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数据库（牛津）。2011; 2011年：bar046。
2011年10月29日在线发布。 数字对象标识：10.1093/数据库/bar046
PMCID公司：PMC3204613型
PMID：22039163

CELLPEDIA：用于细胞研究和分化分析的人类细胞信息库

鸠山由纪夫,1,2 千叶弘子,1 哈里·阿姆里·莫萨,1,三 Takeaki Taniguchi先生,4 长井佐治,1,2 Koji Yamanegi公司,5 Takako Takai-Igarashi塔卡伊加拉什,7 田中浩,7和藤崎和太郎1,6,7,*
作者信息 文章注释 版权和许可信息 PMC免责声明

摘要

CELLPEDIA是一个人类细胞当前知识库数据库。它包含各种类型的信息，例如细胞形态、基因表达和文献参考。CELLPEDIA的主要作用是为生物医学领域提供人类细胞的数字词典，包括支持再生医学中人工生成细胞的特征描述。CELLPEDIA的特点是：（i）它自己的细胞分类方案，除了传统的分类法外，整个人类细胞还根据其物理位置进行分类；以及（ii）从生物医学教科书和期刊论文中汇编的细胞分化途径。目前，人类分化细胞和干细胞分别被划分为2260和66个细胞分类关键字，从中可以检索到细胞分化或转分化途径中报告的934个亲子关系。据我们所知，这是第一次尝试开发数字细胞库，作为积累人类细胞现有知识的公共资源。除了需要验证的数据提交页面外，CELLPEDIA主页可以自由访问（请发送密码请求至cell-info@cbrc.jp).

数据库URL: http://cellpedia.cbrc.jp/

介绍

人体由超过10万亿个细胞组成，这些细胞具有高度多样的结构和功能，并发挥特定的生理作用(1). 许多组织学和分子生物学教科书指出，成人人体内有～200种细胞(2). 然而，这一经典观察主要基于形态学或组织学角度，尚未系统建立基于基因表达水平的细胞分类系统。这有时会导致现代细胞生物学的混乱。事实上，有些细胞具有相同的名称，但表现出不同的特征。例如，“成纤维细胞”存在于多种组织中，但已知其具有不同的特征，例如细胞分化能力，这取决于其谱系和周围条件(三). 同样，有报道称，在结肠近端和远端等稍有不同的位置发现的细胞之间存在不同的基因表达水平(4). 在干细胞研究中，最近有报道称，骨髓中只有一组具有不同基因表达模式的特殊窦状内皮细胞调节造血干细胞的特性(5). 最近，已经开发了几种用于此类研究的有效策略，包括微阵列和其他单细胞分辨率的高通量技术，以检测细胞之间的微小差异(6,7). 利用这些技术进行基因表达分析可能在不久的将来揭示同一或不同组织中单个细胞的不同特征。

利用胚胎干（ES）或诱导多能干（iPS）细胞进行细胞分化的广泛研究取得了显著进展(8,9)产生的细胞具有不同于人体内天然细胞的特征(10). 一些报告表明，通过对其他分化细胞进行重新编程，可以直接生成多种类型的细胞(11,12). 因此，迫切需要一个更详细和结构良好的分类系统，以提供参考细胞，用以表征人工生成的细胞或区分功能相似但位置不同的细胞。此外，迫切需要为自然存在和人工生产的细胞积累和提供细胞分化或转分化信息，以进一步加强对生产特定类型细胞的设计方法或路线的研究。

受早期细胞研究重要性的启发，我们在2004年开发了一个名为“CellMontage”的基因表达谱数据搜索系统，并提供了细胞目录的草案版本(13). 在之前的版本中，我们使用了经典的细胞分类法，并为～200种细胞类型存储了细胞插图。在CELLPEDIA中，通过将传统分类法与物理映射相结合，提出了一个新的详细的细胞分类系统，允许对任何自然存在的细胞进行唯一识别。CELLPEDIA以改进的分类法为基础，为细胞图像、基因表达和细胞分化数据提供了存储库，为生物医学领域提供了人类细胞的数字词典。预计该数据库在不久的将来将成为细胞相关研究的一个越来越重要的工具，包括再生医学和细胞疗法。

