美国人类遗传学杂志。2007年2月；80(2): 273–390.
一项大规模遗传关联研究证实IL12B级并导致识别IL23R（IL23R）作为银屑病风险基因
,*,† 史蒂文·J。施罗德,* 莫妮卡·张,维罗妮卡E。加西亚,朗达·布兰登,克里斯蒂娜·P。Callis公司,Nori Matsunami公司,克里斯汀·G。阿德利,‡ 丹尼尔·西韦洛,约瑟夫·J。卡塔尼亚语,黛安娜·U。梁朝伟（Leong）,杰基·M。潘科,琳达B。麦卡利斯特,§ 克里斯托弗·B。汉森,杰森·帕彭福斯,斯蒂芬·M·。普雷斯科特,‖ 托马斯·J·。白色,马克·F。勒珀特,杰拉尔德·G。克鲁格、和安B。贝戈维奇 米歇尔·卡吉尔
来自加利福尼亚州阿拉米达市塞莱拉（M.Cargill；S.J.S.；M.Chang；V.E.G.；R.B.；D.C.；J.J.C.；D.U.L.；L.B.M.；T.J.W.；A.B.B.）；犹他大学皮肤病学系（K.P.C.；J.M.P.；C.B.H.；J.P.；G.G.K.）和人类遗传学系（N.M.；M.F.L.）以及盐湖城LineaGen研究公司（S.M.P；和SeraCare生命科学基因组合作部，马萨诸塞州剑桥（K.G.A）
来自加利福尼亚州阿拉米达市塞莱拉（M.Cargill；S.J.S.；M.Chang；V.E.G.；R.B.；D.C.；J.J.C.；D.U.L.；L.B.M.；T.J.W.；A.B.B.）；犹他大学皮肤病学系（K.P.C.；J.M.P.；C.B.H.；J.P.；G.G.K.）和人类遗传学系（N.M.；M.F.L.）以及盐湖城LineaGen研究公司（S.M.P；和SeraCare生命科学基因组合作部，马萨诸塞州剑桥（K.G.A）
*这两位作者对这项工作的贡献相等。
†目前隶属关系：加利福尼亚州圣克拉拉Affymetrix。
‡现隶属：麻省理工大学博大学院和哈佛大学，马萨诸塞州剑桥。
§目前隶属关系：罗氏诊断公司，加利福尼亚州普莱森顿。
‖现隶属：俄克拉荷马市俄克拉荷玛医学研究基金会。
2006年9月5日收到；2006年11月20日接受。
摘要
我们对三组独立的北美白人个体（1446例和1432例对照）进行了一项多层次、病例对照的银屑病相关性研究，共有25215个基因中心单核苷酸多态性（SNPs），发现银屑病与IL12B级3′-非翻译区SNP(3212227卢比)证实了一项小型日本研究的结果。该SNP在所有三个样本集中均显著（优势比[OR]常见的0.64，综合P（P）[P（P）梳子]=7.85×10-10). 蒙特卡罗模拟解决多重测试表明，这种关联不是一种类型I错误。的编码区域IL12B型在96例银屑病患者中重新测序，另有30例IL12B级-对区域SNP进行基因分型。对单倍型进行了评估，基因型条件分析确定了第二个风险等位基因(6887695卢比)位于IL12B级调整后与银屑病相关的编码区rs3212227。这两个SNP共同标志着IL12B级风险单倍型（OR常见的1.40,P（P）梳子=8.11×10-9)和较不常见的保护性单倍型（OR常见的0.58,P（P）梳子=5.65×10-12)，在所有三项研究中具有统计学意义。自IL12B级编码IL-12和IL-23的共同IL-12p40亚单位，我们对编码这些细胞因子其他链的基因中的17个SNP进行了基因分型(IL12A型和IL23A公司)及其受体(IL12RB1、IL12RB2、，和IL23R（IL23R）). 单体型分析确定了两种IL23R（IL23R）在所有三项研究中，错义SNP共同标志着一种常见的银屑病相关单倍型（OR常见的1.44,P（P）梳子=3.13×10-6). 两种基因纯合的个体IL12B级以及IL23R（IL23R）易感单倍型增加了患病风险（OR常见的1.66,P（P）梳子=1.33×10-8). 这些数据以及之前的观察结果表明，向银屑病患者注射IL-12p40亚单位特异性抗体是非常有效的，表明这些基因在银屑病发病机制中起着基础性作用。
银屑病是一种常见的慢性T细胞介导的皮肤炎症疾病，影响约2%–3%的欧洲血统白人。尽管这种疾病在所有人群中都存在，但在亚洲人和非裔美国人中发病率较低，在低纬度地区也有所下降。1最常见的形式是寻常型银屑病，其特征是有不同数量的红色、凸起、鳞状皮肤斑块，可出现在任何身体表面，但最常见的是肘部、膝盖和头皮。该病通常发生在生命早期（年龄15-30岁），对男性和女性的影响相同。多达30%的银屑病患者会患上炎症性关节炎，这可能会影响手脚的外周关节、大关节或中轴骨骼。2,三病理上，银屑病的特征是血管改变、角质形成细胞过度增殖、表皮分化改变和炎症。4特别是，表皮细胞对T细胞产生的1型效应分子的反应导致了斑块的特征性病理学。5
银屑病的遗传是复杂的，这种疾病具有高度遗传性，MZ与DZ双胞胎的一致性增加（分别为35%-72%与12%–23%），受影响个体的家庭成员的发病率大幅增加（例如，一级亲属的发病率为6%）；然而，很明显，环境影响也是疾病易感性的原因。5十次全基因组连锁扫描已经得到了一个易感基因座的有力证据(PSORS1型[MIM公司#177900])在6p21的主要组织相容性复合体（MHC）中，但没有为其他区域提供一致的证据（有关综述，请参阅Bowcock和Kreuger的工作5).
MHC（6p21）中的连锁和关联被认为是由于人类白细胞抗原（HLA）-C。特别是，银屑病敏感效应被认为是由*0602等位基因引起的，6,7尽管该地区的其他候选基因也可能与疾病易感性有关。关联研究确定了连锁峰下的三个基因区域，有大量证据表明与银屑病连锁不平衡（LD），SLC9A3R1型/NAT9公司和猛禽(诺基亚1303)17q25和SLC12A8型第3季度21。8,9其他几个基因，包括IL12B级（MIM161561),VDR、MMP2、IL10、IL1RN、，和IRF2型(遗传关联数据库)-在不同大小和不同种族的样本集中与银屑病相关；然而，如果没有更多来自其他独立研究的数据，就很难从统计上得出关于它们是否是真正的疾病基因的合理结论。
全基因组关联研究已被推广为绘制复杂性状的有力方法，并提出了直接（即使用蛋白质替代标记）和间接（即使用标记SNP或间隔标记）策略。10–12我们进行了一项以基因为中心的大型关联研究，主要关注假定的功能性SNP，以确定北美白人病例对照样本中的银屑病易感性标记，并尝试在第二个独立的病例对照样本集中复制重要标记。在这个过程中，我们观察到SNP的显著关联(3212227卢比)在的3′UTR中IL12B级在两个病例对照样本集中都有银屑病患者，证实了在一项日本研究中观察到的结果。13
探讨IL12B级在银屑病的遗传学中，为了确定潜在的致病变异体，我们对银屑病及其周围的其他标记进行了基因分型IL12B级并进行了进一步的分析，包括单倍型分析。因为IL12B级编码两种不同异二聚体细胞因子IL-12和IL-23的IL-12p40亚单位14-我们分析了IL12A、IL23A（分别编码IL-12p35和IL-23p19亚单位），以及编码IL-12和IL-23受体的基因(IL12RB1、IL12RB2、，和IL23R（IL23R）[MIM公司607562])，以确定这些基因中是否存在多态性IL12B级-相关基因也在银屑病易感性中起作用。最后，我们在第三个独立的北美白人样本集中复制了所有有趣的发现。
主题和方法
总体战略
我们进行了三项连续的病例对照研究（即发现、复制1和复制2），以确定与银屑病相关的SNPs。在这项发现研究中，从患有（例）银屑病和未患有（对照组）银屑症的个人的DNA样本中，使用基于疾病表型的混合DNA样本，对25215个SNP进行基因分型，以增加基因分型吞吐量并最小化DNA消耗。每个SNP的等位基因频率按别处所述进行测定，15在一个独立样本集（复制1研究）中，使用类似的汇集策略，对与银屑病相关的显著性水平为0.05的SNP进行评估。复制1研究中与银屑病相关的非MHC-连锁SNP(P（P）<.05），并且具有与发现研究中相同的风险等位基因，然后在发现和复制1样本集中分别进行基因分型，以验证混合DNA研究的结果。仍然显著的SNP(P（P）<.05），然后在第三个独立样本集中进行询问（复制2研究）。在这里，我们报告了最显著的非MHC SNP的结果。
学科
发现的样本包括467名患有银屑病的白人和500名作为对照的白人。所有受试者都是北欧血统，居住在犹他州或爱达荷州南部邻近地区，该地区由犹他大学医院和诊所提供服务。这些银屑病患者是从犹他大学皮肤科诊所招募来的，作为犹他州银屑病倡议（UPI）的一部分，他们被一名UPI研究人员确诊为银屑病。每个银屑病患者都进行了全面的临床检查和问卷调查，研究中不包括一级或二级亲属的样本。从犹他州CEPH（CEU）人群中选择了500名性别和种族匹配的白人样本(n个=112位祖父母）和犹他大学其他研究(n个=388）作为对照。其他研究包括结肠癌、腿不宁、吸烟成瘾、癫痫和视网膜疾病，此处所述研究中使用的所有对照对象要么是其他研究中的对照对象，要么是家庭研究中的无关配偶。在不考虑疾病状态的情况下，确定了来自CEU人群的112名对照受试者。对于剩下的388名患者，53%的患者可以获得自身免疫疾病状态的信息，任何患有银屑病或其他自身免疫疾病的患者都被排除在外。其余47%的人没有关于自身免疫疾病状态的信息；然而，我们预计该对照人群中银屑病和其他自身免疫性疾病的发病率与犹他州普通人群相似。请注意，如果这些对照受试者中有任何人携带的自身免疫疾病等位基因频率增加，而这些等位基因也被发现与银屑病有关，那么如果删除这些对照，此处报告的结果的重要性将增加。
复制1样本集由SeraCare生命科学（GCI）基因组协作部收集。样本来自498名经皮肤科医生确诊患有银屑病且银屑病面积和严重程度指数（PASI）的无关北美白人个体来自498名无银屑病或其他自身免疫性疾病病史的非血缘北美白人个体，按性别和年龄分别与这些病例相匹配。复制2样本集由481名经皮肤科医生确诊患有银屑病的非血缘北美白人和424名无银屑病、无血缘北美白种人组成，用于确认前两个样本集的结果；来自293名银屑病患者和292名无银屑病的患者的样本由GCI提供，符合上述标准。BioCollections Worldwide提供了另外188份符合上述相同标准的银屑病患者样本，以及132名无银屑病的北美白人样本。
