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BMC基因组学。2023; 24: 132.
2023年3月20日在线发布。 数字对象标识：10.1186/s12864-023-09213-8
预防性维修识别码：项目经理1029258
PMID：36941544

乌干达孕妇中血管内皮生长因子a（VEGFA）基因多态性与子痫前期无关

希拉·纳布维亚博,通讯作者1 斯蒂芬·坎耶雷齐,2,三 约翰·佩特森,4,5,6 弗雷德·阿沙巴·卡塔巴齐,7 阿尔弗雷德·塞卡吉里,三，8 萨凡娜·姆韦西格瓦,三 杰拉尔德·姆布瓦,2,三 费斯·纳卡齐,7 安妮特·基西加,9 摩西·阿多玛,10 弗雷迪·班加,1 内奥米·麦戈文,11 奥博多·詹姆斯·桑德,三和安妮特·纳基姆利9,10
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关联数据

补充资料
数据可用性声明

摘要

背景

血管内皮生长因子A（VEGFA）是一种主要的血管生成因子，在胚胎发育过程中对血管的形成起着重要作用。VEGFA与子痫前期（PE）的病理生理学有关，因为子痫前妇女的自由循环VEGFA水平降低。VEGFA基因的3'非翻译区（3'-UTR）由调节循环中VEGFA蛋白转录和表达的元件组成。因此，这一变化可能是子痫前期妇女VEGFA水平降低的基础。本研究的目的是调查乌干达孕妇VEGFA基因3'-UTR中存在+936C/T多态性，这是一种常见的单核苷酸多态性（SNP），并确定其与PE的关系。

结果

子痫前期孕妇和血压正常孕妇+936C/T 3’UTR-VEGFA多态性的等位基因和基因型频率无显著差异(P（P） > 0.05). 此外，具有+936C/T VEGFA多态性的野生型、CT和TT基因型女性的血浆游离VEGFA中位数水平没有显著差异（中位数分别为0.84 pg/mL（IQR=0.39–1.41）、1.05（0.61–1.18）和1.05（1.05–1.05），第页-值=0.7161）。

结论

这些研究结果表明，+936C/T 3’UTR-VEGFA多态性与乌干达女性PE易感性增加没有显著相关性。建议使用更大样本进行进一步研究。

补充信息

在线版本包含补充材料，请访问10.1186/s12864-023-09213-8。

关键词：子痫前期，遗传变异，血管内皮生长因子，单核苷酸多态性，遗传生物标志物，桑格测序，3'非翻译区，非洲，乌干达

背景

先兆子痫（PE）是一种妊娠并发症，在妊娠20周后被诊断为血压正常的女性，其特征是新发高血压和蛋白尿[1]. PE是胎儿、新生儿和产妇发病率和死亡率的主要原因，影响全球5-7%的孕妇[2]. 撒哈拉以南非洲和世界其他地区非洲血统女性的高归因孕产妇死亡率表明，非洲血统妇女的PE负担更高[三,4].

PE的发病机制尚不清楚，尽管血管内皮细胞损伤和功能障碍以及胎盘缺血仍是该综合征的核心特征[5]. 血管内皮生长因子A（Vescular endothelial growth factor A，VEGFA）是促进内皮细胞分化、增殖、迁移和侵袭，调节血管形成和发展的主要血管生成因子。VEGFA在滋养层细胞的发育和功能中也起着关键作用，在胎盘血管化过程中需要VEGFA，以便为生长中的胎儿提供充足的血液[6]. 事实上，在胎盘和胚胎发育过程中VEGFA表达减少可能导致胚胎畸形和死亡[7]. PE伴随着循环血管生成因子的异常平衡，包括与血管损伤相关的游离VEGFA的生物利用度降低[8,9]. 子痫前期女性VEGFA水平低的部分原因是胎盘过度释放可溶性fms样酪氨酸激酶1（sFlt-1），sFlt-2充当诱饵受体，在母体循环中结合游离VEGFA[10].

