集群W:通过序列加权、特定位置间隙惩罚和权重矩阵选择提高渐进式多序列比对的敏感性。
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Lüthy R,Xenarios I,Bucher P.提高序列分析法的灵敏度。 蛋白质科学。 1994年1月; 三 (1):139–146. [ PMC免费文章 ] [ 公共医学 ] [ 谷歌学者 ] Higgins DG,Sharp PM。CLUSTAL:在微型计算机上执行多序列比对的软件包。 基因。 1988年12月15日; 73 (1):237–244. [ 公共医学 ] [ 谷歌学者 ] 希金斯DG,夏普PM。微型计算机上快速灵敏的多序列比对。 计算应用生物科学。 1989年4月; 5 (2) :151–153。 [ 公共医学 ] [ 谷歌学者 ] Higgins DG、Bleasby AJ、Fuchs R.CLUSTAL V:改进的多序列比对软件。 计算应用生物科学。 1992年4月; 8 (2):189–191. [ 公共医学 ] [ 谷歌学者 ] 赛头N,内M。邻接法:重建系统发育树的新方法。 分子生物学进化。 1987年7月; 4 (4) :406–425。 [ 公共医学 ] [ 谷歌学者 ] Bashford D,Chothia C,Lesk AM。蛋白质折叠的决定因素。 珠蛋白氨基酸序列的独特特征。 分子生物学杂志。 1987年7月5日; 196 (1):199–216. [ 公共医学 ] [ 谷歌学者 ] Musacchio A、Gibson T、Lehto VP、Saraste M.SH3——寻找功能的丰富蛋白质域。 FEBS信函。 1992年7月27日; 307 (1):55–61. [ 公共医学 ] [ 谷歌学者 ] Musacchio A,Noble M,Pauptt R,Wierenga R,Saraste M.Src-同源3(SH3)结构域的晶体结构。 自然。 1992年10月29日; 359 (6398):851–855. [ 公共医学 ] [ 谷歌学者 ] Bashford D,Chothia C,Lesk AM。蛋白质折叠的决定因素。 珠蛋白氨基酸序列的独特特征。 分子生物学杂志。 1987年7月5日; 196 (1):199–216. [ 公共医学 ] [ 谷歌学者 ] Myers EW,Miller W.线性空间中的最优对准。 计算应用生物科学。 1988年3月; 4 (1):11–17. [ 公共医学 ] [ 谷歌学者 ] Smith TF、Waterman MS、Fitch WM。 比较生物序列指标。 分子进化杂志。 1981; 18 (1):38–46. [ 公共医学 ] [ 谷歌学者 ] Pearson WR,Lipman DJ。生物序列比较的改进工具。 美国国家科学院院刊。 1988年4月; 85 (8):2444–2448. [ PMC免费文章 ] [ 公共医学 ] [ 谷歌学者 ] Devereux J、Haeberli P、Smithies O。VAX的一套完整的序列分析程序。 核酸研究。 1984年1月11日; 12 (1第1部分):387–395。 [ PMC免费文章 ] [ 公共医学 ] [ 谷歌学者 ] Kimura M.通过核苷酸序列的比较研究估算碱基替代进化速率的简单方法。 分子进化杂志。 1980年12月; 16 (2):111–120. [ 公共医学 ] [ 谷歌学者 ] Smith RF,Smith TF。用于比较蛋白质建模的模式诱导多序列比对(PIMA)算法,该算法采用二级结构相关间隙惩罚。 蛋白质工程。 1992年1月; 5 (1):35–41. [ 公共医学 ] [ 谷歌学者 ] Krogh A,Brown M,Mian IS,Sjölander K,Haussler D.计算生物学中的隐马尔可夫模型。 蛋白质建模应用。 分子生物学杂志。 1994年2月4日; 235 (5):1501–1531. [ 公共医学 ] [ 谷歌学者 ] Jones DT、Taylor WR、Thornton JM。跨膜蛋白突变数据矩阵。 FEBS信函。 