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样品GSM935404 GSM935404的查询数据集
状态 2012年5月22日公开
标题 斯坦福芯片序列_IMR90_CTCF_（SC-15914）_IgG-rab
样品类型 SRA公司
 
源名称 90国际货币兑换率
有机体 智人
特点 实验室：斯坦福大学
实验室描述：斯奈德-斯坦福大学
数据类型：ChipSeq
数据类型描述：染色质IP测序
单元格：IMR90
细胞生物：人类
细胞描述：胎儿肺成纤维细胞，新晋升为2级：2011年未分析
细胞核型：正常
细胞谱系：内胚层
细胞性别：F
治疗：无
治疗描述：无特殊治疗或方案适用
抗体：CTCF_（SC-15914）
抗体抗体描述：山羊多克隆，人类来源CTCF C末端附近的表位定位。抗体靶点：CTCF
抗体靶点描述：具有11个高度保守锌指结构域的转录调节因子。根据上下文，可以结合组蛋白乙酰转移酶（HAT）复合物并作为转录激活物发挥作用，或者结合组蛋白去乙酰化酶（HDAC）复合物，并作为转录阻遏物发挥作用。通过结合染色质绝缘体参与转录调控，并阻止启动子与邻近增强子和沉默子之间的相互作用。优先与非甲基化DNA相互作用，防止CpG甲基化扩散。可二聚化，介导长距离染色质环。当与染色质结合时，为核小体定位提供了一个锚定点。涉及姐妹染色单体的凝聚力。中期与着丝粒和染色体臂相关，需要凝集素定位到CTCF位点。
抗体供应商名称：圣克鲁斯生物技术公司
抗体供应商：sc-15914
对照：IgG-rab
控制描述：来自正常兔IgG ChIP-seq的输入信号。
对照：IgG-rab
控制描述：来自正常兔IgG ChIP-seq的输入信号。
控制ID:wgEncodeEH002808
复制：1
生物材料供应商 美国标准菌库
治疗方案 无
提取的分子 基因组DNA
提取协议 仪器型号未知。（默认情况下指定为“Illumina Genome Analyzer”）。有关更多信息，请参阅http://genomi.ucsc.edu/cgi-bin/hgTrackUi？db=hg19&g=wgEncodeSydhTfbs
 
图书馆战略 ChIP-Seq公司
库源 基因组学
库选择 炸薯条
仪器型号 基因组分析仪
 
数据处理 http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTrackUi？db=hg19&g=wgEncodeSydhTfbs
 
提交日期 2012年5月22日
上次更新日期 2019年5月15日
联系人姓名 编码DCC
电子邮件 encode-help@lists.stanford.edu
组织名称 编码DCC
街道地址 300巴斯德博士
西蒂 斯坦福大学
省/自治区 加利福尼亚州
邮政编码 94305-5120
国家 美国
 
平台ID GPL9052型
系列（2）
GSE31477标准 斯坦福大学/耶鲁大学/南加州大学/哈佛大学的ChIP-seq基因编码转录因子结合位点
GSE51334标准 DNA复制时间界限将具有细胞类型特异功能的稳定染色体域分开
关系
重新分析人 GSE98509型
SRA公司 SRX150484型
生物样品 样本01000944
命名注释 GSM935404_hg19_wgEncodeSydhTfbsImr90CtcfbIggrabSig.bigWig

补充文件 大小 下载 文件类型/资源
GSM935404_hg19_wgEncodeSydhTfbsIMr90CtcfbIggrapPk.窄峰值.gz 1008.0千磅 （英尺/平方英尺）（http） 窄峰
GSM935404_hg19_wgEncodeSydhTfbsImr90CtcfbIggrabSig.bigWig 324.8兆字节 （英尺/平方英尺）（http） BIGWIG公司
SRA运行选择器帮助
SRA中有原始数据
作为补充文件提供的处理数据
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