人类VEGFA由位于染色体6 p21.3上的VEGFA基因编码，由8个外显子和7个内含子组成，编码区为14kb。VEGFA基因具有高度多态性，在非翻译区和启动子区检测到几个单核苷酸多态性（SNP）[11,12]. VEGFA基因的3'非翻译区（3'-UTR）由调控元件组成，转录因子（如缺氧诱导蛋白）的结合影响VEGFA表达的变化。据推测，VEGFA基因3'UTR内的变异可能导致VEGFA表达的个体差异，从而导致循环水平的差异[13]. Renner等人的一项研究[13]确定了+936C/T 3'UTR-VEGFA多态性（rs3025039），这是VEGFA基因3'UTR中的一个常见单核苷酸多态性，与循环VEGFA水平降低有关。事实上，在一些研究中，VEGFA基因的多态性与VEGFA的异常表达相关，导致PE的易感性增加[13–15]. 后来发现+936C/T多态性增加了韩国女性对PE的易感性[16].

目前，在乌干达和撒哈拉以南非洲其他地区，人们对+936C/T 3’UTR-VEGFA多态性及其与PE的关系知之甚少。乌干达面临着较高的PE负担，导致每年每10万活产中336例估计产妇死亡中约6%的死亡[17]. 了解遗传生物标志物可以通过更好的风险分层和早期筛查包括PE在内的妊娠并发症来提高产前护理质量，从而减轻其负担[18,19]. 因此，在本研究中，我们调查了乌干达女性中+936C/T 3’UTR-VEGFA多态性与PE之间的关系。

结果

研究参与者的基线特征

表中总结了研究参与者的社会人口学和临床特征​表11和​和22分别是。病例组和对照组之间的母体和妊娠期无显著差异。通过自我报告，所有研究参与者都是非洲黑人，其中大多数人已婚，而对照组中的大多数人都受过中等教育。与对照组相比，患者中有PE家族史、高血压家族史和早孕高血压诊断的参与者数量显著增加(第页-价值观；˂0.0255、<0.0034和0.0005）。

表1

研究参与者的社会地理特征

变量案例(N个 = 125)控件(N个 = 125)P（P）-值
母亲年龄（岁）
 18–2243 (34.4)43 (34.4)0.9996
 23–2739（31.2）39 (31.2)
 28–3230 (24.0)30 (24.0)
 33–3711 (8.8)11 (8.8)
 38–422 (1.6)2 (1.6)
婚姻状况
 已婚107（85.6）111（88.8）0.5701
 单个18 (14.4)14 (11.2)
教育水平
 无0 (0.0)1 (0.8)0.2246
 下一级（1-4）5 (4.0)4 (3.2)
 上一级（5–7）37 (29.6)31 (24.8)
 下二级（1-4）43 (34.4)61 (48.8)
 高中（5-6）13 (10.4)10 (8.0)
 大专/大学27 (21.6)18 (14.4)
吸烟
 从未吸烟123 (98.4)125 (100)0.3649
 指数妊娠期间停止1 (0.8)0 (0.0)
 怀孕期间吸烟1 (0.8)0 (0.0)
当前怀孕期间饮酒
 不114 (91.2)117 (93.6)0.7930
 是的10 (8.0)8 (6.4)
 缺少数据1 (0.8)0 (0.0)

