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妇科肿瘤。作者手稿;PMC 2012年12月11日提供。
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预防性维修识别码:项目经理3518863
美国国立卫生研究院:NIHMS425934号
PMID:22609620

腹腔注射铂治疗晚期卵巢癌患者ERCC1/XPF基因变异、mRNA和蛋白水平的比较

关联数据

补充资料

摘要

目标

接受以铂为基础的上皮性卵巢癌(EOC)化疗的患者中,约有20%是难治性的或出现早期复发。尽早识别这些患者可以降低治疗相关的发病率,并可以更快地转移到更有效的治疗方法。由于ERCC1在修复铂诱导的DNA损伤中的重要作用,ERCC1作为治疗反应的潜在预测因子备受关注。本研究的目的是准确测量接受铂类药物治疗的EOC患者ERCC1及其重要结合伙伴XPF的蛋白水平,并确定蛋白水平是否与mRNA水平、患者基因型或临床结果相关。

方法

ERCC1号机组XPF公司采用逆转录聚合酶链反应和western blots检测41例接受腹腔内铂类化疗患者冰冻EOC标本中的mRNA和蛋白水平。还分析了常见核苷酸多态性的基因型。患者预后包括无进展(PFS)和总生存率(OS)。

结果

的表达式ERCC1号机组XPF公司在mRNA和蛋白质水平上,它们之间存在紧密的相关性。然而,ERCC1的mRNA和蛋白水平并不呈正相关。同样,所分析的SNP均与ERCC1或XPF蛋白水平无关。mRNA水平与患者预后呈负相关。

结论

基因型和mRNA水平都不能预测蛋白质表达。尽管如此,低ERCC1号机组mRNA与PFS和OS的改善显著相关。

关键词:DNA修复、铂治疗、化疗耐药性、生物标志物、预后、单核苷酸多态性

介绍

上皮性卵巢癌(EOC)仍是我国妇科恶性肿瘤死亡的主要原因。大多数患有晚期疾病的女性都接受了积极的手术治疗,然后进行以铂/紫杉醇为基础的化疗[1,2]. 75%至80%的女性对该治疗方案有反应。其他20-25%的患者是难治性的,没有反应,或对铂类药物耐药,在治疗结束后6个月内癌症复发[——5]. 到目前为止,还没有办法预测谁会对铂类化疗有反应,谁有耐药性并会早期复发。制定一项战略来识别对标准一线化疗耐药的患者是改善EOC患者治疗的关键一步[6,7].

基于铂的治疗的疗效尚不完全清楚,但其细胞毒性通常被认为是由铂-DNA加合物的形成介导的[8]. 顺铂主要在DNA中相邻嘌呤和其他加合物之间形成1,2-链内交联和链间交联[9]. 从DNA中去除铂链内交联的唯一机制是核苷酸切除修复(NER)[10]. 这种机制需要30多个蛋白质来识别DNA加合物,切除它们,并替换缺失的核苷酸。ERCC1-XPF异二聚体是NER必需的内切酶[11]. DNA顺铂形成的DNA加合物中约有5%是链间交联[9]. 链间交联具有极强的细胞毒性,并被认为可以驱动化疗中使用的交联剂的抗增殖作用[12]. 链间交联通过一种不同于NER的机制修复,但也需要ERCC1-XPF核酸酶[13]. 因此ERCC1和XPF是修复所有铂诱导的DNA加合物所必需的唯一两种蛋白质。

基于DNA修复中的这一关键作用,很多工作都集中在是否ERCC1号机组表达预测肿瘤对铂治疗的耐药性。在EOC中,与其他肿瘤类型一样,ERCC1号机组基因型、mRNA水平和蛋白质水平被推测反映ERCC1-XPF核酸酶的功能水平,从而反映细胞DNA修复能力[14——26]. 在早期的研究中,我们证明了ERCC1基因型与临床结果之间的关联,这在通过腹腔(IP)途径治疗的女性中尤其明显[16]. 值得注意的是,ERCC1-XPF调控机制尚未建立,可能在转录、翻译或翻译后水平。此外,ERCC1-XPF是否是NER或品牌间交联修复的速率限制尚不清楚。虽然这并不排除ERCC1号机组作为一种临床有用的生物标记物,这种相关性可能与DNA修复无关。

