刺猬信号是动物发育过程中的主要信号通路,其失调涉及人类的许多疾病,包括畸形综合征和几种癌症(23). 在脊椎动物中,对刺猬因子的转录反应由Gli1、Gli2和Gli3锌指蛋白介导。在分子水平上,Gli3被翻译成190 kDa的转录激活剂(Gli3-190),该转录激活剂经过蛋白水解处理成为缺乏C端激活结构域的截短的83 kDa阻遏物(Gli3-83)(7,34). 刺猬信号抑制Gli3的处理,并通过产生的全长蛋白刺激反式激活。小鼠的遗传分析支持这样的观点,即Gli3在Sonic Hedgehog(Shh)的信号传递中起转录开关的作用。减轻Gli3的阻遏是Shh信号传导的一个重要步骤,Gli3激活剂功能也是神经管中Shh模式形成所必需的(2). 在肢芽发育过程中,Gli3-83表现出与Shh水平成反比的前后梯度,这表明Gli3对Gli3-831的调节是Shh对剂量依赖性信号的直接读出(34). Pallister-Hall综合征患者的分子发现表明,肢体芽中精细控制Gli3-83水平的重要性;Gli3的停止突变导致组成性截短Gli3和多指畸形的杂合表达(31).
已知Gli3加工受蛋白激酶A(PKA)磷酸化刺激(34),但进一步的分子事件没有特征,刺猬蛋白的调控水平未知。在黑腹果蝇已知与Gli蛋白同源的转录因子Ci的蛋白水解过程需要PKA进行多位点磷酸化(5)以及糖原合成酶激酶3β(GSK3β)和CK1,后者由PKA磷酸化引发(16,29). 如Ci所述,Gli3中PKA位点附近有GSK3β和CK1位点(29),但他们的作用尚未得到测试。重要的是,江和斯特鲁尔表明,词处理在年被废除攀升突变细胞,因此提出处理可能由SCF的Ci泛素化引起纤细泛素连接酶及其随后的蛋白酶体部分降解(18). SCF泛素连接酶复合物包含一个F-box蛋白,如Slinb,它决定底物特异性和泛素化本身所需的一般成分Skp1、Cullin1和Rbx1(11). 与此模型一致,最近显示Ci处理需要Cullin1和Rbx1(25,27). SCF的直接含义纤细然而,在词处理方面仍然难以捉摸(22)苍蝇的遗传证据也可能与Ci处理的间接调节相一致,与SCF相一致纤细如Chen等人建议的那样,调节通路中另一关键蛋白的稳定性(4).
在脊椎动物中,Slimb同源物βTrCP的底物包含一致的DSGX2-4βTrCP结合需要磷酸化的S基序(11). DSGX中丝氨酸磷酸化的严格要求2-4利用磷酸化底物和非磷酸化底物质,如β-连环蛋白,在体外证明了S基序(15,36). 通过求解βTrCP-β-catenin复合物的结构,揭示了其分子基础(37).
在本报告中,我们在细胞培养模型中研究了PKA刺激的Gli3加工的分子机制。正如之前在苍蝇中发现的Ci,我们表明GSK3β和泛素连接酶组分βTrCP是Gli3加工所必需的。我们的结果进一步证明了SCF的直接作用βTrCP我们在Hedgehog信号的背景下讨论了其潜在的调控。
材料和方法
质粒。
将人Gli3 cDNA克隆到p3×Flag质粒(Sigma)中。对于转录阻断实验,将3×Flag-Gli3 cDNA插入pBI-G载体(Clontech)中。Tet-Off质粒来自Clontech。使用QuikChange突变试剂盒(Stratagene)在p3×Flag中获得Gli3离散突变体,并通过自动测序进行检查。其他结构通过标准DNA操作获得。
细胞培养和转染。
细胞系在含有10%胎牛血清的Dulbecco改良Eagle培养基中生长。为了通过免疫印迹分析细胞提取物,将细胞置于12孔板中,并使用Lipofectamine 2000(Invitrogen)转染总计500 ng的质粒。在每个孔中转染50毫微克Flag-Gli3表达载体,当需要时,共转染50 ng PKA、50 ng GSK3β、50 ng GSK3βR85或250 ng血凝素βTrCP(HA-βTrCP)表达载体。将空表达载体质粒添加至总计500 ng。当提及时,用以下物质处理细胞:20μM MG132、20 mM LiCl、50μM forskolin或100 ng/ml多西环素。转染磷酸盐缓冲液(PBS)后24小时收集细胞,并将其重新悬浮在裂解缓冲液中(50 mM Tris,pH 8,150 mM NaCl,1%NP-40,1 mM EDTA,和蛋白酶抑制剂混合物[Roche])。通过十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)分离全细胞裂解物,并通过蛋白质印迹和ECL检测(Amersham)进行分析。Chemigenius对截断和全长Flag-Gli3对应的信号进行了量化2(Syngene)。截短的Gli3-83的相对水平表示为检测到的总Gli3的百分比。实验重复至少两次,结果相似,并显示了包括量化在内的代表性实验。
通过小干扰RNA沉默。