本研究中纳入的所有个体在被纳入样本收集时均为18岁或以上。此外，没有一名受试者接受过骨髓移植。所有方案均由国家和/或地方机构审查委员会批准，并获得所有受试者的知情书面同意。发现和复制1样本集临床特征的详细分类见。复制2样本集中所有银屑病患者的详细临床信息有限。男女性别比为0.89，平均发病年龄（±SD）为28±16岁。
表1
| 样本集
|
| 亚表型一 | 发现 | 复制1 |
| 遗传背景 | 怀特（犹他州） | 白色（北美） |
| 案件数量 | 467 | 498 |
| 控制装置数量 | 500 | 498 |
| 女性：男性性别比 | 1.2 | 1.2 |
| 平均发病年龄（年） | 28 ± 17 | 29 ± 15 |
| 有银屑病家族史的百分比 | 62.70% | 46.60% |
| 病例数： | | |
| 银屑病关节炎和银屑病至少10年（是/否） | 125/239 | 98/143 |
| 国家银屑病基金会评分<7.5/7.5–12.5/>12.5 | 124/132/129 | … |
| PASI得分<10/10–50/>50 | … | 364/103/4 |
扫描SNP选择
为收集25215个基因中心SNP，从数据库SNP苹果基因组计划，16,17和文学。如果单核苷酸多态性出现在多个数据库中，并且具有小等位基因频率（MAF）（1%），则选择其纳入研究。在SNP中，约70%是预测会修改基因编码的氨基酸序列的错义多态性。其余30%的SNP中，大多数是剪接受体或供体、推测的转录因子结合位点等。
等位基因频率和基因型测定
如其他地方所述，混合DNA样本中的SNP等位基因频率由等位基因特异性动力学PCR测定。15,16简言之，使用等位基因特异性引物和根据两条等位基因特异性PCR扩增曲线计算的等位基因频率扩增3ng混合DNA，每一条曲线重复测定。使用等位基因特异性动力学PCR对0.3 ng DNA进行个体基因分型，并在统计分析之前手动整理数据，不了解病例对照状态。对于所有SNP基因型，99%以上的样本进行了基因分型调用。先前的分析表明，基因分型准确率>99%。18,19这里描述的四个最有趣SNP的基因分型（即。，rs3212227、rs6887695、rs7530311、，和rs11209026型)在320个银屑病研究样本中，使用一种不相关的技术，即多重寡结扎分析，结果显示一致性>99.8%。通过高分辨率序列分型（由Atria Genetics执行）确定发现样本的HLA-C基因型。其他两个样本集没有HLA-C基因型。
使用正交设计构建池，其中单个DNA样本根据临床相关表型排列到多个池中。对于未经批准的分析（即所有病例与所有对照组），根据公式将各阶层的等位基因频率测量值合并并求平均值
哪里我j个是样本所在的池数j个出现，第页ij公司=1，如果是样品j个属于池我否则为0，（f）我是pool中的等位基因频率估计值我，和n个是所有池中不同样本的数量。通过使用基于临床相关表型的正交池策略，并通过将所有层分解为所有病例与所有对照组的分析，我们基本上进行了重复测量，并能够减少所有病例与全部对照组比较的测量误差。
用于后续基因分型的SNP选择
通过下载5号染色体上158464177和158828966位点之间的CEU HapMap基因型，选择用于后续基因分型的Tag SNPHapMap网站（2004年10月第12版）和运行计算机程序Redigo。21该程序使用的方法最大限度地提高了检测真正相关SNP的统计能力，同时最小化了基因型SNP的数量，并且不使用LD度量来选择SNP。对于功率计算，我们设置了以下参数：500例病例、500例对照、0.95功率阈值、疾病流行率0.01和保守疾病模型（基因型相对风险的加性遗传模式[GRR]1.5）。正如胡锦涛及其同事所描述的那样，21保守疾病模型的使用产生了一个标签SNP集，它可以在两个选定的SNP对之间显示适度到实质性的LD，并且对疾病模型的变化也很稳健。
LD分析与单倍型估计
LD测量第页2使用GOLD包中的LDMAX程序从非相位数据中计算。22Spotfire软件用于生成第页2LD矩阵。程序中的伪Gibbs采样算法SNP分析仪版本1.023用于从非时相数据中估计单倍型和二倍型频率。在此过程中，病例和对照组分别进行治疗。哈普洛。Stats包，用于计算全局P（P）值(P（P）检验疾病状态和所有单倍型之间独立性的无效假设的值）以及P（P）每个个体预测的单倍型值用于测试单倍型与疾病状态之间的关联。24哈波罗。Stats包对非阶段数据特别有用，因为它调整了单倍型估计误差的测试统计量方差。
关联统计信息
利用Fisher精确检验对等位基因计数和疾病状态之间的独立性进行了检验。25对于较大的列联表，威廉姆斯修正了G公司进行了检验，以评估基因型计数与银屑病状态之间独立性的无效假设，26除非数据稀少。在这种情况下，使用蒙特卡罗模拟方法来获得适当的P（P）值。为了探索偏离哈代-温伯格平衡（HWE）的程度，计算了Weir对HWE的精确检验。27由于许多疾病模型将预测受影响个体和未受影响个体样本之间成对LD的差异，我们使用了尼尔森及其同事描述的LD对比试验，28测试病例和对照组之间LD模式的差异。我们雇佣了费希尔的联合P（P）对独立研究进行联合分析的价值。通过独立研究计算Mantel-Haenszel共同优势比（OR）。26GRR估计值（用γ表示）是使用贝叶斯方法建模计算的：（i）疾病流行率是一个β分布，预期疾病流行率为2.3%；（ii）基因型计数是一个多项式分布，参数是根据经验数据估计的。Breslow-Day统计29用于确定SNP是否在不同亚表型之间表现出明显的OR异质性。根据Walter的描述计算人口可归因分数的估计值30和Schlesselman。31
由于假阳性结果在任何使用适度标称显著性水平的大规模实验中都可能存在问题，因此我们进行了蒙特卡罗模拟，以获得组合的分布P（P）两项研究的价值观。考虑了两个零假设，并在每个假设下给出了结果。在第一种模型下，假设案例和控制之间独立P（P）值，我们生成了26000个随机独立的P（P）值，保留前1500个最重要的值。第二套1500P（P）然后在均匀分布下生成值，以模拟P（P）复制数据集的值，以及这两个值P（P）使用Fisher的组合P（P）值。整个生物信息学实验重复1000次。单个最重要的P（P）每个值生物信息学然后，该实验被用于生成1000个实验范围内最重要的分布P（P）值。这类似于在Dunn-Sidak–校正显著性水平下获得的结果（类似于Bonferroni校正）。26对于第二个模型，我们采取了类似的方法，只是我们使用合并发现样本的结果来建模null的分布P（P）值。这种方法通常较为保守，由Schrodi详细描述。32得到的伽马-努尔模型由比例和形状参数分别定义为1.2032和0.8517。类似于大规模研究中使用的其他基于经验的方法，以获得零模型或替代模型，33这种伽马模型方法同时以类似于基因组控制方法的方式调整种群分层的扩散效应。34
在一种类似于单倍型方法的方法中，35,36我们对特定SNP与其他SNP基因型的关联性进行了测试。也就是说，病例和对照组都是根据一个SNP的基因型进行划分的，并且在测试统计中使用了询问SNP的计数。使用排列程序评估结果测试统计的统计显著性。这种测试有助于分析LD中一组SNP的每个SNP对疾病关联的相对贡献。
为了探索各种疾病模型下数据的可能性，我们计算了贝叶斯因子曲线，37,38使用所有三项研究的数据。结果与解释扩散人口分层的无效假设下的数据可能性进行了比较。数学上，贝叶斯因子可以写成
，其中R（右）是等位基因相对风险，H（H）D类是疾病模型，它是R、，和H（H）0是无效假设。32
结果
发现扫描和复制数据
在由466名患有银屑病的北美白人个体和500名犹他州的北美白人对照个体组成的共同发现样本中，对25215个SNP进行了基因分型主题和方法“第节和). 467名患者中有1名的DNA在构建水池时尚不可用。这组SNP因错义、无意义和调控多态性而高度丰富。16DNA库的发现扫描产生了1654个标记，标记数量为P（P）值<.05，其中130个映射在MHC内或附近。然后，在由498名与银屑病无关的北美白人和498名年龄和性别匹配的北美白人对照组组成的复制1样本中对这些标记进行基因分型。考虑到MHC是银屑病的主要易感性位点（在我们发现的病例中，银屑病高危HLA等位基因C*0602的频率为22.4%，而对照组为8.5%；比值比3.10[95%可信区间2.37-4.08]，P（P）=2.37×10-17)鉴于该地区存在强大的LD，39毫不奇怪，71个与MHC相关的SNPsP（P）复制1样本集中的值<.05，证实了这种分层方法识别疾病等位基因的有效性。两项研究中最重要的非MHC-连锁标记是rs3212227，3′UTR中的A→C SNPIL12B，位于5q（合并发现样本P（P）=5.24×10-5; 池复制1示例P（P）=1.88×10-8). 该基因编码两种细胞因子IL-12和IL-23的共同IL-12p40亚单位，14该基因的插入和缺失与一种罕见的隐性孟德尔易感分枝杆菌病（MIM）有关209950).40,41
个体基因分型3212227卢比在发现和复制过程中，1个HWE样本和分析表明，我们不能在两个样本集中的病例和对照中拒绝该SNP的HWE(P（P）=.847，在发现案件中P（P）=.588在发现控制中；P（P）=.297（在复制1的情况下）P（P）在复制1对照组中为.913），并证实A（主要）等位基因与银屑病风险的关联（发现样本集OR 1.59，P（P）=1.89×10-4; 复制1样本集OR 1.81，P（P）=7.59×10-7)带有费舍尔综合等位基因P（P）值3.39×10-9和OR常见的第1.70页()（有关实验意义的详细讨论，请参见下文）。与对照组相比，病例中常见的A等位基因增加（分别为～86%和～78%～79%）。协会位于3212227卢比似乎与HLA-C无关，因为通过HLA-C*0602风险等位基因的存在或缺失对发现数据进行分层并不会导致显著不同的or（分别为1.47和1.61；Breslow-DayP（P）=.88).