CELLPEDIA的一般特征

数据库结构

最新版本的CELLPEDIA由两大类细胞组成：“分化细胞”和“干细胞”。“分化细胞”类别包含代表特定功能或特征的完全分化或成熟细胞的信息，而“干细胞”类别则包含未分化或未成熟细胞的消息，例如祖细胞或多能干细胞。任一类别中的每个细胞条目都包含三个主要（即原始）数据：（i）细胞和组织的数字图像；（ii）基因表达数据；以及（iii）关于细胞功能和分化的期刊文章。细胞图像和基因表达数据基本上是通过实验室或公共数据的提交页面收集的。期刊文章是从PubMed手动编译的(14)作者的观点。目前，已注册365张图像、878份基因表达谱和336篇关于“分化细胞”的文章。对于“干细胞”，注册了36张图像、92份基因表达谱和83篇文章。这些主要数据通过我们自己的单元分类键相互链接（在‘增强的单元格分类系统部分）。上述所有三种类型的主要数据都可以从一个集成页面中检索，以及其他次要信息，包括（iv）有关细胞形状的图像参数；（v） 开放生物医学本体（OBO）细胞类型本体；和（vi）细胞分化邻域联系(图1).

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肝细胞关键词搜索和集成页面示例（分化细胞ID:160032）。(一)通过关键字搜索检索细胞分类条目（关键字：肝、小叶、肝）如图所示（步骤1）。单击单元格分类页面中的图像ID将进入集成页面（步骤2）。集成页面由三种主要数据组成：(b条)细胞（和组织）的数字图像；(c（c）)基因表达数据；和(d日)期刊文章。还提供了其他次要信息，包括（b）有关细胞形状的图像参数（形态学特征表）；(e（电子）)海外建筑运营管理局细胞类型本体；和(（f）)细胞分化邻域联系。

为了方便访问任何数据，首页上的关键字搜索框可用于我们的细胞分类法，以及上面引用的所有主要和海外建筑运营管理局细胞类型本体信息。图1a显示了一个搜索结果的示例，该搜索结果由搜索目标“human cell taxonomy”中的关键字“hepatic，globle，liver”查询。用户可以从检索到的细胞类型列表中选择一个最喜欢的条目，通过单击图像ID显示所选细胞的集成页面。细胞或组织的位置由国家信息与通信技术研究所（NICT）提供的男性和女性人体体素模型显示(15). 我们还提供了预计算的基因模块或双聚类，这些模块或双簇是使用我们的软件程序“基于项目集的超快速算法组装模块系统”（SAMURAI）从上述收集的基因表达数据中提取的(16). 基因模块由基因子集和实验子集组成，SAMURAI详尽地提取在查询和基因表达数据库中共享共同基因表达模式的基因模块(17).

CELLPEDIA数据库系统是在MySQL关系数据库上用Perl CGI脚本开发和实现的。当前的Web服务器在Linux系统上运行Apache守护程序。数据库模式的设计使数据库中多达15个表可以通过细胞分类键（差异化细胞ID或干细胞ID）和其他分支组键（如图像ID、表达式ID等）的主干相互连接。简化的数据库模式如所示图2.

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CELLPEDIA中使用的数据库模式的简化视图。数据库模式的设计使数据库中多达15个表可以通过细胞分类键（分化细胞ID或干细胞ID）主干和其他分支组键相互连接。

增强型细胞分类系统

在典型的教科书中，具有等效或类似功能的单元被赋予相同的名称，即使它们存在于不同的物理位置。例如，“杯状细胞”存在于鼻子、肺和小肠和大肠中。类似地，“成纤维细胞”存在于许多结缔组织中，包括具有不同性质的疏松、致密和网状组织。这些细胞可能具有不同的基因表达模式，这归因于不同的环境条件（例如pH值、ECM成分、机械张力等）(18–21). 特别是，ECM相关分子及其力学性质经常影响细胞的形状和分化。这些特性在再生医学领域尤为重要(22–25).图3显示了两种类型的细胞及其不同物理位置的示例。表1总结了六种常见细胞类型的不同物理位置：成纤维细胞、平滑肌细胞、上皮细胞、内皮细胞、神经细胞和杯状细胞。例如，在297个物理位置发现了成纤维细胞，而在30个位置发现了杯状细胞。

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具有相同名称的单元格示例。杯状细胞(一)大肠和(b条)小肠；和成纤维细胞(c（c）)食管粘膜下层和(d日)幽门。