1994年2月21日; 339 (3):269–275. [ 公共医学 ] [ 谷歌学者 ] Bairoch A,Boeckmann B.SWISS-PROT蛋白质序列数据库。 核酸研究。 1992年5月11日; 20 (补充):2019-2022年。 [ PMC免费文章 ] [ 公共医学 ] [ 谷歌学者 ] Noble ME、Musacchio A、Saraste M、Courtneidge SA、Wierenga RK。人类Fyn中SH3结构域的晶体结构; 酪氨酸激酶和精蛋白SH3结构域三维结构的比较。 EMBO J。 1993年7月; 12 (7):2617–2624. [ PMC免费文章 ] [ 公共医学 ] [ 谷歌学者 ] Kabsch W,Sander C.蛋白质二级结构词典:氢键和几何特征的模式识别。 生物聚合物。 1983年12月; 22 (12):2577–2637. [ 公共医学 ] [ 谷歌学者 ] 冯DF,杜立德RF。 渐进序列比对是更正系统发育树的先决条件。 分子进化杂志。 1987; 25 (4):351–360. [ 公共医学 ] [ 谷歌学者 ] Needleman SB,Wunsch CD。一种适用于搜索两种蛋白质氨基酸序列相似性的通用方法。 分子生物学杂志。 1970年3月; 48 (3):443–453. [ 公共医学 ] [ 谷歌学者 ] Henikoff S、Henikoft JG。 蛋白质块的氨基酸替代矩阵。 美国国家科学院院刊。 1992年11月15日; 89 (22):10915–10919. [ PMC免费文章 ] [ 公共医学 ] [ 谷歌学者 ] Lipman DJ、Altschul SF、Kececioglu JD。 用于多序列比对的工具。 美国国家科学院院刊。 1989年6月; 86 (12):4412–4415. [ PMC免费文章 ] [ 公共医学 ] [ 谷歌学者 ] Barton GJ、Sternberg MJ。 蛋白质序列快速多重比对的策略。 三级结构比较的置信水平。 分子生物学杂志。 1987年11月20日; 198 (2):327–337. [ 公共医学 ] [ 谷歌学者 ] Gotoh O.序列组之间的最佳比对及其在多序列比对中的应用。 计算应用生物科学。 1993年6月; 9 (3):361–370. [ 公共医学 ] [ 谷歌学者 ] Altschul SF公司。 多序列比对的缺口成本。 《理论生物学杂志》。 1989年6月8日; 138 (3):297–309. [ 公共医学 ] [ 谷歌学者 ] Lukashin AV,Engelbrecht J,Brunak S.使用模拟退火进行多重比对:人类mRNA剪接中的分支点定义。 核酸研究。 1992年5月25日; 20 (10) :2511–2516。 [ PMC免费文章 ] [ 公共医学 ] [ 谷歌学者 ] Lawrence CE、Altschul SF、Boguski MS、Liu JS、Neuwald AF、Wootton JC。 检测细微序列信号:多重比对的吉布斯采样策略。 科学。 1993年10月8日; 262 (5131):208–214. [ 公共医学 ] [ 谷歌学者 ] Sainsard-Chanet A、Begel O、Belcour L.线粒体内含子的DNA缺失与鹅绒梭菌的衰老过程相关。 分子生物学杂志。 1993年11月5日; 234 (1):1–7. [ 公共医学 ] [ 谷歌学者 ] Pascarella S,Argos P.蛋白质结构插入/缺失分析。 分子生物学杂志。 1992年3月20日; 224 (2):461–471. [ 公共医学 ] [ 谷歌学者 ] Vingron M,Sibbald PR.序列空间中的加权:广义序列方法的比较。 美国国家科学院院刊。 1993年10月1日; 90 (19):8777–8781. [ PMC免费文章 ] [ 公共医学 ] [ 谷歌学者 ] Thompson JD、Higgins DG、Gibson TJ。通过使用序列权重和间隙消除提高了轮廓搜索的灵敏度。 计算应用生物科学。 1994年2月; 10 (1):19–29. [ 公共医学 ] [ 谷歌学者 ]