自从十多年前发现小RNA分子以来，很明显，这些曾经被忽视的遗传物质在控制基因表达方面起着决定性的重要作用。虽然通常只有21到24个核苷酸长，但小RNA调节着从发育模式和基因组重排到抗病毒防御的多种细胞过程。他们通常通过靶向特定核苷酸序列来关闭基因表达来完成这些任务。
在植物和动物中都发现了小RNA，它们主要分为两类微小RNA（miRNA）和短干扰RNA（siRNA）。miRNAs由非蛋白编码转录物产生，这些转录物采用扩展的“折回”结构，然后被称为Dicer或Dicer-like（DCL）的酶切割。另一方面，siRNAs来源于完全碱基配对的双链RNA，也被Dicer切割。一些siRNAs需要称为RNA-依赖性RNA聚合酶（RdRp）的酶。miRNAs和许多类型的siRNAs在转录后起作用，也就是说，它们影响已经表达或转录成RNA-以引导分裂或阻止翻译成蛋白质的基因。在植物和一些动物中，这种转录后RNA干扰（RNAi）起到适应性抗病毒反应的作用。siRNAs还可以通过改变染色体组装成的染色质（DNA蛋白复合体）和阻止转录来“沉默”基因表达。人们认为，染色质沉默是一种基因组防御机制，通过将基因保持在紧密卷曲的、因而无法访问的“异色”状态，防止移动遗传元素或入侵DNA（例如病毒）的潜在损伤。
虽然关于控制小RNA的机制和途径还有很多要学，但很明显，它们为基因表达增加了重要的调控层和灵活性。现在，由俄勒冈州州立大学的詹姆斯·卡林顿和洛杉矶加利福尼亚大学的史蒂夫·雅各布森领导的一个团队证明，植物已经进化出多种系统，以产生具有特殊调节和防御功能的不同类别的小RNA。第一种产生miRNAs；第二种产生调节染色质结构的siRNA；第三种产生siRNA以应对病毒感染。每个系统都需要三种不同DCL蛋白的独特功能谱；siRNA系统的每个功能都与几个RdRp蛋白中的一个相协调。研究人员提出，这些蛋白质在植物中发生的扩展和随后的多样性，而不是在许多动物中发生的，促成了专门的小RNA导向途径的多样性。
在中工作拟南芥植物生物学家最喜欢的模式生物谢志新等人分析了一系列无功能突变体dcl公司和无线电数据记录器基因以及其他一些感兴趣的突变体，以确定小RNA对这些蛋白质丢失的反应。两种突变（dcl公司基因和另一个基因中的一个）影响miRNAs，或者损害其功能，或者减少其数量。RdRp蛋白对miRNAs无任何影响。研究人员对siRNA进行了相同类型的遗传分析，发现不同的DCL突变导致一类siRNA的减少，而RdRp突变几乎消除了这些siRNA群体。
由拟南芥作者总结道，基因组在基因组维护、表达和防御中发挥着重要作用。鉴于大量siRNAs来自高度重复的序列，例如由病毒或移动基因元件引入的序列，可能是细胞感应到这种“侵入性”序列复制事件，并通过沉默这些潜在的破坏性序列来利用siRNAss进行干扰。通过这种方式，染色质相关的siRNAs可以在转录后RNAs的基础上提供一条额外的抗入侵序列的防线，这是一种双重适应性优势，因为快速传播的病毒或过度增殖的转座子（也称为跳跃基因）可能会对植物种群造成严重破坏。
无论小RNA在基因组调控中可能发挥什么其他作用，它们也与生长和发育的调控有关，它们的主要责任似乎是阻断基因表达。无论是通过控制染色体活性来阻止基因转录，还是通过抑制或降解RNA转录物来阻止转化为蛋白质，小RNA似乎对细胞的整体基因表达程序做出了广泛的贡献。
