图5

（A） UCSC基因组浏览器视图螃蟹2,第6页,重量6、和抄送2图中所示为Input（黑色）、WT ES H3K27me3 ChIP（深绿色）、KO ES H3G27me3 ChIP（深红色）、WT-RA H3K17me3 ChIP（浅绿）、KO-RA H3C27me3 ChIP（浅红）、WT-RA H3K4me3 ChIP。底部标注了ChIP-qPCR检测的区域。（B） 对WT进行H3K4me3 ChIP-seq(Utx公司^{飞行/飞行}；Jmjd3号机组^{飞行/飞行}；Cre公司^急诊室−TX）或KO(犹他州^{飞行/飞行}；Jmjd3号机组^{飞行/飞行}；Cre公司^急诊室+TX）细胞经RA处理。通过edgeR比较RA处理细胞中所有启动子（+/-1 KB）的标准化序列读数，以确定KO细胞中H3K4me3减少的启动子。对数倍变化（logFC）是根据每百万次读取的平均日志计数（平均logCPM）绘制的。在该图中，161个KO启动子显示RA处理后H3K27me3降低（logFC阴性，FDR<0.05，WT RA细胞中确定的H3K4me3 MACS峰值）。（C） 定量RT-PCR螃蟹2,第6页,重量6、和抄送2从Utx公司^{飞行/飞行}；Jmjd3号机组^{飞行/飞行}；Cre公司^急诊室ES细胞（Diff−）或RA治疗2天后（Diff+）未经治疗（−TX，浅灰色）或预先用他莫昔芬（+TX，黑色）治疗。N=每次处理3个样品。所有样本均相对于−TX分化+RA治疗进行了归一化。表达显著减少（p-vale=*0.01，**0.03，***0.001，****0.004）。（D） 通过ChIP-qPCR验证KO-RA细胞中H3K4me3的减少。H3K4me3的ChIPUtx公司^{飞行/飞行}；Jmjd3号机组^{飞行/飞行}；Cre公司^急诊室ES细胞（深绿色，Diff−）或RA治疗2天后（浅绿色或红色，Diff+）未经治疗（绿色）或用他莫昔芬（红色）预处理。IgG控件ChIP显示为白色条。H3K4me3阴性基因座（基因沙漠地区，阴性)用于与Npm1号机组（阳性对照），显示正常KO基因激活的基因(Foxa1 Hoxb1)和KO H3K4me3减少的基因(Crabp2，重量6). 仅限螃蟹2和重量6KO-RA治疗显示减少（p值=*0.01，**0.07）。（E） H3K27me3的ChIP螃蟹2和重量6相对于阴性对照（Slc2a8）。这两个基因均显示RA KO细胞中H3K27me3增加（浅红色条，p值=*0.003，**0.03）。