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美国国家科学院院刊。1989年8月;86(15): 5786–5790.
数字对象标识:10.1073/pnas.86.15.5786
预防性维修识别码:项目经理297715
PMID:2762295

预测真核生物跨膜蛋白的方向。

摘要

我们开发了一个规则来预测在粗糙内质网上合成的真核跨膜蛋白中第一个内部信号锚定序列的方向。位于第一个内部信号锚两侧的15个残基的电荷差异决定了其方向,阳性部分朝向胞浆。在跨越膜一次以上的蛋白质中,所有后续跨膜片段的方向将由最N末端的片段的方向决定。

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  • 拉波波特TA。蛋白质跨膜转运和整合。CRC生物化学评论。1986;20(1) :73–137。[公共医学][谷歌学者]
  • Wickner WT,Lodish HF。蛋白质插入和穿过膜的多种机制。科学。1985年10月25日;230(4724):400–407.[公共医学][谷歌学者]
  • 拉波波特TA。信号假说的扩展——顺序插入模型和两性通道假说。FEBS信函。1985年7月22日;187(1):1–10.[公共医学][谷歌学者]
  • Wessels HP,Spiess M.多跨膜蛋白的插入顺序发生,只需要一个信号序列。单元格。1988年10月7日;55(1):61–70.[公共医学][谷歌学者]
  • Haeuptle MT,Flint N,Gough NM,Dobberstein B。决定蛋白质插入内质网膜的信号的三分结构。细胞生物学杂志。1989年4月;108(4) :1227–1236。 [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Szczesna-Skorupa E、Browne N、Mead D、Kemper B。NH2末端的正电荷将细胞色素P-450的膜锚信号肽转化为分泌信号肽。美国国家科学院院刊。1988年2月;85(3):738–742. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Szczesna-Skorupa E,Kemper B.碱性氨基酸的NH2末端取代诱导兔细胞色素P450IIC2跨微粒体膜的移位和糖基化。细胞生物学杂志。1989年4月;108(4):1237–1243. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Monier S、Van Luc P、Kreibich G、Sabatini DD、Adesnik M。细胞色素P450在内质网膜中的掺入和定位信号。细胞生物学杂志。1988年8月;107(2) :457–470。 [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Dixon RA、Kobilka BK、Strader DJ、Benovic JL、Dohlman HG、Frielle T、Bolanowski MA、Bennett CD、Rands E、Diehl RE等。哺乳动物β肾上腺素能受体基因和cDNA的克隆以及与视紫红质的同源性。自然。1986年5月1日;321(6065):75–79.[公共医学][谷歌学者]
  • 威廉姆斯MA,兰姆RA。通过寡核苷酸定向突变测定整体膜蛋白的取向和糖基化位点:B型流感病毒NB糖蛋白缺乏可切割的信号序列,并且具有细胞外NH2末端区域。摩尔细胞生物学。1986年12月;6(12):4317–4328. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Kobilka BK、Matsui H、Kobilka TS、Yang Feng TL、Francke U、Caron MG、Lefkowitz RJ、Regan JW。人类血小板α2-肾上腺素能受体编码基因的克隆、测序和表达。科学。1987年10月30日;238(4827):650–656.[公共医学][谷歌学者]
  • Frielle T、Collins S、Daniel KW、Caron MG、Lefkowitz RJ、Kobilka BK。人β1-肾上腺素能受体cDNA的克隆。美国国家科学院院刊。1987年11月;84(22):7920–7924. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Schofield PR,Rhee LM,Peralta EG。人类β-肾上腺素能受体基因的一级结构。核酸研究。1987年4月24日;15(8):3636–3636. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Masu Y、Nakayama K、Tamaki H、Harada Y、Kuno M、Nakanishi S.通过卵母细胞表达系统克隆牛K物质受体的cDNA。自然。329(6142):836–838.[公共医学][谷歌学者]
  • Julius D,MacDermott AB,Axel R,Jessell TM。编码血清素1c受体的功能性cDNA的分子特征。科学。1988年7月29日;241(4865):558–564.[公共医学][谷歌学者]