n个数

表2

研究参与者的临床特征

变量案例(N个 = 125)控件(N个 = 125)P（P）-值
孕龄（周）
 20–2811 (8.8)11 (8.8)0.9986
 29–3330 (24.0)30 (24.0)
 34–3736 (28.8)36 (28.8)
 38–4248 (38.4)48 (38.4)
糖尿病家族史
 不105 (84.0)112 (89.6)0.2623
 是的20 (16.0)13 (10.4)
子痫前期家族史
 不116 (92.8)122（97.6）0.0255
 是的9 (7.2)1 (0.8)
 缺少数据0 (0.0)2 (1.6)
高血压家族史
 不78 (62.4)100 (80.0)0.0034
 是的47 (37.6)25 (20.0)
艾滋病毒状况
 阳性3（2.4）9 (7.2)0.1391
 否定122 (97.6)116 (92.8)
第一次怀孕
 不71 (56.8)79 (63.2)0.3662
 是的54 (43.2)46 (36.8)
妊娠前期高血压的诊断
 不56 (44.8)77 (61.6)0.0005
 是的14 (11.2)1 (0.8)
 不适用55 (44.0)47 (37.6)
妊娠类型
 辛格尔顿115 (92.0)120 (96.0)0.1250
 多个6 (4.8)1 (0.8)
 缺少数据4 (3.2)4（3.2）

n个数

协会 + 936C/T 3’UTR-VEGFA基因多态性与PE易感性

在所有研究参与者中，225人具有+936C/T SNP的纯合野生型变体，而24人被鉴定为杂合型（CT基因型）和一个纯合型（TT基因型）（图1). 为了确定+936C/T 3’UTR-VEGFA多态性是否与PE易感性相关，进行了单变量和多变量条件logistic回归分析（表​（表3）。三). 与PE具有生物学合理性的临床和人口统计学变量，以及第页-单变量分析中的值≤0.2用于多变量分析。这些包括：；饮酒、糖尿病家族史、PE家族史、高血压家族史、HIV状况、早孕高血压诊断、妊娠类型和婚姻状况。研究结果表明，VEGFA基因3’UTR中936 T等位基因的存在与患PE的可能性增加约2倍有关，但这在统计学上并不显著（aOR，1.78（95%CI，0.65-4.91），第页-值=0.2640）。在+936C/T多态性的所有基因型中，病例中有高血压家族史的参与者数量高于对照组（补充图S1). 然而，在Bonferroni校正后，高血压家族史与PE无显著相关性（aP值=0.1109）。

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rs3025039 SNP变异在病例和对照组中的分布。与对照组相比，病例中具有+936C/T（rs3025039）变异的参与者数量较高。野生组表示具有rs3025039 SNP野生型基因型的参与者

表3

+936C/T 3’UTR VEGF基因多态性与PE相关性的双变量和多变量分析

变量案例N个 = 125牛顿（%）控制N个 = 125牛顿（%）原油OR（95%CI）P（P）-价值调整后OR（95%CI）P（P）-价值已调整P（P）-价值
 + 936C/T多态性
 出席15 (12.0)10 (8.0)1.56 (0.67–3.59)0.30101.78 (0.65–4.91)0.26401
 缺席者：110 (88.0)115（92.0）11
HIV状态
 阳性3 (2.4)9（7.2）0.33 (0.09–1.231)0.09940.38 (0.09–1.52)0.16991
 否定122 (97.6)116 (92.8)11
酒精消费
 是的10 (8.0)8 (6.4)1.29（0.48–3.45）0.6180–
 不114 (91.2)117 (93.6)1
 缺少数据1 (0.8)0 (0.0)
体育家史
 是的9 (7.2)1 (0.8)9.00 (1.14–71.04)0.03718.49 (1.00–71.76)0.05200.3120
 不116 (92.8)122 (97.6)11
 缺少数据0 (0.0)2 (1.6)
高血压家族史
 是的47 (37.6)25 (20.0)2.57 (1.39–4.77)0.00272.37 (1.12–5.01)0.01850.1109
 不78 (62.4)100 (80.0)11
妊娠前期高血压的诊断
 是的14（11.2）1 (0.8)11.00 (1.42–85.2)0.0217–
 不56 (44.8)77 (61.6)1
 缺少数据55 (44.0)47 (37.6)
第一次怀孕
 是的54461.53 (0.80–2.94)0.2000–
 不71791
妊娠类型
 多个6（4.8）1 (0.8)6.00 (0.72–49.84)0.09717.25 (0.84–62.94)0.07220.4334
 辛格尔顿115 (92.0)120 (96.0)11
 缺少数据4 (3.2)4 (3.2)
糖尿病家族史
 是的20 (16.0)12 (9.6)1.64 (0.77–3.47)0.19800.99 (0.36–2.76)0.9910
 不105 (84.0)113 (90.4)11
婚姻状况
 已婚107 (85.6)111 (88.8)1.33 (0.63–2.82)0.4510–
 单个18 (14.4)14（11.2）1