重要的是通过定量测量单个肿瘤样本中ERCC1-XPF mRNA和蛋白水平,并确定这些参数与临床结果之间是否存在任何相关性,来解决这些知识差距。因此,本研究的目的是利用一个特征明确的肿瘤样本集,通过免疫印迹法准确测量ERCC1-XPF表达蛋白水平,并确定是否与mRNA水平、单核苷酸多态性(SNP)有任何相关性以及临床结果,以获得ERCC1-XPF对铂类化疗的肿瘤耐药作用的机制性认识。

方法

患者和组织

从匹兹堡大学医学中心的Magee女性健康组织库中获得41份未经鉴定的冷冻卵巢肿瘤样本。纳入标准包括接受IP铂化疗的女性和确诊的EOC。术后前2年每3个月对患者进行一次评估,随后3年每6个月进行一次。进展由RECIST标准或实验室正常CA125的加倍定义。所有样本和临床数据都是通过诚实的经纪人系统从知情同意的患者那里收集的。这项研究得到匹兹堡大学机构审查委员会的批准。

统计分析

从手术开始测量无进展生存期(PFS)和总生存期(OS)。PFS是疾病复发或死亡的时间,以先到者为准。OS是直到死亡的时间,无论原因如何。根据患者的ERCC1号机组XPF公司mRNA或蛋白质表达(低、中和高),每个亚组包括大约相同数量的患者。使用Kaplan-Meier程序估计PFS和OS,并使用log-rank检验比较存活分布的组间差异。使用Cox比例风险模型估计根据年龄和阶段调整的风险比(HR)。之间的关联ERCC1/XPF公司采用Wilcoxon秩和检验评估基因型和mRNA/蛋白表达。计算斯皮尔曼等级相关性以测量ERCC1号机组XPF公司表达式。

DNA分离和基因分型

按照制造商的说明,使用Purgene Genomic DNA纯化试剂盒(明尼苏达州明尼阿波利斯Gentra)从组织中分离基因组DNA。请参见基因分型的补充数据细节。

ERCC1和XPF mRNA的测定

根据制造商的说明,使用Trizol试剂(Invitrogen;Carlsbad,CA)从冷冻肿瘤样品中分离出总RNA。分离后,用DNaseI(Invitrogen)处理去除DNA。通过在280和260 nm处测量吸收来测定RNA的质量和数量。使用高容量试剂盒(加利福尼亚州福斯特市应用生物系统公司)从2μg总RNA合成cDNA。的表达式ERCC1号机组(化验ID#Hs00157415)和XPF公司根据制造商的说明(Applied Biosystems),在ABI Prism 7700序列检测系统上通过实时聚合酶链反应(PCR)测定(Hs00193342)。PCR使用TaqMan®基因表达分析(Applied Biosystems)进行,该分析包含TaqMan-未标记引物和用于靶基因的FAM(荧光素)染料标记MGB(小沟粘结剂)探针。这个GAPDH公司该基因(检测ID#Hs99999905)被用作所有样本的内源性参考。所有扩增周期均在一次50μl的cDNA反应中进行,cDNA相当于100 ng总RNA。一个典型的50μl反应样品含有25μl TaqMan通用PCR Master Mix(含有1X TaqMan缓冲液、200μM dNTPs、5 mM MgCl21.25U AmpliTaqGold和0.5U Amperase尿嘧啶-N-葡萄糖基酶(UNG)以及TaqMan引物和MGB探针。热循环条件为50℃下2min和95℃下10min,然后在95℃下45次循环30s和60℃下1min。使用比较CT(Cycle-Threshold)方法(Applied Biosystems,2001)测定相对表达,该方法包括目标基因拷贝数的标准化(ERCC1号机组XPF公司)内源性参考基因(GAPDH公司). 所有实验均进行了两次,并计算了重复次数的平均CT(周期阈值)值±平均值的标准误差。CT值是指荧光强度穿过阈值线的周期数,阈值线设置在放大图的指数阶段,高于背景水平。

