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生物标记研究。2016; 4: 1.
2016年1月27日在线发布。 数字对象标识:10.1186/s40364-016-0055-6
预防性维修识别码:PMC4730630型
PMID:26823978

一组糖蛋白作为B细胞急性淋巴细胞白血病早期诊断和治疗评价的候选生物标志物

摘要

背景

急性淋巴细胞白血病是儿童最常见的恶性肿瘤。儿童癌症的症状和体征很难识别,因为这并不是第一个考虑非特异性投诉的诊断,从而导致诊断中的潜在不确定性。本研究的目的是对B细胞急性淋巴细胞白血病(B-ALL)患儿的血清进行蛋白质组学分析,以确定候选生物标志蛋白,用于早期诊断和治疗评估。

方法

从诊断时(B-ALL组)和诱导治疗后(AIT组)的10名患者中采集血清样本。对照组为健康儿童血清。样品经过免疫耗竭、α亲和层析-d日-半乳糖结合凝集素(来自门齿阿托卡普斯种子)固定在Sepharose上TM(TM)4B凝胶、浓缩和消化,用于随后的纳米UPLC分析串联纳米电喷雾质谱E类.程序表达式E类用于量化各组之间蛋白质表达的差异。

结果

共鉴定出96个蛋白质。富含亮氨酸的α-2-糖蛋白1(LRG1)、凝集素(CLU)、凝血酶(F2)、肝素辅因子II(SERPIND1)、α-2-巨球蛋白(A2M)、α2-抗原酶(SERPINF2)、α-1抗胰蛋白酶(SERPINA1)、补体因子B(CFB)和补体C3(C3)被确定为早期诊断B-ALL的候选生物标志物,因为与对照组和AIT组相比,B-ALL组的表达上调。候选生物标记物的表达水平在AIT组和对照组之间没有显著差异,进一步证明候选生物标记仅在疾病状态下存在,因为所有患者在治疗后均获得完全缓解。

结论

一组候选蛋白生物标记物已被开发用于B-ALL的预诊断,并提供了信息,表明诱导治疗后治疗效果良好。

关键词:急性淋巴细胞白血病,生物标记物,凝集素,果糖蛋白,质谱

背景

急性淋巴母细胞白血病(ALL)是儿童最常见的恶性肿瘤,约占所有儿童癌症的25%,占所有儿童白血病病例的72%[1]。正如世界卫生组织(WHO)2008年发布的淋巴癌分类所述,目前的ALL诊断标准综合了细胞形态学、免疫表型和遗传学/细胞遗传学的研究[2]。根据世界卫生组织最新分类,在淋巴癌中,纯白血病表现,B系ALL(85%)最常见[]; 这将在本研究中解决。儿童癌症的症状和体征很难识别,因为这不是第一个考虑非特异性投诉的诊断,导致诊断中的潜在不确定性。此外,首次出现癌症症状的儿童通常不会出现严重疾病,这可能会延迟诊断。此外,儿童癌症可以模仿其他常见的儿童疾病甚至正常的发育生理过程[4]。提高成年人癌症发病率的措施包括防止暴露于已知致癌危险因素,如吸烟,但环境因素在儿童癌症的发展中作用很小。因此,一级预防措施无法有效避免这一年龄组的癌症发展,因此,二级预防,即早期诊断至关重要[5]。在ALL的特定病例中,早期诊断和治疗增加了治愈的机会[4]。α-D-半乳糖结合凝集素亲和层析门齿阿托卡普斯用Sepharose™4B凝胶固定,结合质谱法鉴定和定量糖蛋白,是比较血清研究的极好工具。生物标记物管道通常被视为一系列临床前阶段:生物标记物发现和最终临床评估前的验证。比较分析结果显示,健康和疾病样本中有数百种不同表达的蛋白质[6]。在这项研究中,应用了生物标志物发现的临床前阶段,并对儿童B-ALL患者的血清样本进行了蛋白质组学分析,以分析糖蛋白的表达水平,目的是鉴定生物标志物,以帮助B-ALL的早期诊断和评估对诱导治疗的反应。

