致寡核苷酸/蛋白质复合物的形成,并延缓电泳迁移(移位)。在孵育混合物中添加100倍摩尔过量的未标记c-MYB结合位点寡核苷酸,成功地与移位信号的形成竞争(通道3)。为了证实c-MYB蛋白结合,在变性条件下对天然琼脂糖凝胶进行印迹,然后用抗c-MYB抗体进行免疫染色(右侧面板)。确认了c-MYB对换档信号(车道2)的贡献。此外,未标记的竞争对手寡核苷酸(第3条通道)作为移位信号出现,也证实了未标记竞争对手DNA对FITC信号(左侧面板,第3条路径)的特定废除。第二条和较低的谱带可能是由于至少一些天然寡聚物/c-MYB复合物在添加了超过100倍的未标记竞争物后的电泳迁移率发生改变。为了证明体内c-MYB蛋白与位于ESPL1公司我们对BV-173细胞进行了ChIP启动子实验。如图所示4厘米当使用c-MYB特异性IgG抗体进行染色质免疫沉淀时,与非特异性Ig G抗体对照相比,观察到ESPL1启动子相关的靶DNA显著富集。总之,我们的在体外体内数据表明c-MYB直接与ESPL1公司启动子和正向调节ESPL1公司/分离表达。

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使用合成物的电泳迁移率变化分析(EMSA)ESPL1公司启动子衍生的c-MYB结合位点探针和染色质免疫沉淀(ChIP)。描绘ESPL1公司分离酶启动子和预测调控DNA基序的位置(图中未按比例绘制)(Pati 2008)。箭头显示预测的转录起始位点(TSS)。缩写:TATA,TATA盒子;孕酮反应元件;雌激素反应元件;p53、p53结合元件;c-MYB,预测c-MYB结合元件。数字表示相对于TSS的上游距离。bFITC-标记的双链DNA寡核苷酸对应于推测的c-MYB结合位点ESPL1公司启动子与天然BV-173核提取物孵育。DNA/蛋白质复合物在0.5%TBE 1.0%天然LE/GTG琼脂糖凝胶上溶解。左侧面板(色调反转)显示了印迹前凝胶的FITC-相关荧光信号,右侧面板显示了相应的抗c-MYB蛋白印迹免疫染色。这些通道代表:通道1,DNA靶点(FITC-标记的寡核苷酸),无核提取物;第二道,DNA靶核提取;通道3,以核提取物和100倍摩尔过量的类似未标记寡核苷酸作为结合竞争物的DNA靶向。c(c)BV-173细胞的ChIP分析。用qRT-PCR扩增抗c-MYB IgG和非结合对照IgG免疫沉淀的DNA片段。结果表示为输入百分比(平均值)。ChIP结果来自至少三次qRT-PCR测量

讨论

寻找可能解释先前观察到的CML中与IM相关的Separase蛋白水平下调的转录机制[13]接下来是翻译后Separase蛋白水解活性的过度激活,我们分析了c-MYB表达、Separase和IM治疗之间的条件关联。我们发现转录因子c-MYB是Separase表达的直接阳性调节因子,已知其在正常髓系祖细胞的增殖、存活和分化中起关键作用。具体而言,我们通过EMSA(图4b个)以及c-MYB与位于ESPL1公司发起人。事实上,在所有测试的CML细胞系(K562、LAMA-84、BV-173)和CML患者的原代细胞中,c-MYB和ESPL1公司/分离酶表达水平与治疗(IM)和沉默(siRNA)条件无关(图1,,22和3))观察到。这表明ESPL1公司启动子受转录因子c-MYB的转录控制,这与Kohmura及其同事先前的研究结果一致,他们发现用IM孵育后K562细胞中c-MYBmRNA水平下调[55].

我们的结果进一步与先前的研究一致,即p210BCR-ABL作为c-MYB表达的增强剂发挥作用,并且在BCR-ABL-依赖性白血病发生中发挥重要作用,因为白血病母细胞似乎比正常祖细胞更依赖高水平的c-MYB蛋白[37,45]。此外,c-MYB促进中心粒复制,当突变时,可以导致中心体扩增,如小鼠和果蝇模型系统所示[56,57]。先前的微阵列数据表明c-MYB是与CML进展相关的调控网络的一部分,包括克隆进化和遗传不稳定性[58,59].

c-MYB对ESPL1公司/分离酶的表达很好地解释了Patel和Gordon的观察结果,他们发现慢性和急变期CML细胞中的分离酶表达水平与正常CD34+细胞相比异常高。然后推测BCR-ABL表达可能上调ESPL1公司/分离并影响中心体畸变的发生[60].

