跳到主要内容
访问密钥 NCBI主页 MyNCBI主页 主要内容 主导航
核酸研究。1995年11月25日；23(22): 4707–4711.
doi（操作界面）：10.1093/nar/23.22.4707
PMCID公司：项目经理307447
PMID：8524664

结构和序列中单个DNA碱-氨基酸相互作用的一致性。

B卢斯蒂格和R L杰尼根
作者信息 版权和许可信息 PMC免责声明

摘要

氨基酸-氨基酸相互作用能多年来一直是从晶体结构数据中推导出来的。本文报道了利用锌指结构域的组合多重DNA结合的数据，从与特定氨基酸相互作用的四个碱基中的每一个的结合数据首次推导归一化相对相互作用[Desjarlais，J.R.和Berg，J.M.（1994）Proc.Natl.Acad.Sci.USA，9111099-11103]。赖氨酸鸟嘌呤、赖氨酸胸腺嘧啶、精氨酸鸟氨酸、天冬氨酸胞苷和天冬酰胺腺嘌呤的相互作用最强。这些与四种碱相互作用的排名似乎与碱-氨基酸部分电荷有关。此外，通过使用Cro和lambda阻遏物以及R2R3 c-Myb蛋白结构域的DNA结合数据，也可以得出类似的归一化相对相互作用能[Takeda，Y.，Sarai，A.和Rivera，V.M.（1989）Proc.Natl.Acad.Sci.USA，86，439-443；Salai，A.和Takeda已提交]。这些能量与组合多重能量密切相关，最强的情况在两组之间相似。它们还与直接从噬菌体λ算符序列中碱基频率导出的类似相对相互作用能密切相关。这些结果表明，这种电位是普遍的，广泛的组合结合研究可以用来推导DNA-蛋白质相互作用的势能。

全文

全文可用作原始打印版本的扫描副本。获取完整文章（872K），或单击下面的页面图像逐页浏览。PubMed链接也可用于选定的引用.

 
扫描页面4707的图标
4707
扫描页面4708的图标
4708
扫描页面4709的图标
4709
扫描页面的图标4710
4710
扫描页面4711的图标
4711
 

选定的引用

这些参考文献在PubMed中。这可能不是本文参考文献的完整列表。

  • 武田Y、沙莱A、里维拉VM。通过系统碱基替换实验分析Cro阻遏物和操作员DNA之间的序列特异性相互作用。美国国家科学院院刊。1989年1月；86(2):439–443. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Sarai A，Takeda Y.Lambda阻遏物不对称地识别大约2倍对称半算符序列。美国国家科学院院刊。1989年9月；86(17):6513–6517. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Ohlendorf DH、Anderson WF、Fisher RG、Takeda Y、Matthews BW。从cro阻遏物的结构推断DNA蛋白识别的分子基础。自然。1982年8月19日；298(5876):718–723.[公共医学][谷歌学者]
  • Beamer LJ，Pabo CO.精炼了1.8A晶体结构的λ阻遏因子复合物。分子生物学杂志。1992年9月5日；227(1):177–196.[公共医学][谷歌学者]
  • Ogata K、Morikawa S、Nakamura H、Sekikawa A、Inoue T、Kanai H、Sarai A、Ishii S、Nishimura Y。具有协同识别螺旋的Myb DNA结合域的特定DNA复合体的溶液结构。单元格。1994年11月18日；79(4):639–648.[公共医学][谷歌学者]
  • Desjarlais JR，Berg JM。长度编码复合结合位点测定：锌指蛋白的应用。美国国家科学院院刊。1994年11月8日；91(23):11099–11103. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Paveletich NP，Pabo CO.锌指DNA识别：Zif268-DNA复合体在2.1 a时的晶体结构。科学。1991年5月10日；252(5007):809–817.[公共医学][谷歌学者]
  • Miyazawa S，Jernigan RL。单取代突变体的蛋白质稳定性和变性状态下的局部致密程度。蛋白质工程。1994年10月；7(10):1209–1220.[公共医学][谷歌学者]
  • Choo Y，Klug A.使用合理随机的DNA选择锌指的DNA结合位点揭示了编码的相互作用。美国国家科学院院刊。1994年11月8日；91(23):11168–11172. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Seeman NC、Rosenberg JM、Rich A.蛋白质对双螺旋核酸的序列特异性识别。美国国家科学院院刊。1976年3月；73(3):804–808. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Schneider TD、Stormo GD、Gold L、Ehrenfeucht A.核苷酸序列上结合位点的信息含量。分子生物学杂志。1986年4月5日；188(3):415–431.[公共医学][谷歌学者]
  • Young L、Jernigan RL、Covell DG。表面疏水性在蛋白质识别中的作用。蛋白质科学。1994年5月；三(5):717–729. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Wallqvist A、Jernigan RL、Covell DG。酶抑制剂结合的基于偏好的自由能参数化。应用于HIV-1蛋白酶抑制剂设计。蛋白质科学。1995年9月；4(9):1881–1903. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
文章来自核酸研究由以下人员提供牛津大学出版社