表1。

在不同物理位置具有相同名称的单元格

单元格名称物理位置的数量
成纤维细胞297
平滑肌269
上皮的122
内皮的117
神经44
高脚杯30

CELLPEDIA为物理上不同的细胞定义了自己的增强细胞分类法，建立了从器官（或组织）到细胞的多达八个级别的层次结构。它结合了传统的细胞分类和它们的物理位置(图1a） 。总共列出了2260种分化的人类细胞，并分配了唯一的细胞分类键。类似地，干细胞和祖细胞被分为66个分类关键字。一些分化细胞和干细胞通过分类键根据细胞分化信息相互连接。

为了验证我们自己的层次分类法，我们使用了OBO UBERON(26,27)，这是一个多物种解剖本体，用于检查分类名称和结构的一致性。在CELLPEDIA分类法的八个层次中，非冗余551个层次节点术语（不包括细胞名称本身）中，505个（91.7%）与UBERON解剖术语完全对应。其余46个术语在UBERON中未准确找到；然而，它们大多数属于UBERON末端术语的子类，即它们被映射到比UBERON更详细的人体解剖部分。46个术语列在补充表S1.

我们还比较了CELLPEDIA和UBERON中所有2260个分化细胞的层次节点项的顺序。我们发现只有1259（55.7%）个层次路径与UBERON解剖术语中的OBO“part_of”或“is_a”关系相匹配。这种低一致性的主要原因是血管系统；CELLPEDIA根据物理位置区分每条血管，而UBERON只识别一个独立的血液系统。如果我们排除血管系统，在UBERON解剖术语中，多达1951条（86.3%）路径与海外建筑运营管理局的“part_of”或“is_a”关系相匹配。如果在路径中允许一个不匹配项，则几乎所有2227（98.5%）路径都会匹配。根据这些观察结果，我们得出结论，CELLPEDIA分类法与UBERON解剖学术语高度兼容，因此它们之间的关系是可靠和有用的。注意，UBERON包含从根到达相同解剖位置的多条路径，而CELLPEDIA包含定位任何细胞类型的单个路径。

海外建筑运营管理局细胞类型本体

海外建筑运营管理局组织为各种生物（包括脊椎动物）的~1500种细胞提供了本体论(28). 我们将与人类相关的细胞本体术语合并到我们的集成页面中，以在定义的词汇表下提供细胞类型的正式名称。目前，分化细胞和干细胞的分类关键字分别为2240（99.5%）和48（72.7%），与269个OBO细胞类型本体术语相关联，并显示在集成页面上(图1e） ●●●●。

细胞图像和形态参数

我们收集了与人类细胞分类关键字相对应的细胞图像，以提供有关细胞的视觉信息。细胞图像主要通过从各个实验室提交来收集，并由馆长手动检查其质量和组织来源。目前，我们在数据库中注册了365张分化细胞图像和36张干细胞图像。然而，当我们用传统方法计算包含图像的细胞类型的数量时，即计算不包括冗余名称的细胞类型时，我们发现总共170个分化细胞类型中有57个已经注册。

由于收集的细胞图像的分辨率不同，我们为组织图像提供了放大和缩小功能，以便用户在集成页面上选择合适的比例。原始图像的放大图像也显示在右侧。还收集了提交者提供的图像属性，如供体信息、细胞培养条件、显微镜平台和联系人。还提供了干细胞的一些附加属性，如饲养细胞类型、分化能力、自我更新能力等(图1b） ●●●●。值得注意的是，存储了来自不同提交者的同一细胞分类键的多个图像，以记录不同条件和环境下细胞形状的变化。

目前，CELLPEDIA中的大多数细胞都用苏木精和伊红（HE）染色，主要用于区分细胞核和细胞质。著名的细胞图像分析仪，如NIH image(29)和CellProfiler(30)，可以很好地识别荧光图像中的细胞轮廓，但通常无法识别HE染色的细胞。因此，我们开发了一种称为“Cytometrica”的新工具，它可以基于动态编程算法（Moesa，H.a.，Taniguchi，T.和Fujibuchi，W.，手稿正在编写中）更精确地检测HE染色细胞的轮廓。细胞测量仪还用于测量细胞和核形态的图像参数，如周围面积、弯曲能量、惯性矩和细胞核与细胞之间的面积比。因此，当一个原始图像提交给CELLPEDIA时，图像中尽可能多的细胞的形态参数由策展人用Cytometrica测量，存储为不同的条目，并显示在集成页面上(图1b） ●●●●。

