Influence of storage conditions and multiple freeze-thaw cycles on N1 SARS-CoV-2, PMMoV, and BCoV signal

Isha Thapar; Laura M. Langan; Haley Davis; R. Sean Norman; Heidi K. Bojes; Bryan W. Brooks

doi:10.1016/j.scitotenv.2023.165098

科学与总体环境。2023年6月29日：165098。

数字对象标识：2016年10月10日/j.scitotenv.2023.165098[印刷前的Epub]

预防性维修识别码：项目编号：1307669

PMID：37392884

储存条件和多次冻融循环对N1 SARS-CoV-2、PMMoV和BCoV信号的影响

Isha Thapar公司,^一劳拉·兰根,^a、，^b、，^⁎ 海莉·戴维斯,^a、，^c（c） R.肖恩·诺曼,^d日海蒂·K·博杰斯,^{e（电子）}和布莱恩·布鲁克斯^a、，^b、，^（f）

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摘要

基于废水的流行病学/基于废水的监测（WBE/WBS）继续作为在人口层面监测各种疾病的有效手段，包括新冠肺炎和SARS-CoV-2变异体的出现。随着WBE使用范围的扩大，废水样品的储存条件将在确保生成结果的准确性和再现性方面发挥关键作用。在本研究中，量化了水浓度缓冲液（WCB）、储存温度和冻融循环对SARS-CoV-2和其他WBE相关基因靶标检测的影响。浓缩样品的冻融对任何测试基因目标（SARS-CoV-2 N1、PMMoV和BCoV）的交叉/循环阈值（Ct）没有显著影响。然而，浓缩期间使用WCB导致(对 < 0.05）根据降低的Ct值，所有目标的Ct降低以及在−80⁄°C下的储存（与−20⁄°C相比）对于废水储存信号稳定性似乎更好，尽管这只是显著不同(对 < 0.05）用于BCoV目标。有趣的是，当Ct值转换为每个进水样本的基因拷贝数时，没有显著差异(对 > 0.05）。浓缩废水中RNA靶点对冻融降解的稳定性支持浓缩样品的存档，以用于对新冠肺炎趋势的回顾性检查和追踪SARS-CoV-2变异体，以及其他潜在病毒，并为WBE/WBS社区建立一致的样本采集和存储程序提供了起点。

关键词：废水流行病学，SARS-CoV-2，废水浓度，冻融，储存温度

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编辑：Damia Barcelo

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