美国国家科学院院刊。1988年11月；85(21): 7872–7876.
病毒半胱氨酸蛋白酶与类胰蛋白酶丝氨酸蛋白酶家族同源：结构和功能意义。
摘要
由动物小核糖核酸病毒、植物冠状病毒和马铃薯Y病毒编码的蛋白酶形成一组相关的半胱氨酸活性中心酶，对病毒成熟至关重要。我们表明，这些蛋白质与类胰蛋白酶丝氨酸蛋白酶家族同源。在我们的模型中，胰蛋白酶催化三联体Ser-195的活性位点亲核性被改变为这些病毒蛋白酶中的Cys残基。三联体的其他两个残基His-57和Asp-102在所有病毒蛋白酶序列中都是绝对保守的。对齐序列的二级结构分析表明，双β-桶胰蛋白酶折叠的组成链在病毒蛋白酶中的位置。出乎意料的是，病毒半胱氨酸蛋白酶的2a和3c亚类分别与胰蛋白酶样丝氨酸蛋白酶的大小结构亚类同源。这种分类允许将病毒序列中的残基分子映射到相关的三级结构上；我们精确地鉴定了氨基酸，这些氨基酸是大小病毒半胱氨酸蛋白酶特异性的强决定因素。
全文
全文可用作原始打印版本的扫描副本。获取完整文章（1.2M），或单击下面的页面图像逐页浏览。PubMed链接也可用于选定的引用.
选定的引用
这些参考文献在PubMed中。这可能不是本文的完整参考文献列表。
- Neurath H.蛋白水解酶的进化。科学。1984年4月27日；224(4647):350–357.[公共医学][谷歌学者]
- Kraut J.丝氨酸蛋白酶：结构和催化机制。生物化学年度收益。1977;46:331–358.[公共医学][谷歌学者]
- Craik CS、Rutter WJ、Fletterick R.拼接连接：与蛋白质结构变化的关联。科学。1983年6月10日；220(4602):1125–1129.[公共医学][谷歌学者]
- 泰勒·WR。通过一致模板比对鉴定蛋白质序列同源性。分子生物学杂志。1986年3月20日；188(2):233–258.[公共医学][谷歌学者]
- Bashford D，Chothia C，Lesk AM。蛋白质折叠的决定因素。珠蛋白氨基酸序列的独特特征。分子生物学杂志。1987年7月5日；196(1):199–216.[公共医学][谷歌学者]
- Skern T、Sommergruber W、Blaas D、Gruendler P、Fraundor F、Pieler C、Fogy I、Kuechler E.人类鼻病毒2：衣壳蛋白区域的完整核苷酸序列和蛋白水解处理信号。核酸研究。1985年3月25日；13(6):2111–2126. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
- Stanway G、Hughes PJ、Mountford RC、Minor PD、Almond JW。一种常见感冒病毒的完整核苷酸序列：人类鼻病毒14。核酸研究。1984年10月25日；12(20):7859–7875. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
- Stanway G、Hughes PJ、Mountford RC、Reeve P、Minor PD、Schild GC、Almond JW。脊髓灰质炎神经毒性病毒P3/Leon/37及其减毒Sabin疫苗衍生物P3/Leon12a1b基因组的完整核苷酸序列的比较。美国国家科学院院刊。1984年3月；81(5):1539–1543. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
- Werner G、Rosenwirth B、Bauer E、Seifert JM、Werner FJ、Besemer J.编码三种小核糖核酸病毒蛋白酶和基因组连接蛋白的基因组区域的分子克隆和序列测定。《维罗尔杂志》。1986年3月；57(3):1084–1093. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
- Lindberg AM，Stálhandske PO，Pettersson U。柯萨奇病毒B3的基因组。病毒学。1987年1月；156(1):50–63.[公共医学][谷歌学者]
- Earle JA、Skuce RA、Fleming CS、Hoey EM、Martin SJ。牛肠道病毒的完整核苷酸序列。维罗尔将军。1988年2月；69（第2部分）：253-263。[公共医学][谷歌学者]
- Najarian R、Caput D、Gee W、Potter SJ、Renard A、Merryweather J、Van Nest G、Dina D。人类甲型肝炎病毒的一级结构和基因组织。美国国家科学院院刊。1985年5月；82(9):2627–2631. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
