跳到主要内容
访问密钥 NCBI主页 MyNCBI主页 主要内容 主导航
分子细胞生物学。1996年4月;16(4): 1734–1745.
数字对象标识:10.1128立方米16.4.1734
PMCID公司:PMC231160型
PMID:8657149

Pbx对Hox同源结构域氨基末端臂的调控在Hox基因座上建立了不同的DNA结合特异性。

摘要

Pbx辅因子在调节异源同源域蛋白(包括I类Hox蛋白)的DNA结合特性中起着重要作用。为了评估Pbx蛋白如何影响Hox-DNA结合特异性,我们使用结合位点选择方法来确定各种Pbx-Hox同源蛋白复合物识别的高亲和力靶位点。Pbx-Hox异二聚体倾向于结合由两个相邻半位点组成的二分序列5'-ATGATNATN-3',其中异二聚物的Pbx组分接触5'半(ATGAT),而Hox组分则接触更可变的3'半(TNATNN)。与HoxA10复合的Pbx1也获得了与一致性匹配的结合位点,HoxA10缺乏六肽,但需要保守的含有色氨酸的基序才能与Pbx协同作用。研究发现,与Pbx的相互作用在调节Hox同源结构域氨基末端臂与Hox半位点核心DNA的接触方面起着重要作用,因此不同成分的异二聚体可以区分体外和细胞内测量反式激活的Hox半部位的单核苷酸变化。当与Pbx络合时,Hox蛋白B1到B9和A10对Hox半位点核心核苷酸(TTAT到TGAT,5'到3')的偏好呈现逐步差异,这与其各自基因在Hox簇中的位置相关。这些观察结果证明了之前未检测到的Hox同源结构域氨基末端臂的DNA结合特异性,并表明Pbx-Hox复合物的不同结合活性至少是Hox基因定位特异性活性的一部分。