将HEK-293T或HeLa人类细胞以40%至50%的合流率接种到12孔板上,使用Lipofectamine 2000转染10nM小干扰RNA(siRNA)双工体。24小时后,用siRNA和质粒的混合物使用Lipofectamine 2000对细胞进行第二次转染。用于βTrCP沉默靶点βTrCP和高度同源的βTrCP2 mRNA的siRNA双工体(13). 人类细胞中siRNA敲除和小鼠胚胎干细胞中βTrCP基因敲除的研究表明,βTrCP和βTrCP2对β-catenin和IκB等底物具有冗余活性(13). 对照组为以荧光素酶为靶点的21个核苷酸双链体。
免疫沉淀。
对于外源表达蛋白之间的相互作用,使用Lipofectamine 2000在6孔板中用3μg质粒DNA/well转染NIH 3T3细胞。对于外源性βTrCP和内源性Gli3之间的相互作用,使用C3H-10T1/2细胞。转染后24小时,在PBS中收集细胞,并将其重新悬浮在裂解缓冲液中。蛋白质提取物在4°C下与蛋白G-琼脂糖珠(Roche)孵育1小时进行预处理,在4°C下与抗Flag或抗-HA抗体孵育2小时,在4℃下与蛋白G琼脂糖珠子孵育1h进行免疫沉淀。用裂解缓冲液洗涤提取物三次,用添加0.3 M NaCl的裂解缓冲液冲洗两次,并在30μl Laemmli缓冲液中洗脱。免疫沉淀蛋白通过SDS-PAGE分离,并使用辣根过氧化物酶偶联的抗Flag或抗HA抗体通过Western blotting显示。
体内泛素化试验。
用250 ng Flag-Gli3(或其突变体)、1μg HA-ubiquitin、125 ng PKA、125 ng GSK3β表达载体和1μg myc-βTrCP或对照表达载体将NIH 3T3细胞转染在6孔板中。转染后24小时,在PBS中收集细胞,在95°C下在100μl裂解缓冲液中裂解10分钟,该缓冲液补充有5%SDS,10 mMN个-乙基马来酰亚胺,并在补充有10 mM的500μl细胞裂解缓冲液中稀释N个-乙基马来酰亚胺。蛋白质提取物进行抗病毒免疫沉淀,用添加1%SDS的裂解缓冲液洗涤四次,然后在Laemmli缓冲液中洗脱。免疫沉淀蛋白通过SDS-8%PAGE分离,并通过使用辣根过氧化物酶偶联的抗-Flag或抗-HA抗体的蛋白质印迹来揭示。洗脱液的一部分(1/20)用于检测鞭毛Gli3及其衍生物,剩余部分用于检测HA-ubiquitin。
材料。
抗体及其制造商如下:抗FLAG(M2;Sigma)、抗HA(3F10;Roche)、抗Gli3(N-19;Santa Cruz)和抗FGFR4(Santa Cru)。合成siRNA来自Eurogentech(比利时)。多西环素、毛喉素和MG132来自西格玛。
结果
Gli3蛋白水解过程需要GSK3β磷酸化。
为了研究GSK3β在Gli3蛋白水解过程中的作用,我们将人Gli3表达载体瞬时转染到NIH 3T3细胞并调控GSK3?活性。如前所述(7,34)外源性Gli3处理效率低下,需要通过表达PKA催化亚单位或用forskolin处理细胞来刺激PKA,以检测到显著水平的截断Gli3(图。,车道1和2)。我们发现GSK3β与PKA的共表达使我们能够达到截短的Gli3的最高水平,相当于总Gli3含量的53%(图。,车道4)。相反,通过共表达GSK3β的显性阴性突变体(GSK3βR85)来抑制GSK3β(28)抑制PKA过度表达的积极作用(图。以及用LiCl(GSK3β的一种药理抑制剂)处理细胞,降低了福斯科林对PKA的刺激作用(图。,车道3)。接下来,我们在Gli3 GSK3β位点构建了一系列突变体,并测试了它们对GSK3?刺激Gli3加工的影响。Gli3中的PKA位点根据其在Gli3的相对位置从P1编号为P4,Price和Kalderon之前推测的GSK3β位点位于P2至P4位点附近(29)编号分别为G2至G4。单个GSK3β位点对丙氨酸受损Gli3处理的突变与相应PKA位点的突变一样强烈(图。,车道1至7)。此外,如PKA位点所观察到的,多个GSK3β位点的同时突变显著降低了Gli3处理(图。,第8和第9车道)。综上所述,这些发现强烈表明,直接GSK3β磷酸化对Gli3加工的调节在D.黑腹果蝇Ci和Gli3。重要的是,这些发现为我们提供了一个实验模型,用于分析Gli3加工中PKA和GSK3β磷酸化后发生的分子事件。
PKA和GSK3β刺激截断的Gli3合成。(A) 通过PKA和GSK3β刺激刺激截断的Gli3合成。用Flag表位标记的Gli3(Flag-Gli3)、人PKA催化亚单位(PKA)、人野生型GSK3β或人显性阴性GSK3α(GSK3?R85)的表达载体转染NIH 3T3细胞,并用抗Flag抗体对细胞提取物进行免疫印迹分析。(B) LiCl抑制内源性GSK3β抑制forskolin诱导的截短Gli3合成。用Flag-Gli3表达载体转染NIH 3T3细胞。如有指示,用50μM毛喉素(FSK)单独或用50μM FSK和20mM LiCl处理细胞12小时。向对照细胞中加入相同量的FSK载体(乙醇)。(C) PKA位点附近GSK3β位点的突变抑制截短Gli3的合成。GSK3β磷酸化丝氨酸或苏氨酸残基,这些残基位于磷丝氨酸的四个N末端。GSK3β位点SXXXPS标记为G2到G4,分别与PKA位点P2到P4相邻(29). 将Flag-Gli3指定位点的丝氨酸-丙氨酸突变体与PKA和GSK3β表达载体一起转染到NIH 3T3细胞中,并用抗Flag抗体通过免疫印迹分析细胞提取物。扫描自动放射自显影图,测量与截断的Gli3和总Gli3信号相对应的信号。截断Gli3的相对水平以每种条件下测得的总(截断+全长)Gli3信号的百分比表示。减号表示未量化截断产品的车道。在长时间接触斑点后,可以检测到低水平的加工,粗略估计低于总Gli3的3%。mG2、mP2和mP2P3分别表示G2位点、P2位点以及P2和P3位点的突变Flag-Gli3。