基因表达数据

我们从基因表达综合数据库等公共数据库中收集了878组分化细胞的基因表达数据和92组干细胞的数据(31)和ArrayExpress(32). 我们还提供了基因表达数据的数据提交页面，以供将来使用。由于目前单细胞分析技术和可用数据的局限性，我们迄今为止已经积累了从组织或多细胞获得的基因表达数据。为了避免混淆，我们在基因表达数据表中添加了“人口”类别，以提供数据资源的信息“异质”是指基因表达数据是从异质细胞群中测量的“多重”表示数据是从唯一但多个单元格中测量的“单个”表示从单个单元格测量数据。

为了可视化我们的基因表达数据，我们使用所有收集的数据生成自组织图(图1c） ，与Entrez基因ID交叉引用。我们还生成了每种细胞类型中上调和下调的基因列表，并可供下载。此外，具有相似基因表达模式的组织或细胞与收集到的基因表达数据的相关系数相关联，为了调查基因表达数据之间的关系，结果在每个“分化细胞”和“干细胞”首页中显示为最小生成树。

期刊文章

每个细胞分类关键字的参考期刊文章都由作者手动整理，以收集有关哺乳动物细胞的现有知识。到目前为止，由于数据库仍处于初级阶段，我们优先收集了含有图像数据的细胞文章。从细胞功能和分化的角度，我们分别总结了336篇分化细胞和86篇干细胞论文。我们还在集成页面上提供PubMed中相应条目的超链接。在CELLPEDIA中，期刊文章的内容由包含最重要信息的简明句子表示，这样用户可以立即访问细胞的生物功能或分化因子(图1d） ●●●●。

CELLPEDIA的应用

基因表达相似性

虽然在单细胞水平上尚不可用，但在CELLPEDIA中编译的基因表达数据显然提供了有关细胞基因表达谱的重要信息。我们在实验室开发并维护了一个名为“CellMontage”的基因表达数据匹配系统(33)，并已将CELLPEDIA数据集添加到CellMontage主页上的数据库选择菜单中(http://cellmontage.cbrc.jp/)这样用户可以检查人工生成的细胞的表达谱是否与自然存在的细胞的谱相似。由于我们认为CellMontage是CELLPEDIA项目的一部分，CellMontage的“配置文件匹配”和“配置文件检索”页面现在可以在CELLPEDIA的“细胞分析工具”中找到。我们还计划发布新版本的CellMontage，这将允许使用基于机器学习的方法进行更准确的排名（将在别处发布）。这种方法在预测iPS细胞的特性（如多潜能、致瘤性和细胞稳定性）方面非常有用。

小区邻域

如果我们能够以演绎的方式检索有关细胞分化或转分化的累积信息，以探索细胞生成的新途径，那将是非常有用的。CELLPEDIA目前提供了934种涉及细胞分化的二元（父母-孩子）关系，这些关系是从教科书和期刊中收集的，称为“细胞邻域”(图1f和​和44).

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小区邻域链接。(一)细胞邻域与肝细胞的联系：细胞分化或转分化途径可以通过演绎追踪。(b条)用934个收集到的二元关系构建细胞分化图。充满不同颜色的圆圈表示分化细胞的水平（蓝色：干细胞，酒红色：祖细胞，浅绿色：分化细胞）。黑色和红色箭头分别表示分化和转分化途径。红色方框放大后显示间充质干细胞簇。蓝色方框在放大视图中显示了内胚层簇的一部分。

图4a显示了使用细胞邻域链接从肝细胞（分化细胞ID:160032）的整合页面推断细胞分化或转分化途径的例子。在肝细胞页面上，发现三个连接的细胞具有亲本和转分化关系。值得注意的是，细胞之间的远距离关系可以通过连续的邻域链接推断出来。例如，已有报道的肝祖细胞向胰腺β细胞的分化途径(34)，通过连续遵循“肝祖细胞（干细胞ID:802，图4a顶）至肝细胞（分化细胞ID:160032，图4从肝细胞到胰岛β细胞（分化细胞ID:150041，图4a权利）”。

作为一种选择，可以使用公共软件，如yEd Graph Editor（yWorks software，Tubingen，Germany）或graphviz（AT&T Inc，Dallas，TX，USA），从收集的二进制关系中可视化细胞分化途径图。图4b示出了使用所有收集的934细胞分化和转分化数据构建的这种映射的示例。结果，识别出了三个大型集群。最大的一个(图4b左上角和红框中）是间充质干细胞簇及其分化细胞。其余集群是造血系统(图4b中上部）和内胚层(图4b右上角）集群。内胚层簇包括大多数已登记的内胚层组织，如肝脏、胰腺、大肠和小肠。包含转分化途径的区域（用红色箭头表示）显示在放大图像中(图4b蓝色框）。未来，我们希望通过在新的演绎系统下进一步积累二进制关系数据，探索新的分化途径并进行实验验证。