表2
| 数量（频率）in
| | |
样本集
和Allele | 案例 | 控制 | 风险通道或
（95%置信区间）一 | P（P）b条 |
| 发现c（c）: | | | | |
| C | 133 (.143) | 192 (.209) | … | … |
| A类 | 799 (.857) | 726 (.791) | 1.59 (1.25–2.03) | 1.89×10−4 |
| 复制1: | | | | |
| C | 135 (.137) | 219 (.223) | … | … |
| A类 | 849 (.863) | 763 (.777) | 1.81 (1.42–2.28) | 7.59×10−7 |
| 组合 | … | … | 1.70 (1.43–2.01) | 3.39×10−9 |
基因型分析3212227卢比显示在中在两个样本集的联合分析中，我们发现杂合基因型与小纯合子基因型相比（OR常见的1.47[95%可信区间0.86–2.50]），而A等位基因纯合子个体相对于次要纯合子似乎更容易患银屑病（OR常见的2.55[95%置信区间1.52–4.28]）。我们还计算了每个样本集中AA和CA基因型（相对于CC基因型）的GRR（γ）的贝叶斯估计值，假设疾病流行率是β分布的，平均值为2.3%(). 由此得到的GRR估计值与ORs非常相似，也符合遗传的一般模型，即个体携带a等位基因的一个拷贝3212227卢比与非携带者相比，患牛皮癣的风险更高，携带两份副本的人的风险更大。
表3
| 数量（频率）in
| | |
样本集
和基因型 | 案例 | 控制 | OR（95%置信区间）一 | γb条 |
| 发现c（c）,d日: | | | | |
| 科科斯群岛 | 10 (.021) | 22 (.047) | … | … |
| 加利福尼亚州 | 113 (.242) | 148 (.322) | … | … |
| AA公司 | 343 (.736) | 289 (.630) | … | … |
| CA与CC | … | … | 1.68 (.76–3.69) | 1.67 |
| AA与CC | … | … | 2.61 (1.22–5.60) | 2.57 |
| AA+CA与CC | … | … | 2.29 (1.07–4.90) | 2.27 |
| 复制1e（电子）: | | | | |
| 科科斯群岛 | 12 (.024) | 24 (.049) | … | … |
| 加利福尼亚州 | 111 (.226) | 171 (.348) | … | … |
| AA公司 | 369 (.750) | 296 (.603) | … | … |
| CA与CC | … | … | 1.30 (.62–2.70) | 1.29 |
| AA与CC | … | … | 2.49 (1.23–5.07) | 2.45 |
| AA+CA与CC | … | … | 2.06 (1.02–4.16) | 2.03 |
| 组合（f）: | | | | |
| CA与CC | … | … | 1.47 (.86–2.50) | … |
| AA与CC | … | … | 2.55 (1.52–4.28) | … |
| AA+CA与CC | … | … | 2.16 (1.29–3.63) | … |
由于假阳性结果在任何大规模实验中都可能存在问题，因此我们进行了蒙特卡罗模拟，以获得实验范围内的显著性水平。考虑了两个无效假设，并在每个假设下给出了结果。在第一个零模型下，其产生的结果类似于Dunn-Sidak或Bonferroni修正的显著性水平，26我们假设案例和控制之间是独立的，生成了P（P）值（参见“关联统计信息“第节）。由此产生的组合P（P）值，表示1000个独立的生物信息学实验，范围为2.73×10-4至2.58×10-8（统一模型）(). 所有这些都不如费希尔计算的总和重要P（P）值3.39×10-9对于IL12B级3′UTR SNP，rs3212227。第二种模型（伽马模型）()，它使用池发现样本的结果来建模null的分布P（P）更为保守，32生成1000个null组合P（P）值范围为1.53×10-4至2.30×10-9只有一个超过了费舍尔的总和的重要性P（P）值3.39×10-9对于IL12B级3′UTR序列。综合起来，这些数据表明IL12B级银屑病患者的3′UTR SNP不太可能是I型错误。
蒙特卡罗模拟的结果，显示了1000个最显著组合的分布P（P）两个空模型下的值。箭头表示P（P）的值3212227卢比(3.39×10-9).
IL12B级银屑病患者的测序
识别小说IL12B级在银屑病患者中，我们对1136个5′序列碱基、所有外显子和内含子/外显子边界进行了序列测定，并对1424个3′序列的碱基进行了序列分析IL12B级复制1样本集中96名银屑病患者。平均而言，我们成功测序了89个个体（覆盖范围从70到96个个体），并确定了6个SNP，其中只有一个在公共数据库中没有发现。新的3′UTR SNP（C158674941T；ss52085990标准)在96个测序个体中仅在一条染色体上观察到，本研究未进一步进行基因分型。
单标记分析IL12B级地区
为了进一步研究IL12B级区域，我们首先选择确定IL12B级通过对tag SNP和功能性SNP的组合进行基因分型，该区域与银屑病相关，tag SNPs在保守疾病模型下检测疾病相关变异的平均能力最高，而功能性SNPs则在我们的发现和复制1个样本集中。在我们使用Redigo程序选择的32个标签SNP中，21共有44个CEU第一阶段HapMap单核苷酸多态性42周围364.8kb的区域IL12B级在5号染色体上，27在发现和复制1样本集中产生了高质量的个体基因分型数据，平均功率损失最小（27个标签SNPs为0.89，32个标签SNPs为0.90）。我们还对一个假定的启动子多态性上游的IL12B级—17860508卢比，43,44它已被证明会影响受刺激细胞中的IL-12和IL-12Bp40蛋白水平，尽管不一致44–47-以及两个经过验证的(西雅图SNP资源）IL12B级错义SNP(3213119卢比和3213096卢比) (和)，对于IL12B级区域。对这30个变异体的基因型数据进行HWE精确测试，分别对每个样本集中的病例和对照组进行分析（数据未显示），仅确定了两种情况，即在HWE中没有标记P（P）<.05显著性水平(rs7721001在发现控件中，P（P）=.005;270654卢比在复制的情况下，P（P）=.020).