Gli3蛋白水解过程需要βTrCP。
我们选择测试βTrCP在PKA和GSK3β刺激的Gli3加工中的作用。首先我们调制SCFβTrCP转染野生型βTrCP表达载体的活性(15). 为了跟踪Gli3的处理过程,我们使用四环素依赖的Flag-Gli3表达载体进行了转录关闭实验。添加四环素类似物多西环素后,共表达的Tet-Off转录因子抑制Flag-Gli3载体的转录。当福斯科林同时添加到多西环素中时,我们可以观察到转录关闭后截短的Gli3的相对水平逐渐增加,在4小时内达到总Gli3含量的56%(图。,左侧面板)。βTrCP过度表达后,截短的Gli3水平增加更快,在4小时时达到总Gli3的80%(图。,比较左右面板)。为了抑制SCFβTrCP,我们接下来使用针对人类βTrCP mRNA的RNA干扰(13). 图表明针对人类βTrCP的特异性siRNA(13)转染人293T或HeLa细胞后,Western blotting检测到PKA和GSK3β过度表达刺激的截短Gli3水平显著降低。因此,我们发现刺激SCFβTrCP导致刺激Gli3处理,反之,干扰内源性SCFβTrCP导致其抑制。综上所述,这些结果表明SCFβTrCP是Gli3蛋白水解过程所必需的。此外,与泛素化后蛋白酶体的作用一致,用蛋白酶体抑制剂MG132处理细胞可抑制Gli3处理(图。),类似于最近一份关于一系列蛋白酶体抑制剂的报告(12).
截短的Gli3合成需要βTrCP。(A) 野生型βTrCP的过度表达刺激转录阻断实验中截短Gli3的合成。用pBI-G-Flag-Gli3、pTet-Off和GSK3β表达载体以及对照(−)或HA表位标记的βTrCP(HA-βTrCP)表达载体转染NIH 3T3细胞。用50μM forskolin(FSK)和100 ng/ml多西环素(DOX)处理细胞,并在0 h、4 h和8 h后收集,以分析截短与全长Flag-Gli3的相对水平。(B) βTrCP下调抑制Gli3处理。将抗人βTrCP(+)或荧光素酶(−)的siRNA与Flag-Gli3、PKA和GSK3β表达载体一起转染HeLa和293T细胞。右侧面板显示siRNA对抗βTrCP对HA-βTrCP的特异性下调。将抗βTrCP(+)或荧光素酶(−)的siRNA与HA-βTrCP表达载体一起转染293T细胞。用抗HA抗体检测等量的细胞裂解物,检测HA-βTrCP和抗-β-半乳糖苷酶(βGal),作为转染和巨细胞病毒表达水平的控制。(C) MG132蛋白酶体抑制剂抑制Gli3加工。用Flag-Gli3、PKAc和GSK3β表达载体转染NIH 3T3细胞。用20μM MG132(+)或载体(−)处理细胞6 h,并通过反标记免疫印迹分析等量的细胞裂解物。
βTrCP与多个Gli3结构域相互作用。
为了测试βTrCP是否直接将Gli3连接到泛素蛋白酶体系统,我们在共免疫沉淀实验中检测了Gli3和βTrCP之间的相互作用。
首先,使用山羊抗Gli3抗体从C3H-10T1/2(先前报道表达Gli3)中免疫沉淀内源性Gli3(图。). 由于缺乏有效的抗βTrCP抗体,因此在总蛋白提取物或免疫纯化组分中均无法检测到内源性βTrCP。然而,HA-标记的βTrCP是由抗Gli3抗体而非山羊抗FGFR4对照抗体特异性共免疫沉淀的。此外,HA-βTrCP可被Flag-Gli3特异性共免疫沉淀(图。). 这些结果与Gli3和βTrCP在体内的物理相关性一致。
Gli3与βTrCP相互作用。(A) 内源性Gli3与HA-βTrCP相互作用。用HA-βTrCP表达载体转染C3H-10T1/2细胞。将来自四个C3H-10T1/2细胞板的细胞裂解液分成两半,并使用对照(αCtAb,对照FGF4R抗体)或抗Gli3N抗体进行平行免疫沉淀。免疫沉淀物用抗HA抗体免疫印迹法检测HA-βTrCP或用抗Gli3抗体检测内源性Gli3。IP,免疫沉淀。(B) HA-βTrCP与Flag-Gli3共免疫沉淀。将HA-βTrCP表达载体和对照Flag或Flag-Gli3表达载体与PKA和GSK3β表达载体一起转染NIH 3T3细胞,以刺激截短Gli3的合成。等量的细胞裂解物进行反标记免疫沉淀,并通过免疫印迹法进行分析。(C) Gli3与HA-βTrCP共免疫沉淀的三个不同区域。