ERCC1和XPF蛋白的测定

41例患者中,有足够的冷冻肿瘤标本用于25例患者ERCC1和XPF蛋白的免疫印迹定量。对冷冻样品进行超声波处理,使其在1mL莱姆利缓冲液(10%甘油、50 mM Tris-HCl,pH 6.8和2%十二烷基硫酸钠)中均匀化组织,该缓冲液含有7 M尿素、5 mM二硫苏糖醇、0.5 mM苯甲基磺酰氟和1μg/mL蛋白酶抑制剂、亮氨酸蛋白酶、抑肽酶和胃蛋白酶抑制素。通过在4°C下以10000 rpm离心15分钟,清除粗匀浆中的碎片。上清液储存在−80°C的等分溶液中,直至分析。通过10%SDS-PAGE分离每个样品中的50μg总蛋白,并将其转移到硝酸纤维素膜上。薄膜被纵向切成两半。用一级抗体Ab-1(小鼠单克隆,Neocarkers,1:1000)和碱性磷酸酶(AP)结合的山羊抗小鼠二级抗体(1:7500,Promega)在膜的上部(MW 120 kDa)检测到XPF。ERCC1用一级抗体FL-297(兔多克隆,Santa Cruz,1:1000)和AP结合山羊抗兔二级抗体(1:7500,Promega)在膜的下部(分子量37 kDa)检测到。用一级抗体ab13822(鸡单克隆抗体,1:1000,Abcam)和AP-结合山羊抗鸡二级抗体(1:1000;Abcam。使用重组ERCC1-XPF[46]作为ERCC1和XPF电泳迁移率的内标。蛋白质水平通过密度测定法进行定量,并使用肌动蛋白对照物进行负荷校正。

结果

肿瘤标本

从41名患有EOC的Magee Womens Hospital患者中获取冰冻肿瘤样本,这些患者同意将其组织存放在匹兹堡大学组织库中。患者特征如所示表1。其中40名患者患有III-IV期疾病。样本是在他们最初的去鳞手术中采集的。所有患者在手术后立即接受以铂为基础的化疗。33名患者完成了全部6个周期的IV/IP联合治疗。所有患者都至少接受了一个周期的静脉注射/IP化疗。患者从IV/IP联合化疗改为移植并发症、血液毒性、腹痛和疲劳加重。需要中断IV/IP治疗的8名患者均使用静脉注射卡铂和紫杉醇完成了总共6个化疗周期。

表1

患者特征(n个=41).

特性没有患者(%)
年龄(年)
中位数(范围)57 (40–76)
阶段
1(2.4)
33(80.5)
7(17.1)
组织学
塞卢斯31(75.6)
清除单元格4(9.8)
癌肉瘤2(4.9)
未知4(9.8)
肿瘤分级
22(4.9)
39(95.1)
去堵塞状态
最优的37(90.2)
次优4(9.8)
最佳的去块包括显微残留物和任何小于1 cm的疾病总残留物。

卵巢癌中ERCC1和XPF mRNA的水平

ERCC1号机组XPF公司使用从冷冻肿瘤标本中分离的总RNA,使用GAPDH mRNA水平作为对照,通过qRT-PCR测量mRNA(图1A). ERCC1号机组肿瘤之间的mRNA(范围:0.91–80;25–75百分位:2.6–11.5)XPF公司mRNA(范围:0.27–6.0;第25–75个pct:0.81–2.6)。中位水平ERCC1号机组mRNA表达为6.0XPF公司mRNA表达为1.3。There was a highly significant correlation between the levels ofERCC1号机组XPF公司信使核糖核酸(图1B第页=0.83,第页<0.001).

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ERCC1号机组XPF公司EOC中mRNA的表达。(A) 显示以下级别的图表ERCC1号机组单个卵巢肿瘤在初级纵轴和XPF公司次级纵轴上的mRNA水平。水平轴上的肿瘤是通过增加ERCC1号机组mRNA。(B) 散点图显示ERCC1号机组mRNA水平与XPF公司同一肿瘤的mRNA水平。mRNA水平之间的相关性非常显著(第页=0.83,第页<0.001).