n个数字。由于患者档案中所需的值不可用，丢失的数据被视为完全随机丢失。已调整P（P）-值，Bonferroni校正

基因型和等位基因频率 + 子痫前期妇女与对照组936C/T 3’UTR-VEGFA基因多态性与PE易感性

我们进一步研究了+936C/T 3’UTR-VEGFA多态性的基因型和等位基因频率及其与PE易感性的关系（表​（表4）。4). 病例组和对照组的所有基因座均处于Hardy–Weinberg平衡状态(P（P） > 0.05). 我们观察到，与对照组相比，病例中+936C/T多态性的T等位基因和CT基因型的频率更高，但这没有统计学意义(第页-价值观；分别为0.5465和0.2829）。在所有研究参与者中，只有一个人被鉴定为936C/T多态性的纯合基因型TT。

表4

病例和对照组+936C/T 3’UTR-VEGFA多态性的基因型和等位基因频率比较

案例N个 = 125控制N个 = 125硬件设备或（95%置信区间）P（P）-价值
 + 936C/T多态性
基因型
 CC n（%）110 (88.0)115 (92.0)1裁判
 CT n（%）15 (12.0)9 (7.2)0.57 (0.21–1.47)0.2829
 TT n（%）0 (0.0)1 (0.8)1不适用不适用
等位基因
 碳（%）235 (94.0)239 (95.6)1裁判
 T n（%）15 (6.0)11 (4.4)0.72 (0.29–1.72)0.5465

硬件设备哈代-温伯格平衡，n个数

血浆VEGFA水平和 + 936C/T 3'UTR-VEGFA SNP基因型

其次，我们研究了+936C/T SNP基因型患者和对照组之间血浆游离循环VEGFA水平的差异（表​（表5）。5). 在此分析之前，将VEGFA的浓度对数转换为二者的基数。共检测了180份样本（包括122例和58例对照）的血浆VEGFA浓度，其中只有18份样本具有+936C/T SNP，其中17份为杂合型（CT基因型），1份为纯合型（TT基因型）。与对照组相比，受试者的无血浆VEGFA浓度显著降低（中位数=0.76 pg/mL（IQR=0.39–1.18）Vs 1.02 pg/mL（0.44–1.62），第页-值=0.0616）（图2). 与相同基因型的对照组相比，CC野生型患者的VEGFA血浆水平显著降低（中位数=0.8 pg/mL（IQR=0.38–1.18）Vs 1.0 pg/mL（0.44–1.65），第页-值=0.0437）。在仅有CT基因型的样本中，患者的血浆游离VEGFA水平高于对照组。与野生型+936C/T多态性个体相比，杂合型和纯合型个体的血浆VEGFA中位数浓度较高。然而，这些发现缺乏统计学意义。

表5

+936C/T3’UTR-VEGFA多态性基因型间血浆VEGFA水平的比较

状态基因型中位数（pg/mL）（IQR）样品总数P（P）-价值
案例野生CC0.71 (0.38–1.18)1080.0437
控制野生CC1.00 (0.44–1.65)54
案例 + 936C/T _赫特1.07 (0.70–1.18)140.8499
控制 + 936C/T _赫特1.03 (0.64–1.18)三
合并案例和控制野生0.84 (0.39–1.41)1620.7161
合并案例和控制 + 936C/T _赫特1.05 (0.61–1.18)17
合并案例和控制 + 936C/T角1.05 (1.05–1.05)01