360 kb周围的物理地图IL12B级在人类5号染色体上。四个已知基因映射到该地区：EBF、FLJ31951、UBLCP1、，和IL12B。AK097548是一个以一个mRNA为支持证据的基因模型。在两个独立的病例对照银屑病样本集中，对该区域的31个标记物进行了基因分型。这些标记包括27个标签SNP，1个推测的启动子SNP(17860508卢比)，2个错义SNP(3213119卢比和3213096卢比)和最初的成功，rs3212227。在对CEU HapMap基因型进行视觉检查的基础上，研究中的26个基因型标记映射到一个松散定义的LD区块。使用五个附加标记查询此中心区域两侧的块。
表4
MAF和Allele-Based Association ofIL12B级-银屑病相关单核苷酸多态性[注]
| | | | 发现样本集一
| 复制1示例集
| 复制2示例集
| 综合分析
|
| | | | 频率in
| | | 频率in
| | | 频率输入
| | | | |
数据库SNP
识别
编号 | 基因 | 类型 | 职位
和Allelesb条 | 案例(n个=467) | 控制(n个=460) | 或 | 等位基因P（P）c（c） | 案例(n个=498) | 控制(n个=498) | 或 | 等位基因P（P）c（c） | 案例(n个=481) | 控制(n个=424) | 或 | 等位基因P（P）c（c） | 或常见的（95%置信区间）d日 | P（P）梳子e（电子） |
| 929779卢比 | 欧洲银行同业拆借利率 | 内含子 | T158420776G型 | .465 | .452 | 1.05 | .608 | .488 | .487 | 1 | 1 | … | … | … | … | … | … |
| 1422668卢比 | 欧洲银行同业拆借利率 | 内含子 | G158438712A号 | .310 | .324 | .94 | .549 | .343 | .337 | 1.03 | .813 | … | … | … | … | … | … |
| 6898290卢比 | 欧洲银行同业拆借利率 | 简介 | 158446124T元 | .415 | .413 | 1.01 | .925 | .453 | .441 | 1.05 | .619 | … | … | … | … | … | … |
| 2161357卢比 | … | 基因间的 | 158469697吨 | .193 | .215 | .88 | .273 | .218 | .198 | 1.13 | .293 | … | … | … | … | … | … |
| 6897374卢比 | … | 基因间的 | A158473778C号 | .090 | .074 | 1.24 | .236 | .084 | .103 | .80 | .165 | … | … | … | … | … | … |
| 6896438卢比 | … | 基因间的 | 158480454G元 | .390 | .400 | .96 | .669 | .398 | .391 | 1.03 | .748 | … | … | … | … | … | … |
| rs270661型 | … | 基因间的 | A158492732G号 | .197 | .200 | .98 | .907 | .233 | .183 | 1.36 | .007 | … | … | … | … | … | … |
| 270654卢比 | … | 基因间的 | G158497687A号 | .109 | .103 | 1.07 | .651 | .134 | .110 | 1.27 | .100 | … | … | … | … | … | … |
| 6556398卢比 | … | 基因间的 | A158505815C号 | .321 | .304 | 1.08 | .452 | .297 | .320 | .90 | .285 | … | … | … | … | … | … |
| 717925卢比 | … | 基因间的 | C158513109G号 | .014 | .015 | .91 | .848 | .010 | .028 | .35 | .005 | … | … | … | … | … | … |
| rs10035989 | FLJ31951型 | UTR公司 | C158517569吨 | .198 | .190 | 1.06 | .638 | .194 | .185 | 1.06 | .607 | … | … | … | … | … | … |
| 2043270卢比 | FLJ31951型 | 内含子 | G158530559A号 | .088 | .075 | 1.18 | .350 | .081 | .071 | 1.15 | .448 | … | … | … | … | … | … |
| 1897565卢比 | FLJ31951型 | 内含子 | C158550843吨 | .212 | .273 | .71 | .002 | .243 | .280 | .83 | .066 | … | … | … | … | … | … |
| rs7721001 | … | 基因间的 | T158583392C型 | .418 | .466 | .82 | .039 | .477 | .470 | 1.03 | .787 | … | … | … | … | … | … |
| 11744690卢比 | … | 基因间的 | C158619731吨 | .345 | .329 | 1.07 | .489 | .323 | .307 | 1.08 | .440 | … | … | … | … | … | … |
| 1368437卢比 | MGC10067型 | 内含子 | G158639557C号 | .118 | .094 | 1.29 | .097 | .130 | .101 | 1.33 | .049 | … | … | … | … | … | … |
| 3212227卢比 | IL12B级 | UTR公司 | 158675528A元 | .143 | .209 | .63 | 1.89×10−4 | .137 | .223 | .55 | 7.59×10−7 | .167 | .212 | .74 | .014 | .64 (.56–.73) | 7.85×10−10 |
| rs3213119型 | IL12B级 | 298伏 | T158676366G电话 | .031 | .027 | 1.15 | .680 | .030 | .039 | .77 | .327 | … | … | … | … | … | … |
| 3213096卢比 | IL12B级 | I33伏 | A158682907G型 | .000 | .003 | 数控 | .122 | .002 | .000 | 数控 | .248 | … | … | … | … | … | … |
| 3212220卢比 | IL12B级 | 内含子 | T158686773G电话 | .144 | .207 | .64 | 3.81×10−4 | .141 | .225 | .56 | 1.37×10−6 | … | … | … | … | … | … |
| 1433048卢比 | IL12B级 | 简介 | G158688423A号 | .213 | .185 | 1.19 | .146 | .212 | .190 | 1.15 | .239 | … | … | … | … | … | … |
| 17860508卢比（f） | IL12B级 | 发起人 | GC158692778TTAGAG公司 | .453 | .498 | .83 | .056 | .462 | .511 | .82 | .031 | … | … | … | … | … | … |
| 7709212卢比克 | … | 基因间的 | 158696755吨 | .272 | .333 | .75 | .005 | .267 | .351 | .68 | 6.65×10−5 | … | … | … | … | … | … |
| rs953861型克 | … | 基因间的 | G158705160A型 | .190 | .169 | 1.15 | .250 | .220 | .179 | 1.30 | .025 | … | … | … | … | … | … |
| 6869411卢比克 | … | 内生的 | C158714182吨 | .390 | .388 | 1.01 | .962 | .358 | .339 | 1.09 | .421 | … | … | … | … | … | … |
| 1833754卢比 | … | 基因间的 | G158751505A | .042 | .052 | .79 | .323 | .047 | .060 | .78 | .198 | … | … | … | … | … | … |
| 6887695卢比 | … | 基因间的 | 158755223G元 | .254 | .319 | .73 | .002 | .242 | .333 | .64 | 9.77×10−6 | .251 | .308 | .75 | .007 | .70 (.63–.79) | 4.08×10−8 |
| 918520卢比 | … | 基因间的 | 158758888G元 | .253 | .203 | 1.33 | .011 | .246 | .216 | 1.18 | .123 | … | … | … | … | … | … |
| rs4921226 | … | 基因间的 | A158763397G型 | .317 | .340 | .90 | .320 | .365 | .328 | 1.18 | .094 | … | … | … | … | … | … |
| 1422878卢比 | … | 基因间的 | A158771795克 | .355 | .369 | .94 | .562 | .296 | .376 | .70 | 1.73×10−4 | … | … | … | … | … | … |
| 4921496卢比 | … | 基因间的 | T158780649C电话 | .274 | .249 | 1.14 | .245 | .291 | .265 | 1.14 | .193 | … | … | … | … | … | … |
分析所有30个变异与银屑病易感性的单标记关联。除了最初的热播，还有其他三个SNP-rs3212220、rs7709212、，和6887695卢比所有这些都位于IL12B级ATG启动密码子hadP（P）等位基因测试中的值<.05，两个样本集中的OR值一致（即银屑病风险等位基因相同）(). 假定启动子多态性的结果，17860508卢比，在发现样本集中未达到统计显著性(P（P）=0.056），在复制1样本集中仅略微显著(P（P）=.031). 这两个错义SNP在我们的样本集中相对罕见(rs3213119，F298V：等位基因频率～3%～4%；rs3213096，I33V：等位基因频率<1%），与疾病无显著相关性。
LD和单体型分析IL12B级-区域SNP
我们通过计算成对的LD模式来检查这个区域第页2每个研究中病例和对照组的31个标记物之间的值(). 最初的成功，rs3212227，具有一个标签SNP的高LD，3212220卢比(第页2>在两个样本集的病例和对照中为0.97），并且处于中等LD1897565卢比(第页2=0.25–0.33),17860508卢比(第页2=0.12–0.23),7709212卢比(第页2=0.28–0.40），以及6887695卢比(第页2=0.15–0.31），但其他25个SNP几乎没有LD。其他四对标记显示中度LD（0.50<第页2<0.80）在两个样本集的病例和对照组中；然而，大多数标记之间的LD最小。
31之间的成对LDIL12B级-区域SNP，根据第页2在发现和复制1样本集的情况和控制中。SNP指数()从SNP 2到SNP 31垂直排列，从SNP 1到SNP 30水平排列。
为了关注感兴趣的区域，我们从两个样本集中为28个标记生成了三标记滑动窗口单倍型，病例和对照的MAF>5%。全球的P（P）使用Haplo确定值。统计程序，24评估每个3-SNP窗口中病例和对照组之间的整体单倍型频率差异(). 具有高度显著全局的两个峰值P（P）值(P（P）<.0001）。第一个峰（w14-17）以原始标记为中心，rs3212227中，和上的rs3212220，如上所述，它们彼此之间存在较强的LD。第二个峰值（w22-24）集中在6887695卢比。这三个标记也显示了最显著的单标记关联().