卵巢癌ERCC1和XPF蛋白水平

用肌动蛋白作为负荷对照,从冷冻肿瘤样品中制备蛋白质提取物,并用免疫印迹法测定25个样品(有足够冷冻材料的肿瘤子集)的ERCC1和XPF蛋白水平(图2A). 与mRNA表达类似,ERCC1和XPF蛋白的表达水平在肿瘤之间存在差异(图2B)ERCC1和XPF蛋白水平高度相关(图2C第页=0.85,第页<0.001). 令人惊讶的是ERCC1号机组mRNA和蛋白质水平(图3A和C第页=−0.41,第页=0.048). 没有证据表明XPF公司mRNA水平与XPF蛋白水平正相关或负相关(图3B和D). 这些数据提供了确凿的证据,证明ERCC1和XPF的mRNA水平不能用于预测蛋白质水平。

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ERCC1和XPF蛋白在EOC中的表达。(A) 肿瘤蛋白提取物的代表性免疫印迹,以测量ERCC1和XPF蛋白水平。肌动蛋白被用作加载控制。星号表示不相关的交叉反应带。(B) 显示每个分析的EOC中ERCC1(白色条)和XPF(灰色条)的校正免疫印迹带强度的图表。实心黑线表示ERCC1与XPF的带强度之比。水平轴上的肿瘤是通过增加XPF蛋白水平来组织的。(C) 单个肿瘤中校正的XPF蛋白水平与ERCC1蛋白水平的散点图。ERCC1和XPF蛋白水平之间的相关性非常显著(第页=0.85,第页<0.001).

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ERCC1和XPF mRNA和蛋白质水平的比较。(A) 单个肿瘤ERCC1蛋白与mRNA的散点图。mRNA和蛋白质水平之间存在显著的负相关(第页=−0.41,第页=0.048); (B) 单个肿瘤XPF蛋白与mRNA的散点图。两者之间没有相关性;(C) 单个肿瘤和ERCC1号机组mRNA(灰色线;次纵轴)。肿瘤是通过增加ERCC1号机组mRNA;(D) 单个肿瘤和XPF公司mRNA(灰色线;次纵轴)。肿瘤是通过增加XPF公司mRNA。

遗传变异分析

两者中两种常见的多态性ERCC1号机组(C/T密码子118和C8092A)和XPF公司(G1244A和T2505C)也进行了分析。为了确定每个多态性对ERCC1号机组XPF公司表达,我们将分析局限于普通或变异等位基因纯合子的患者(表2). 118密码子的C和T等位基因纯合子患者数量大致相等(8对11),但位于8092位的A/A基因型比C/C基因型罕见得多(3对20)。的排序XPF公司发现只有5名患者在2505位C等位基因纯合,而22名患者具有T/T基因型。没有一名患者的A基因在第1244位为纯合子XPF公司ERCC1号机组XPF公司对每个SNP纯合的所有患者的mRNA和蛋白质水平进行平均。ERCC1号机组两种基因型患者的mRNA或蛋白质水平ERCC1号机组SNP。同样XPF公司T2505C时C/C或T/T基因型患者的mRNA或蛋白质水平XPF公司

表2

遗传多态性对ERCC1和XPF mRNA和蛋白表达水平的影响。

mRNA表达
蛋白质表达
SNP公司不。中位数(第25–75个百分点)第页价值不。中位数(第25–75个百分点)第页价值
ERCC1号机组
密码子0.1220.102
118
  信用证82.96 (1.99–3.68)66.75 (4.54–8.26)
  碳/吨226.42 (2.77–17.51)144.14 (3.21–6.30)
  电汇118.51 (4.29–9.92)42.95 (2.06–4.66)
C8092A型0.1010.379
  信用证207.99 (3.53–11.50)103.97 (2.98–6.02)
  信用证185.52 (2.55–17.27)125.23 (3.95–8.26)
  A/A公司2.23 (0.91–3.34)25.11 (3.08–7.14)
XPF公司
G1244A型--
  G/G公司391.23 (2.57–2.64)248.69(5.60–12.66)
  G/A公司21.23 (0.74–2.97)0
T2505C型0.4300.534
  电汇221.27 (1.00–1.45)156.93(4.38-12.24)
  T/C(电汇)142.23 (1.07–3.32)69.08 (6.30–13.08)
  信用证51.17 (0.64–1.95)11.07 (8.89–13.09)

