Entrez Gene：NCBI以基因为中心的信息

摘要

简介

Entrez Gene是美国国家生物技术信息中心（NCBI）的基因特定数据库，该中心是美国国家医学图书馆（NLM）的一个分部，位于美国马里兰州贝塞斯达的美国国立卫生研究院（NIH）校园内。Entrez Gene为基因和其他基因座（例如官方命名的映射标记）提供唯一的整数标识符，用于模型生物体的子集。它跟踪这些标识符，并与Entrez系统集成，用于交互式查询、LinkOut和E-Utilities访问(1). 所维护的信息包括命名法、定义序列、染色体定位、基因产物及其属性（例如蛋白质相互作用）、相关标记、表型、相互作用和大量引用链接、相关序列、变异、图谱、表达、同源物、，蛋白质域内容和外部数据库。

Entrez Gene中的数据来自RefSeq工作人员的管理和自动分析。NCBI参考序列项目中的序列注释(2)或国际核苷酸序列数据库合作组织（DDBJ、EMBL、GenBank）(三)与来自合作模型生物数据库、公共用户和文献综述（尤其是功能或基因RIF中的基因参考）的信息集成。

Entrez基因是NCBI中基因特定信息表示的一个组成部分。通过建立序列和GeneID之间的关系传递的信息被其他NCBI资源使用(1)例如BLAST、dbSNP、GEO、HomoloGene、Map Viewer、Probe、UniGene、UniSTS和NCBI的基因组注释管道。例如，与GeneID关联的名称在HomoloGene、UniGene和哺乳动物基因集合中使用(4). NCBI RefSeq工作人员在与多个权威机构协商后，调查并解决了基因及其序列表示的不一致性(2). 尽管Entrez Gene的目标是提供稳定的界面，但批量传输的内容、显示或方法可能会发生变化。接收高级更改通知的一种方法是通过订阅vog.hin.mln.ibcn@ecnuonna-eneg.

数据库的功能

Entrez Gene的主要目标是为多个基因组的基因提供跟踪的、唯一的标识符，并报告与这些标识符相关的信息，以供不受限制的公众使用。指定的标识符（GeneID）是一个整数，并且是特定于物种的。换言之，人类营养不良蛋白的整数与其他物种的不同。GeneID在RefSeq记录中报告为“db_xref”（例如，/db_xref='GeneID:856646'，采用GenBank格式）。

Entrez Gene提供多个报告。对于交互式用户，默认值是Entrez查询产生的HTML摘要显示(图1)或通过单击摘要页面中的符号访问特定于基因的报告(图2). 基因表显示选项可用于获得RefSeq基因组序列上注释的基因内含子/外显子组织的报告，并快速导航到任何这些基因特征的序列。除了Entrez的标准视图外，Gene还提供了完整的数据库提取以及ftp传输的几个特殊报告(ftp://ftp.ncbi.nih.gov/gene/README). 数据也可从Entrez的编程接口获得，即E-Utilities(1).

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图1

查询结果的代表性“摘要”报告。检索哺乳动物中有缺陷基因划分信息的查询结果。此图说明了几个要点：（i）调用限制以限制结果集时的显示；（ii）拼写检查；（iii）使用My NCBI自定义选项卡，以突出显示结果集中记录的子类别；（iv）使用My NCBI更改链接菜单的显示。限制：哺乳动物表示从通过限制选项卡访问的页面中选择了哺乳动物，以将结果限制在哺乳动物的基因上。术语分区在数据库中没有匹配项；“details”页面解释说，只处理了术语“defective”。Entrez确定了可能的拼写错误，并建议了另一个查询（您的意思是：分区有缺陷吗？）。在返回的522个结果中，标签显示448个是当前结果（仅当前结果），350个在dbSNP（Gene genotype）中有可用的基因型信息，455个可以在Map Viewer（Gene Map Viewer:基因地图查看器）中查看，386个在UniGene（Gene UniGene）中具有表达数据。因为My NCBI环境将默认的链接菜单替换为文本，所以连接到每条记录的数据库将直接显示在结果页面上。摘要显示包括来源物种、首选和替代符号、首选和其他描述性名称、染色体定位、GeneID和MIM编号（如果合适）。单击任意符号链接到完整报告(图2). 顶部的黑色导航栏和左侧的蓝色侧栏提供了到其他站点的一般链接，包括基因组特定资源指南（基因组生物学）、FTP站点、提交反馈的表单（反馈）和订阅邮件列表的表单（邮件列表）。