未来的工作

细胞位置和周围条件的更多数据的积累将对细胞分化和再生医学越来越重要。我们将继续收集更多数据，特别是有关干细胞和细胞邻域的数据，并改进数据库，使其更容易以综合方式获取这些信息，以促进再生医学的进步。然而，通过扩大细胞邻域联系，可能会发现未知但更有效的转分化途径。

此外，通过与干细胞研究人员的讨论，我们计划扩展我们的数据库结构，以纳入使用现代技术生成的最新iPS或ES细胞数据，如下一代测序和质谱。RNA-Seq、染色质重塑、表观遗传学、凝集素微阵列和蛋白质组学数据可能会被纳入未来的发展中。我们还将准备另一种细胞类别“细胞系”并收集相关数据，因为生物医学研究人员和制药行业经常会提出请求。虽然这是一个长期目标，但我们还计划在未来版本的CELLPEDIA中收集病理图像和疾病信息，例如各种癌症，以帮助分析疾病机制。

关于数据库系统的技术方面，我们计划提供一个用于数据下载的网页，以获取每个单元类型的完整数据。同样，我们计划开发一个应用程序编程接口或API，以便在一些制药公司的要求下更有效地提供CELLPEDIA条目。

可利用性

CELLPEDIA可免费用于学术和个人用途。当使用CELLPEDIA的任何数据生成二次产品时，商业用户需要获得许可证。

补充数据

补充数据可在数据库在线。

基金

AIST研究信息数据库（RIO-DB）团队。开放存取费用的资金来源：2011年AIST管理费用拨款。

利益冲突。未声明。

确认

作者希望感谢先进工业科学与技术的浅岛真本博士和黑山浩史博士对iPS和ES细胞数据的有益讨论。作者还感谢东京医科牙科大学的Kaoru Mogushi博士批判性地阅读了这份手稿。

