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生物化学杂志。2010年12月31日；285(53): 42097–42104.
2010年10月26日在线发布。 数字对象标识：10.1074/jbc。2018年10月18日
预防性维修识别码：2009年3月935日
PMID：20978285

小鼠的RNA转运元件缪斯（musD）反转录转座子的功能需要长范围的分子内相互作用*保存图片、插图等的外部文件。对象名称为sbox.jpg

Michal Legewicz公司,‡ 安德烈·佐洛图金,§ 盖伊·R·皮尔金顿,§ Katarzyna J.Purzycka公司,‡ 米歇尔·米切尔,‡ 天下弘（Hiroaki Uranishi）, Jenifer熊,§ 乔治·帕夫拉基斯, 斯图亚特·F·J·勒·格莱斯,‡,1和芭芭拉·费尔伯§,2
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关联数据

补充资料

摘要

逆转录病毒复制需要特殊的运输机制将基因组mRNA从细胞核输出到受感染细胞的细胞质。这种调节由病毒和/或细胞因子的组合介导，这些因子与顺式-作用RNA输出元件将病毒RNA与细胞CRM1或NXF1核输出途径联系起来。内源性D型小鼠LTR反转录转座子(音乐)据报道含有位于3′-LTR上游的RNA输出元件。尽管功能等效缪斯（musD）导出元素，称为缪斯（musD）转运元件不同于其他逆转录病毒RNA输出元件，例如猴/Mason-Pfizer猴逆转录病毒的组成转运元件和啮齿动物脑池内A颗粒LTR逆转录转座子中发现的RNA转运元件。我们在这里证明了最小RNA转运元件(缪斯（musD）运输元件）缪斯（musD）包括多个二级结构元素，这些二级结构元件可能用作蜂窝输出机械的识别信号。我们确定了两类三级交互作用，即吻环和假结。这项工作是第一个RNA转运元件需要这种结构基序来调节核输出的例子。

关键词：逆转录病毒，RNA，RNA折叠，RNA结构，RNA转运，LTR逆转录转座子，RNA转运元件，SHAPE，三级相互作用

介绍

转录后控制对细胞和病毒mRNA的表达至关重要，涉及信使核糖核蛋白与转运受体和核孔复合体成分的复杂相互作用。逆转录病毒依赖于非片段形式的全长mRNA核输出的特殊运输机制，因为这种转录物编码Gag-Pol多聚蛋白，并作为基因组RNA包装在细胞质中的子代病毒中。对于HIV和所有慢病毒、人类T细胞白血病病毒家族、内源性人类逆转录病毒和小鼠乳腺肿瘤病毒，全长mRNA的运输依赖于特异性顺式-作用RNA输出结合病毒的信号反式-作用因子并将mRNA与细胞CRM1联系起来(c（c）染色体第页伊基翁米维护1)出口受体(1,2). 相反，简单逆转录病毒和逆转录元件的初级转录物的输出和表达仅依赖于细胞输出机制。猿猴逆转录病毒和Mason-Pfizer猴病毒含有顺式-作用本构传输元件三(三,4)一些啮齿类动物脑池内A颗粒LTR逆转录因子含有一种类似CTE的元件，称为RNA转运元件（RTE）(5,6). 这些输出元件代表了细胞因子的相互作用位点，这些相互作用位点提供了与NXF1的分子连接(n个e核x个港口（f）演员1)出口受体(7,–9). 通过移除顺式-作用RNA元件或反式-作用蛋白因子导致主要转录物的核保留，从而损害病毒或逆转录因子的产生。

与脑池内A颗粒LTR一样，D型小鼠LTR逆转录转座子(缪斯（musD）)及其衍生物ETn(e（电子）阿利吨ra（无线电高度表）n个sposon），是与逆转录病毒共享祖先和基因组组织的可移动元件，对小鼠正在进行的自发突变有很大贡献(10,–12). 类似于其他逆转录病毒和逆转录元件缪斯（musD）LTR逆转录转座子包含一个RNA元件（此处称为缪斯（musD）促进核出口的运输元件(11)使用蜂窝输出机制。该元件在功能上等同于CTE和RTE，但与已知的RNA输出元件缺乏序列同源性。因此，它可以使用新的细胞因子或已知因子的组合来促进出口。作为理解MTE介导的RNA转运的第一步，我们进行了详细的结构-功能研究，结合在体外用定点突变进行化学探测并评估RNA转运活性体内总之，我们的研究强调了两类对生物功能至关重要的三级相互作用，可能通过以下途径介导对MTE的识别反式-作用宿主因子。