  • Bonner TI,Buckley NJ,Young AC,Brann MR.毒蕈碱型乙酰胆碱受体基因家族的鉴定。科学。1987年7月31日;237(4814):527–532.[公共医学][谷歌学者]
  • Nakayama N,Miyajima A,Arai K。STE2和STE3的核苷酸序列,来自酿酒酵母的细胞类型特异性不育基因。EMBO J。1985年10月;4(10):2643–2648. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Hagen DC,McCaffrey G,Sprague GF.,Jr证据:酵母STE3基因编码肽信息素受体a因子:基因序列和推定受体结构的含义。美国国家科学院院刊。1986年3月;83(5):1418–1422. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Ovchinnikov YuA视紫红质和细菌视紫红素:结构-功能关系。FEBS信函。1982年11月8日;148(2):179–191.[公共医学][谷歌学者]
  • O'Tousa JE、Baehr W、Martin RL、Hirsch J、Pak WL、Applebury ML。果蝇ninaE基因编码视蛋白。单元格。1985年4月;40(4):839–850.[公共医学][谷歌学者]
  • Nathans J,Thomas D,Hogness DS。人类色觉的分子遗传学:编码蓝色、绿色和红色色素的基因。科学。1986年4月11日;232(4747):193–202.[公共医学][谷歌学者]
  • 机械师CE,Rose JK。冠状病毒E1糖蛋白的特定跨膜结构域是其在高尔基体区域滞留所必需的。细胞生物学杂志。1987年9月;105(3):1205–1214. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Porter TD,卡斯珀CB。大鼠NADPH-细胞色素P-450氧化还原酶cDNA的核苷酸序列编码及黄素结合域的鉴定。美国国家科学院院刊。1985年2月;82(4):973–977. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Katagiri M、Murakami H、Yabusaki Y、Sugiyama T、Okamoto M、Yamano T、Ohkawa H。兔肝脏NADPH-细胞色素P-450还原酶mRNA全长cDNA的分子克隆和序列分析。生物化学杂志。1986年10月;100(4):945–954.[公共医学][谷歌学者]
  • 高S,Tanner MJ。人红细胞膜唾液糖蛋白β。cDNA序列表明没有切割的N端信号序列。生物化学杂志。1987年4月1日;243(1):277–280. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Lamb RA、Zebedee SL、Richardson CD。流感病毒M2蛋白是一种在感染细胞表面表达的完整膜蛋白。单元格。1985年3月;40(3):627–633.[公共医学][谷歌学者]
  • Nelson DR、Strobel HW。脊椎动物细胞色素P-450蛋白的膜拓扑结构。生物化学杂志。1988年5月5日;263(13):6038–6050.[公共医学][谷歌学者]
  • Beaune PH、Umbenhauer DR、Bork RW、Lloyd RS、Guengerich FP。与人类细胞色素P-450硝苯地平氧化酶相关的cDNA克隆的分离和序列测定。美国国家科学院院刊。1986年11月;83(21):8064–8068. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Kagawa N,Mihara K,Sato R.兔肝微粒体细胞色素P-450多环碳氢化合物诱导型克隆cDNA的结构分析。生物化学杂志。1987年6月;101(6):1471–1479.[公共医学][谷歌学者]
  • Fujii-Kuriyama Y、Mizukami Y、Kawajiri K、Sogawa K、Muramatsu M。细胞色素P-450的一级结构:大鼠肝脏苯巴比妥诱导细胞色素P-450cDNA的编码核苷酸序列。美国国家科学院院刊。1982年5月;79(9):2793–2797. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Li P,Beckwith J,Inouye H。周质蛋白成熟序列氨基末端的改变会严重影响大肠杆菌中的蛋白质输出。美国国家科学院院刊。1988年10月;85(20):7685–7689. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Chen CJ、Chin JE、Ueda K、Clark DP、Pastan I、Gottesman MM、Roninson IB。多药耐药人类细胞mdr1(P-糖蛋白)基因中细菌转运蛋白的内部复制和同源性。单元格。1986年11月7日;47(3) :381–389。[公共医学][谷歌学者]
