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简介
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样品GSM935404
GSM935404的查询数据集
状态
2012年5月22日公开
标题
斯坦福芯片序列_IMR90_CTCF_(SC-15914)_IgG-rab
样品类型
SRA公司
来源名称
90国际货币兑换率
有机体
智人
特点
实验室:斯坦福
实验室描述:斯奈德-斯坦福大学
数据类型:ChipSeq
数据类型描述:染色质IP测序
单元格:IMR90
细胞生物:人类
细胞描述:胎儿肺成纤维细胞,新晋升为2级:2011年未分析
细胞核型:正常
细胞谱系:内胚层
细胞性别:F
治疗:无
治疗描述:无特殊治疗或方案适用
抗体:CTCF_(SC-15914)
抗体抗体描述:山羊多克隆,人类来源CTCF C末端附近的表位定位。
抗体靶点:CTCF
抗体靶点描述:具有11个高度保守锌指结构域的转录调节因子。
根据上下文,可以结合组蛋白乙酰转移酶(HAT)复合物并作为转录激活物发挥作用,或结合组蛋白去乙酰化酶(HDAC)复合物,并作为转录阻遏物发挥作用。
通过结合染色质绝缘体参与转录调控,并阻止启动子与邻近增强子和沉默子之间的相互作用。
优先与非甲基化DNA相互作用,防止CpG甲基化扩散。
可二聚化,介导长距离染色质环。
当与染色质结合时,为核小体定位提供了一个锚定点。
涉及姐妹染色单体的凝聚力。
中期与着丝粒和染色体臂相关,需要凝集素定位到CTCF位点。
抗体供应商名称:Santa Cruz Biotech
抗体供应商:sc-15914
对照:IgG-rab
控制描述:来自正常兔IgG ChIP-seq的输入信号。
对照:IgG-rab
控制描述:来自正常兔IgG ChIP-seq的输入信号。
控制ID:wgEncodeEH002808
复制:1
生物材料供应商
美国标准菌库
治疗方案
无
提取的分子
基因组DNA
提取协议
仪器型号未知。
(默认情况下指定为“Illumina Genome Analyzer”)。
有关更多信息,请参阅
http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTrackUi?db=hg19&g=wgEncodeSydhTfbs
图书馆战略
ChIP-Seq公司
库源
基因组学
库选择
炸薯条
仪器型号
基因组分析仪
数据处理
http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTrackUi?db=hg19&g=wgEncodeSydhTfbs
提交日期
2012年5月22日
上次更新日期
2019年5月15日
联系人姓名
编码DCC
电子邮件
encode-help@lists.stanford.edu
组织机构名称
编码DCC
街道地址
300巴斯德博士
西蒂
斯坦福大学
省/自治区
加利福尼亚州
邮政编码
94305-5120
国家
美国
平台ID
GPL9052型
系列(2)
GSE31477标准
斯坦福大学/耶鲁大学/南加州大学/哈佛大学的ChIP-seq基因编码转录因子结合位点
GSE51334标准
DNA复制时间界限将具有细胞类型特异功能的稳定染色体域分开
关系
重新分析人
通用电气98509
SRA公司
SRX150484型
生物样品
SAMN01000944标准
命名注释
GSM935404_hg19_wgEncodeSydhTfbsImr90CtcfbIggrabSig.bigWig
补充文件
大小
下载
文件类型/资源
GSM935404_hg19_wgEncodeSydhTfbsIMr90CtcfbIggrapPk.窄峰值.gz
1008.0千磅
(英尺/平方英尺)
(http)
窄峰
GSM935404_hg19_wgEncodeSydhTfbsImr90CtcfbIggrabSig.bigWig
324.8兆字节
(英尺/平方英尺)
(http)
BIGWIG公司
SRA运行选择器
SRA中有原始数据
作为补充文件提供的处理数据
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