实验程序

细胞培养和转染

HeLa衍生的HLtat细胞产生HIV-1 Tat蛋白，该蛋白对激活pNLgag质粒中使用的HIV LTR启动子的表达至关重要(8). 细胞瞬时转染200 ng的堵住报告质粒和200 ng GFP表达质粒FRED25 with SuperFect（Qiagen）。使用HIV p24在转染后2–3天从上清液和细胞提取物中测量Gag p24堵住抗原捕获试验（ZeptoMetrix），以及从细胞提取物中测量GFP荧光(8).

体外RNA合成和折叠

从变性的8M尿素和4%聚丙烯酰胺凝胶中纯化MTE RNA。20 pmol RNA在95°C下在20μl含有10 m的缓冲液中培养3 min米Tris（pH 8.0），100 m米KCl和0.1 m米EDTA并置于冰上。在40 m的最终缓冲液中，将体积调节至150μl米Tris（pH 8.0），130 m米KCl，4米米氯化镁2和0.1米米EDTA公司。样品在37°C下培养15分钟。

MTE RNA引物延伸分析的选择性2′-羟基酰化

将折叠RNA等分为两个试管（72μl）。Me中8μl 1-甲基-7-硝基异酸酐（1M7）2SO（无水；Sigma）或Me2添加了SO。最终1M7浓度为2.5 m米对于全长MTE和6 m米对于截断的构造。样品在37°C下孵育2分钟，沉淀，并重悬于10μl Tris/EDTA（最终浓度为~1μ米). 如前所述进行引物延伸反应(13)，但使用5 pmol Cy5末端标记的反向引物（集成DNA技术）对约5 pmol的修饰RNA进行退火。使用未经修饰的RNA生成双脱氧测序标记。用毛细管电泳（Beckman CEQ8000）分析带有0.5μl标准尺寸600 DNA标记物（Beck曼）的去离子甲酰胺中的cDNA延伸产物。仪器设置如所述(14).

使用CAFA0.41中实现的洛伦兹算法整合单核苷酸分辨率的峰面积(14). 针对随机下降校正了积分峰的强度(15). 通过将强度除以不变位置（手动识别）的五个最低强度的平均值来调整基线。强度按所述标准化(16)并引入RNAstructure 4.6版(17). 三级交互是手动引入的。

反义干涉形状（aiSHAPE）

2′-哦-从15%变性聚丙烯酰胺凝胶中纯化含甲基RNA寡核苷酸，并将其储存在−20°C下。完全修改的2′序列-哦-含有甲基的RNA寡核苷酸和锁定核酸（LNA）/DNA嵌合体提供于补充表1. 2′-哦-折叠前以2倍的过量添加甲基取代的寡核苷酸，折叠后以10倍的过量加入嵌合体LNA/DNA寡核苷酸。随后，在1M7处理之前，将样品在55℃下培养5分钟，在37℃下培养15分钟（见上文）。为了量化反义寡核苷酸引起的变化，按照上述方法处理原始数据。aiSHAPE定义为(我−N个)/N个×100，为我定义在干扰寡核苷酸存在下获得的1M7反应性，以及N个是天然RNA的反应性。

天然凝胶电泳

～5 pmol32如SHAPE实验所述，将P标记的MTE RNA折叠在20μl的最终体积中。将等分样品直接加载到预冷凝胶中的0.5×硼酸三钠缓冲液中，缓冲液中含有4m米氯化镁2.在台风三重奏上通过磷光成像观察到分馏RNA+成像仪（分子动力学）。

结果

MTE二级结构预测长程相互作用

基于之前的绘图研究(11)，一种412-核苷酸（nt）RNA，跨越缪斯（musD）SHAPE检测反转录转座子(图1和补充图1) (16,18,–20). 环3（L3；nt C81–A89）和内环8（IL8；nt A180–U189）的核苷酸的化学反应性较低。此外，nt A271–A276被预测为构成短发夹的顶端环(图1,插入)，显示出低1M7反应性。我们还预计，如果核苷酸U222–C228和G245–U250参与形成不稳定的茎延伸茎12（S12）(图1,插入)，他们会更加被动。因此，我们考虑了MTE包含一个或多个三级相互作用的概念。对L3和IL8序列的仔细检查发现，8个连续核苷酸之间存在互补性，表明存在亲吻相互作用。相反，化学探测表明MTE nt G217–G312具有更复杂的假结结构。终端环路L12的侧翼位置（此处指定为IIA和IIIA）与中断茎S13和S14的内部环路（nt C263–U285）的中央束（nt G268–C279）相互作用。因此，形成了两个新茎，命名为IIA/IIB（nt U222–C228和G268–A274）和IIIA/IIIB（nt G245–C249和G275–C279），以及额外的两个环路J13/II和JIII/14（其中“J”为接合点）(图1).

