The Subread aligner: fast, accurate and scalable read mapping by seed-and-vote

Yang Liao; Gordon K. Smyth; Wei Shi

doi:10.1093/nar/gkt214

PMC全文：

《核酸研究》，2013年5月；41（10）：e108。

2013年4月3日在线发布。数字对象标识：10.1093/nar/gkt214

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表4。

从过滤的基因组中生成的定位模拟读取的性能（重复区域被删除）

校准器	没有索引		带索引		时间（分钟）	内存（Gb）
校准器	收入（%）	科目（%）	收入（%）	科目（%）	时间（分钟）	内存（Gb）
子引线	95.96	99.72	95.58	99.31	16 (29)	7.6（4.3）
鲍蒂2	99.04	99.41	98.65	99.03	66	3.3
BWA公司	81.06	99.22	80.24	98.50	205	2.4
Maq公司	90.56	99.69			622	5.9
诺沃利尼	95.99	99.69	95.57	99.29	91	8
最后一位女士	72.78	99.45			256	4.6

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使用了两组数据。一个数据集包含索引，另一个不包含索引。列“Rec（%）”给出了数据集中包含的所有模拟读取中正确映射的读取的百分比，列“Acc（%）“给出了所有映射读取中正确贴图的读取的百分数。Maq和MrsFast不支持indel检测，因此对于包含indel的数据集，它们没有召回和准确度值。使用包含索引的数据集测量Subread、Bowtie2、BWA和Novoalign的运行时间和峰值内存使用量。括号中给出了设置为使用更少内存时Subread的运行时间和峰值内存使用量。