狂野；没有+936C/T多态性（CC基因型）的研究参与者，赫特杂合（CT基因型），高阶模纯合子（TT基因型）

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+936C/T多态性基因型间自由循环VEGFA血浆水平的分布。A类病例与对照组（所有基因型）中位血浆VEGFA水平的对数。B类仅具有野生型CC基因型的病例和对照组中VEGFA血浆中值水平的对数。C类CT和TT基因型患者和对照者血浆VEGFA中值水平的对数

讨论

子痫前期（PE）是一种复杂的妊娠并发症，具有多种遗传联系[20]. VEGFA是一种调节血管形成和功能以及胎盘发育的主要血管生成因子，在PE的病理生理学中起着至关重要的作用[21]. 此前，对孕妇的各种研究表明，血浆VEGFA水平下降是PE的特征之一[8,22,23]. 遗传机制被认为是循环VEGFA表达减少的基础，这与VEGFA基因的变异/突变有关[24]. 在本研究中，我们描述了+936C/T多态性的检测；VEGFA基因3'UTR中常见的SNP变异及其与PE易感性的关系。我们进一步描述了子痫前期和正常孕妇中+936C/T多态性各基因型的血浆游离循环VEGFA水平。

我们的研究结果表明，+936C/T 3’UTR-VEGFA多态性与大约2倍的发展可能性相关，但这在统计学上并不显著。因此，在乌干达Mulago国家转诊医院就诊的女性中，+936C/T多态性与PE易感性增加之间没有发现显著关联。我们进一步观察到病例组和对照组之间+936C/T 3’多态性的基因型和等位基因频率没有显著差异。我们的发现与在僧伽罗妇女中进行的一项研究相似，该研究表明，PE患者和血压正常的孕妇中+936C/T多态性的基因型频率没有显著差异。也就是说，+936C/T 3’UTR-VEGFA多态性与PE发病风险之间没有显著相关性[25]. 然而，与我们的发现相反，Shim等人的研究[16]发现携带+936 T等位基因与韩国女性PE易感性增加独立相关。与对照组相比，韩国女性中+936C/T 3’UTR-VEGFA多态性的频率显著升高。在另一项研究中，CT、CT+TT基因型和+936C/T的T等位基因是苏丹女性先兆子痫的危险因素[26]. 这种不一致性可归因于研究人群之间的种族差异，以及环境、免疫学和生活方式因素，这些因素相互作用，导致PE综合征的多因素复合物[27]. 此前的其他研究也同样表明，+936C/T 3’UTR-VEGFA多态性与亚洲人、白种人和拉丁裔等其他人群患PE的风险增加之间存在关联[16,28–30].

我们进一步研究了+936C/T基因型患者和对照组之间血浆游离循环VEGFA浓度的差异。总体而言，与对照组相比，子痫前期女性的血浆游离VEGFA水平显著降低。这与以前的研究结果类似[8,22,31]. 在本研究中，我们发现，与野生型CC基因型参与者相比，具有+936C/T多态性的CT和TT基因型参与者的VGEF水平更高，然而，这种差异在统计学上并不显著。与这些发现相反，Procopciuc LM等人的一项研究[32]表明受PE影响的母亲中936 T等位基因携带者的循环VEGFA水平显著降低。936 T等位基因的存在与上调VEGFA生成的能力降低有关，从而促进PE的发展[33].

在本研究中，除其他与PE易感性相关的危险因素外，多变量分析表明，有高血压家族史的女性在当前妊娠期更容易发生PE。然而，在使用Bonferroni校正对多次测试进行校正后，这些发现在统计学上并不显著。在Bezerra等人的一项研究中，我们的发现与之前的文献不同，之前的文献表明高血压家族史和PE之间存在着密切联系[34]，其姐姐患有高血压的孕妇患PE的风险高出两倍（OR 2.60，95%CI 1.60-4.21，第页 < 0.001）。母亲和姐姐都患有高血压的孕妇患PE的风险更高（3倍）（比值比3.65，95%可信区间1.65-8.09，第页 = 0.001).