全文

本文全文可作为PDF格式(510K)。

选定的引用

这些参考文献在PubMed中。这可能不是本文的完整参考文献列表。

  • Acampora D、D’Esposito M、Faiella A、Pannese M、Migliaccio E、Morelli F、Stornaiuolo A、Nigro V、Simeone A、Boncinelli E。人类HOX基因家族。核酸研究。1989年12月25日;17(24):10385–10402. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Akam M.Hox和HOM:昆虫和脊椎动物中的同源基因簇。单元格。1989年5月5日;57(3):347–349.[公共医学][谷歌学者]
  • Beachy PA、Varkey J、Young KE、von Kessler DP、Sun BI、Ekker SC。Ultrabithorax同源域蛋白与附近和远处DNA位点的协同结合。分子细胞生物学。1993年11月;13(11):6941–6956. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Sun B,Hursh DA,Jackson D,Beachy PA。Ultrabithorax蛋白对于内脏中胚层十足瘫痪表达的完全激活是必要的,但并不足够。EMBO J。1995年2月1日;14(3):520–535. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Benson GV,Nguyen TH,Maas RL。小鼠Hoxa-10基因的表达模式及其同源结构域的序列识别揭示了腹部B样基因的特定特性。分子细胞生物学。1995年3月;15(3):1591–1601. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Billeter M,Qian YQ,Otting G,Müller M,Gehring W,Wüthrich K。触角同源域-DNA复合物核磁共振溶液结构的测定。分子生物学杂志。1993年12月20日;234(4):1084–1093.[公共医学][谷歌学者]
  • Blackwell TK,Weintraub H.通过结合位点选择揭示MyoD和E2A蛋白复合物的DNA结合偏好的差异和相似性。科学。1990年11月23日;250(4984):1104–1110.[公共医学][谷歌学者]
  • Catron KM,Iler N,Abate C.保守TAAT核心两侧的核苷酸决定了三种小鼠同源域蛋白的DNA结合特异性。分子细胞生物学。1993年4月;13(4):2354–2365. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Chan SK,Mann RS。Ultrabithorax的片段识别功能包含在其同源结构域和羧基末端序列中。基因发育。1993年5月;7(5):796–811.[公共医学][谷歌学者]
  • Chan SK,Jaffe L,Capovilla M,Botas J,Mann RS。Ultrabithorax的DNA结合特异性通过与另一种同源蛋白外胚层的协同作用进行调节。单元格。1994年8月26日;78(4):603–615.[公共医学][谷歌学者]
  • Chang CP,Shen WF,Rozenfeld S,Lawrence HJ,Largman C,Cleary ML。Pbx蛋白显示出与Hox蛋白亚群的六肽依赖性协同DNA结合。基因发育。1995年3月15日;9(6):663–674.[公共医学][谷歌学者]
  • Corsetti MT、Briata P、Sanseverino L、Daga A、Airoldi I、Simeone A、Palmisano G、Angelini C、Boncinelli E、Corte G。三种人类同源域蛋白质的差异DNA结合特性。核酸研究。1992年9月11日;20(17):4465–4472. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Desplan C,Theis J,O'Farrell PH.同源域-DNA相互作用的序列特异性。单元格。1988年9月23日;54(7):1081–1090. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Dessain S、Gross CT、Kuziora MA、McGinnis W.Antp型同源结构域具有不同的DNA结合特异性,与它们在胚胎中的不同调节功能相关。EMBO J。1992年3月;11(3):991–1002. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Ekker SC、Jackson DG、von Kessler DP、Sun BI、Young KE、Beachy PA。四种果蝇同源蛋白质之间DNA序列识别的变异程度。EMBO J。1994年8月1日;13(15):3551–3560. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Ekker SC,Young KE,von Kessler DP,Beachy PA。果蝇Ultrabithorax同源结构域的最佳DNA序列识别。EMBO J。1991年5月;10(5):1179–1186. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Furukubo-Tokunaga K、Flister S、Gehring WJ。触角同源结构域的功能特异性。美国国家科学院院刊。1993年7月1日;90(13):6360–6364. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Gehring WJ、Qian YQ、Billeter M、Furukubo-Tokunaga K、Schier AF、Resendez-Perez D、Affolter M、Otting G、Wüthrich K。Homeodomain-DNA识别。单元格。1994年7月29日;78(2):211–223.[公共医学][谷歌学者]