将表达载体与PKA和GSK3β表达载体一起转染NIH 3T3细胞,以刺激截短Gli3的合成。质粒混合物包含HA-βTrCP或βTrCP-myc表达结构,后者在共免疫沉淀实验中用作阴性对照。使用抗-HA抗体对细胞裂解物进行βTrCP免疫沉淀,然后进行抗Flag或抗-HA免疫印迹。在底部面板中,显示了不同的构造。指出了合成截断Gli3(垂直条)所必需的PKA位点P1至P6的位置以及负责DNA结合(ZF)的锌指区域。通过与HA-βTrCP共免疫沉淀分析推断出的βTrCP结合位点用加号表示。实验表明Gli3ΔN含有两个与βTrCP独立的结合位点,但未显示(然而,Gli3中心686-1100结构域与βTrCP结合,见图。). 在PKA和GSK3β的刺激下,Gli3ΔN生成了一个截断形式,该形式不与βTrCP结合,很可能是由于缺乏N末端βTrCP相互作用域。在与Gli3位置461至880相对应的通道中,我们检测到截短产物的水平很低,这可能是由于低水平的本构加工,因此不受PKA、GSK3β或βTrCP过度表达的调节(数据未显示)。wt,野生型;Nter,N端子;Cter,C端子。
接下来测试了一系列Gli3蛋白片段在体内结合βTrCP的能力,如图所示。总结如图。在HA-βTrCP免疫沉淀物中可以检测到全长和截短的Gli3,这表明截短的Gli3(大致对应于位置1至位置700/740的片段)足以与βTrCP结合。含有负责DNA结合的锌指区域的461至880位片段和665至670位的DSGSHS序列不足以与βTrCP结合。这表明DSGX2-4Gli3中665-670位的S基序不足以与βTrCP结合,这与我们的发现一致,即该基序的突变不影响Gli3的处理(数据未显示)。有趣的是,我们发现一个缺乏DSGX的N端域2-4S基序足以与βTrCP结合,并可能是截短的Gli3和βTrCP之间观察到的相互作用的原因。然而,ΔN[461-1595]缺乏该N末端结构域,仍能结合βTrCP。最后,在进一步的共免疫沉淀分析中,我们可以从ΔN中找到两个片段[461-1595]它们各自能够独立结合βTrCP:一个位置686到1100的中心片段(指定为中心686-1100结构域),包含PKA和GSK3β位点,以及一个位置1100到1595的C末端结构域(数据未显示)(图中的示意图。). 因此,我们得出结论,βTrCP与Gli3中至少三个独立的结构域相互作用。为了进一步分析βTrCP结合域在Gli3加工中的作用,我们接下来选择(i)检查N-末端和C-末端结合域对加工是否必要;(ii)测试PKA位点在βTrCP与中央686-1100结构域结合中的重要性;以及(iii)研究βTrCP是否与Gli3结构域直接相互作用。
βTrCP-结合域是高效Gli3处理所必需的。
我们首先研究了N端和C端βTrCP结合域在Gli3加工中的作用。N或C末端结构域的缺失显著降低了相应ΔN表达的截短Gli3水平[461-1595]和ΔC[1-1100]碎片(图。,将9号和2号车道分别与1号车道进行比较)。正如预期的那样,后一种结构中含有PKA磷酸化位点的Gli3结构域的缺失(分别给出跨越位置461-880和1-880的片段)与多个PKA位点突变时观察到的一样,显著减少了加工(图。、10号和11号车道以及3号和4号车道)。因为我们对共免疫沉淀试验的研究表明,βTrCP仍能与ΔN结合[461-1595]和ΔC[1-1100]片段,我们测试了βTrCP过表达是否仍能有效刺激加工。我们发现,βTrCP过度表达会强烈诱导N端和C端结构域缺失的突变体的加工,并观察到截短蛋白的水平接近野生型Gli3的水平(图。,分别为12和6车道)。令人惊讶的是,多个PKA位点突变体仍然无法产生截短的蛋白质(图。分别为泳道14和8)。这些发现表明,βTrCP与N端和C端结构域的结合对于有效的蛋白水解过程是必要的,但在βTrCP过度表达的情况下是不必要的。
Gli3 N端和C端结构域是高效处理所必需的。将指示的构建体用PKA和GSK3β表达载体转染到NIH 3T3细胞中,并通过免疫印迹分析截短(trunk)和全长产物的相对水平,如图图例所述。.mP2P3表示PKA位点P2和P3的丝氨酸-丙氨酸突变。
βTrCP与Gli3中央686-1100结构域的结合依赖于PKA磷酸化。
接下来,我们研究了与Gli3中央686-1100结构域结合的βTrCP上PKA位点突变的后果。单位点P2、P3或P4的突变不会显著损害βTrCP与中央686-1100结构域结合的能力,而P2和P3位点突变的突变体不再能够与βTrCP相互作用(图。). 与这些结果一致,我们发现βTrCP过度表达显著刺激了单个PKA位点上Gli3突变体的加工,而多个磷酸化位点上的Gli3突变则没有(图。,将车道1至5与车道6至10进行比较)。因此,似乎Gli3的多位点PKA磷酸化是βTrCP与Gli3中央686-1100结构域结合和加工所必需的。相反,在共免疫沉淀分析中,我们没有检测到单个或多个PKA位点突变对βTrCP和全长Gli3之间的相互作用的任何影响(数据未显示)。此外,我们发现βTrCP与N-和C-末端结构域的结合在PKA刺激后没有改变(数据未显示)。综上所述,这些结果表明,在我们的实验系统中,βTrCP通过其N-和C-末端结构域与Gli3相互作用,而不依赖于PKA磷酸化,并且在PKA磷酸化时诱导与中央686-1100结构域的额外结合。