- Palmenberg AC、Kirby EM、Janda MR、Drake NL、Duke GM、Potratz KF、Collett MS。脑心肌炎病毒多蛋白编码区的核苷酸和推导氨基酸序列。核酸研究。1984年3月26日；12(6):2969–2985. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
- Pevear DC、Calenoff M、Rozhon E、Lipton HL。对小核糖核酸病毒Theiler’s鼠脑脊髓炎病毒的完整核苷酸序列分析表明，它与心脏病毒密切相关。《维罗尔杂志》。1987年5月；61(5):1507–1516. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
- Forss S、Strebel K、Beck E、Schaller H。口蹄疫病毒的核苷酸序列和基因组组织。核酸研究。1984年8月24日；12(16):6587–6601. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
- Argos P，Kamer G，Nicklin MJ，Wimmer E.动物小核糖核酸病毒和植物冠状病毒的蛋白质在基因组织和同源性方面的相似性表明了这些病毒家族的共同祖先。核酸研究。1984年9月25日；12(18):7251–7267. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
- Franssen H、Leunissen J、Goldbach R、Lomonossoff G、Zimmern D。豇豆花叶病毒和小核糖核酸病毒非结构蛋白的同源序列。EMBO J。1984年4月；三(4):855–861. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
- Lomonossoff GP，Shanks M.豇豆花叶病毒B RNA的核苷酸序列。EMBO J。1983;2(12):2253–2258. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
- Domier LL、Franklin KM、Shahabuddin M、Hellmann GM、Overmeyer JH、Hiremath ST、Siaw MF、Lomonossoff GP、Shaw JG、Rhoads RE。烟草脉斑点病毒RNA的核苷酸序列。核酸研究。1986年7月11日；14(13):5417–5430. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
- Wellink J，van Kammen A.参与病毒多蛋白加工的蛋白酶。简要回顾。维罗尔拱门。1988;98(1-2):1–26.[公共医学][谷歌学者]
- Hanecak R，Semler BL，Ariga H，Anderson CW，Wimmer E.脊髓灰质炎病毒克隆基因片段在大肠杆菌中的表达：病毒蛋白酶自催化产生的证据。单元格。1984年7月；37(3):1063–1073.[公共医学][谷歌学者]
- 丰田章男（Toyoda H）、尼克林（Nicklin MJ）、穆雷（Murray MG）、安德森（Anderson CW）、邓恩·JJ（Dunn JJ）、Studier FW、威默（Wimmer E）。参与脊髓灰质炎病毒多蛋白蛋白水解过程的第二种病毒编码蛋白酶。单元格。1986年6月6日；45(5):761–770.[公共医学][谷歌学者]
- Garcia JA，Schrijvers L，Tan A，Vos P，Wellink J，Goldbach R.在大肠杆菌中合成的豇豆花叶病毒编码的24K蛋白的蛋白水解活性。病毒学。1987年7月；159(1):67–75.[公共医学][谷歌学者]
- Carrington JC，Dougherty工作组。植物马铃薯Y病毒基因组编码的小核包涵体蛋白是一种蛋白酶。《维罗尔杂志》。1987年8月；61(8):2540–2548. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
- Ivanoff LA、Towatari T、Ray J、Korant BD、Petteway SR、Jr《脊髓灰质炎病毒3C蛋白酶在大肠杆菌中的表达和定点突变》。美国国家科学院院刊。1986年8月；83(15):5392–5396. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
- König H，Rosenwirth B.通过功能分析纯化脊髓灰质炎病毒蛋白酶2A并对其进行部分表征。《维罗尔杂志》。1988年4月；62(4):1243–1250. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
- Korant BD，Brzin J，Turk V.半胱氨酸蛋白酶蛋白抑制剂Cystatin改变受感染人类细胞中的病毒蛋白裂解。生物化学与生物物理研究委员会。1985年3月29日；127(3):1072–1076.[公共医学][谷歌学者]