我们的数据首次证明了BCR-ABL、c-MYB和西班牙语1/对BCR-ABL如何触发CML中心体-中心体周期和细胞周期之间的错位,从而导致克隆进化和基因组不稳定性进行分离并给出合理的机制解释。IM的治疗性给药使c-MYB蛋白水平“正常化”,如LAMA-84和K562细胞所示(图1)-通过减缓c-MYB公司或通过PI-3 K/AKT途径拮抗BCR-ABL诱导的增强的c-MYB蛋白稳定性[36,55]。IM治疗后c-MYB蛋白水平的预期下降也与Flamant及其同事的数据一致,他们证明该药物导致调节性microRNAs(如miR-150)的表达快速增加,miR-150是c-MYB蛋白质表达的强负调控因子[61,62].

结论

总之,我们的数据表明ESPL1公司/分离酶是c-MYB的调节靶点,c-MYB的表达受IM治疗的调节。因此,已知c-MYB是BCR-ABL依赖性造血祖细胞转化和白血病发生所必需的,也可能影响Separase相关的蛋白水解事件,如染色体分离和中心粒复制,其有序过程对维持中心体和基因组稳定性至关重要。

方法

细胞系和培养条件

研究了四种人类细胞系(K562、LAMA-84、BV-173、U937)。其中,K562、LAMA-84和BV-173是BCR-ABL阳性IM应答CML细胞系。U937细胞作为BCR-ABL阴性对照细胞。所有细胞系均取自DSMZ(德国布伦瑞克微生物和细胞培养物收藏中心,德国),并在37°C、5%CO、添加10%胎牛血清和1%青霉素-链霉素(Gibco/Invitrogen,德国卡尔斯鲁厄)的RPMI-1640培养基中培养2大气。指数增长的细胞至少用于三次实验。

患者和道德声明

随机选择的CML患者的配对cDNA样本(n个 = 5) 来自德国CML-Study IV(注册于www.clinicaltrials.gov作为#NCT00055874号)通过qRT-PCR进行了研究。每对样本均来自同一患者在诊断时(IM治疗前)和在IM治疗下实现主要分子反应(MMR)后的外周血。血液取样是在定期治疗监测的背景下进行的。该程序遵循赫尔辛基宣言,并得到IRB/Medizinische Ethikcommission II der Medizinichen Fakultät Mannheim der Ruprecht-Karls-Universität Heidelberg的批准(http://www.umm.uni-heidelberg.de/inst/ethikcommission网站,编号2013-509 N-MA,自2013-02-21)。所有患者均获得书面知情同意书。两名女性和三名男性患者,均患有b3a2BCR-ABL公司分析融合类型。中位年龄为58岁(范围为47至78岁)。在IM治疗下实现MMR后,从同一患者的第二个样本诊断到取样的平均时间为3.6年(范围为2至6.5年)。

IM治疗

根据参考文献中指出的原理,用1至5μM浓度的IM(德国汉堡Biomol GmbH)处理细胞24小时(K562,LAMA-84)和48小时(U937)[13,35]。未经处理的细胞作为对照。

免疫印迹分析,抗体

如前所述进行Separase和Actin的Western blot免疫染色[13]。对于c-MYB检测,使用稀释度为1:10000的抗c-MYB单克隆兔抗体(ab45150;Abcam,Cambridge,UK)。利用SuperSignal West Femto Maximum Sensitivity Substrate(德国波恩赛默飞世尔科技公司)进行二次抗体染色(山羊抗兔IgG HRP结合抗体(1:10000;德国海德堡圣克鲁斯生物科技公司)后,使用ChemiDoc™XRS+系统(德国慕尼黑BIO-RAD)对信号进行可视化。使用Image Lab Software(3.0.1版,BIO-RAD)进行图像采集和密度分析。以肌动蛋白作为负荷控制,对所有值进行归一化。使用Adobe Photoshop CS4(Adobe Systems Inc.,加州圣何塞,美国)对整个图像进行图像裁剪和色调调整。

RNA提取和定量ESPL1公司c-MYB公司qRT-PCR转录物

总RNA使用RNeasy试剂盒(德国希尔登市齐根)提取,并使用Superscript II试剂盒(Gibco/Invitrogen)进行反向转录。用于量化ESPL1公司c-MYB公司转录水平、商业Hs_MYB_1_SG和Hs_ESPL1_1_SG QuantiTect引物分析(Qiagen)分别根据制造商的说明(两步Light Cycler 480协议)进行。为了正常化,看家基因β-葡萄糖醛酸酶(格斯,NM_000181号,GUSB,引物集Hs_GUSB_1_SG,QuantiTect primer Assay,Qiagen)被扩增。使用罗氏LightCycler 480系统,使用LC480 DNA Master SYBR Green和标准LightCyscler协议(德国曼海姆罗氏诊断公司),进行QRT-PCR。根据三次测量计算的相对转录水平由2-ΔΔCT值规范化为的方法格斯与未经处理的对照细胞中的转录有关[63].