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MTE二级结构和三级交互体系结构。每个核苷酸位置的1M7反应性（SHAPE输出数据）根据标准化标度进行彩色编码。三级相互作用包括L3和IL8（吻环）之间的碱基配对，以及一个被视为区域交叉的双假结：L12 IIA（U222–C228）和IIIA（G245–C249）的侧翼位置与连续核苷酸束IIB（G268-A274）/IIIB（G275–C279）。环路J13/II（C263–A267）和JIII/14（A280–U285）分别通过S13和S14连接IIB/IIIB道。箭头指示5′–3′RNA链方向。SL公司、干环；J型，接头。最小功能MTE RNA的边界标记为位置1和412。插入，预测了引入IIA/IIB和IIIA/IIIB相互作用的伪结子域的二级结构，表示为紫色和绿线分别是。

MTE L3/IL8吻环的突变

为了验证L3/IL8接吻相互作用，我们测定了破坏性（MTE m2和m4）和互补性（MTEm3和m5）MTE突变的SHAPE谱(图2和补充图2). 由于所有突变体都保留了其全球MTE结构图2和补充图2只显示包含接吻环的区域。MTE m2的L3核苷酸同源性被保留，而互补IL8中的8nt被改变(图2A类). L3和IL8核苷酸的1M7反应性增强表明接吻环被破坏。MTE立方米(图2B类)保留了同等的IL8改变，而互补突变被引入L3。令人惊讶的是，虽然L3/IL8互补性得到恢复，但MTE m3的形状轮廓(补充图2B类)与MTE m2相似，表明没有接吻互动。如所示图2B类，由于相邻S3延长了2 bp（nt C81–G89和C82–G88），组成L3的单链核苷酸数量从9个减少到5个。显然，这两个新形成的G:C对合并到一个更稳定的茎S3中，减少了与IL8配对的L3核苷酸的数量。最大持续时间m4(图2C类)包含野生型L3序列和IL8中的3-nt（C186–C188）改变，以破坏亲吻相互作用。SHAPE数据支持亲吻环的破坏，同时L3核苷酸的反应性增强(补充图2C类). MTE m4的结构模型预测了跨越天然IL8的区域的局部重排(图2C类)，这部分解释了其低反应性(补充图2C类). 先前已经表明，某些预测构成环的C残基可能对1M7表现出较低的反应性(21). 此外，还观察到(22)聚（C）的拉伸可以形成单股螺旋状结构，这可能是该区域和图中所示的几个富C区域反应性较低的原因图2最后，MTE m5的L3的互补3-nt变化产生了与野生型MTE等效的SHAPE反应性曲线(补充图2D类)建议恢复接吻互动(图2D类). 总之，我们的突变分析支持MTE L3和IL8之间的长程相互作用的概念。

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体外通过改变吻环对MTE变体进行化学探测。 箭头指示在本地到突变序列方向上的定点突变。1M7反应性的颜色编码如图例所述图1.A–CMTE变体（m2–m4），亲吻环中断；D类MTE具有补偿性突变，变异为m4，可恢复接吻环。

aiSHAPE研究三级交互作用

为了更全面地描述MTE伪结，我们修改了SHAPE策略以解决三级交互。我们推断，通过杂交反义寡核苷酸取代RNA双链的一条，将破坏长程相互作用，并以取代核苷酸的1M7反应性增强为特征。我们指定了我们的方法aiSHAPE。为了在实验上验证这一策略，我们选择通过杂交嵌合体LNA/DNA辛核苷酸1B来中断L3/IL8亲吻相互作用(补充表1)至IL8序列U182–U189。如所示补充图3A类这导致L3核苷酸C83、U84和A86–A89的1M7反应性增强，以及相邻核苷酸A77和U74的轻微“靶外”效应。1B/IL8相互作用的特异性如补充图3B类这表明MTE nt U60和C170之间的RNA结构几乎没有额外的扰动。

