2015年生物信息学开放源码会议（BOSC 2015）

摘要

介绍

第16届生物信息学开放源码年会（BOSC 2015，http://www.open-bio.org/wiki/BOSC_2015)2015年7月在爱尔兰都柏林举行。会议由Nomi Harris和Peter Cock共同主持，聚集了125多名生物信息学研究人员、开源软件开发人员和用户。BOSC由开放生物信息学基金会（OBF）组织，该基金会是一个非盈利组织，致力于在生物研究社区内推广开源软件开发和开放科学的实践和理念。OBF是国际计算生物学学会（ISCB）特殊利益群体（COSI），该项目于2014年正式启动。自2000年成立以来，BOSC在每年的ISMB会议.

BOSC是生物信息学开发人员向更广泛的研究团体传达其最新成果的论坛[1]. 会议还提供了一个重点突出的环境，在这个环境中，开发人员和用户可以就解决生物信息学问题的标准、软件开发实践和实用技术进行交互和分享想法。BOSC的范围包括正在开发的广泛开源生物信息学软件，还包括日益增长的开放科学运动，该运动强调透明度、再现性和数据来源。涵盖的主题通常包括新的计算方法、可重用软件组件、可视化、互操作性以及其他有助于推进生物分子科学研究的方法。

自20世纪90年代以来，开源软件在生物信息学界蓬勃发展。BOSC刚开始时，开源软件的概念是新的，在计算科学中仍有争议。因此，BOSC的最初目标之一是展示和推广生物信息学软件开发的开源模型的价值。可以说，这已经彻底实现了——开放源代码许可在生物信息学软件中已变得很常见，而作为一种模式的开放源代码的优点也很少再被讨论。因此，BOSC扩大了其范围，将开放科学作为一个整体纳入其中，开源是其中的一个方面。

BOSC包括两天的会谈、海报、小组讨论和“羽毛鸟”（BOF）利益团体。今年的会议主题包括“数据科学”、“标准与互操作性”、“开放科学与再现性”、《转化生物信息学》、“可视化”、“生物信息学开放源代码项目更新”的传统会议，以及一场五分钟的闪电演讲。除了两次主题演讲外，该节目还包括19次正常长度（15分钟）的演讲和24次闪电演讲，以及33张海报。完整的程序可在网上获取http://www.open-bio.org/wiki/BOSC_2015_时间表。文章、博客帖子和Twitter摘要的链接（关于#BOSC20152000多条推文）也可以在那里找到。BOSC 2015的大多数幻灯片和海报都是在F1000研究频道上发布的(http://f1000research.com/channels/BOSC)和谈话视频可在BOSC YouTube播放列表中找到(https://www.youtube.com/playlist？list=PLir-OOQiOhXbENjAIFF-JZ0WodnysPqfh公司).

面板

近年来，BOSC包括了一个小组讨论，为所有与会者提供了与小组成员以及彼此进行对话的机会。2015年，该小组被命名为“开源，敞开大门：生物信息学开源社区的多样性不断增加”，并重点讨论了可以做些什么来增加参与者的多样性这一重要主题，特别是在BOSC中，以及在开源生物信息学中。该小组由莫妮卡·穆诺兹·托雷斯（Monica Munoz-Torres）担任主席，包括霍利·比克（Holly Bik）（也是主旨发言人之一）、迈克尔·克鲁索（Michael R.Crusoe）、亚历克桑德拉·鲍利克（Aleksandra Pawlik）和杰森·威廉姆斯（Jason Williams）（参见图1). 该小组是2014年BOF关于多样性问题会议的后续行动，旨在就我们可以做些什么来让BOSC及其组成的开放源码项目社区中的每个人都感到受欢迎征求可行意见。

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图2

2015年BOSC小组成员（左起）：迈克尔·克鲁索（Michael R.Crusoe）、霍利·比克（Holly Bik）、杰森·威廉姆斯（Jason Williams）和亚历克桑德拉·鲍利克（Aleksandra Pawlik）。

主题演讲

在开源生物信息学的某些方面有影响力的研究人员所做的主题演讲是BOSC的一个热门部分。过去的演讲者包括生物信息学名人，如菲利普·伯恩（Phillip Bourne）、肖恩·埃迪（Sean Eddy）、乔纳森·艾森（Jonathan Eisen）和卡罗尔·戈布尔（Carole Goble）。2015年BOSC主讲人是霍莉·比克和伊万·伯尼。