C-MYB公司siRNA沉默

C-MYB公司-特定siRNA(FlexiTube GeneSolution GS4602c-MYB公司)是从齐根购买的。作为阴性对照,相同细胞转染AllStars阴性对照siRNA(Qiagen),这是一种与任何已知哺乳动物基因都没有同源性的非沉默siRNA。使用Nucleofector手册完成转染(程序T016,Lonza GmbH,Köln,Germany)。对于siRNA治疗,1.5x106将细胞重新悬浮在含有18μl补充S溶液(Lonza)的100μl细胞系核因子溶液V(Lonsa)中。将siRNA添加到0.01 nmol/10的最终浓度6细胞。转染后24小时c-MYB公司用qRT-PCR分析转录水平。转染48小时后制备蛋白裂解物用于Western blot免疫染色实验。

ESPL1公司启动子电泳迁移率变化分析(EMSA)

根据快速微量制备方法从BV-173细胞中制备天然核提取物[64]。与人类c-MYB结合位点序列相对应的FITC-标记的寡核苷酸(32聚体)ESPL1公司启动子(人类基因组浏览器http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene?cmd=Retrieve&dopt=Graphics&list_uids=9700),网络中心_000012.1112号染色体参考GRCh37.p13初级组装;c-MYB结合位置:chr12:53646460-53646470)由Sigma GmbH(德国罗德马克)合成。寡核苷酸序列(c-MYB结合序列下划线)为:MYB_sense、FITC-CTCCCCACCCACCCACTGGT公司CCCTCCGGTCTG;MYB_反义,FITC-CAGACGGAGG帐户GGGTGGGAG公司。根据制造商的说明,使用Life Technologies GmbH(德国达姆施塔特)的EMSA套件(订单号E33075)执行EMSA。简言之,在添加30 ng退火双链寡核苷酸之前,将2μg核提取物与结合缓冲液混合,对应于c-MYB结合位点ESPL1公司发起人。在RT培养20分钟后,添加2μl EMSA负载染料,并在0.5%TBE 1.0%天然LE/GTG琼脂糖凝胶上通过电泳(80 V,90分钟)分离DNA/蛋白质复合物。使用ChemiDoc™XRS+系统(BIO-RAD)检测FITC-标记的DNA寡核苷酸。使用Trans-Blot SD半干式电泳转移池(BIO-RAD)在15 V(电流极限为5 mA/cm)下连续将相同的琼脂糖凝胶印在Immobilon-P膜(Millipore,Bedford,USA)上2)持续30分钟。C-MYB蛋白检测按Western blot分析部分所述进行。

染色质免疫沉淀(ChIP)

根据制造商的说明,使用EpiTect ChIP OneDay Kit(#334471,奇根,希尔顿)执行ChIP。简言之,1.5x106使用Vibra-Cell™系统(美国纽敦超音速公司)对每个样品的BV-173细胞进行裂解和超声处理(5次6 s,0.5 W)。根据手册,使用抗c-MYB抗体(ab17851,Abcam,Cambridge,UK)和非特异性对照IgG1对照抗体(ab91353,Abcam)进行免疫沉淀。为了量化免疫沉淀DNA靶点,采用罗氏LightCycler 480系统,使用LC480 DNA Master SYBR Green和已经描述的标准LightCysler协议,应用ChIP qPCR引物分析GPH1003144(+)02A(Sabioscience/Qiagen)。三次试验得出的结果表示为ChIP程序中免疫沉淀前采集的输入样本的百分比。因此,IP分数的Ct值归一化为输入分数。

统计分析

学生的t吨-使用GraphPad Prism软件6.0版(GraphPad Inc.,La Jolla,USA)进行测试。的值 < 0.05被认为是显著的。

致谢

我们感谢苏珊娜·布伦德尔提供的出色技术援助。

支持和资金

WS收到了德意志银行的拨款(网址:www.krebshilfe.de(编号:110625)和来自Deutsche JoséCarreras Leukämie-Stiftung e.V(网址:www.carreras-stiftung.de/,编号DJCLS R 14/11)。资助者在研究设计、数据收集和分析、数据解释和手稿撰写方面没有任何作用。

缩写

AP公司加速阶段
不列颠哥伦比亚省爆炸危机
炸薯条染色质免疫沉淀
CML公司慢性粒细胞白血病
人物配对关系慢性期
EMSA公司电泳迁移率漂移分析
此处雌激素反应元件
感应电动机伊马替尼
孕酮反应元件
定量RT-PCR定量逆转录-PCR
RNA干扰RNA-干扰
TK公司酪氨酸激酶
TSS公司转录起始位点

脚注

竞争性利益

作者声明,他们没有相互竞争的利益。

作者的贡献

WP和WS参与了实验设计,分析和解释了数据,并撰写了手稿。WP HK MS进行了实验。WP SR HK MS MCM WKH AF WS提供专业知识和编辑。所有作者阅读并批准了最终手稿。

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文章来自生物标记物研究由以下人员提供BMC公司