  • Kopito RR,Lodish HF。小鼠阴离子交换蛋白的初级结构和跨膜取向。自然。1985年7月18日;316(6025):234–238.[公共医学][谷歌学者]
  • 野田M、池田T、卡亚诺T、铃木H、竹岛H、Kurasaki M、高桥H、Numa S。大鼠脑中存在不同的钠通道信使RNA。自然。1986年3月13日;320(6058):188–192.[公共医学][谷歌学者]
  • Kayano T,Noda M,Flockerzi V,Takahashi H,Numa S。根据cDNA序列推导的大鼠脑钠通道III的初级结构。FEBS信函。1988年2月8日;228(1) :187–194。[公共医学][谷歌学者]
  • Ovchinnikov YuA、Arzamazova NM、Arystarkhova EA、Gevondyan NM、Aldanova NA、Modyanov NN。膜结合Na+,K+-ATP酶暴露域的详细结构分析。跨膜排列模型。FEBS信函。1987年6月15日;217(2):269–274.[公共医学][谷歌学者]
  • Gorin MB,Yancey SB,Cline J,Revel JP,Horwitz J.牛晶状体纤维膜的主要内在蛋白(MIP):基于cDNA克隆的表征和结构。单元格。1984年11月;39(1):49–59.[公共医学][谷歌学者]
  • Mueckler M、Caruso C、Baldwin SA、Panico M、Blench I、Morris HR、Allard WJ、Lienhard GE、Lodish HF。人类葡萄糖转运蛋白的序列和结构。科学。1985年9月6日;229(4717):941–945.[公共医学][谷歌学者]
  • Birnbaum MJ,Haspel HC,Rosen OM。编码大鼠脑葡萄糖转运蛋白的cDNA的克隆和表征。美国国家科学院院刊。1986年8月;83(16):5784–5788. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Thorens B,Sarkar HK,Kaback HR,Lodish HF。存在于肝、肠、肾和β-胰岛细胞中的新型葡萄糖转运蛋白的克隆和在细菌中的功能表达。单元格。1988年10月21日;55(2):281–290.[公共医学][谷歌学者]
  • Charron MJ、Brosius FC、3rd、Alper SL、Lodish HF。一种主要在胰岛素反应组织中表达的葡萄糖转运蛋白。美国国家科学院院刊。1989年4月;86(8):2535–2539. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Alper SL,Kopito RR,Libresco SM,Lodish HF。肾脏和淋巴细胞系小鼠带3相关cDNA的克隆和表征。生物化学杂志。1988年11月15日;263(32):17092–17099.[公共医学][谷歌学者]
  • Demuth DR、Showe LC、Ballantine M、Palumbo A、Fraser PJ、Cioe L、Rovera G、Curtis PJ。人类非红系带3样蛋白的克隆和结构表征。EMBO J。1986年6月;5(6):1205–1214. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • 施耐德C、欧文MJ、班维尔D、威廉姆斯JG。从mRNA序列推导出的人转铁蛋白受体的一级结构。自然。1984年10月18日;311(5987):675–678.[公共医学][谷歌学者]
  • Spiess M,Schwartz AL,Lodish HF。人去唾液酸糖蛋白受体cDNA序列。膜插入的内部信号序列。生物化学杂志。1985年2月25日;260(4):1979–1982.[公共医学][谷歌学者]
  • Spiess M,Lodish HF。第二个人类去唾液酸糖蛋白受体的序列:进化过程中两个受体基因的保护。美国国家科学院院刊。1985年10月;82(19):6465–6469. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • 斯特鲁宾M,马赫数B,长EO。HLA-DR相关不变链mRNA的完整序列显示了一种具有异常跨膜极性的多肽。EMBO J。1984年4月;(4):869–872. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Ikuta K、Takami M、Kim CW、Honjo T、Miyoshi T、Tagaya Y、Kawabe T、Yodoi J。IgE的人类淋巴细胞Fc受体:其克隆cDNA与动物凝集素的序列同源性。美国国家科学院院刊。1987年2月;84(3) :819–823。 [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Shaper NL、Hollis GF、Douglas JG、Kirsch IR、Shaper JH。小鼠β-1,4-半乳糖基转移酶全长cDNA的特征。5'端的新功能预测了两个帧内AUG的两个平移起始点。生物化学杂志。1988年7月25日;263(21):10420–10428。[公共医学][谷歌学者]