在多变量分析中，我们进一步观察到PE家族史和PE易感性之间的边界关联，在多重测试校正后，这种关联不显著。然而，以前人们公认，PE家族史与当前妊娠中发生该综合征的可能性增加有关[35,36]. 在对台湾女性进行的一项研究中，有女生联谊会体育史的母亲与无此史的母亲相比，患先兆子痫的风险同样更高（相对风险；2.6，CI；2.41-2.80）[36].

结论和建议

这是研究乌干达女性PE相关遗传因素的少数研究之一。此前对该人群的研究表明基尔2DS5基因位点与PE防护相关[37]. PE关键遗传标记的鉴定至关重要，尤其是在遗传多样性高的非洲人口中。

总之，+936C/T 3’UTR-VEGFA多态性与PE发病可能性增加之间没有显著关联，+936C/T多态性的每个基因型的循环游离VEGFA水平也没有显著差异。尽管我们的样本量估计是有意提供80%的研究力量，但我们建议进行更大的样本量研究，以确保这些结果的准确性。尽管如此，我们认为我们的研究结果增加了乌干达妇女对先兆子痫相关因素的认识。

此外，VEGFA基因有多种变异，这就需要进一步研究其他SNP变异及其单倍型对PE易感性的影响。鉴于PE是一种异质性综合征，其病理生理学中涉及多个基因，研究这些多基因是如何相互作用的，对于确定PE的复杂机制和鉴定易感基因标记十分必要。

方法

研究人群和程序

在这项研究中，采用配对病例对照设计，从乌干达坎帕拉的穆拉戈国家转诊医院招募18至42岁、妊娠20周或20周以上的孕妇。病例定义为孕妇出现新发高血压；包括收缩压（BP）≥140 mmHg和舒张压（BP[17]. 对照组定义为健康孕妇，收缩压140 mmHg和舒张压90 mmHg正常，两次间隔至少4 h，尿蛋白微量或阴性。对照组与确定病例按母亲和孕龄按1:1的比例进行匹配，使用以下类别；18-22、23-27、28-32、32-42岁和20-28、29-33、34-37、38-43周妊娠。其中包括2019年3月至10月分别从产科病房和门诊产前诊所登记的125名PE患者和125名非PE孕妇。已确诊胎儿畸形和已有疾病（包括糖尿病、心血管疾病、慢性肾脏疾病）的女性，以及在过去3个月内接受过输血的女性，均被排除在研究参与范围之外。

参与者访谈使用研究设计的数据工具进行，以获取研究参与者的社会人口学和临床特征；包括母亲和妊娠年龄、婚姻状况、教育水平、社会史（吸烟和饮酒）、家庭病史（糖尿病、PE和高血压）和个人病史（HIV状态、胎次、妊娠类型和前一次妊娠的高血压诊断）。由训练有素的助产士/护士通过输卵管前静脉从每位研究参与者处采集6毫升（6毫升）乙二胺四乙酸（EDTA）抗凝血。用4毫升（4毫升）的血样提取脱氧核糖核酸（DNA）。使用前面描述的方法从剩余的2 mL血样中获得血小板缺乏的血浆[8].

DNA提取

按照制造商的说明，使用Qiagen全血DNA提取试剂盒（QIAamp DNA blood Midi试剂盒）进行DNA提取。简单地说，对于每个参与者样本，将指定的试剂盒缓冲液与样本混合，以溶解血细胞，稳定核酸，并增强选择性DNA吸附到QIAamp膜上。将乙醇添加到裂解液中，然后将裂解液加载到QIAamp自旋柱上。洗涤缓冲液用于去除旋转柱QIAamp膜上的杂质，并在低盐AE缓冲液中洗脱纯的现成DNA。使用纳米滴分光光度计（Thermo Scientific™nanodrop 2000c）对提取的DNA进行量化，并将其暂时储存在-20°C下。

聚合酶链反应扩增、凝胶电泳和SNP基因分型

使用常规聚合酶链式反应（PCR）检测实现DNA扩增，靶向VEGFA基因3’UTR内的特定区域。如Jian Ye等人所述，使用基于NCBI的引物BLAST工具设计特定PCR引物[38]. 设计的PCR引物序列由Eurofins Genomics公司合成（EurofinsGenomicsAT GmbH，Viehmarktgasse 1B/Büro 2，1030，Vienna，Austria），包括以下序列；

前进，5英寸-TTTGTTTTCCATTCCCTCAGAT公司-3ˈ.