在这些结果的基础上，我们重点分析了MAF>5%并包含这两个峰的13个SNP(rs11744690美元到4921226卢比在里面). 预测了该144-kb区域所有13个SNP的单倍型，并使用Haplo确定了这些单倍型与疾病状态之间的关联。统计数据。然后逐步删除每个SNP，重新分析单倍型及其与疾病的关联，以确定解释观察到的关联的最小SNP数（数据未显示）。这种系统方法表明，这13个SNP中有2个是我们最初的命中率(3212227卢比)和rs6887695，显示出一些LD(第页2=0.15–0.31）-可以解释两个样本集中观察到的大多数（如果不是全部）银屑病相关性(). 2-SNP单倍型包含两个SNP的主要等位基因（A位于3212227卢比和G位于6887695卢比)似乎与两个样本集中的风险相关（发现样本集OR 1.42，P（P）=3.27×10-4; 复制1样本集OR 1.48，P（P）=1.35×10-5)而第二个单倍型包含两个SNP（C-C）的次要等位基因，则具有保护作用（发现样本集OR 0.63，P（P）=5.8×10-4; 复制1样本集OR 0.46，P（P）=2.56×10-9). 其他两个单倍型的频率在病例和对照组之间没有显著差异，这两个单倍型在一个SNP中包含一个风险等位基因，在第二个SNP上包含一个保护等位基因。
表5
| 发现示例集全局P（P）=.001
| 复制1示例集全局P（P）=5.13×10-8
| 复制2示例集全局P（P）=.029
| 综合分析全球一 P（P）梳子=5.94×10-10
|
单倍型
| 数量（频率）in
| | | 数量（频率）in
| | | 数量（频率）in
| | | | |
| 3212227卢比 | 6887695卢比 | 案例(n个=467) | 控制(n个=460) | 或 | P（P） | 案例(n个=498) | 控制(n个=498) | 或 | P（P） | 案例(n个=481) | 控制(n个=424) | 或 | P（P） | 或常见的
（95%置信区间）b条 | P（P）梳子一 |
| A类 | G公司 | 667 (.714) | 587 (.638) | 1.42 | 3.27×10−4 | 716 (.719) | 631 (.634) | 1.48 | 1.35×10−5 | 678 (.705) | 548 (.646) | 1.31 | 6.00×10−3 | 1.40 (1.25–1.57) | 8.11×10−9 |
| A类 | C | 134 (.144) | 141 (.153) | .93 | .454 | 144 (.145) | 143 (.142) | 1.01 | .874 | 124 (.129) | 120 (.142) | .90 | .345 | .95 (.82–1.10) | .680 |
| C | C | 103 (.110) | 152 (.166) | .63 | 5.80×10−4 | 96 (.096) | 188 (.190) | .46 | 2.56×10−9 | 117 (.122) | 140 (.165) | .70 | 7.00×10−3 | .58 (.50–.68) | 5.65×10−12 |
| C | G公司 | 30 (.032) | 40 (.043) | .73 | .145 | 40 (.040) | 34 (.035) | 1.18 | .731 | 43 (.045) | 40 (.047) | .95 | .693 | .94 (0.72–1.24) | .516 |
因为这两个标记(3212227卢比和6887695卢比)我们进行了与汤姆森及其同事描述的相似的基因型条件分析，35,36观察其中一个SNP是否独立于其他SNP与疾病相关。为了做到这一点，我们使用一个标记的基因型与另一个标记相适应，计算了每个样本集的汇总统计数据，并通过排列测试评估了这些观察结果的显著性。每个样本集的20000个排列的结果表明3212227卢比患有牛皮癣6887695卢比（和6887695卢比鉴于3212227卢比)在这两个样本集中的.001水平上显著，表明每个SNP都独立地影响银屑病风险。
的复制IL12B级第三个样本集和组合分析的结果
然后我们进行基因分型3212227卢比和6887695卢比在第三个独立样本集中，包括481名北美白人银屑病患者和424名北美白人对照。所有三个样本集的等位基因频率是可比较的，单标记分析证实了这两个3212227卢比和6887695卢比在这个独立样本集中与银屑病相关(P（P）=.014和P（P）分别为.007）(). 对所有三个样本集的每个单个SNP的综合分析都是高度显著的（P（P）[P（P）梳子]=7.85×10-10和P（P）梳子=4.08×10-8）。在第三个样本集中也估计了单倍型，证实了常见的IL12B级风险单倍型（OR 1.31，P（P）=6.00×10-3)以及较不常见的保护性单倍型（OR 0.70，P（P）=7.00×10-3) (). 所有三个样本集的综合分析都非常显著；病例中常见风险A-G单倍型的频率为～71%–72%，而对照组为～64%（OR常见的1.40,P（P）梳子=8.11×10-9)保护性C-C单倍型的频率在病例中为～10%–12%，而对照组为～17%–19%（OR常见的0.58,P（P）梳子=5.65×10-12) (). 重要的是，其他两个单倍型在一个SNP携带风险等位基因，在另一个SNP携带保护等位基因与银屑病无关。总之，这些数据提供了令人信服的统计证据，表明IL12B级5q31.1-33.1区域含有一个银屑病敏感位点。
分析IL12B级-相关基因
IL12B级编码两种异二聚体细胞因子IL-12和IL-23的共同IL-12p40亚单位，每个亚单位都有一个由基因编码的不同亚单位IL12A型（IL-12p35）和IL23A公司（IL-23p19）。IL-12和IL-23受体也共享一个由IL12RB1，除了它们独特的组件-IL23R（IL23R）IL-23受体和IL12RB2号机组用于IL-12受体。为了确定这些候选基因的变异体是否与银屑病相关，我们对17个SNP（7个IL12A，2英寸IL23A，4英寸IL12RB1，1英寸IL12RB2，和3英寸IL23R（IL23R）)来自我们在发现样本集中收集的分析。两个SNP，7530511卢比在里面IL23R（IL23R）（或0.67，P（P）=.006）和rs2914119在里面IL12A型（或0.78，P（P）=0.045），在单标记分析中具有名义上的显著性(P（P）<.05) (). 我们还估计了每个基因中所有SNP的单倍型（数据未显示），并测试了使用Haplo与疾病的相关性。统计数据。自IL23R（IL23R）和IL12RB2号机组在第1染色体上彼此直接相邻，这两个基因中的所有四个SNP一起用于该区域的单倍型分析。如果全球P（P）一个特定基因中所有SNP的值都是显著的，然后我们使用系统逐步方法评估每个SNP对该信号的贡献，其中每个SNP都被删除，Haplo。已重新运行统计信息。使用这种方法，我们发现IL23R（IL23R）SNP、，rs11209026，与rs7530511，与银屑病风险相关（全球P（P）=.004) (). 由这两个SNPs标记的最常见的单倍型，C7530511卢比和G位于11209026卢比与对照组相比，患者增加了（85.2%vs.79.3%，OR 1.5，P（P）=9.48×10-4) ()并且比单个SNP更显著().
表6
等位基因频率和基于等位基因的标记关联IL12B型-相关基因
| | | | | 发现样本集
| 复制1示例集
| 复制2示例集
| 综合分析
|
| | | | | 频率in
| | | 频率in
| | | 频率in
| | | | |
数据库SNP
识别
编号 | 基因座 | 类型 | 染色体 | 职位一 | 案例(n个=467) | 控制(n个=460) | 或 | 等位基因P（P）b条 | 案例(n个=498) | 控制(n个=498) | 或 | 等位基因P（P）b条 | 案例(n个=481) | 控制(n个=424) | 或 | 等位基因P（P）b条 | 或常见的（95%置信区间）c（c） | P（P）梳子d日 |
| 1884444卢比 | IL23R（IL23R） | H3Q公司 | 1 | G67345833T公司 | .451 | .476 | .90 | .284 | … | … | … | … | … | … | … | … | … | … |
| 7530511卢比 | IL23R（IL23R） | L310P型 | 1 | T67397408C型 | .103 | .146 | .67 | .006 | .100 | .114 | .87 | .347 | .108 | .130 | .81 | .166 | .78(.66–.91) | .014 |
| 11209026卢比 | IL23R（IL23R） | 问题381R | 1 | A67417979克 | .044 | .060 | .73 | .142 | .051 | .077 | .65 | .004 | .035 | .066 | .52 | .003 | .63(.50–.79) | 1.89×10−4 |
| 1109918卢比 | IL12RB2号机组 | 3英尺UTR | 1 | C67574503吨 | .026 | .024 | 1.08 | .882 | … | … | … | … | … | … | … | … | … | … |
| rs583911型 | IL12A型 | 内含子 | 三 | G161193092A号 | .421 | .449 | .89 | .241 | … | … | … | … | … | … | … | … | … | … |
| 2227314卢比 | IL12A型 | 内含子 | 三 | T161194756G型 | .422 | .448 | .89 | .259 | … | … | … | … | … | … | … | … | … | … |
| 2243131卢比 | IL12A型 | 简介 | 三 | C161194760A型 | .161 | .139 | 1.18 | .216 | … | … | … | … | … | … | … | … | … | … |
| 2243149卢比 | IL12A型 | 基因间的 | 三 | T161198414C型 | .419 | .413 | 1.02 | .814 | … | … | … | … | … | … | … | … | … | … |
| 2243154卢比 | IL12A型 | 基因间的 | 三 | A161198944G型 | .086 | .080 | 1.07 | .737 | … | … | … | … | … | … | … | … | … | … |
| 6771983卢比 | IL12A型 | 基因间的 | 三 | T161221155C型 | .007 | .004 | 1.73 | .548 | … | … | … | … | … | … | … | … | … | … |
| rs2914119 | IL12A型 | 基因间的 | 三 | T161227140C型 | .160 | .196 | .78 | .045 | .191 | .190 | 1.01 | .955 | … | … | … | … | … | … |
| 2371494卢比 | IL23A公司 | 基因间的 | 12 | a55014267克 | .058 | .074 | .77 | .161 | … | … | … | … | … | … | … | … | … | … |