  • Hunziker W,Spiess M,Semenza G,Lodish HF。蔗糖酶-异麦芽糖酶复合物:一级结构、膜取向和茎固有刷状边界蛋白的进化。单元格。1986年7月18日;46(2):227–234.[公共医学][谷歌学者]
  • Devault A、Lazure C、Nault C、Le Moual H、Seidah NG、Chrétien M、Kahn P、Powell J、Mallet J、Beaumont A等。从互补DNA推导的兔肾中性内肽酶24.11(脑啡肽酶)的氨基酸序列。EMBO J。1987年5月;6(5):1317–1322. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Laperche Y,Bulle F,Aissani T,Chobert MN,Aggerbeck M,Hanoune J,Guellaén G.大鼠肾脏γ-谷氨酰胺转肽酶cDNA的分子克隆和核苷酸序列。美国国家科学院院刊。1986年2月;83(4):937–941. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Drickamer K,Mamon JF,Binns G,Leung JO。大鼠肝脏去唾液酸糖蛋白受体的初级结构。多种多肽物种的结构证据。生物化学杂志。1984年1月25日;259(2):770–778.[公共医学][谷歌学者]
  • Wertz GW,Collins PL,Huang Y,Gruber C,Levine S,Ball LA。人类呼吸道合胞病毒G蛋白基因的核苷酸序列揭示了一种特殊类型的病毒膜蛋白。美国国家科学院院刊。1985年6月;82(12):4075–4079. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Drickamer K。糖蛋白膜受体的完整氨基酸序列。鸡肝凝集素序列。生物化学杂志。1981年6月10日;256(11):5827–5839.[公共医学][谷歌学者]
  • Blok J,Air GM。八种甲型流感病毒神经氨酸酶亚型中膜插入和“柄”序列的变异。生物化学。1982年8月17日;21(17):4001–4007.[公共医学][谷歌学者]
  • Brown DJ、Hogue BG、Nayak DP。流感病毒神经氨酸酶(一种II类膜糖蛋白)NH2末端非带电区域的信号和锚定功能冗余。《维罗尔杂志》。1988年10月;62(10) :3824–3831。 [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Weinstein J、Lee EU、McEntee K、Lai PH、Paulson JC。β-半乳糖苷α-2,6-唾液酸转移酶的一级结构。通过NH2末端信号锚的裂解将膜结合酶转化为可溶性形式。生物化学杂志。1987年12月25日;262(36):17735–17743.[公共医学][谷歌学者]
  • van Driel IR,戈丁JW。浆细胞膜糖蛋白PC-1。从cDNA克隆推导出的一级结构。生物化学杂志。1987年4月5日;262(10):4882–4887.[公共医学][谷歌学者]
  • Malfroy B、Kuang WJ、Seeburg PH、Mason AJ、Schofield PR。人脑啡肽酶(中性内肽酶)的分子克隆和氨基酸序列。FEBS信函。1988年2月29日;229(1):206–210.[公共医学][谷歌学者]
  • Olsen J、Cowell GM、Königshöfer E、Danielsen EM、Möller J、Laustsen L、Hansen OC、Welinder KG、Engberg J、Hunziker W等。从克隆cDNA推导出的人类肠氨肽酶N的完整氨基酸序列。FEBS信函。1988年10月10日;238(2):307–314.[公共医学][谷歌学者]
  • Eisenberg D,Schwarz E,Komaromy M,Wall R。用疏水矩图分析膜和表面蛋白质序列。分子生物学杂志。1984年10月15日;179(1):125–142.[公共医学][谷歌学者]
  • Klein P,Kanehisa M,DeLisi C.跨膜蛋白的检测和分类。Biochim生物物理学报。1985年5月28日;815(3):468–476.[公共医学][谷歌学者]
  • Mohana Rao JK,Argos P.预测整体膜蛋白螺旋的构象偏好参数。Biochim生物物理学报。1986年1月30日;869(2):197–214.[公共医学][谷歌学者]
  • Kyte J,Doolittle RF。一种显示蛋白质亲水特性的简单方法。分子生物学杂志。1982年5月5日;157(1):105–132.[公共医学][谷歌学者]
  • Spiess M,Lodish HF。内部信号序列:去唾液酸糖蛋白受体膜锚定。单元格。1986年1月17日;44(1):177–185.[公共医学][谷歌学者]