方法

患者和样本

收集了10名诊断时和诱导治疗后患有B-ALL的儿童患者的血清样本。这些患者是根据形态学、免疫表型和遗传测试进行诊断的。研究人群主要是来自中下阶层的儿童,他们在巴西塞亚拉州的一家儿童癌症诊断和治疗参考医院就诊。患者的平均年龄为6.15岁(n个 = 10); 女性患者的平均年龄为3.8岁(n个 = 6) 男性患者为3.5岁(n个 = 4). 所有患者在1至9岁时被指定为低风险(LR),白细胞(WBC)计数<50×109/五十、 无中枢神经系统受累。根据巴西儿童白血病治疗小组(GBTLI-LLA-2009)的方案进行风险分层和化疗。所有患者均经历了完全的临床和形态学缓解,目前仍存活。作为对照的血清样本来自10名非白血病儿童患者。所有样品在使用前均储存在−80°C下,并使用Nanovue Plus™仪器(GE Healthcare,瑞典乌普萨拉)测定浓度。这项研究得到了阿尔伯特·萨宾婴儿医院研究道德委员会的批准,该医院与塞拉州卫生部长有联系。

血清制备

对于每个样品,根据制造商的说明,使用HiTrap™白蛋白和IgG消耗柱(GE Healthcare)在KTA净化器10快速蛋白液相色谱(FPLC)系统(GE Heaulthcare。去除高丰度蛋白质后,收集流通部分,并在−80°C下储存,直至使用。

凝集素亲和层析

解冻无血清高丰度蛋白,在12000×在8°C下,通过0.22-μM膜(Vertipure™PVDF注射器过滤器,Veritical)过滤,并将其应用于之前所述制备的含有Sepharose-Frutalin的5-mL色谱柱中,该色谱柱位于KTA净化器10 FPLC系统(GE Healthcare)的XK16色谱柱中。用缓冲液A的五个CV(20 mM Tris–HCl,pH 7.4)清洗色谱柱,用洗脱缓冲液B的四个CV洗脱凝集素结合蛋白(20 mM-Tris–HCl,pH为7.4,含0.2 M半乳糖)。将洗脱的蛋白质溶液透析并以8000×(Vivaspin®6,分子量截止值为3kDa,GE Healthcare),并用于进一步分析。

蛋白质组分析

简单地说,每个含有50μg蛋白质的样品用0.2%RapiGest™SF(Waters,Milford,USA)变性,用10mM二硫苏糖醇还原,用10mm碘乙酰胺烷基化,并用胰蛋白酶酶消化(Promega,Madison,WI,USA。在该过程结束时,对样品进行离心,并将上清液转移到新的小瓶中,将5μL内标乙醇脱氢酶(ADH,50 fmol,访问码P00330号并添加85μL含0.1%甲酸的3%乙腈溶液。最终糖蛋白和ADH浓度估计分别为250 ng/μL和25 fmol/μL,最终体积为200μL。定量和定性纳米UPLC串联使用肽反相色谱法对消化后的样品进行了纳米电喷雾质谱(ESI-MS)实验,样品中的肽含量为3-40%(电压/电压)在nanoACQUITY UPLC核心系统中,将含有0.1%甲酸的乙腈保持在600 nL/min的流速下100 min。纳米ACQUITY C18 UPLC BEH 1.7μm,100μm×10cm反相柱与SCX 5μm,180μm×23mm预柱结合使用。所有分析均采用正离子ESI(+)模式下的电喷雾电离和NanoLockSpray源进行。数据相关采集(MSE类)使用SYNAPT HDMS G1质谱仪(Waters,Manchester,UK)进行测试,该质谱仪可在标准质谱仪(3 eV)和高能碰撞质谱仪之间自动切换E类(12–50 eV),用于在氩气存在下捕获“T波”CID(碰撞诱导解离)细胞。在低能量和高能量下,碰撞室的传输被调整为1eV,1s。飞行时间分析(TOF)后,收集m/z 50至3000光谱。然而,为了从m/z 300–3000有效采集LC/MS数据,设置了四极杆的射频偏移,确保LC/MSE数据中观察到的小于m/z 300的任何质量仅来自碰撞单元。因此,低质量值是已知的CID碎片产物,而不是源碎片的结果。为了处理光谱和数据库搜索,Protein Lynx Global Server(PLGs)软件包v.2.4包含表达式E类使用v.2.4程序。PLG使用一种新的算法,利用离子特性(即保留时间、前体/产物的强度和精确质量)处理MS获得的原始数据。使用无标签蛋白质组方法进行定量分析。然后,PLG生成了所有前体和产品的列表。该列表包含每个肽的前体和产物离子的质量,将在基于分类法的搜索条件下,根据非冗余蛋白质数据库UniProtKB/Swiss-Prot 57.1进行搜索(智人)]. 对于每个蛋白质,程序ExpressionE类从样品中选择所有相应的肽,并比较这些肽的强度以进行相对蛋白质定量。利用已知量的肽ADH的强度,该程序对数据集进行了自我标准化。然后过滤蛋白质列表,只显示每个样本的所有三次重复注射中存在的蛋白质,由此创建输出表。该表显示了蛋白质的名称、访问码和表达水平,并指出了它们是否上调≥2倍,下调≤0.5倍,或者它们是否在组间没有显著差异(不变),0.5<表达水平<2。