| 11171806卢比 | IL23A公司 | S106S系列 | 12 | A55019798G型 | .054 | .073 | .72 | .104 | … | … | … | … | … | … | … | … | … | … |
| rs401502 | IL12RB1号机组 | G378R型 | 19 | G18041413C号 | .300 | .313 | .94 | .579 | … | … | … | … | … | … | … | … | … | … |
| 375947卢比 | IL12RB1号机组 | T365米 | 19 | G18041451A号 | .301 | .313 | .95 | .614 | … | … | … | … | … | … | … | … | … | … |
| 11575926卢比 | IL12RB1号机组 | H156R型 | 19 | A18049408G型 | .176 | .174 | 1.01 | .951 | … | … | … | … | … | … | … | … | … | … |
| 393548卢比 | IL12RB1号机组 | 基因间的 | 19 | A18058744T型 | .206 | .210 | .97 | .819 | … | … | … | … | … | … | … | … | … | … |
表7
| 发现示例集全局P（P）=.004
| 复制1示例集全局P（P）=.002
| 复制2示例集全局P（P）=.003
| 综合分析全球一 P（P）梳子=4.14×10-6
|
单倍型
| 数量（频率）in
| | | 数量（频率）in
| | | 数量（频率）in
| | | | |
| rs7530511 | 11209026卢比 | 案例(n个=467) | 控制(n个=460) | 或 | P（P） | 案例
(n个=498) | 控制(n个=498) | 或 | P（P） | 案例(n个=481) | 控制(n个=424) | 或 | P（P） | 或常见的（95%置信区间）b条 | P（P）梳子一 |
| C | G公司 | 796 (.852) | 730 (.793) | 1.50 | 9.48×10−4 | 840 (.843) | 794 (.797) | 1.37 | .006 | 824 (.857) | 682 (.804) | 1.45 | .003 | 1.44 (1.25–1.65) | 3.13×10−6 |
| T型 | G公司 | 96 (.103) | 135 (.147) | .67 | .005 | 98 (.098) | 113 (.113) | .85 | .249 | 104 (.108) | 110 (.130) | .81 | .003 | .77 (.65–.91) | 3.22×10−4 |
| C | A类 | 42 (.045) | 55 (.060) | .74 | .134 | 56 (.056) | 89 (.089) | .61 | .004 | 34 (.035) | 56 (.066) | .52 | .153 | .62 (.49–.77) | .005 |
| T型 | A类 | 0 | 0 | … | … | 2 (.002) | 0 | … | … | 0 | 0 | … | … | … | … |
这两个IL23R（IL23R）SNP和IL12A型然后在复制1样本集中对SNP进行单独基因分型(). 这个IL12A型SNP没有复制(P（P）=.955），对发现和复制1样本进行的荟萃分析得出Fisher综合P（P）0.178的值（未显示数据）。然而，常见的IL23R（IL23R）单倍型，C at7530511卢比和G位于11209026卢比与复制1样本集中的银屑病风险相关（OR 1.37，P（P）=.006），以及在复制2样本集中（OR 1.45，P（P）=.003) ()所有三个样本集的综合分析都非常显著（OR常见的1.44,P（P）梳子=3.13×10-6)为银屑病敏感基因1p31提供了有力的统计证据。有趣的是，这两个IL23R（IL23R）SNP都是错义SNP(rs7530511，L310P；rs11209026，Q381R），带有第页2在所有三个样本集的病例和对照组中，它们之间的值<0.012（未显示数据）。常见风险单倍型在氨基酸310处携带脯氨酸，在氨基酸381处携带精氨酸。这两种氨基酸在黑猩猩、小鼠、大鼠、牛、狗和鸡中都是保守的。
的额外统计支持IL12B级和IL23R（IL23R）单元型
作为对传统同质性检验的补充，病例和对照组之间LD模式的显著差异也可以表明疾病相关性。我们应用了尼尔森及其同事描述的LD对比试验28到中的成对SNPIL12B级和IL23R。结果显示病例和对照组成对值之间的偏差D类在3212227卢比-6887695卢比对于IL12B，正如疾病模型所预期的那样：P（P）反恐精英-数字化信息系统,计算机断层扫描-数字化信息系统=.0129,P（P）反恐精英-代表1,计算机断层扫描-代表1=5.16×10-8,P（P）反恐精英-代表2,计算机断层扫描-代表2=.0497（其中“cs”表示案例，“ct”表示控制，“dis”表示发现样本，“rep1”和“rep2”分别表示复制样本集1和2），以及P（P）梳子=1.05×10-8关于7530511卢比-11209026卢比在IL23R，这个测试产生了类似的显著结果P（P）值：P（P）反恐精英-数字化信息系统,计算机断层扫描-数字化信息系统=.0085,P（P）反恐精英-代表1,计算机断层扫描-代表1=.0019,P（P）反恐精英-代表2,计算机断层扫描-代表2=0.0019，以及P（P）梳子=5.30×10-6由于人口分层和其他抽样不规则性会导致成对LD测量值偏离其零分布，因此我们对所有控制对照组合（即发现控制与复制1控制、发现控制与重复2控制等）、病例、，以及病例对照样本，以更好地理解我们结果的重要性。在所有情况下，两种基因的病例对照比较都具有统计学意义(P（P）<.05），而病例与对照组的比较则没有（结果未显示）。
计算风险的贝叶斯因子曲线3212227卢比-rs6887695 IL12B单倍型与风险7530511卢比-rs11209026 IL23R单倍型。贝叶斯因子根据人口分层进行了调整，并在三项独立研究中进行了合并。33结果显示最大日志10B类(R（右）)对于IL12B级单倍型数据，发生于R（右）=1.41. 假设疾病和零模型的先验概率相等，那么在给定数据的情况下，疾病假设的概率要大700万倍（在疾病模型为R（右）=1.41）比以数据为条件的零假设的概率。此外，日志10B类(R（右）)>4，作为R（右）跨度1.15至1.73，证明了结果的强度、稳健性和特异性。对于IL23R（IL23R）单倍型数据，具有最大对数10B类(R（右）)第5.78页R（右）=1.47. 日志10B类(R（右）)在相对狭窄的1.20范围内保持>4<R（右）<1.80.
偶极子分析
为了更好地理解IL12B级和IL23R（IL23R）基因影响个体患银屑病的风险，我们分别评估了每个位点的二倍体对银屑病风险的影响，然后联合评估。在10种可能的2-SNP中IL12B级在我们的样本中观察到9种二倍体(). 所有三个样本集的综合结果表明，风险等级取决于个人的IL12B级二倍体。银屑病易感性似乎是由两个拷贝的常见风险单倍型（A-G/A-G OR常见的1.52,P（P）梳子=6.14×10-7)这在～48%–51%的病例中发现，而在38%–40%的对照组中发现。风险单倍型（A-G）的一个拷贝与“中性”单倍型的拷贝（A-C或C-G）相结合似乎对银屑病风险没有实质性影响；然而，携带风险和保护性单倍型（A-G/C-C）拷贝的个体似乎受到了保护（OR常见的0.67,P（P）梳子=1.39×10-4). 保护性单倍型（C-C/C-C）纯合子个体相对少见（约1%的病例与约2%–3%的对照）；然而，我们的数据表明他们患银屑病的风险可能更低（OR常见的0.38,P（P）梳子=0.018），但考虑到该估计值的随机可变性，需要额外的样本来全面解决该问题。人口可归因分数30,31总结了纯合易感A-G/A-G的所有三个样本集IL12B级二倍体相对于所有其他二倍体一起折叠，计算为17.1%（95%CI 11.4%-22.5%）。
表8
双谱分析IL12B级单核苷酸多态性3212227卢比和6887695卢比
| 发现示例集全局一 P（P）=.033
| 复制1示例集全局一 P（P）=3.21×10-7
| 复制2示例集全局一 P（P）=.042
| 综合分析全球b条 P（P）=1.13×10-7
|
| 数量（%）
| | | 编号（%）
| | | 数量（%）
| | | | |
| 偶极子类型c（c） | 案例 | 控制 | 或 | P（P）d日 | 案例 | 控制 | 或 | P（P）d日 | 案例 | 控制 | 或 | P（P）d日 | 或常见的（95%置信区间）e（电子） | P（P）梳子（f） |
| A-G/A-G | 238 (.510) | 186 (.403) | 1.53 | 1.54×10−3 | 252 (.506) | 190 (.382) | 1.66 | 9.81×10−5 | 232 (.482) | 171 (.403) | 1.38 | .019 | 1.52 (1.31–1.77) | 6.14×10−7 |
| A-G/C-C公司 | 75 (.161) | 96 (.209) | .73 | .063 | 73 (.147) | 121 (.243) | .54 | 1.60×10−4 | 84 (.175) | 91 (.215) | .77 | .130 | .67 (.55–.81) | 1.39×10−4 |
| A-G/A-C | 91 (.195) | 90 (.196) | .99 | 1 | 107 (.215) | 104 (.209) | 1.04 | .877 | 99 (.206) | 81 (.191) | 1.10 | .617 | 1.04 (.87–1.25) | … |
| A-G/C-G公司 | 25 (.054) | 29 (.063) | .84 | .576 | 32 (.064) | 26 (.052) | 1.25 | .499 | 31 (.064) | 34 (.080) | .79 | .370 | .94 (.69–1.27) | … |
| 抄送/抄送 | 6 (.013) | 13 (.028) | .45 | .109 | 4 (.008) | 16 (.032) | .24 | .011 | 5 (.010) | 8 (.019) | .55 | .402 | .38 (.19–.68) | .018 |
| C-C/A-C | 13 (.028) | 23 (.050) | .54 | .090 | 7 (.014) | 27 (.054) | .25 | 6.70×10−4 | 13 (.027) | 27 (.064) | .41 | .009 | .39 (.25–.59) | 6.51×10−5 |
| C-C/C-G | 3 (.006) | 7 (.015) | .42 | .221 | 8 (.016) | 8 (.016) | 1 | 1 | 10 (.021) | 6 (.014) | 1.48 | .615 | .95 (.50–1.80) | … |
| A-C/A-C | 15 (.032) | 14 (.031) | 1.06 | 1 | 15 (.030) | 6 (.012) | 2.55 | .075 | 6 (.012) | 6 (.014) | .88 | 1 | 1.35 (.81–2.33) | .522 |
| A-C/C-G公司 | 0 | 0 | … | … | 0 | 0 | … | … | 0 | 0 | … | … | … | … |