工具书类

1Alberts B、Johnson A、Lewis J等人。细胞分子生物学。第5版。纽约州纽约市：Garland Science，Taylor&Francis Group，LLC；2008[谷歌学者]
2Gartner LP，Hiatt JL。组织学彩色教科书。第2版。宾夕法尼亚州费城：W.B.Saunders公司；2001[谷歌学者]
三。Lorenz K、Sicker M、Schmelzer E等。人类皮肤衍生成纤维细胞的多系分化潜能。实验性皮肤病。2008;17:925–932.[公共医学][谷歌学者]
4.LaPointe LC、Dunne R、Brown GS等。正常人大肠中差异转录表达图。生理学。基因组学。2008;33:50–64.[公共医学][谷歌学者]
5Kobayashi H，Butler JM，O'Donnell R.来自Akt激活内皮细胞的血管紧张素因子平衡造血干细胞的自我更新和分化。自然细胞生物学。2010;11:1046–1056. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
6Tang F，Barbacioru C，Nordman E等。RNA序列分析捕捉单个细胞的转录组景观。自然原型.2010;5:516–535. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
7Kurimoto K，Saitou M.复杂生物分化过程的单细胞cDNA微阵列分析。货币。操作。遗传学。开发.2010;5:470–477.[公共医学][谷歌学者]
8Takahashi K、Tanabe K、Ohnuki M等。通过特定因子从成人成纤维细胞诱导多能干细胞。单元格。2007;131:861–872.[公共医学][谷歌学者]
9Navarro-Alvarez N、Soto-Guterrez A、Kobayashi N。肝干细胞和肝脏发育。方法分子生物学。2010;640:181–236.[公共医学][谷歌学者]
10Tsuji O，Miura K，Okada Y等。经适当评估的安全诱导多能干细胞对脊髓损伤的治疗潜力。程序。美国国家科学院。科学。美国。107:12704–12709. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
11Ieda M，Fu JD，Delgado-Olguin P等。通过特定因子将成纤维细胞直接重编程为功能性心肌细胞。单元格。2010;142:375–386. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
12周强，布朗J，卡纳雷克A，等。成人胰腺外分泌细胞体内重编程为β细胞。自然。2008;455:627–632. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
13Fujibuchi W、Kiseleva L、Taniguchi T等人，2005年。开发细胞知识库并通过基因表达谱预测细胞类型和特征。IPSJ SIG技术报告2005-BIO-2，33–37（日语）[谷歌学者]
14公共PubMed数据库来自美国国家医学图书馆。美国国立卫生研究院。http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ [谷歌学者]
15.Nagaoka T、Watanabe S、Sakurai K等。日本成年男性和平均身高和体重女性真实高分辨率全身体素模型的开发，以及模型在射频电磁场剂量测定中的应用。物理学。医学生物学。2004;49:1–15.[公共医学][谷歌学者]
16Fujibuchi W，Kim H，Okada Y，等。高效基因表达模块分析工具及其在化学毒性数据中的应用。方法分子生物学.2009;577:55–65.[公共医学][谷歌学者]
17Okada Y，Fujibuchi W.挖掘类似基因表达模块的大规模微阵列数据库，以发现唐氏综合征和亨廷顿氏病之间的遥远关系。摘自：第七届微阵列数据分析关键评估国际会议。2007（PDF可从http://camda.bioinfo.cipf.es/camda07/)[谷歌学者]
18MoréJ、Fioramonti J、Bénazet F等。不同饮食条件下猪空肠和结肠杯状细胞糖蛋白的组织化学特征。使用化学方法和过氧化物酶标记凝集素的活检研究。组织化学。1987;87:189–194.[公共医学][谷歌学者]
19Stenman S，Vaheri A.主要结缔组织蛋白纤维连接蛋白在正常人体组织中的分布。《实验医学杂志》.1978;147:1054–1064. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
20Chavrier C、Couble ML、Magloire H等。健康人牙龈的结缔组织组织。Ⅰ-Ⅲ-Ⅳ型胶原的超微结构定位。《牙周病杂志》。雷斯.1984;19:221–229.[公共医学][谷歌学者]
21Camelliti P，Borg TK，Kohl P.心脏成纤维细胞的结构和功能特征。心血管疾病。雷斯.2005;65:40–51.[公共医学][谷歌学者]
22Guilak F、Cohen DM、Estes BT等。通过与细胞外基质的物理相互作用控制干细胞命运。细胞干细胞。2009;5:17–26. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
23Connelly JT、Gautrot JE、Trappmann B等。肌动蛋白和血清反应因子从微环境中传递物理线索，以调节表皮干细胞的命运决定。自然细胞。生物。2010;12:711–718.[公共医学][谷歌学者]
24Bonfanti P、Claudinot S、Amici AW等。胸腺上皮细胞微环境重编程为皮肤多能干细胞。自然。2010;466:978–982.[公共医学][谷歌学者]
25Gilbert PM、Havenstrite KL、Magnusson KE等。基质弹性调节培养中骨骼肌干细胞的自我更新。科学。2010;329:1078–1081. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
26Washington NL、Haendel M、Mungall CJ等。使用基于个体学的表型注释将人类疾病与动物模型联系起来。《公共科学图书馆·生物》。2009;7：e1000247。 [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
27.Meehan TF、Masci AM、Abdulla A等。细胞本体论的逻辑发展。BMC生物信息学。2011;12:6. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
28Smith B、Ashburner M、Rosse C等，《海外建筑运营管理局铸造厂：支持生物医学数据集成的本体论协调进化》。自然生物技术。2007;11:1251–1255. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
29美国国立卫生研究院的公共领域NIH图像项目。http://rsbweb.nih.gov/nih-image/ [谷歌学者]
30Carpenter AE、Jones TR、Lamprecht MR等。CellProfiler：用于识别和量化细胞表型的图像分析软件。基因组生物学。2006;7：R100。 [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
31Barrett T、Troup DB、Wilhite SE等。NCBI GEO：高通量功能基因组数据存档。核酸研究.2009;37：D885–D890。 [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
32Parkinson H、Kapushesky M、Kolesnikov N等。ArrayExpress更新–从功能基因组学实验档案到基因表达图谱。核酸研究.2009;37：D868–D872。 [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
33Fujibuchi W，Kiseleva L，Taniguchi T，et al.CellMontage：相似表达式配置文件搜索服务器。生物信息学。2007;23:3103–3104.[公共医学][谷歌学者]
34金CX，李文林，徐凤，等。Pdx-1持续表达将永生肝祖细胞转化为胰腺内分泌祖细胞。细胞生物化学杂志。2008;104:224–236.[公共医学][谷歌学者]
文章来自数据库：生物数据库与治疗杂志由提供牛津大学出版社