MTE伪结的aiSHAPE查询

通过L3/IL8亲吻相互作用实验验证了我们的aiSHAPE方法，一系列反义寡核苷酸(补充表1)与MTE假结的几个区域杂交，其结果总结如下图3(A–E). 整个412-nt MTE的1M7反应性曲线表明，所有结构变化仅限于假结子域。寡核苷酸3A，与链IIIA核苷酸G245–C249互补(图3A类)，增加了1M7反应性(即置换）链IIIB核苷酸A274–C278。尽管效果不太明显，但与IIIB链核苷酸G275-C279互补的杂交寡核苷酸3B诱导IIIA链核苷酸C247和U248的反应性增加(图3B类). 寡核苷酸6将互补性扩展到IIIB链以外，包括单链核苷酸G275–G284(图3C类)其目的是进一步破坏IIIA/IIIB双重结构的稳定性。图3C类说明除C244外，该寡核苷酸还引发了链IIIA核苷酸G246和C247的1M7反应性增强。拟用假结的环核苷酸A238–C244似乎对三级相互作用没有贡献。然而，如果我们的结构预测是正确的，那么通过杂交寡核苷酸4降低它们的灵活性应该会影响邻近茎IIIA/IIIB的稳定性。如所示图3D类，杂交寡核苷酸4导致IIIB nt G275、A276和G277以及链IIIA nt C247和U248的1M7敏感性增加。

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aiSHAPE监测MTE假结结构域对反义寡聚体的结构响应。反义寡核苷酸3A的影响(A类)、3B(B类), 6 (C类), 4 (D类)、和2B(E类)如图所示。干扰寡核苷酸的序列在橙色。大写字母在3A和3B低聚物中表示LNA位置，以及小写字母表示DNA位置。在给定的低聚物存在下，表现出增加1M7反应性的核苷酸位置如下所示橙色方块天然和反义干扰的MTE RNA的1M7反应性图如所附插入.

最后，对nt U270–C279进行补充的寡核苷酸2B被设计用于同时询问茎IIA/IIB和IIIA/IIIB。寡核苷酸2B的杂交导致链IIA nt G223、G224、U225和A226的1M7反应性增强，与双链断裂一致(图3E类). 寡核苷酸2B对茎IIIA/IIIB的影响仅限于C247，尽管有一定限制，但与图3(B–D). 我们还注意到，寡核苷酸2B诱导了一些“场外”效应。C263–A266的1M7反应性增强可能反映了与茎IIA/IIB的接近性，而G312–U315、G256和C306的反应性可能代表了由寡核苷酸2B与该紧密亚结构域杂交产生的新的10-bp双链引起的空间变化。尽管存在这些微小差异图3MTE伪结中一系列复杂的三级交互作用值得信赖。

MTE假结的定点突变

通过评估破坏性突变对MTE假结结构的影响，进一步补充了aiSHAPE(图4). MTE m7保留了茎IIIA/IIIB的序列(囊性纤维变性。 图1,插入)，而链IIA nt U222–C228从无人值守地面克无人机抄送至AA公司克AG公司CC（突变位置用粗体和下划线表示），造成4个碱基的不匹配。图4A类和补充图4A类表明这种改变是严重不稳定的，产生了延长的茎IIA/IIIA和包含IIB/IIIB核苷酸的短茎环。新形成的环（A271–A276）内的核苷酸具有高度反应性。值得注意的是，该结构模型与预测的野生型MTE结构非常相似图1(插入). 值得注意的是，野生型MTE和m7显示了nt G217–G312的不同形状轮廓。有趣的是，观察到环核苷酸C240、C241、U243和C244的1M7敏感性降低。我们认为这种均聚束参与了单股螺旋状结构的形成。失稳MTE m7中的假结，以及由此结构引起的约束力，可能会导致L12核苷酸的灵活性改变，并形成涉及nt C240–C244的螺旋状结构(图4A类). 相反，假结的存在可能会限制构象自由度，在这种情况下，它表示为野生型MTE中这些残基的较高1M7反应性(图1,插入).

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MTE假结结构域的定点突变。MTE m7假结畴的二级结构模型(A类)，米8(B类)和m6(C类)基于SHAPE，显示了约束折叠。箭头指示本地到突变序列方向的定点突变。1M7反应性的颜色编码如图例所述图1保留的三级相互作用表示为紫色线条.