PKA位点突变对βTrCP与Gli3中央686-1100结构域结合的影响。(A) 用HA-βTrCP、PKA和GSK3β表达载体以及野生型Gli3中央686-1100结构域、突变型Gli3-中央686-100结构域或对照(ct)表达载体转染细胞。细胞裂解物进行抗病毒免疫沉淀(IP)并进行免疫印迹分析。(B) 使用PKA和GSK3β表达载体将所示构建物转染到NIH 3T3细胞中,并通过免疫印迹分析截短产物和全长产物的相对水平,如图图例所示。mG2、mP2和mP2P3分别表示G2位点、P2位点以及P2和P3位点的突变Flag-Gli3。
Gli3中央686-1100结构域中直接βTrCP结合位点的鉴定。
βTrCP的直接结合通常由磷酸化的DSGX介导2-4泛素化底物中的S基序(11,36). 在共免疫沉淀试验中发现与βTrCP相互作用的Gli3结构域没有DSGX2-4S图案。然而,在中央686-1100结构域中,我们可以识别出四个与DSGX相关的序列基序,命名为β1到β42-4S基序,因此可能参与βTrCP的直接结合(图。). 其中一个基序与先前确定的PKA或GSK3β位点不重叠。因此,我们重点测试其在Gli3加工中的作用以及与βTrCP的直接相互作用。数字表明β4基序确实是Gli3加工和βTrCP与Gli3中央686-1100结构域结合所必需的(图。,比较车道1和2)。为了确认Gli3中识别的基序是βTrCP结合位点,我们进行了肽交换实验,并将基序β4替换为来自β-catenin(其非活性突变体)的βTrCP连接基序、串联基序β1+β2或基序β3。当基序β4被来自β-catenin的βTrCP-binding基序所取代时,Gli3处理稍有增强(图。βTrCP与中心结构域的结合得到了强烈增强(图。相反,用β-catenin的非活性突变体基序替换β4不允许βTrCP的显著加工和结合(图。,车道4)。此外,我们发现β4基序可以被串联的β1+β2或β3基序取代(图。,车道5和6),以及图。强烈提示模体β1+β2、β3和β4是直接的βTrCP结合位点(第5和第6道)。重要的是,这些数据在Gli3的直接βTrCP结合和蛋白水解过程之间建立了紧密的关联。
Gli3处理需要βTrCP的直接结合。(A) 与DSGX相关的四个序列基序的鉴定2-4SβTrCP结合位点位于PKA位点P1和P4之间。SCF公司βTrCP先前识别的基板包含DSGX2-4βTrCP结合所必需的磷酸化的S序列。图中下划线的序列基序β1至β4与DSGX有关2-4用黑体表示的残留物对齐的S图案。对方框所示的16氨基酸序列进行突变,以测试基序β4在βTrCP的加工和结合中的作用。(B) 基序β4突变对Gli3加工的影响。用PKA和GSK3β表达载体将指示的构建物转染NIH 3T3细胞,并通过免疫印迹分析截短和全长Gli3的相对水平。所测试的结构包含斜体所示的含有基序β4的16-氨基酸盒的突变。β-catenin(βcat)βTrCP-binding位点的定位使得关键丝氨酸在PKA磷酸化位点P4(即在模拟其正常磷酸化的环境中[1]). 突变的β-catenin基序不结合βTrCP(15,36). (C) β4基序突变对βTrCP与Gli3中央686-1100结构域结合的影响。如图所示,用HA-βTrCP、PKA和GSK3β表达载体以及野生型(wt)或突变型(mut)Gli3中央686-1100域表达载体或对照表达载体(ct)转染NIH 3T3细胞。细胞裂解物进行抗病毒免疫沉淀(IP)并进行免疫印迹分析。显示了联合免疫沉淀(coIP)HA-βTrCP免疫印迹的短期和长期暴露。(D) 基序β1+β2和β3突变对Gli3在其自然背景下(上面板)或替换基序β4时(下面板)的加工的影响。用PKA和GSK3β表达载体将指示的构建物转染NIH 3T3细胞,并通过免疫印迹分析截短和全长Gli3的相对水平。mP2P3表示PKA位点P2和P3处的突变Flag-Gli3。
为了进一步测试β1+β2和β3基序的重要性,我们选择突变与磷酸化位点P1和P2分离的β1+α2中的丝氨酸855和856,以及突变为丙氨酸的丝氨酸S864,其对丙氨酸的突变不会修改RRXS PKA位点,因此应该保留PKA磷酸化S865(P2位点)的能力。图中的上部面板。表明每个突变都会损害Gli3处理(第2和第3道),并且含有S855A、S856A和S864A突变的突变与多位点PKA突变(第5和第6道)处理效率低下。此外,我们检查了突变的β1+β2和β3基序不能取代基序β4(图。,下部面板,通道4和6)。我们的结论是,在PKA和GSK3β刺激下,为了充分发挥Gli3处理的效率,所确定的多个βTrCP结合位点都是必需的。
SCF泛素化的Gli3加工所需赖氨酸的鉴定βTrCP.