反向，5英寸-中国民航协会-3-靶向VEGFA基因3'UTR内的545 bp产物。每次PCR检测都是在50μL反应体积中进行的，反应体积包含5μL基因组DNA（50-100 ng/μL）、1μL 10 mM脱氧核苷酸（dNTP）溶液混合物（新英格兰生物实验室）、1.5μL每个引物（10 pmol/μL）、0.125μL DreamTaq热启动DNA聚合酶（5 U/μL，Thermo Scientific，立陶宛）、，5μL 10X DreamTaq缓冲液（Thermo Scientific，立陶宛）和35.875μL无核酸酶水。使用以下程序在常规热循环仪（BIO-RAD，T100 thermal cycler）上运行PCR反应；在95°C下初始变性3分钟，然后在95°C下变性35个循环30秒，在62.2°C下退火1分钟，在72°C下延伸1分钟，然后在72°C下最终延伸10分钟，在4°C下保持步骤。

在1.5%琼脂糖凝胶上使用凝胶电泳检测PCR产物（图三). 在紫外透射器（UVP Biodoc-It UV透射器成像系统）中使用紫外光进行凝胶观察。

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3'UTR-VEGFA的PCR扩增。不同人类样本经PCR扩增的VEGFA基因3'UTR内545 bp序列的琼脂糖凝胶电泳

PCR扩增子在ACTG Inc.（美国惠灵II）进行纯化和测序。使用ABI Prism 3100 Sequencer（美国加利福尼亚州福斯特市应用生物系统公司）对纯化的扩增子进行Sanger测序。所有质量控制样品的一致性达到100%。

血浆VEGFA测定

按照制造商的说明，使用磁发光性能分析（人类血管生成预混合试剂盒A；生物技术品牌研发系统）评估血浆中的VEGFA水平。使用Milliplex分析软件对Luminex数据进行分析。由于其不可靠性，VEGF浓度低于0.2 pg/mL（根据=Milliplex分析软件建议的可靠性边界）被因子2分割，以防止假阳性关联。

组间变异系数为10.03%。本文中的部分VEGFA结果已经发表（8）。

数据分析

样本量估计

参考Shim等人的研究[16]，我们假设对照组血压正常的孕妇暴露于+936C/T 3’UTR-VEGFA多态性的概率为15.1%，每例一个对照组中，先兆子痫患者暴露于正常血压2.45和2%样本丢失的比值比，考虑到与假设检验相关的80%的幂和5%的1类错误概率，至少需要125例病例，因此需要125名对照来检验优势比等于1的假设。使用epiR包进行样本量计算[39].

生物信息学分析

使用sanger测序数据分析工具；托盘v0.5.9[40]，参考人类基因组（GRCh37）被编入索引。然后根据GRCh37人类基因组构建将获得的样本序列与称为和注释的参考、变体对齐。使用bcftools v1.8将生成的二进制调用格式（BCF）文件转换为变量调用格式（VCF）文件[41]. 使用VCFtools v0.116筛选变异体是否存在+936C/T（rs3025039）变异体[42]. 所有这些都是使用定制的bash脚本完成的。图4表示测序色谱仪，显示VEGFA基因3'UTR中映射的rs3025039 SNP。

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色谱图。显示人类VEGFA基因3'UTR中定位的+936C/T SNP

统计分析

分类变量总结为绝对数和比例。连续变量总结为中位数和相应的四分位范围。Mann-Whitney U检验用于比较连续变量，Fisher精确检验或Chi-square检验用于比较分类变量。使用条件logistic回归探讨+936C/T多态性与PE的关系。所有分析均在R统计编程环境4.0.5版中进行。用于分析的软件包包括：；条件logistic回归的生存率和用于可视化分析结果的ggplot2[43].