蛋白质相互作用网络分析

差异表达蛋白用于通路分析。Swiss-Prot登录号被插入检索相互作用基因/蛋白质(STRING)软件9.05版的搜索工具中,该软件可在http://string.embl.de/,具有以下分析参数:智人,置信水平0.400–0.900,使用主动预测方法[7].

结果和讨论

患者特征

患者的人口统计学和临床数据汇总于表1为了形成早期生物标志物的候选蛋白组并证明其表达谱,在两个不同的时间对儿科患者进行评估:诊断时(B-ALL组;n个 = 10) 诱导治疗后(AIT组;n个 = 10). 健康儿童样本(对照组;n个 = 10) 获得用于比较的数据。

表1

B-ALL患者特征总结

分配的代码性别诊断时的年龄FAB分类免疫表型分类核型风险小组物料需求侧治疗结果
第1页M(M)第一层通用无中期左后_CR公司
第2页F类第一层B级前无中期左后_CR公司
第3页F类5第一层通用56、XX、+X、+4、+6、+8、+10、+11、+14、+17、+21、+46、XX年3月左后_CR公司
第4页M(M)2第一层通用46,XY公司左后_CR公司
第5页F类2第一层通用46,XX年左后_CR公司
第6页F类第一层通用54、XX、+X、+6、+15、+15,+17、+18、+21、+21/46、XX左后_CR公司
第7页F类5第一层通用47,XY,+21 c左后_CR公司
第8页M(M)6第一层通用无中期左后_CR公司
第9页F类5第一层B级前46,XX年左后_CR公司
第10页M(M)第一层B级前46,XY公司左后_CR公司

代码:分配给研究的内部寄存器;M(M)男性,F类女性,左后低风险,物料需求侧最小残留疾病,CR公司完全缓解

减小动态范围

去除血清、HSA和IgG中的高丰度蛋白质,然后用固定在Sepharose™4B上的植物凝集素Frutalin进行亲和层析(图1),减少了动态范围,提高了识别低丰度蛋白质的能力。浓缩并消化含有感兴趣蛋白质的保留部分(FR)峰,以便稍后通过纳米LC-MS/MS进行分析。

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在带有Sepharose 4B的Frutalin固定化柱上,结合一个Al-KTA净化器10 FPLC系统的亲和色谱过程的图形表示。峰I代表非保留分数(FNR),峰II代表保留分数(FR)。在用各自的缓冲液洗脱后获得这些组分:20 mM Tris–HCl,pH 7.4,在0.15 M NaCl(缓冲液A)中,0.2 M半乳糖和20 mM Tris–HCl(缓冲液B)中,pH 7.4。蓝线表示280 nm处的吸光度,红色表示216 nm处的发射

蛋白质组分析

在蛋白质组学分析中,共鉴定出96个蛋白质。与对照组和AIT组相比,B-ALL中富含亮氨酸的α-2-糖蛋白1(LRG1)、凝集素(CLU)、凝血酶(F2)、肝素辅因子II(SERPIND1)、α-2-巨球蛋白(A2M)、α2-抗原酶(SERPINF2)、α-1抗胰蛋白酶(SERPINA1)、补体因子B(CFB)和补体C3(C3)过表达,因此被确定为B-ALL早期诊断的候选生物标记物。AIT组与对照组相比,这些蛋白质的表达水平没有显著差异,这些蛋白质表达水平没有任何显著变化,这一事实进一步证实了这些潜在的生物标记物在疾病状态下的存在,所有患者在治疗后均获得完全缓解(图2).

