The Subread aligner: fast, accurate and scalable read mapping by seed-and-vote

Yang Liao; Gordon K. Smyth; Wei Shi

doi:10.1093/nar/gkt214

PMC全文：

《核酸研究》，2013年5月；41（10）：e108。

2013年4月3日在线发布。数字对象标识：10.1093/nar/gkt214

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表6。

外显子-外显子连接检测器在连接检测中的性能和使用模拟数据的读取映射

新闻报道	方法	交叉点		交叉口读数		所有读取内容		时间（分钟）
新闻报道	方法	收入（%）	科目（%）	收入（%）	科目（%）	收入（%）	科目（%）	时间（分钟）
30×	Subjunc公司	92.4	98.3	90.5	98	93.2	96.1	2
	MapSplice（贴图拼接）	93.1	97.3	86.3	95.4	95.8	88.9	15
	顶帽	92	92.3	86.7	91.9	95.7	92	16
	礼帽2	92.4	93.4	87.6	93.5	96.4	89	15
70×	Subjunc公司	93.2	98	90.7	98	93.3	96.1	三
	映射拼接	94	97	86.3	95.4	95.8	88.8	17
	顶帽	93	91.7	87.2	91.9	95.9	92	26
	顶帽2	93.5	93	88.1	93.4	96.6	88.9	24
100×	Subjunc公司	93.3	98	90.8	98	93.3	96.2	5
	MapSplice（贴图拼接）	94.3	96.9	86.3	95.5	95.9	89	18
	顶帽	93	91	87.2	91.9	95.9	92	32
	顶帽2	93.7	93	88.1	93.6	96.6	89	30

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使用了三个具有不同测序覆盖率（30×、70×和100×）的模拟数据集。“连接”列给出了每种方法检测外显子-外显子连接的召回率和准确性。召回率是模拟数据中生成的所有路口中正确报告的路口的百分比，准确率是所有路口中正确报告的路口的百分比。“连接读取”列（或“所有读取”列）给出了连接读取（或任何读取）映射的召回率和准确性。召回率是模拟数据中所有生成的连接读取（或所有读取）中正确报告的连接读取数（或任何读取）的百分比，准确性是所有报告的连接读（或任何读）中正确映射的连接读取量（或任何读数）的百分比。将使用默认设置为Subjunc提供结果。