第IIB链核苷酸G268–A274的序列从GGUA改变科科斯群岛A至GGUAGG公司MTE m8中的A，导致对应链IIA的1M7反应性增加(图4B类和补充图4B类). 茎IIIA/IIIB被保存下来，但现在是包含链IIB核苷酸的扩展二级结构的组成部分。同时，链IIA核苷酸重组为短茎环的环核苷酸。MTE m6被设计用于通过保留茎IIA/IIB的身份，同时将链IIIA核苷酸G245–C249从GGCUC公司到立方厘米正如预测的那样，图4C类和补充图4C类表明完全改变链IIIA序列破坏了IIIA/IIIB双链。然而，基于SHAPE约束折叠和1M7反应性模式，包含茎IIA/IIB的假结得以保留。

最后，我们推断，如果MTE伪结代表一个独立折叠的紧凑单元，其结构将保留在跨越nt A204–U320的孤立子域中。图5和补充图5(A类和B类)表明野生型假结的重要结构特征确实保留了下来。同样令人鼓舞的是，我们观察到，MTE m6的SHAPE特征（仅由IIA/IIB交互保持）与其全长元素上下文中的结构相对应。此外，MTE m6在本机PAGE中的迁移速度比野生型结构更快，这表明其结构非常紧凑(补充图5C类).

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WT MTE和MTE m6的分离假结分析。全长MTE之间的SHAPE签名差异图(红色)和截断的构造(蓝色)如图所示。编号对应于全长MTE RNA。与假结形成有关的区域用标记虚线框在情节中。在全长MTE序列背景下，孤立伪结和伪结之间的1M7反应性的显著差异如下所示箭头不要改变RNA假结的结构模型。

MTE生物功能需要长程相互作用

使用之前描述的基于HIV-1的堵住报告分析(6,9,23)，我们检测了吻环和假结突变对MTE介导的RNA转运的影响(图6,A类和B类）。亲吻环突变体MTE m2中Gag的表达被完全消除，其改变的IL8序列消除了亲吻相互作用(图2A类). 同样，MTE m3也未能促进接吻互动(图2B类)，显示严重受损堵住表达水平，这与减少参与亲吻环的碱基对数量会降低其稳定性的观点一致。MTE m4在IL8中的3-nt突变破坏了接吻环，也不活跃(图2C类). 然而，与结构探测数据一致，MTE m5的Gag水平升高，其L3核苷酸改变恢复了8 bp L3/IL8互补性(图2D类). Gag水平超过野生型水平的观察结果可能部分归因于三对G:C对赋予接吻互动额外的稳定性。因此，尽管这种三级相互作用的确切作用尚待阐明，但维持其结构对生物功能至关重要。

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体内MTE突变体的分析揭示了RNA三级相互作用的功能重要性。将点突变引入预测亲吻环的关键残基中(A类)或假结(B类)并克隆到pNLgag报告结构中。将200 ng各自构建物和200 ng GFP质粒转染人HeLa衍生细胞作为内部转染对照。通过定量p24测量Gag的总产量堵住ELISA检测结果显示，与空pNLgag质粒相比增加了-倍。描述了用三块板进行的代表性实验的平均值，以及用GFP内部控制（萤火虫单位）测量的值(快速飞行装置))与S.D.一起显示核苷酸变化红色、+和−表示是否在体外化学探测检测到MTE中存在第三种相互作用。

图6B类说明了假结突变m6–m8对MTE功能的影响。破坏IIA/IIB和IIIA/IIIB伪结的MTE m7减少堵住水平达到对照质粒水平。同样，保留IIIA/IIIB碱基配对的MTE m8也不活跃，只是一种没有假结形成的次级相互作用。相反，MTE m6保留了一个包含茎IIA/IIB的假结堵住表达水平为野生型MTE的约30%。结合化学探测体内数据表明，完整的MTE活动需要IIA/IIB和IIIA/IIIB相互作用。