为了证实βTrCP与Gli3的直接结合导致SCF对Gli3泛素化βTrCP,我们试图定位相应的目标赖氨酸。我们考虑了位于βTrCP结合位点附近的赖氨酸可能是加工所必需的泛素化靶点的可能性,因此在Gli3中引入了一系列赖氨酸-精氨酸突变,并测试了它们对加工的影响(图。). 将位于N末端的四种赖氨酸突变为Gli3βTrCP结合位点K773、K779、K784和K800,取消了Gli3加工(图。,车道7)。通过突变K773、K779和K784也观察到强烈的抑制作用(图。,泳道6),而赖氨酸773至800的单突变或双突变没有影响(图。,车道2至5)。相反,位于C末端的三种赖氨酸到βTrCP结合位点的单一或多个突变没有影响(图。,8至10车道)。
鉴定SCF泛素化的Gli3加工所必需的赖氨酸βTrCP(A)单个或多个赖氨酸-精氨酸突变对Gli3加工的影响。指出了赖氨酸在加工和泛素化中潜在作用的测试位置。含有βTrCP结合基序β1至β4的846至910位结构域不含任何赖氨酸。该域附近的赖氨酸由一条垂直线表示。用PKA和GSK3β表达载体将指示的构建物转染NIH 3T3细胞,并通过免疫印迹分析截短和全长Gli3的相对水平。(B) 赖氨酸773、779、784和800对Gli3ΔNΔC的泛素化至关重要[461,1100]βTrCP过度表达对其刺激。指示的Gli3或Gli3ΔNΔC[461,1100]将构建物与PKA、GSK3β、HA-ubiquitin和对照或myc-βTrCP表达载体一起转染NIH 3T3细胞。用蛋白酶体抑制剂MG132在20μM下处理细胞4小时,如图所示,该抑制剂抑制蛋白水解过程。并有利于检测泛素化蛋白,将细胞在含有5%SDS的裂解缓冲液中在95°C下裂解10分钟。将所得提取物用抗Flag抗体进行免疫沉淀,并用抗HA抗体进行免疫印迹分析,以检测泛素物种(右面板)或带有反标记抗体(左侧面板,标记为“IP Flag,W Flag”)。(C) 赖氨酸773、779、784和800突变为精氨酸不会损害Gli3ΔNΔC的结合[461,1100]至HA-βTrCP。将表达载体与PKA和GSK3β表达载体一起转染NIH 3T3细胞。使用抗HA抗体对细胞裂解物进行βTrCP免疫沉淀(IP),然后进行抗Flag或抗HA免疫印迹。wt,野生型。
接下来,我们测试了将四个赖氨酸N末端突变为βTrCP结合位点对Gli3和Gli3ΔNΔC泛素化的影响,Gli3是一个位置461到1100的片段,缺乏N-和C-末端βTrCP的结合域。为此,我们进行了体内泛素化分析:在有利于保存泛素化蛋白的强变性条件下裂解细胞,并在研究的标记蛋白的免疫沉淀物中检测到HA-泛素。图表明Gli3和Gli3-K[773,779,784,800]R是泛素化的,泛素化受到βTrCP过度表达的强烈刺激(图。,右面板,将车道1和2与车道5和6进行比较)。Gli3ΔNΔC的泛素化弱于Gli3,可能是由于缺乏N-和C-末端βTrCP结合域,但它仍然受到βTrCP过度表达的显著刺激,而相比之下,Gli3△NΔCK[773,779,784,800]R只是中度泛素化,其泛素化不能被βTrCP刺激(图。,右侧面板,将通道3和4与通道7和8进行比较)。此外,我们检查了βTrCP与Gli3ΔNΔCK[773,779,784,800]R的相互作用,其有效性与其在联合免疫沉淀分析中的野生型对应物相同(图。,比较车道1和3)。综上所述,这些发现表明SCF在赖氨酸773、778、784和800处泛素化Gli3ΔNΔCβTrCP并强烈建议这些残基的泛素化对Gli3加工至关重要。
讨论
这里的数据表明,Gli3的磷酸化依赖性处理是通过SCF发生的βTrCP-介导的泛素化。正如词学研究所预期的那样(16,29)作为Gli3的苍蝇同源物,我们首先证明了Gli3加工需要GSK3β磷酸化,发现GSK3α刺激可以增强加工,相反,GSK3γ的下调或GSK3δ位点S861、S873或S903的突变可以抑制加工。调节泛素连接酶受体βTrCP的过度表达和RNA干扰实验表明,Gli3处理与βTrCP水平密切相关。然后我们发现,在与DSGX相关的多个基序上,βTrCP的直接结合需要PKA和GSK3β的多位点磷酸化2-4S共识。此外,我们确定了SCF泛素化的Gli3加工所必需的赖氨酸βTrCP我们讨论了这种转录因子功能的异常调节及其在刺猬信号传导中的控制所涉及的潜在分子机制。
由泛素蛋白酶体系统进行处理。
我们的研究表明,Gli3属于受泛素蛋白酶依赖性加工调节的转录因子小家族(30). 在NF-κB途径中,p100和p105被加工成C末端截短的蛋白质,这些蛋白质转移到细胞核并激活转录(6,10). 泛素化将这些转录因子靶向蛋白酶体,但直接加工而非降解的分子机制尚不清楚。最近的体外研究证实,蛋白酶体可以进行模型底物的处理,在到达抗性蛋白域时,蛋白质水解被停止(21). Gli3中的解理位点似乎位于锌指结构域的末端。研究蛋白酶体加工是否受阻将是一件有趣的事情顺式在Gli3的切割位点附近或反式可能通过二聚作用(20).