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B-ALL候选蛋白质生物标志物小组。蓝色列表示诊断时B-ALL患者与对照组相关的蛋白质表达水平。绿色列表示诱导治疗后(第35天)B-ALL患者相对于对照组的蛋白质表达水平。(*) ( < 0.05)

与对照组相比,B-ALL组的LRG1表达上调了2.16倍。LRG1参与细胞粘附和发育、蛋白质相互作用和信号转导。研究表明,它可能是卵巢癌、胰腺癌、口腔鳞癌的生物标志物[8,9]和非小细胞肺癌[10]。与对照组相比,B-ALL组的CLU(也称为载脂蛋白J)上调了2.64倍。CLU在多种组织中表达,具有普遍的表达模式。它对外界压力刺激有很高的敏感性。据报道,它具有抑制补体、清除细胞碎片、折叠变性蛋白(伴侣蛋白)和调节细胞死亡的功能[11,12]。一些研究表明,它在许多严重的生理条件下过度表达,包括退行性肾病和各种神经退行性疾病。CLU在许多人类癌症的发生和进展中也起着重要作用[13]。与正常组织相比,前列腺癌和肾癌的进展中观察到这种蛋白的水平更高[14,15]并且在间变性大细胞淋巴瘤中过度表达[16],卵巢癌[17],食管癌[18]和结直肠癌;它还与结直肠癌的预诊断有关[19]。CLU蛋白的积累与某些乳腺肿瘤的侵袭性相关[20].

我们的结果也证实了癌症与凝血相关现象之间的重要关系。一些研究报告称,大约50%的恶性疾病患者和90%以上的转移患者存在凝血和/或纤溶异常的证据[2125]。本研究中确定的几种蛋白质,如F2、SERPINF2、SERPIND1、A2M,已知与凝血有关;在这里,它们被发现过表达2.12倍、2.20倍、2.56倍和3.10倍。癌细胞可以通过产生凝血酶直接激活凝血系统,也可以通过刺激单核细胞表达多种前凝血蛋白间接激活凝血系统[25]。这些前凝血因子在癌细胞中表达,导致凝血因子VII和X的激活[26,27]。癌细胞释放的细胞因子触发单核细胞、血小板和内皮细胞的凝血活性。纤维蛋白的形成可发生在多种癌症组织中,纤维蛋白基质的形成似乎有助于保护癌细胞免受免疫系统的影响[28]。虽然这项研究报告了凝血相关蛋白在B-ALL患者中的过度表达,B-ALL是循环细胞的恶性肿瘤,但纤维蛋白原可能不参与非粘附性癌症的免疫保护,但可能起到促进癌症生长和扩散的作用[26,29,30]。一些研究报告了止血异常与胃癌之间的关系[31,32]以及癌症与血栓事件的关系[3338]。其他研究表明,血液中纤维蛋白原水平与胃癌的侵袭性相关[21,35]。Kwon等人[21]据报道,单次测定凝血标志物,尤其是凝血酶-抗凝血酶复合物(TAT)、纤维蛋白单体和D-二聚体,就足以确定癌症患者的预后和生存率。抗凝蛋白的过度表达可能是由于血液中过量凝血酶的刺激所致[21]。Braoudaki等人[39]报道了ALL患者骨髓血浆样本中A2M表达水平的差异性增加。在我们的研究中,B-ALL患者的血清中该蛋白上调了3.1倍,诱导治疗后其表达水平显著下降。然而,与对照组患者的血清样本相比,A2M的表达水平没有明显变化。这表明A2M实际上在B-ALL患者中上调,可以被视为疾病的候选生物标志物,也可以用于评估诱导治疗的反应。此外,血清分析比骨髓活检具有更小的侵入性[39].

与对照组相比,α-1抗胰蛋白酶(SERPINA1)上调了3.06倍。SERPINA1是一种血清糖蛋白,主要在人类肝脏和巨噬细胞中合成。它属于蛇毒蛋白家族,通过抑制中性粒细胞弹性蛋白酶和其他丝氨酸蛋白酶,包括胰蛋白酶、糜蛋白酶、组织蛋白酶G、纤溶酶、凝血酶、组织激肽释放酶和活化因子X(FXa),在控制组织降解中起着中心作用[4042]。许多类型的癌细胞已被证明表达并分泌α-1抗胰蛋白酶[4345]。此外,据报道,在许多炎症性疾病和各种恶性肿瘤中,如肝细胞癌、多发性骨髓瘤、胰腺癌、前列腺癌、原发性肺癌、宫颈癌、胃癌、喉癌、鼻咽癌、,乳腺癌和结直肠癌[4552]。一些研究报告称,这种蛋白的水平与癌症分期相关[47,5356]。此前对肺癌和前列腺癌的研究表明,血清SERPINA1高水平与癌症分期直接相关。也有人认为癌症患者血液中这种蛋白水平升高的主要原因是癌细胞的生长[47]。在最近的一项针对肺癌和前列腺癌的调查中,在治疗几周后观察到血清SERPINA1水平下降,这表明它可能是癌症治疗效果的一个重要指标[57].