  • Gibson G、Schier A、LeMotte P、Gehring WJ。性梳的特异性降低,触角类由包含同源结构域的每个蛋白质的不同部分定义。单元格。1990年9月21日;62(6):1087–1103.[公共医学][谷歌学者]
  • Grueneberg DA、Natesan S、Alexandre C、Gilman MZ。增强血清反应因子DNA结合活性的人类和果蝇同源域蛋白。科学。1992年8月21日;257(5073):1089–1095.[公共医学][谷歌学者]
  • Hanes SD,Brent R.二倍体激活蛋白的DNA特异性由同源域识别螺旋残基9确定。单元格。1989年6月30日;57(7):1275–1283.[公共医学][谷歌学者]
  • Hayashi S,Scott MP。是什么决定了果蝇同源域蛋白作用的特异性?单元格。1990年11月30日;63(5):883–894.[公共医学][谷歌学者]
  • Herr W,Cleary MA。POU域:灵活的二合一DNA结合域在转录调控中的多功能性。基因发育。1995年7月15日;9(14):1679–1693.[公共医学][谷歌学者]
  • Hoey T,Levine M.Divergent同源盒蛋白识别果蝇中类似的DNA序列。自然。1988年4月28日;332(6167):858–861.[公共医学][谷歌学者]
  • Hunger SP,Brown R,Cleary ML.肝白血病因子(HLF)和t(17;19)急性淋巴细胞白血病嵌合体E2A-HLF的DNA结合和转录调控特性。分子细胞生物学。1994年9月;14(9):5986–5996. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Ingraham HA、Flynn SE、Voss JW、Albert VR、Kapiloff MS、Wilson L、Rosenfeld MG。Pit-1的POU特异性结构域对于序列特异性、高亲和力DNA结合和DNA依赖性Pit-1-Pit-1相互作用至关重要。单元格。1990年6月15日;61(6):1021–1033.[公共医学][谷歌学者]
  • Izpisüa-Belmonte JC、Falkenstein H、DolléP、Renucci a、Duboule D。与果蝇AbdB同源基因相关的小鼠基因在身体后部发育期间依次表达。EMBO J。1991年8月;10(8):2279–2289. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Jacobs Y、Vierra C、Nelson C.E2A的表达、核定位以及B细胞发育过程中DNA和非DNA结合物种的体内形成。分子细胞生物学。1993年12月;13(12):7321–7333. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Johnson FB,Parker E,Krasnow MA。牙周膜蛋白是果蝇同源异型体的选择性辅因子:同源结构域和YPWM氨基酸基序在相互作用中的作用。美国国家科学院院刊。1995年1月31日;92(3):739–743. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Kamps MP,Murre C,Sun XH,Baltimore D。一个新的同源异型盒基因为前B型ALL中t(1;19)易位蛋白的DNA结合域提供了帮助。单元格。1990年2月23日;60(4):547–555.[公共医学][谷歌学者]
  • Kiledjian M,Kadesch T.人体肝/骨/肾碱性磷酸酶启动子体内和体外分析。核酸研究。1990年2月25日;18(4):957–961. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Kissinger CR、Liu BS、Martin-Blanco E、Kornberg TB、Pabo CO.雕刻同源域-DNA复合体的晶体结构,分辨率为2.8A:理解同源域-DNA相互作用的框架。单元格。1990年11月2日;63(3):579–590.[公共医学][谷歌学者]
  • Knoepfler PS,Kamps MP。Hox蛋白的五肽基序是与Pbx1协同DNA结合所必需的,它与Pbx1有物理接触,并通过Pbx1增强DNA结合。分子细胞生物学。1995年10月;15(10):5811–5819. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • 脊椎动物发育中的Krumlauf R.Hox基因。单元格。1994年7月29日;78(2):191–201.[公共医学][谷歌学者]
  • Kuziora MA,McGinnis W.同源结构域替代改变果蝇胚胎中变形蛋白的调节特异性。单元格。1989年11月3日;59(3):563–571.[公共医学][谷歌学者]
  • Laughon A.同源结构域的DNA结合特异性。生物化学。1991年12月3日;30(48):11357–11367.[公共医学][谷歌学者]
  • Lawrence HJ,Largman C.正常造血和白血病中的同源框基因。鲜血。1992年11月15日;80(10):2445–2453.[公共医学][谷歌学者]
  • LeBrun DP,Cleary ML。与E2A融合改变t(1;19)白血病中同源域蛋白PBX1的转录特性。致癌物。1994年6月;9(6):1641–1647.[公共医学][谷歌学者]
  • Levitt M.通过抑制能量最小化和分子动力学的蛋白质折叠。分子生物学杂志。1983年11月5日;170(3):723–764.[公共医学][谷歌学者]
  • Levitt M.通过自动片段匹配精确建模蛋白质构象。分子生物学杂志。1992年7月20日;226(2):507–533.[公共医学][谷歌学者]
  • Lin L,McGinnis W.绘制Dfd和Ubx同源结构域的功能特异性。基因发育。1992年6月;6(6):1071–1081.[公共医学][谷歌学者]