患者存活率

PFS和OS是从他们首次手术脱脂的日期开始计算的。41例患者中有33例病情进展,其中17例在分析时死亡。在世患者的中位随访时间为30个月(范围:19-46个月)。总的来说,PFS中位数为14.3个月(95%CI:11.2-19.6),在本次分析中未达到OS中位数。

为了进行生存分析,根据ERCC1号机组XPF公司mRNA表达(低、中、高;ERCC1号机组: <3.0, 3.0–8.9, ≥9.0;XPF公司:<1.0,1.0–1.9,≥2.0),每个亚组包括大约相同数量的患者。ERCC1号机组mRNA表达与短PFS显著相关(第页=0.040)和更短的操作系统(第页=0.006) (图4A和B). 根据年龄和阶段进行调整后ERCC1号机组该水平与疾病进展风险增加26%相关(HR=1.26,95%CI=0.96-1.65,第页=0.093)或死亡风险增加73%(HR=1.73,95%CI=1.16–2.58,第页=0.007). 还有人建议XPF公司mRNA表达可能与PFS缩短有关(第页=0.204)和OS(第页=0.271),但相关性在统计学上不显著(图4C和D). 相反,无论患者是否分组,ERCC1或XPF蛋白表达水平均与PFS或OS无显著相关性(数据未显示)。总之,这些表达数据支持以下结论:qRT-PCR是测量肿瘤中ERCC1表达的最佳方法,可作为患者对基于铂的治疗反应和生存率的潜在预测指标。

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EOC患者预后与ERCC1号机组XPF公司mRNA表达。ERCC1号机组mRNA表达分为高、中或低,其对(A)PFS和(B)OS的影响用Kaplan-Meier图表示。同样XPF公司绘制了(C)PFS和(D)OS的mRNA表达图。

讨论

有必要确定预测患者对化疗反应的策略,以避免不必要的毒性并改善癌症患者的预后。ERCC1-XPF参与消除顺铂诱导的DNA损伤所需的两条修复途径。因此,这种核酸内切酶是一种很有吸引力的潜在生物标记物,可以预测以铂为基础的治疗是否会杀死肿瘤细胞。关于ERCC1号机组癌症中的表达水平部分是由于尚不清楚该蛋白的表达是在转录水平还是翻译后水平上受到调节。此外,在许多临床试验中用于测量ERCC1蛋白水平的8F1抗体是非特异性的[27,28]. 在这项研究中,我们利用了一种独特的资源(来自卵巢癌患者队列的冷冻肿瘤标本,所有患者都接受了基于铂的治疗,结果已知)来明确量化ERCC1及其重要结合伙伴XPF的蛋白质水平。这些数据是新颖的,因为在一组肿瘤中分析了这两个基因的蛋白水平、mRNA水平和基因型,不仅可以评估这些变量与患者预后的相关性,还可以评估它们之间的相关性。

ERCC1和XPF在彼此不存在的情况下不稳定体内[29——32]. 这意味着ERCC1和XPF只彼此形成异二聚体,没有单独的功能。事实证明了这一点错误代码1−/−Xpf公司−/−小鼠具有相同的表型[30,33]. 第二个暗示是,在临床样本中,ERCC1和XPF蛋白水平应显著相关。我们的研究证实了这一点(图2),其中蛋白质水平通过免疫印迹和适当的负荷控制进行定量评估。据我们所知,这是迄今为止唯一使用经验证的抗体通过该方法测量冷冻肿瘤样本中ERCC1-XPF蛋白水平的研究[28].