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图2

(一)代表Entrez基因完整报告页，第1部分。完整报告显示。标准的基因特定报告页面以基因的摘要信息、目录和链接菜单开始。摘要部分包括名称和符号别名。如果基因有命名机构提供的官方名称，则这些名称将作为官方符号和官方全名进行报告，命名源将锚定链接。将显示该源提供的数据库标识符，并将链接锚定到该源的特定记录。该基因的所有RefSeq RNA的审查状态报告为RefSeq状态。如果该基因已注释在RefSeq基因组序列上，则会提供一张图表，以图解说明该基因的内含子/外显子组织（基因组区域、转录物和产物），以及基因组、mRNA和蛋白质RefSeq的接入与NCBI Entrez系统中序列记录的锚定链接，如果是蛋白质，则为BLink（1）如果RefSeq蛋白是CCDS组（2）的成员，则RefSeq蛋白质登录右侧的CCDS标识符锚定到CCDS数据库的链接。基因组背景部分绘制了基因及其相邻基因的位置。每个符号都将链接固定到Entrez Gene中的另一个记录。NCBI地图查看器的链接在本节中，与链接菜单中的链接相同。点击参考书目部分或链接菜单中的PubMed，可以访问PubMed中与基因记录相关的所有引文。导航到PubMed以获取与特定信息相关的引文，如GeneRIF或基因本体术语，这些元素会明确重复(b条). 链接菜单应用于确定关于基因的其他可用信息的类型和来源。在本例中，有关表达的信息可从GENSAT、GEO、UniGene和MGI获得；同源基因同源，SNP变异；支持证据查看器和ModelMaker的基因组注释、KEGG的通路等的cDNA（b）代表Entrez基因完整报告页，第2部分。完整报告显示的这一部分包括目录（a）中显示的记录部分，如书目、等位基因、一般基因信息和一般蛋白质信息。在GenerRIF部分，文本右侧的图标将链接指向支持GenerRIF的PubMed。如MGI锚定的链接所示，等位基因和基因本体部分中的数据是从MGI导入的。基因及其编码的蛋白质的替代名称列在一般蛋白质信息/名称下。如果这个基因编码一种酶，那么E.C.的名称也会出现在这一部分。(c（c）)恩特雷兹基因代表完整报告页面，第3部分。完整报告显示的这一部分包括目录（a）中显示的记录部分，作为参考序列、相关序列和附加链接。参考序列部分根据报告的RefSeq类型细分为小节。第一部分（独立于注释基因组维护的RefSeq）报告了RefSeq基因组、RNA和蛋白质的来源，这些来源可以随时更新，因此可能与基因组注释中包含的版本或数量不同（2）。注释基因组的RefSeqs下报告的序列是染色体的基因组RefSeq以及参考和交替组合的连续体。这些RefSeq部分中的每一个，以及下面的相关序列部分，都将链接锚定到NCBI的Entrez系统中的记录，在该系统中提供了标准工具来处理序列（例如，更改范围、显示注释的SNPs或以多种格式下载）。相关序列部分列出了该基因或其编码蛋白的公共序列的来源和菌株。附加链接部分中的项目包含在链接菜单（a）中，但被选择在此处重复以增强访问，例如显示UniGene簇号。

数据库的范围

获得ENTREZ基因

在NCBI可以通过多种方式访问Entrez Gene中的信息(表2). 最直接的方法是从NCBI主页向Entrez提交查询并在Gene中显示结果，或者在任何Entrez查询栏中输入查询并将数据库搜索限制为Gene。另一种方法是利用Entrez系统计算的链接。例如，您可能会找到一条感兴趣的PubMed记录，并从PubMed's Links菜单中发现Entrez Gene中有一条记录连接到出版物。BLAST组使用Entrez Gene维护的GeneID<->序列关系，帮助您通过蓝色G图标从与查询匹配的蛋白质或mRNA输入导航到Entrez基因。Map Viewer提供了从注释基因到Entrez基因的链接。RefSeq记录将GeneID作为db_xref包含在基因特征中。因此，您不仅可以通过文本导航到基因，还可以通过基因组位置（Map Viewer）、RefSeq注释和序列数据（BLAST、核苷酸、蛋白质）导航到基因。

如果您注册MyNCBI(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bws/bv.fcgi？rid=helpmyncbi.chapter.MyNCBI)，您可以选择在创建或更新满足您喜爱的搜索的记录时接收电子邮件。您还可以自定义默认显示，以标识查询返回的记录子集具有特定属性(图1).

ENTREZ基因的外部数据库链接

Entrez Gene可以作为NCBI以外数据库的特定基因信息的目录。有两大类连接。一个来自与多个数据提供商的积极合作，如模型生物数据库、GO联盟、KEGG和Reactome(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bov.fcgi？rid=helpgene.table.EntrezGene.T1). 其他数据由注册NCBI LinkOut的数据提供商生成(1)系统。Entrez Gene的任何用户使用LinkOut检索记录后，都可以根据数据提供者的规范连接到注册的数据库。

反馈

我们欢迎您就Entrez Gene界面或其中包含的任何数据提供反馈。请从任何基因页面上的反馈选项中选择(图1).

致谢

参考文献