修订的共识βTrCP结合基序。
我们发现了Gli3加工所需的多个βTrCP结合位点,这些位点偏离了DSGX2-4在大多数βTrCP底物中发现S基序。通过用β-catenin基序替换基序β4,我们发现βTrCP的结合和加工被恢复,这正式证明了βTrCP结合是Gli3加工所必需的,并强烈表明模序β4是真正的βTrCP绑定位点(图。). 基序β1+β2和β3也可以取代基序β4,也可能是直接的βTrCP结合位点(图。). 非DSGX2-4最近在其他几个SCF中发现了SβTrCP结合基序βTrCP基底。我们将其与Gli3中的βTrCP结合基序对齐,并提出了一个修正的共识βTrCP绑定基序(图。). 与DSGX相比,分子建模和体外相互作用研究对于解决βTrCP如何与Gli3中的多个基序结合至关重要2-4S主题。
已知SCF中βTrCP结合基序的比对βTrCP基底。第一个SCFβTrCP识别的基板允许定义通用DSGX2-4βTrCP结合需要磷酸化的S序列(11). 最近确定的底物中βTrCP结合位点的比对允许提出修订的一致性βTrCP连接基序。对于hCDC25A、Per2、p100、xCDC25A和Wee1A基板,请参阅参考文献三,8,10,19、和35分别是。
PKA通过GSK3β和CK1触发Gli3磷酸化级联反应。
有趣的是,在Wee1A和xCDC25A的情况下,DSGX中的一个或两个丝氨酸2-4S基序被丝氨酸磷酸模拟物天冬氨酸或谷氨酸取代(图。). 相反,Gli3中的基序具有适合DSGX的丝氨酸2-4因此,βTrCP的S基序和结合预计严格依赖于磷酸化。事实上,β3基序中的S865对应于PKA位点P2。对于Gli3的βTrCP结合基序中的其他丝氨酸,我们认为它们在PKA初始启动后通过GSK3β和CK1的顺序活性被磷酸化(图。). S855和S864在模体β2和β3与DSGX的对齐中占据天冬氨酸的位置2-4S基序,可以预见,通过GSK3β/CK1级联对这些丝氨酸进行磷酸化将有助于有效的βTrCP结合。因此,PKA可能通过GSK3β和CK1触发Gli3磷酸化级联反应,从而激发βTrCP的直接结合和泛素化。这个简单的模型很好地解释了PKA和GSK3β位点对βTrCP结合和Gli3加工的重要性(图。和). 在这篇论文发表期间发表的研究表明,GSK3β引发的CK1磷酸化,而不仅仅是先前描述的PKA引发的CK1磷酸化,确实是在D.黑腹果蝇,最有可能是导致直接Slimb绑定(17).
通过推测的GSK3β、CK1和PKA磷酸化级联实现βTrCP结合位点的磷酸化。PKA磷酸化红色箭头所示的共有RRXS位点中的丝氨酸。GSK3β将丝氨酸四个残基N端磷酸化为磷酸丝氨酸,而CK1将丝氨酸三个残基C端磷酸化成磷酸丝氨酸;两者都可以在引发后对底物进行多磷酸化(1,9,14). 因此,模体β1中的S855可以如下磷酸化:通过PKA启动S852和S855的顺序磷酸化,通过CK1实现S849(P1)磷酸化。模体β2中S856的磷酸化可能如下:PKA通过CK1启动S868,然后通过GSK3β启动S864、S860和S856。除S850和S894(用黑色箭头表示)外,β1至β4基序中的所有丝氨酸(蓝色和绿色箭头分别表示CK1和GSK3β的磷酸化)都可以很容易地提出类似的磷酸化途径。S850和S894缺少丝氨酸n个+4或n个磷酸化启动的−3个位置,其序列上下文与未启动的CK1位点的序列上下文不相似(14). 另一种候选激酶被融合。如果βTrCP可以与重叠的DSS结合,则可能不需要S850磷酸化850ASTIS图案(带S850与一致意见中的G/A对齐),而不是图。在任何情况下,P1到P4的65氨基酸片段中的19个丝氨酸,包括βTrCP结合基序β1到β4中的大多数丝氨酸,可能在PKA启动后被GSK3β和CK1磷酸化。
然而,PKA/GSK3β/CK1磷酸化的级联可能不是参与Gli3加工并可能受Hedgehog信号调节的唯一磷酸化事件。基序β1和β4中的S850和S894不太可能被GSK3β和CK1磷酸化(图。). 另一种候选激酶可能是融合丝氨酸/苏氨酸激酶(24). 此外,PKA位点P5和P6对Gli3加工至关重要(34),但它们与GSK3β、CK1或潜在的βTrCP结合基序不相邻,可能通过不同的机制起作用。
Gli3,一种具有多个βTrCP结合位点的非经典底物。