  • Lu Q,Knoepfler PS,Scheele J,Wright DD,Kamps MP。Pbx1和E2A-Pbx1都与多个小鼠Hox基因的产物协同结合DNA基序ATCAATCAA,其中一些基因本身就是致癌基因。分子细胞生物学。1995年7月;15(7):3786–3795. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Lu Q,Wright DD,Kamps MP。E2A融合将Pbx1同源域蛋白转化为携带t(1;19)易位的人类白血病的组成转录激活物。分子细胞生物学。1994年6月;14(6):3938–3948. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Malicki J、Bogarad LD、Martin MM、Ruddle FH、McGinnis W.小鼠同源异型盒基因HoxB9在果蝇发育中的功能分析。机械开发。1993年8月;42(3):139–150.[公共医学][谷歌学者]
  • Manak JR,Mathies LD,Scott MP。同源异形蛋白对十臂麻痹中肠增强剂的调节。发展。1994年12月;120(12):3605–3619.[公共医学][谷歌学者]
  • Mann RS,Hogness DS。黑腹果蝇Ultrabithorax蛋白的功能解剖。单元格。1990年2月23日;60(4):597–610.[公共医学][谷歌学者]
  • McGinnis W,Krumlauf R.同源框基因和轴向模式。单元格。1992年1月24日;68(2):283–302.[公共医学][谷歌学者]
  • Mendel DB、Khavari PA、Conley PB、Graves MK、Hansen LP、Admon A、Crabtree GR。调节哺乳动物同源结构域蛋白二聚体的辅因子的表征。科学。1991年12月20日;254(5039):1762–1767.[公共医学][谷歌学者]
  • Monica K、Galili N、Nourse J、Saltman D、Cleary ML、PBX2和PBX3,与人类原癌基因PBX1具有广泛同源性的新同源盒基因。分子细胞生物学。1991年12月;11(12):6149–6157. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Monica K、LeBrun DP、Dedera DA、Brown R、Cleary ML。E2a-Pbx1嵌合癌蛋白的转化特性:与E2a融合是必要的,但Pbx1同源结构域是可有可无的。分子细胞生物学。1994年12月;14(12):8304–8314. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Müller M、Affolter M、Leupin W、Otting G、Wüthrich K、Gehring WJ。触角类同源结构域的分离和序列特异性DNA结合。EMBO J。1988年12月20日;7(13):4299–4304. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Neuteboom ST、Peltenburg LT、van Dijk MA、Murre C.Hoxb-8中的六肽LFPWMR是与Pbx1和Pbx2蛋白质合作DNA结合所必需的。美国国家科学院院刊。1995年9月26日;92(20):9166–9170. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Nourse J、Mellentin JD、Galili N、Wilkinson J、Stanbridge E、Smith SD、Cleary ML。染色体易位t(1;19)导致合成同源盒融合mRNA,该mRNA编码潜在嵌合转录因子。单元格。1990年2月23日;60(4):535–545.[公共医学][谷歌学者]
  • Odenwald WF、Garbern J、Arnheiter H、Tournier-Lasserve E、Lazzarini RA。Hox-1.3同源盒蛋白是一种序列特异性DNA结合磷蛋白。基因发育。1989年2月;(2):158–172.[公共医学][谷歌学者]
  • Otting G,Qian YQ,Billeter M,Müller M,Affolter M,Gehring WJ,Wüthrich K。蛋白质——同源结构域结构中的DNA接触——通过核磁共振光谱测定溶液中的DNA复合体。EMBO J。1990年10月;9(10):3085–3092. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Peifer M,Wieschaus E.果蝇基因外胚层的突变影响特定同源结构域蛋白调节节段特性的方式。基因发育。1990年7月;4(7):1209–1223.[公共医学][谷歌学者]
  • Pellerin I、Schnabel C、Catron KM、Abate C.Hox蛋白对一个与其基因在Hox簇上的位置相关的共识DNA位点具有不同的亲和力。分子细胞生物学。1994年7月;14(7):4532–4545. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Peverali FA、D’Esposito M、Acampora D、Bunone G、Negri M、Faiella A、Stornaiuolo A、Pannese M、Migliaccio E、Simeone A等。HOX同源基因在人神经母细胞瘤细胞培养系中的表达。区别。1990年10月;45(1):61–69.[公共医学][谷歌学者]
  • Phelan ML,Rambaldi I,Featherstone MS。由保守肽基序介导的HOX和PBX蛋白之间的协同作用。分子细胞生物学。1995年8月;15(8):3989–3997. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Phelan ML,Sadoul R,Featherstone MS。同源域N末端臂中两个残基赋予HOX蛋白的功能差异。分子细胞生物学。1994年8月;14(8):5066–5075. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Phillips CL、Stark MR、Johnson AD、Dahlquist FW。酵母同源域转录调节因子α2和a1的异二聚化诱导α2中的界面螺旋。生物化学。1994年8月9日;33(31):9294–9302.[公共医学][谷歌学者]