发现与补体系统相关的补体因子B(CFB)和补体C3(C3)上调了3.06倍和6.36倍。补体系统是先天性免疫反应的重要组成部分,参与清除体内改变的细胞。由于与致癌相关的大量遗传和表观遗传改变,肿瘤转化可以提高恶性细胞激活该系统的能力[58]这可能解释了这些蛋白的过度表达,与其他报道肺细胞补体蛋白过度表达的研究一致[59,60]。虽然恶性细胞通常会形成对补体的保护和抵抗机制,但最近对补体活性调节机制的研究表明,过表达的蛋白质具有抑制活性[6163]。因此,本研究中发现的上调蛋白可能是B-ALL的候选生物标记物,因为只有癌症患者才能观察到表达的改变。接受诱导治疗并经历完全缓解的患者以及对照组的健康个体的血清中这些蛋白的表达水平没有变化,证实了这一结果。

如STRING相互作用数据库生成的蛋白质相互作用网络所示,所有在B-All组中发现上调的九种蛋白质都显示出相互作用的证据(http://string-db.org/)(图). 一些研究表明,凝血酶表达的增加与白血病以及其他几种疾病有关[64,65]。同样,如前所述,癌症患者血液中SERPINA1水平的增加与癌细胞的生长成正比;化疗后数周观察到下降。由于这些蛋白在分离使用时缺乏诊断B-ALL的特异性,我们建议建立生物标记物小组。

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STRING交互数据库生成的交互时间。所需置信度(分数):中等置信度(0.400)

结论

LRG1、CLU、F2、SERPIND1、A2M、SERPINF2、SERPINA1、CFB和C3被确定为B-ALL早期诊断的候选生物标志物;与对照组和AIT组相比,B-all组的所有蛋白都过度表达。与对照组相比,AIT组这些蛋白的表达水平没有任何显著变化。AIT组的所有患者在治疗后均获得完全缓解;这表明这些生物标记物仅在疾病状态下存在。这些候选生物标志物可能改善B-ALL的预诊断,而B-ALL目前在早期阶段很难诊断;这些生物标记物也可能提供诱导治疗后治疗反应的关键信息。需要进一步的临床研究来确定这些蛋白的过度表达是否与疑似ALL患者的急性症状发展有关。这些标记物可能有助于确定治疗反应,并提高患有该病的儿童的生存率。

致谢

FINEP,CNPq,RENORBIO-UNIFOR,ALBERT SABIN医院

缩写

所有急性淋巴细胞白血病
世界卫生组织世界卫生组织
左后低风险
白细胞计数白细胞
HSA公司人血清白蛋白
免疫球蛋白G免疫球蛋白G
FPLC公司快速蛋白质液相色谱法
ADH公司乙醇脱氢酶
字符串检索相互作用基因/蛋白质的搜索工具
LRG1系列亮氨酸-富α-2-糖蛋白1
CLU公司簇合素
地上二层凝血酶
SERPIND1系列肝素辅因子II
A2M型α-2-巨球蛋白
SERPINF2系列α-2-抗纤溶酶
SERPINA1号机组α-1抗胰蛋白酶
循环流化床补充因子B
C3类补体C3
周转时间凝血酶-抗凝血酶复合物

脚注

竞争性利益

作者声明没有利益冲突。

作者的贡献

MSC组织了研究计划,进行了实验并起草了手稿;JCTR进行数据分析并参与手稿撰写;MDPL、FBMBM和LPB进行了MS和色谱实验;DSL和JCM提供了样本和临床数据;RAM有助于实验设计并提供研究设施;ACOMM协调了该研究,参与了其设计并为写作做出了贡献。所有作者都阅读并批准了手稿。

工具书类

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文章来自生物标记物研究由以下人员提供BMC公司