| C-G/C-G公司 | 1 (.002) | 2 (.004) | .49 | .622 | 0 | 0 | … | … | 1 (.002) | 0 | … | 1 | … | … |
在IL23R（IL23R）在10个可能的2-SNP二倍体中观察到7个位点(). 所有三个样本集的数据表明，易感C-G单倍型纯合子个体患银屑病的风险增加（OR常见的1.48,P（P）梳子=2.24×10-5)而所有其他二倍体似乎都是中性或保护性的。在所有三个样本集中总结的估计人口归因分数IL23R（IL23R）纯合风险二倍体（C-G/C-G）相对于所有其他二倍体一起折叠，为23.5%（95%可信区间14.9%–31.5%）。
表9
双谱分析IL23R（IL23R）单核苷酸多态性7530511卢比和11209026卢比
| 发现示例集全局一 P（P）=.033
| 复制1示例集全局一 P（P）=8.47×10-6
| 复制2示例集全局一 P（P）=.009
| 综合分析全球b条 P（P）=5.45×-7
|
| 数量（%）
| | | 数量（%）
| | | 数量（%）
| | | | |
| 偶极子类型c（c） | 案例 | 控制 | 或 | P（P）d日 | 案例 | 控制 | 或 | P（P）d日 | 案例 | 控制 | 或 | P（P）d日 | 或常见的（95%置信区间）e（电子） | P（P）梳子（f） |
| C-G/C-G公司 | 340 (.728) | 288 (.626) | 1.60 | 9.58×10−4 | 357 (.717) | 316 (.635) | 1.46 | 6.73×10−3 | 350 (.728) | 279 (.658) | 1.39 | .025 | 1.48 (1.26–1.74) | 2.24×10−5 |
| C-G/T-G公司 | 84 (.180) | 112 (.243) | .68 | .020 | 81 (.163) | 90 (.181) | .88 | .502 | 94 (.195) | 81 (.191) | 1.03 | .933 | .85 (.70–1.02) | … |
| C-G/C-A公司 | 33 (.071) | 43 (.093) | .74 | .232 | 45 (.090) | 72 (.145) | .59 | .010 | 30 (.062) | 43 (.101) | .59 | .037 | .63 (.49–.82) | .005 |
| C-G/T-A公司 | 0 | 0 | … | … | 0 | 0 | … | … | 0 | 0 | … | … | … | … |
| C-A/C-A | 2 (.004) | 2 (.004) | .98 | 1 | 1 (.002) | 5 (.010) | .20 | .217 | 1 (.002) | 2 (.005) | .44 | .602 | .43 (.08–1.38) | .667 |
| C-A/T-G公司 | 4 (.009) | 8 (.017) | .47 | .260 | 7 (.014) | 7 (.014) | 1 | 1 | 2 (.004) | 9 (.021) | .19 | .029 | .52 (.24–1.00) | .136 |
| C-A/T-A公司 | 0 | 0 | … | … | 2 (.004) | 0 | … | .499 | 0 | 0 | … | … | … | … |
| 总经理/总经理 | 4 (.009) | 7 (.015) | .56 | .382 | 5 (.010) | 8 (.016) | .62 | .579 | 4 (.008) | 10 (.024) | .35 | .102 | .49 (.23–.95) | .270 |
| 总经理/总经理 | 0 | 0 | … | … | 0 | 0 | … | … | 0 | 0 | … | … | … | … |
| 总经理/总经理 | 0 | 0 | … | … | 0 | 0 | … | … | 0 | 0 | … | … | … | … |
评估IL12B级和IL23R（IL23R）易感单倍型，我们确定了两个基因的二倍体分布，比较了所有三个样本集中的病例和对照(). 考虑到相对于病例和对照的数量，这两个基因座上可能存在大量的二倍体，我们选择集中分析每个基因座上的风险单倍体（A-GIL12B级和C-GIL23R（IL23R）)并将每个位点的三个非危险单倍型分组为一个单倍型（在). 综合分析表明，两种基因的个体均为纯合子IL12B型和IL23R（IL23R）易感单倍型（约35%–37%的病例与约24%–27%的对照组）似乎增加了银屑病的风险（OR常见的1.66,P（P）梳子=1.33×10-8). 需要更大的样本量来彻底评估所有可能的双焦点二倍型的影响；然而，对现有数据的初步荟萃分析（使用贝叶斯方法，假设基因座之间没有上位性，并且在普通人群中银屑病的预期发病率等于2%）表明，携带一份保护性C-C的个体之间的风险至少有三倍的差异IL12B级单倍型和保护性C-A的一个拷贝IL23R（IL23R）单倍型，占普通人群的4.4%（C-C/X–C-A/X，预计银屑病风险为0.84%），相对于两个位点的风险单倍型纯合子个体，占普通群体的25.5%（A-G/A-G–C-G/C-G，预计银屑病风险为2.83%）。
表10
双位点双倍体IL12B级和IL23R（IL23R）
| 发现示例集全局一 P（P）=6.16×10-5
| 复制1示例集全局一 P（P）=9.72×10-4
| 复制2示例集全局一 P（P）=.005
| 综合分析全球b条 P（P）=7.88×10-8
|
| 数量（%）
| | | 数量（%）
| | | 数量（%）
| | | | |
两个位置
偶极子类型c（c） | 案例 | 控制 | 或 | P（P）d日 | 案例 | 控制 | 或 | P（P）d日 | 案例 | 控制 | 或 | P（P）d日 | 或常见的（95%置信区间）e（电子） | P（P）梳子（f） |
| A-G/A-G–C-G/C-G | 175 (.375) | 110 (.239) | 1.91 | 9.62×10−6 | 174 (.350) | 121 (.243) | 1.67 | 2.98×10−4 | 168 (.349) | 116 (.274) | 1.43 | 1.50×10−2 | 1.66 (1.41–1.95) | 1.33×10−8 |
| A-G/A-G–C-G/X | 56 (.120) | 69 (.150) | .77 | .211 | 68 (.137) | 62 (.125) | 1.11 | .638 | 59 (.123) | 48 (.113) | 1.10 | .681 | … | … |
| A-G/A-G–X/X | 7 (.015) | 7 (.015) | .98 | 1 | 9 (.018) | 7 (.014) | 1.29 | .802 | 4 (.008) | 7 (.017) | .50 | .364 | … | … |
| A-G/X–C-G/C-G | 139 (.298) | 145 (.315) | .92 | .569 | 159 (.320) | 160 (.322) | .99 | 1 | 154 (.320) | 138 (.325) | .98 | .887 | .96 (.82–1.13) | .968 |
| A-G/X–C-G/X | 51 (.109) | 61 (.133) | .80 | .314 | 48 (.097) | 80 (.161) | .56 | .003 | 57 (.119) | 56 (.132) | .88 | .547 | .73 (.58–.91) | .019 |
| A-G/X–X/X | 1 (.002) | 9 (.020) | .11 | .011 | 5 (.010) | 10 (.020) | .49 | .298 | 3 (.006) | 12 (.028) | .22 | .016 | .27 (.11–.53) | .003 |
| X/X–C-G/C-G | 25 (.054) | 33 (.072) | .73 | .279 | 23 (.046) | 34 (.068) | .66 | .172 | 28 (.058) | 25 (.059) | .99 | 1 | .78 (.57–1.06) | .415 |
| X/X–C-G/X | 10 (.021) | 25 (.054) | .38 | .009 | 10 (.020) | 20 (.040) | .49 | .094 | 8 (.017) | 20 (.047) | .34 | .011 | .40 (.25–.61) | 7.42×10−4 |
| X/X–X/X | 3 (.006) | 1 (.002) | 2.97 | .624 | 1 (.002) | 3 (.006) | .33 | .624 | 0 | 2 (.005) | .00 | .219 | … | … |
讨论
我们报告了两个银屑病敏感基因的鉴定，IL12B级和IL23R，欧洲血统的白人。这些基因是通过在三个独立的病例对照样本集（1446名患者和1432名对照）中评估的25000个以上主要功能SNP的集合，采用多阶段策略进行鉴定的，该策略结合了混合基因分型和个体基因分型，以及单标记和多标记分析。该方法旨在提高功效，同时有效利用基因分型资源和DNA，已成功用于识别与多种常见复杂疾病相关的遗传变异，包括类风湿关节炎、，48心肌梗死，16,49肝纤维化，50阿尔茨海默病，51现在是牛皮癣。在这些研究中发现的一些基因与已知的疾病特异性连锁峰不一致。有趣的是，IL23R（IL23R）（1p31.3）大范围内的地图PSORS7标准Veal及其同事定义的1p连锁峰，52然而IL12B级（5q31.1-q33.1）未映射到其他七个大调中的任何一个腰大肌Bowcock和Kreuger审查了联系峰值。5这些数据表明，我们的多层次、以基因为中心的病例对照方法是一种高效的策略，用于识别与常见、复杂疾病相关的标记物，以补充传统的连锁研究。
我们的IL12B级研究结果证实并扩展了Tsunemi等人的观察。，13世卫组织报告称3212227卢比在日本对143名患者和100名对照者进行的一项研究中发现有患银屑病的风险(（f）(A类)=0.601（病例组）vs.0.505（对照组），OR 1.47，P（P）=.035). 尽管日本人（～50.5%）的风险等位基因频率与北美白人（～78.5%）对照组有很大差异，但这两种人群中该等位基因表现出类似的银屑病中度风险（日本人比OR 1.47，OR 1.47）常见的北美白人为1.56）。降低的等位基因频率IL12B型日本个体相对于北美白人个体的易感性等位基因与这两个人群中银屑病患病率的差异相似（日本人为1%，北美白人为2%-3%）。53没有其他IL12B级-在日本研究中对相关SNP进行了询问。
尽管IL12B级编码IL-12和IL-23的共同IL12-p40亚单位，IL-23是在IL-12十年后发现的。因此，早期对IL-12功能的研究（使用抗IL-12p40抗体或IL-12p40-缺陷小鼠）将功能归因于IL-12，而现在才被正确地归因于IL-23。尽管这项工作仍在进行中，但很明显，每个细胞因子在免疫反应中都有独特的作用。两者均由活化的树突状细胞和巨噬细胞产生；然而，它们的表达调控在空间和时间上都不同。此外，它们还促进不同亚群T细胞的发育。IL-12诱导典型的产生干扰素γ的T辅助细胞（Th）1，而IL-23驱动新定义的ThIL-17 T细胞的扩张和维持（有关综述，请参阅Hunter的工作54和Bowman等人。55).