  • Pöpperl H,Bienz M,Studer M,Chan SK,Aparicio S,Brenner S,Mann RS,Krumlauf R。Hoxb-1的分段表达受高度保守的自动调节环控制,依赖于exd/pbx。单元格。1995年6月30日;81(7):1031–1042.[公共医学][谷歌学者]
  • Rauskolb C、Peifer M、Wieschaus E.extracticle是同源基因活性的调节器,是含有同源盒的人类原癌基因pbx1的同源物。单元格。1993年9月24日;74(6):1101–1112.[公共医学][谷歌学者]
  • Rauskolb C、Smith KM、Peifer M、Wieschaus E.引渡决定了整个果蝇发育过程中的片段身份。发展。1995年11月;121(11):3663–3673.[公共医学][谷歌学者]
  • Rauskolb C,Wieschaus E.通过外胚层和同源选择蛋白协调下游基因的调控。EMBO J。1994年8月1日;13(15):3561–3569. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Regulski M、Dessain S、McGinnis N、McGinis W。变形蛋白的高亲和力结合位点是变形基因的自我调节增强子功能所必需的。基因发育。1991年2月;5(2):278–286.[公共医学][谷歌学者]
  • Rey-Campos J、Chouard T、Yaniv M、Cereghini S.vHNF1是一种同源蛋白,可激活转录并与HNF1形成异二聚体。EMBO J。1991年6月;10(6):1445–1457. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Rost B,Sander C.结合进化信息和神经网络预测蛋白质二级结构。蛋白质。1994年5月;19(1):55–72.[公共医学][谷歌学者]
  • Sasaki H,Yokoyama E,Kuroiwa A.两种鸡变形家族同源结构域蛋白Chox-1.4和Chox-A的特异性DNA结合。核酸研究。1990年4月11日;18(7):1739–1747. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Sauvageau G、Thorsteinsdottir U、Eaves CJ、Lawrence HJ、Largman C、Lansdorp PM、Humphries RK。造血细胞中HOXB4的过度表达导致体外和体内更原始人群的选择性扩张。基因发育。1995年7月15日;9(14):1753–1765.[公共医学][谷歌学者]
  • Stern S,Tanaka M,Herr W.Oct-1同源结构域指导与HSV反式激活子VP16形成多蛋白-DNA复合物。自然。1989年10月19日;341(6243):624–630.[公共医学][谷歌学者]
  • Sun B,Hursh DA,Jackson D,Beachy PA。Ultrabithorax蛋白对于内脏中胚层十足瘫痪表达的完全激活是必要的,但并不足够。EMBO J。1995年2月1日;14(3):520–535. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Treisman J,Gönczy P,Vashishtha M,Harris E,Desplan C。单一氨基酸可以确定同源域蛋白质的DNA结合特异性。单元格。1989年11月3日;59(3):553–562.[公共医学][谷歌学者]
  • van Dijk MA,Murre C.extracticle提高了同源选择基因产品的DNA结合特异性。单元格。1994年8月26日;78(4):617–624.[公共医学][谷歌学者]
  • Van Dijk MA,Voorhoeve PM,Murre C.Pbx1在获得前B细胞急性淋巴细胞白血病中E2A的N末端区域后转化为转录激活物。美国国家科学院院刊。1993年7月1日;90(13):6061–6065. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Verrijzer CP、van Oosterhout JA、van der Vliet PC。Oct-1 POU结构域介导Oct-1和其他POU蛋白之间的相互作用。分子细胞生物学。1992年2月;12(2):542–551. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Voss JW,Wilson L,Rosenfeld MG。POU域蛋白Pit-1和Oct-1相互作用形成异聚物,并可协同诱导催乳素启动子的表达。基因发育。1991年7月;5(7):1309–1320.[公共医学][谷歌学者]
  • Wolberger C、Vershon AK、Liu B、Johnson AD、Pabo CO。MAT alpha 2同源域-运算符复合物的晶体结构表明同源域-DNA相互作用的一般模型。单元格。1991年11月1日;67(3):517–528.[公共医学][谷歌学者]
  • Xue D,Tu Y,Chalfie M.秀丽隐杆线虫同源蛋白UNC-86和MEC-3之间的协同作用。科学。1993年9月3日;261(5126):1324–1328.[公共医学][谷歌学者]
  • Zappavigna V,Sartori D,Mavilio F。HOX蛋白功能的特异性取决于DNA-蛋白和蛋白质-蛋白质相互作用,两者均由同源结构域介导。基因发育。1994年3月15日;8(6):732–744.[公共医学][谷歌学者]
  • Zeng W,Andrew DJ,Mathies LD,Horner MA,Scott MP。Antp和Scr同源基因的异位表达和功能:同源域的N末端对功能特异性至关重要。发展。1993年6月;118(2):339–352.[公共医学][谷歌学者]

文章来自分子和细胞生物学由提供泰勒和弗朗西斯