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核酸研究。1994年11月11日;22(22): 4673–4680.
数字对象标识:10.1093/nar/22.22.4673
预防性维修识别码:项目经理308517
PMID:7984417

集群W:通过序列加权、特定位置间隙惩罚和权重矩阵选择提高渐进式多序列比对的敏感性。

摘要

对于不同蛋白质序列的比对,常用的渐进式多序列比对方法的灵敏度得到了很大提高。首先,在部分对齐中为每个序列分配单独的权重,以便向下接近重复序列,向上接近发散最大的序列。其次,氨基酸替代矩阵在不同的比对阶段根据待比对序列的差异而变化。第三,在亲水性区域,残留物特有的间隙惩罚和局部减少的间隙惩罚鼓励潜在环区域中出现新的间隙,而不是常规的二级结构。第四,在早期调整中,缺口被打开的职位将受到当地减少的缺口处罚,以鼓励在这些职位上打开新的缺口。这些修改被合并到一个新程序CLUSTAL W中,该程序是免费提供的。

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文章来自核酸研究由以下人员提供牛津大学出版社