  • Lipp J,Dobberstein B.不变链(Iγ)的跨膜段包含一个潜在的可切割信号序列。单元格。1986年9月26日;46(7):1103–1112. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Zerial M,Melancon P,Schneider C,Garoff H。人转铁蛋白受体的跨膜段作为信号肽发挥作用。EMBO J。1986年7月;5(7):1543–1550. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Zerial M,Huylebroeck D,Garoff H。替代转铁蛋白受体内部信号序列的外源性跨膜肽允许其移位和膜结合。单元格。1987年1月16日;48(1):147–155.[公共医学][谷歌学者]
  • 赫尔JD、吉尔摩R、兰姆RA。流感病毒的一种小的整合膜蛋白M2整合到内质网:具有胞质NH2末端的蛋白质的内部信号锚定结构域的分析。细胞生物学杂志。1988年5月;106(5):1489–1498. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Sakaguchi M,Mihara K,Sato R.微粒体细胞色素P-450的短氨基末端片段既可作为插入信号,也可作为停止转移序列。EMBO J。1987年8月;6(8):2425–2431. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Shaw AS、Rottier PJ、Rose JK。信号序列插入内质网的环路模型的证据。美国国家科学院院刊。1988年10月;85(20):7592–7596. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • von Heijne G,Gavel Y.整体膜蛋白中的地形信号。欧洲生物化学杂志。1988年7月1日;174(4):671–678.[公共医学][谷歌学者]
  • Weinstein JN,Blumenthal R,van Renswoude J,Kempf C,Klausner RD。电荷簇和膜蛋白的取向。《分子生物学杂志》。1982;66(3):203–212.[公共医学][谷歌学者]
  • Walter P,Blobel G.蛋白质在内质网中的转运III.信号识别蛋白(SRP)导致微粒体膜释放的链延长的信号序列依赖性和位点特异性阻滞。细胞生物学杂志。1981年11月;91(第2部分第1):557–561。 [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Waters MG,Blobel G.酵母无细胞系统中的分泌蛋白易位可能在翻译后发生,需要ATP水解。细胞生物学杂志。1986年5月;102(5) :1543–1550。 [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Mueckler M,Lodish HF。翻译后将葡萄糖转运蛋白片段插入微粒体需要磷酸酐键断裂。自然。1986年8月7日;322(6079):549–552.[公共医学][谷歌学者]
  • Blobel G,Dobberstein B.跨膜蛋白质转移。I.在小鼠骨髓瘤的膜结合核糖体上存在蛋白水解处理和未处理的新生免疫球蛋白轻链。细胞生物学杂志。1975年12月;67(3):835–851. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Inouye M,Halegoua S.大肠杆菌中蛋白质的分泌和膜定位。CRC生物化学评论。1980;7(4):339–371.[公共医学][谷歌学者]
  • Shaw AS、Rottier PJ、Rose JK。信号序列插入内质网的环路模型的证据。美国国家科学院院刊。1988年10月;85(20):7592–7596. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • von Heijne G.信号序列N末端带电荷残基分布的分析:对原核和真核细胞蛋白质输出的影响。EMBO J。1984年10月;(10):2315–2318. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Randall LL,Hardy SJ。出口竞争力与成熟物种缺乏三级结构的相关性:大肠杆菌中麦芽糖结合蛋白的体内研究。单元格。1986年9月12日;46(6):921–928.[公共医学][谷歌学者]
  • Watanabe M,Hunt JF,Blobel G。体外合成的细菌外膜蛋白整合到细菌内膜中,但通过微粒体膜进行转运。自然。1986年9月4日;323(6083):71–73.[公共医学][谷歌学者]
  • Date T、Goodman JM、Wickner WT.Procoat是M13外壳蛋白的前体,需要电化学电位才能插入膜。美国国家科学院院刊。1980年8月;77(8):4669–4673. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]

文章来自美国国家科学院院刊由以下人员提供美国国家科学院