SCF中存在多个结合位点是不常见的βTrCP基底。Gli3中发现的βTrCP结合位点的结合亲和力可能低于β-catenin。当motifβ4被β-catenin的βTrCP结合位点取代时,βTrCP与Gli3的结合显著增加[686,1100]在共免疫沉淀分析中观察到(图。). 相反,用基序β1+β2或β3替换β4并没有改变检测到的相互作用水平。然而,也可能涉及磷酸化水平的差异,这里再次需要使用合成肽进行体外研究,以直接检查βTrCP与Gli3位点的结合与β-catenin位点的结合如何不同。
有趣的是,Sic1来自酿酒酵母已证明包含F-box蛋白Cdc4的多个低亲和力磷酸化依赖性结合位点。精液结构-功能研究表明,这种结构导致高亲和力结合,如通过单个高亲和力位点获得的,但允许通过磷酸化对结合进行更严格的控制(26). 至少在肢芽中,Gli3处理导致截短蛋白的分级水平与顺轴方向的Shh剂量成反比(34),并且这种空间分级的响应看起来不同于酵母细胞周期期间Sic1降解的严格全控制或无控制。如果像在Sic1中一样,Gli3泛素化和加工需要一个多位点磷酸化阈值,那么它有望在Shh的剂量依赖性调节中发挥许可而非指导作用。或者,不同水平的Gli3磷酸化可能导致不同水平的Gli3加工。在我们的分析中,单个磷酸化位点的突变确实使我们能够观察到Gli3处理的中间水平(图。和)βTrCP与Gli3直接结合的水平可以通过磷酸化进行更精细的控制,而不是使用过表达的βTrCP进行联合免疫沉淀分析(图。). 在体内分析此处报道的磷酸化和βTrCP结合位点的相互交织作用,将是理解Hedgehog信号调节Gli3加工的一个重要挑战。
SCF复合物的建模表明,βTrCP与底物的结合导致执行泛素结合的酶Cdc34与βTrCP结合肽并列,并解释了与DSGX相邻的赖氨酸残基2-4位于8到20个残基N末端的S基序是β-catenin和IκB的泛素化靶点(37). 然而,在Gli3中,没有与βTrCP结合基序相邻的赖氨酸,我们证明位于基序β1 N端至少48个残基的赖氨酸类是SCFβTrCP处理所需的泛素化目标(图。). 这一结果重要地加强了我们对SCF的证明βTrCP-Gli3处理需要介导的泛素化。赖氨酸773、779、784和800与Cdc34的接近性是泛素结合的先决条件,这可能是Gli3结构固有的,或者,可以通过构象变化来实现,这可能对Gli3加工进行额外的调节。有趣的是,与在Gli3ΔNΔC上下文中观察到的情况相反,赖氨酸773、779、784和800的突变对泛素化Gli3的水平没有影响(图。). 这表明N端和C端结构域包含Cdc34在结合SCF后可获得的替代赖氨酸靶点βTrCP但这种赖氨酸的泛素化不足以进行加工。因此,特定赖氨酸的泛素化(位于773、779、784和800位)对于介导蛋白酶体的加工而非破坏可能至关重要。
Gli3泛素化发生在Hedgehog信号调节的多蛋白复合物中。
除了中央686-1100结构域外,我们还发现βTrCP可以与N-和C-末端结构域独立相互作用。N端和C端结构域缺乏βTrCP DSGX2-4联合免疫沉淀分析中检测到的S结合基序和与βTrCP的相互作用可能是间接的,发生在多蛋白复合物中。βTrCP和Gli3的间接相互作用可能有利于在磷酸化时直接结合到Gli3中心结构域,相反,通过Gli3 N端或C端缺失破坏复合物的稳定性可能导致βTrCP向Gli3招募的效率较低,从而导致泛素化和加工效率较低(如图所示。和).
在D.黑腹果蝇Ci属于受Hedgehog信号调节的复合物,可包含Costal、一种驱动蛋白样蛋白、Fused和Sufu蛋白以及PKA、GSK3β和CK1激酶(22,38). 一种有吸引力的可能性是脊椎动物复合体中的蛋白质,如Sufu或Costal,介导βTrCP与N-和C-末端Gli3结构域的间接结合。例如,Sufu在体外与βTrCP相互作用(32),我们可以在共免疫沉淀分析中确认这种相互作用,以及Sufu与Gli3 N末端结构域的相互作用(未发表的结果)。此外,Sufu是Hedgehog途径中的肿瘤抑制因子,这可能意味着脊椎动物Sufu对Gli3的加工是必需的(33). 这些发现出乎意料,因为苏福突变体果蝇没有明显的表型缺陷,它们可能表明在控制Gli3和Ci处理方面存在重大差异。进一步研究βTrCP与Gli3调节复合物中蛋白质的可能相互作用,对于理解Hedgehog信号如何抑制Gli3的加工以及在发育和疾病中发挥剂量依赖性作用具有重要意义。