致谢

我们感谢Edgar Kigozi代表乌干达坎帕拉Makerere大学健康科学学院医学和分子实验室对研究实验室活动的管理、实验室分析的优化和执行以及将生成的PCR产品运送给测序公司所提供的支持。我们感谢研究团队提供的支持，包括：；Maxine Atuheirwe、Rosemary Byenkya、Margaret Sewagaba、Elizabeth Mutesi、Ruth Namubiru、Emily Nakirijja、Moreen Ahimbisibwe、Florence Walabyeki、Noela Kalyowa、Rita Kukundakwe和Doreen Birungi。

缩写

或调整后的赔率
业务连续性框架二进制调用格式
爆炸基本局部对齐搜索工具
英国石油公司血压
DNA脱氧核糖核酸
乙二胺四乙酸乙二胺四乙酸乙酯
硬件设备哈迪-温伯格平衡
美国国立生物技术信息中心国家生物技术信息中心
或比值比
体育课子痫前期
飞行高度层-1可溶性fms样酪氨酸激酶1
SNP公司单核苷酸多态性
UTR公司未翻译区域
VCF（沃尔沃汽车金融公司）变量调用格式
VEGFA（血管内皮生长因子）血管内皮生长因子A
毫升毫升
微升微升
微微克/毫升微克每毫升
3英寸三素数

作者的贡献

AN、SN、OJS、NM和FB：研究概念化、提案撰写、审查和编辑以及调查。AN：资金收购。AN、SN、FB、JH-OP、OJS、NM、FAK；研究方法的发展。AN、SN、AK和MA：研究管理、登记研究参与者、数据和样本收集。SN、FAK和FN：研究实验室分析程序的优化和执行。SN、SK、SM和GM：实验室生成数据的解释和分析。AS和SK：正式统计分析。SN、AN和SK：撰写原稿的初稿。AN、SN、OJS、FB、NM、JH-OP、SK、FAK、FN：对后续手稿草稿进行批判性审查。所有作者阅读并批准了最终手稿。

基金

该研究得到了马克雷雷大学-乌干达病毒研究所感染和免疫研究与训练卓越中心（MUII）的支持(网址：https://www.muii.org.ug)通过向SN授予博士学位和向AN.MUII授予孕产妇和新生儿健康小组组长奖，MUII得到了DELTAS非洲倡议的支持(https://www.asciences.africa/aesa/programes/developming-excellence-leadership-training-and-science-africa-delta-frica)（批准号107743）。DELTAS非洲倡议是非洲科学院（AAS）、非洲科学促进卓越联盟（AESA）的一项独立资助计划，由非洲发展规划与协调新伙伴关系（NEPAD机构）支持，由威康信托基金提供资金(https://wellcome.ac.uk网址)（批准号107743）和英国政府。AN还获得了NURTURE奖学金（赠款编号D43TW010132）的支持。NM由Wellcome信托基金资助（批准号204464/Z/16/Z）。

资助者在研究设计、数据收集和分析、决定出版或编写手稿方面没有任何作用。本出版物的内容由作者负责。

声明

道德批准和参与同意

本研究是根据赫尔辛基宣言进行的，并得到了马克雷雷大学生物医学科学学院高等学位研究与伦理委员会（REF:SBS-HDREC-617）和乌干达国家科学技术理事会（REF:HS 2535）的批准。在参与研究之前，获得了所有受试者或合法授权代表/证人（对于文盲）的书面知情同意。

出版同意书

不适用。

竞争性利益

作者声明，他们没有相互竞争的利益。

脚注

出版商笔记

Springer Nature在公布的地图和机构关联中的管辖权主张方面保持中立。

工具书类

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文章来自BMC基因组学由以下人员提供BMC公司