- Sidman KE、George DG、Barker WC、Hunt LT.蛋白质鉴定资源（PIR）。核酸研究。1988年3月11日；16(5):1869–1871. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
- 阅读RJ、Brayer GD、Jurásek L、James MN。灰色链霉菌胰蛋白酶比较模型构建的批判性评估。生物化学。1984年12月18日；23(26):6570–6575.[公共医学][谷歌学者]
- Drapeau GR.葡萄球菌蛋白酶的一级结构。Can J生物化学。1978年6月；56(6):534–544.[公共医学][谷歌学者]
- Delbaere LT，Brayer GD，James MN。灰色链霉菌蛋白酶B的2.8 A分辨率结构及其与α-胸腺蛋白酶和灰色链霉菌酶A的同源性。Can J生物化学。1979年2月；57(2):135–144.[公共医学][谷歌学者]
- Bernstein FC、Koetzle TF、Williams GJ、Meyer EF，Jr、Brice MD、Rodgers Jr、Kennard O、Shimanouchi T、Tasumi M。蛋白质数据库：基于计算机的大分子结构档案文件。分子生物学杂志。1977年5月25日；112(3):535–542.[公共医学][谷歌学者]
- Devereux J、Haeberli P、Smithies O。VAX的一套完整的序列分析程序。核酸研究。1984年1月11日；12（第1部分）：387–395。 [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
- Gribskov M，Homyak M，Edenfield J，Eisenberg D.蛋白质序列中三维结构模式的剖面扫描。计算应用生物科学。1988年3月；4(1):61–66.[公共医学][谷歌学者]
- Martinez HM.一个灵活的多序列比对程序。核酸研究。1988年3月11日；16(5):1683–1691. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
- Needleman SB，Wunsch CD。一种适用于搜索两种蛋白质氨基酸序列相似性的通用方法。分子生物学杂志。1970年3月；48(3):443–453.[公共医学][谷歌学者]
- Garnier J、Osguthorpe DJ、Robson B.预测球状蛋白质二级结构的简单方法的准确性和含义分析。分子生物学杂志。1978年3月25日；120(1):97–120.[公共医学][谷歌学者]
- Finer-Moore J，Stroud RM。乙酰胆碱受体中离子通道的两亲性分析和可能形成。美国国家科学院院刊。1984年1月；81(1):155–159. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
- Cohen FE、Abarbanel RM、Kuntz ID、Fletterick RJ。使用模式匹配方法预测蛋白质。生物化学。1986年1月14日；25(1):266–275.[公共医学][谷歌学者]
- Sielecki AR、Hendrickson WA、Broughton CG、Delbaere LT、Brayer GD、James MN。蛋白质结构优化：灰色链霉菌丝氨酸蛋白酶A的分辨率为1.8 A。分子生物学杂志。1979年11月15日；134(4):781–804.[公共医学][谷歌学者]
- Argos P、Garavito RM、Eventoff W、Rossmann MG、Brändén CI。含锌酶、蛋白酶和脱氢酶活性中心几何形状的相似性。分子生物学杂志。1978年12月5日；126(2):141–158.[公共医学][谷歌学者]
- 横泽H、小岛S、石井S.硫蛋白。灰色链霉菌胰蛋白酶活性位点丝氨酸残基化学转化为半胱氨酸残基。生物化学杂志。1977年9月；82(3):869–876.[公共医学][谷歌学者]
- Higaki JN、Gibson BW、Craik CS。丝氨酸蛋白酶的催化进化。冷泉Harb Symb Quant生物。1987;52:615–621.[公共医学][谷歌学者]
- Gorbalenya AE、Blinov VM、Donchenko AP。脊髓灰质炎病毒编码蛋白酶3C：细胞丝氨酸和半胱氨酸蛋白酶家族之间可能的进化联系。FEBS信函。1986年1月6日；194(2):253–257.[公共医学][谷歌学者]
- Pearl LH、Taylor WR。逆转录病毒蛋白酶的结构模型。自然。1987年9月24日；329(6137):351–354.[公共医学][谷歌学者]
文章来自美国国家科学院院刊由以下人员提供美国国家科学院