考虑到IL-12驱动Th1细胞的发育，Th1细胞在T细胞介导的自身免疫性疾病的子集中起着重要作用，IL-12，更重要的是，3212227卢比已经在许多免疫介导疾病中进行了研究。除银屑病外，该SNP的A等位基因与1型糖尿病、，56C等位基因与可归类为2型疾病（以体液反应为主的疾病）有关，如哮喘，57特应性皮炎，13慢性丙型肝炎病毒感染。58然而，除了牛皮癣外，大多数报告的疾病相关性在独立研究中尚未得到复制。其他疾病，如类风湿关节炎59,60（A.B.Begovich、S.J.Schrodi和M.Chang，未发表的数据），克罗恩病，61,62和系统性红斑狼疮，63在rs3212227。
尽管3′UTR的影响3212227卢比多组研究了SNP对IL-12和IL-12p40表达水平的影响，结果不一致。与该3′UTR SNP的C等位基因相比，A等位基因被报道与（i）IL-12p40分泌增加、，64（ii）IL-12p40分泌无变化，但IL-12分泌减少，61（iii）增加IL12B级信使核糖核酸，56（iv）IL-12分泌减少。47然而，这些研究使用了不同的细胞类型和细胞刺激方法以及IL-12定量。为了解决这个问题，还需要进行额外的研究，这些研究应该涉及到特定的细胞类型，这些细胞类型对于相关的遗传标记具有良好的特征。
关于3212227卢比如果多个多态性协同或拮抗地影响IL12B级mRNA和蛋白质水平或如果在IL12B级位于LD的基因座3212227卢比负责该部位的银屑病相关风险。这两种解释与我们的观察一致，即IL12B，rs6887695，这两个单核苷酸多态性共同标志着一组具有复杂的银屑病风险等级的单倍型。为了进一步解决这个问题，我们目前正在对与这两种疾病相关的高到中度LD的SNP进行详细分析IL12B级SNP，以补充本文中描述的标签SNP和功能SNP方法。
IL-12和IL-23都被认为是治疗银屑病的靶点。IL-12p40拮抗剂已被用于有效治疗多种炎症性疾病动物模型，包括银屑病小鼠模型，65针对IL-12p40亚单位的单克隆抗体目前正在克罗恩病、多发性硬化症和银屑病的临床试验中。66–68初步结果表明，其中一种生物制剂对银屑病的治疗非常有效。67然而，鉴于此IL12B级编码两种功能不同的细胞因子IL-12和IL-23的共同亚单位，14,54这种抗体有效地发挥了广谱免疫调节剂的作用，导致一些人认为，仅针对其中一种细胞因子途径可能是一种安全但同样有效的治疗方法。55
生物学数据表明，IL-23通路可能是银屑病干预的重要靶点。银屑病患者的IL23A型和IL12B级mRNA，但不是IL12A型定量RT-PCR测定银屑病皮损与非皮损皮肤中的mRNA69免疫组化染色证实。70此外，在过度表达IL-12p40、IL-23而非IL-12的转基因小鼠模型中，观察到基底角质形成细胞组成性表达IL-23，这被认为在银屑病病理生物学中起关键作用。71最近的一项研究报告称，在小鼠皮肤中皮内注射IL-23而非IL-12可引发肿瘤坏死因子依赖性表皮增生和银屑病样病变，支持了IL-23失调可能在银屑病发病机制中发挥重要作用的观点。72
我们发现两者的常见变体IL12B级和第23层与银屑病风险相关的基因证据表明IL-23通路可能是银屑病干预的合适靶点。鉴于此IL23R（IL23R）位于编码IL12受体特异性蛋白的基因上游，IL12RB2，目前正在对该区域进行详细的精细定位，以确定哪些基因直接导致银屑病风险。然而，对CEU HapMap第二阶段数据的审查42未提供LD证据7530511卢比以及任何IL12RB2号机组SNP和证据表明1120926卢比和一张单人床IL12RB2号机组内含子SNP，rs2001257(第页2=0.253).
杜尔和同事73最近报道一种与银屑病相关的IL23R（IL23R）单核苷酸多态性(rs11209026，Q381R）和炎症性肠病的风险。未观察到与其他人的关联IL23R（IL23R）此处描述的SNP(rs7530511，L310P），未评估单倍型。总之，这些数据令人感兴趣，并进一步支持了这样一种假设，即存在导致一般免疫失调和自身免疫易感性的常见遗传变异。74,75鉴于IL-23和IL-12在小鼠实验性自身免疫性脑脊髓炎中的作用，76,77这些IL12B型和IL23R（IL23R）在多发性硬化和其他自身免疫性疾病的研究中，变异值得评估。
总之，我们为5q31.1-q33.1中的两个银屑病敏感部位提供了令人信服的统计支持(IL12B级区域），另一个在第11.3页(IL23R（IL23R）初步分析表明，这两个基因座的风险和保护性单倍型组合可导致疾病风险的三倍以上。这些数据为用新的银屑病治疗药物靶向IL-12和IL-23通路提供了额外的理由，并表明靶向IL-23或下游效应细胞因子可能直接靶向疾病通路，并证明对银屑病的治疗有效。最后，重要的是要确定是否有IL12B级和IL23R（IL23R）银屑病相关等位基因也与抗IL-12p40治疗的反应和/或该抗体的最有效剂量有关。
致谢
我们感谢所有银屑病患者和对照组患者参与本研究；Celera高通量和计算生物学小组的成员，感谢他们的支持；向D.Lew和T.Vess提供基因分型验证数据；致Atria Genetics的M.McGinnis和J.Capper，进行HLA-C基因分型；向C.Rowland致辞，感谢他对遗传学的统计评论；A.Grupe，讨论DNA池策略；J.Lemaire和S.Mahan，负责GCI的数据库和样本管理；向A.Peiffer和M.Dixon致敬，感谢他们的宝贵意见；致M.Hoffman、T.Christensen、T.Nelson和B.Wong，以帮助犹他大学招募患者并协调项目；向M.Paul和LineaGen的每个人介绍合作管理；以及J.Sninsky、S.Broder、L.Honigberg和E.Beasley对本研究的深刻评论。本研究部分得到了犹他大学亨茨曼普通临床研究中心公共卫生服务研究拨款、国家研究资源中心拨款MO1-RR00064以及W.M.Keck基金会和George S.和Delores DoréEccles基金会慷慨捐赠的支持。
Web资源
此处提供的数据的接入号码和URL如下：
数据库SNP，http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP网站/（针对SNPrs10035989、rs1109918、rs11171806、rs11209026、rs11575926、rs11744690、，rs1368437、rs1422668、rs1422878、rs1433048、rs17860508、，rs1833754、rs1884444、rs1897565、rs2043270、rs2161357、，rs2227314、rs2243131、rs2243049、rs2293154、rs2371494、，rs270654、rs270661、rs2914119、rs3212220、rs32122、rs3213096、rs3213119、rs375947、rs393548、rs401502、rs4921226、rs4921496、rs583911、rs6556398、rs6771983、rs6869411、rs6887695、rs6896438、rs6897374、rs6898290、rs717925、rs7530511、rs7709212、rs772101、rs918520、，rs929779、rs953861、，和ss52085990标准) 工具书类
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