C→T多态性ERCC1号机组密码子118(Asn)将密码子从AAC(一种常用的密码子)更改为AAT(在哺乳动物细胞中很少使用)。这可能会延迟翻译,可能导致ERCC1蛋白水平降低[34]. 然而,C/C或T/T基因型肿瘤中ERCC1蛋白水平没有显著差异(表2). C8092AERCC1号机组SNP是内含子。因此,在ERCC1号机组基因型间的mRNA稳定性。尽管有这一预测,但我们无法检测到C/C和a/a基因型之间mRNA或蛋白质水平的显著差异,尽管我们的样本量很小。这两个XPF公司本研究中检测到的SNP位于该基因的编码序列中。G1244A导致氨基酸从精氨酸转变为谷氨酰胺。这在我们的队列中太少了,无法进行分析。T2505基因型、丝氨酸残基的沉默多态性与mRNA或蛋白质水平之间没有相关性。因此,没有证据表明这些经常被研究的SNPsERCC1号机组XPF公司影响DNA修复酶的表达。

基于ERCC1和XPF蛋白水平之间的高度显著相关性,测量两者都可以潜在地了解肿瘤或组织的DNA修复能力。然而,在用铂治疗的上皮性卵巢癌中,ERCC1或XPF蛋白水平与总生存率或无进展生存率之间没有显著相关性(图4). 这种相关性的缺乏可能是因为ERCC1-XPF水平不是DNA修复的速率限制,或者DNA修复并没有驱动铂耐药性。此外,仅评估一种DNA修复方法可能具有有限的临床价值。因此,使用评估不同DNA修复机制的生物标记物组合可能会增加更多特定的肿瘤信息,并导致建立预测模型,以识别肿瘤可能对铂类疗法有反应或耐药的患者。

与蛋白质表达相比,与改善患者预后(OS和PFS)相关的一项指标较低ERCC1型mRNA表达。这种相关性以前在包括卵巢癌和肺癌在内的多种肿瘤类型中都有报道,而其他肿瘤类型没有检测到这种相关性[20——22,24,25,35]. 这些先前的研究援引了一种机制,推测较高的mRNA水平反映了较高的ERCC1蛋白、增加的DNA修复,从而导致顺铂耐药性[24,36]. 然而,我们确定ERCC1 mRNA水平与ERCC1蛋白水平呈负相关(图3A和C). 此外,ERCC1蛋白水平与患者预后之间没有显著相关性。因此,mRNA水平与患者预后之间的关联可能是样本大小的伪影,需要进一步研究。二者之间相关性的另一种解释ERCC1号机组mRNA水平和临床结果可能是间接的。例如ERCC1号机组可能至少部分受到RAS的监管[37]. RAS激活与小鼠侵袭性EOC有关[38]. 有趣的是,RAS转化促进了对顺铂的耐药性[39]. 因此,可能会增加ERCC1号机组mRNA与患者预后不良相关,只是肿瘤中RAS激活的替代标记物。

总之,ERCC1号机组回顾性分析IP顺铂治疗的EOC患者肿瘤中的mRNA水平与预后相关。下一个关键步骤是确定ERCC1号机组mRNA水平可用于前瞻性地确定哪些EOC患者应接受铂类治疗。必须强调的是ERCC1型mRNA表达尚不清楚。较高的ERCC1号机组XPF公司mRNA水平并不反映较高的蛋白质水平。因此,高ERCC1 mRNA与低PFS和OS之间的联系很可能不是由ERCC1-XPF依赖的DNA修复介导的。

补充材料

1

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2

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致谢

我们感谢Richard D.Wood博士、Grady F.Saunders德克萨斯州史密斯维尔德克萨斯大学M.D.Anderson癌症中心分子生物学杰出教授慷慨提供重组ERCC1-XPF用于免疫印迹。

财务数据关闭N.B.和L.J.N.得到了美国国立卫生研究院ES016114和ES016114-03S1的支持。M.S.、T.K.和J.D.由匹兹堡大学医学中心Magee女子医院提供支持。K.D.和C.T.得到了罗斯维尔公园癌症研究所妇科肿瘤组统计和数据中心的支持。资助者在研究设计、数据收集和分析、决定出版或编写手稿方面没有任何作用。

脚注

本文的补充数据可以在网上找到http://dx.doi.org/10.1016/j.ygyno.2012.05.006

利益冲突声明作者声明没有财务利益冲突。

作者身份N.B.、T.K.、L.C.和J.D.设计了实验。N.B.、M.S.和K.N.获得了数据。K.D.和C.T.进行了统计分析。N.B.、K.D.、L.N和J.D.起草了手稿。所有作者都协助数据解释、手稿修订,并批准了这份手稿的最终版本。

工具书类

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