Holly Bik是英国伯明翰大学生物科学学院伯明翰研究员（助理教授）。她的研究使用高通量环境测序方法（rRNA调查、宏基因组学）探索微生物真核生物组合中的生物多样性和生物地理模式。在她题为“生物信息学：对生物学家来说仍然是一个可怕的世界”的主题演讲中，Bik博士讨论了她从生物学到生物信息学的转变以及其中的一些障碍。这为主要关注生物信息学的与会者提供了一个有价值的视角，他们可能不太知道如何让非程序员的生物学家可以访问他们的软件工具。

伊万·伯尼（Ewan Birney）是欧洲生物信息学研究所（European Bioinformatics Institute）联合主任，因其在注释人类、小鼠和其他基因组序列方面的作用而闻名。他领导了DNA元素百科全书（ENCODE）项目的分析小组，该项目旨在定义人类基因组中的功能元素。他也是BioPerl项目的早期领导者之一，也是OBF的联合创始人。在“生物大数据”的演讲中，伯尼博士首先对测序技术的重要性及其进化对生物和生物信息学的影响进行了高层次的描述。他接着讨论了为什么开源很重要；我们对可扩展基础设施的依赖程度；以及如何在DNA中有效存储信息。

羽毛鸟训练

为了促进与会者之间的交流与合作，BOSC鼓励与会者组织“羽毛鸟”会议，这些会议是关于共同感兴趣的主题的重点但非正式的讨论。虽然BOF本身只有一个小时左右的时间，但它们通常会催化BOSC以外的对话和项目。例如，2014年关于增加多样性的BOF激发了BOSC组织者实施讨论中产生的一些想法，包括任命外联协调员。2015年，一位BOF专注于通用工作流语言（CWL），这是2014年BOSC之前的Codefest期间行业/学术界的合作（参见“关联事件”).

BOSC 2015的另一次BOF会议以“不同意”的形式在这两天举行[2]，确定并讨论构建成功的开源生物信息学开发人员社区的方法(http://www.hub-hub.de/wiki/index.php？title=BOSC2015Unconf). 自那以后，BOF的组织者建立了GitHub知识库，以继续征求社区意见，并合作撰写一篇文章，介绍调查结果。

BOSC鼓励多元化

包容性是BOSC的创立原则之一，而非歧视条款从一开始就被纳入了会议主办机构OBF的章程中。为了更有效地促进BOSC和整个生物信息学开源社区的多样性，我们最近加强了包容性努力（参见[三]以获取更深入的报告）。这种背景下的多样性包括许多方面，包括学术背景、生物专业、性别、种族、年龄和地理位置。我们成功游说ISCB在其品牌会议中采用行为准则；与支持生物信息学和开源软件代表性不足的团体的组织接触，以向更广泛的受众推广BOSC；并为一些本来会面临经济障碍的演讲者参加BOSC的注册提供赞助。根据对会议室的调查，约有一半的2015年BOSC与会者是第一次参加会议，这表明外联工作产生了积极影响。

除了上述多元化小组外，2015年的会议还包括旨在促进所有与会者参与的较小变化，例如让与会者可以选择在会谈后匿名提问，将问题写在笔记本上（该想法由小组成员迈克尔·克鲁索提出，他的灵感来自于瓦莱丽·奥罗拉的博客帖子[4])或者将他们推特给我们。这种方法似乎成功地鼓励了那些可能不太愿意站起来问他们的人提出问题，我们计划在未来的BOSC中继续这样做。

关联事件

自2010年以来，我们在BOSC之前组织了为期两天的协作社区开发活动，称为Codefest[5]. 该活动向任何感兴趣的人开放，无需任何注册费用，并为开源生物信息学开发人员提供了一个亲自会面的场所，以参与或计划联合项目。2015年Codefest(http://www.open-bio.org/wiki/Codefest_2015)在都柏林三一学院举行，有30多人参加，他们共同参与了一些项目，包括CWL的扩展（在2014年Codefest上启动）、Galaxy的更多支持[6]和EDAM的CWL[7]，以及对Biopython中解析和调试的改进[8].

多年来，ISMB和BOSC在北美举行，这使得欧洲的开发者更难参加Codefest——欧盟Codefest，与BOSC附属Codefest的形式和精神类似。有时，BOSC还与其他组织合作，共同组织以协作开发为导向的活动，例如BOSC/广泛互操作性黑客马拉松会议于2013年4月举行。

2016年BOSC

2016年BOSC将于7月8日至9日在美国佛罗里达州奥兰多市举行，正好在2016年ISMB会议之前。BOSC由志愿者运营；鼓励有兴趣提供帮助的人与组委会联系gro.oib-nepo@csob公司.

致谢

资金筹措表

作者没有收到这项工作的具体资金。

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