讨论

虽然已经确定缪斯（musD）RNA基因组含有顺式-核mRNA输出必需的作用元件(11)，这种～400-nt RNA的结构以及它如何有助于有效的核输出仍有待破译。作为朝这个方向迈出的第一步，我们通过化学足迹测定了整个MTE RNA结构。在此，我们证明了其5′-和3′-结构域中存在三级相互作用，前者包含一个吻环，后者是一个双假结。这两种第三元素的SHAPE数据都得到了功能研究的补充，这些研究证明了它们对MTE活动的必要性。最初定义为对HIV-1 RNA基因组二聚体重要的分子间相互作用(24)在丙型肝炎病毒基因组中也发现了亲吻环(25)，菊花褪绿斑点类病毒(26)和C组肠道病毒(27). 此外，虽然MTE假结在RNA转运中的作用尚待确定，但等效元素通过内部核糖体进入位点与翻译控制相关(28,29)，核糖体移码(30)和tRNA模拟(31,32). 我们的工作提供了核出口中这种结构主题的第一个例子。尽管>100缪斯（musD）已在小鼠基因组中鉴定出序列(10)，其中只有九个具有不间断的开放阅读框架，其中三个具有自动换位功能。对于这三种元素，构成吻环和假结茎IIA/IIB和IIIA/IIIB的核苷酸保持互补性，表明进化保守。

我们的证据表明，失活突变和恢复MTE功能的代偿性变化引起的结构变化仅限于这两种三级相互作用，间接表明吻环和假结功能是独立的结构/调节元件。此外，由于MTE吻环m5突变体通过与改变的核苷酸序列保持互补性来支持野生型核输出水平，因此认为L3/IL8相互作用为宿主输出因子提供序列特异性识别的可能性也不大。另一种可能性是，接吻相互作用是一个关键的识别元件，或者它维持了宿主蛋白相邻识别位点的空间排列。支持这一观点的是，吻环通常采用扭曲的A形几何形状，导致复合体发生弯曲，为配体提供识别位点(33). 假结也有同样的观点，其中仅茎IIA/IIB相互作用就足以维持假结结构的一般特征并保持生物活性。定义主核出口因素的作用对于更全面地了解MTE功能至关重要。据报道，其他逆转录病毒RNA输出元件（CTE和RTE）的输出包括NXF1(9,36)，RBM15(R（右）不适用-b条编结米otif蛋白15) (8,9,34)和OTT3（也称为RBM15B）(9,35). 这些和其他参与MTE RNA转运的细胞因子的作用正在研究中。考虑到这里报道的MTE的复杂性，以及假结的热力学稳定性控制核糖体的移码(30)，与细胞因子的相互作用引发进一步的构象变化以促进核蛋白复合物通过核孔，这并非没有道理。

在理解逆转录病毒RNA输出元件的机制和功能时，一个反复出现的主题是它们的跨度约为200–400 nt，结构高度结构化。例如，HIV应答元件除包含Rev蛋白的结合位点外，还包含几个有助于应答元件功能的干环(13,23,37,–41). 同样，猴D型逆转录病毒和啮齿动物LTR逆转录转座子的CTE(5,42,–44)包含四个保守序列基序，定义了细胞NXF1输出受体的结合位点，排列在形成延伸发夹环内环的两个镜像对称对中(三,5,7,45,46). 最后，小鼠脑池内A颗粒LTR反转录转座子的RTE(6,47,48)更复杂，包括四个基本干环(49). MTE的复杂性为这一系列高度结构化元素提供了另一个示例。与其他已知的RNA输出元件（CTE、RTE和Rev-responsive元件）相比，MTE提供了第一个元件示例，该元件的功能由长程分子内相互作用介导。我们对MTE结构的详细研究是揭示调控转录后调控这一关键步骤的机制的重要一步。因此，对MTE功能的深入分析将有助于我们理解调节细胞转录后控制的机制。

补充材料

补充数据（.pdf，966 KB）

致谢

我们感谢Michael Brenowitz、Somdeb Mitra、Alain Laederach和Kevin Weeks分享软件和试剂，并感谢Theresa Jones的编辑协助。

*这项工作得到了NCI癌症研究中心国立卫生研究院院内研究计划的全部或部分支持。

保存图片、插图等的外部文件。对象名称为sbox.jpg本文的在线版本（可在http://www.jbc.org)包含补充图1-5和表1.

三使用的缩写如下：

CTE公司
本构传输元件
RTE公司
RNA转运元件
MTE公司
缪斯（musD）运输元件
形状
引物延伸法分析选择性2′-羟基酰化反应
aiSHAPE公司
反义干扰形状
1百万7
1-甲基-7-硝基异酸酐
液化天然气
锁定核酸
新技术
核苷酸
L（左）
环
伊利诺伊州
内部回路
S公司
阀杆。

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文章来自生物化学杂志由以下人员提供美国生物化学和分子生物学学会