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样品GSM908946 GSM908946的查询数据集
状态 2012年4月5日公开
标题 参考表观基因组：BMP4滋养层细胞H3K14ac的ChIP-Seq分析；renlab公司。H3K14ac.公司。BMP4T.02.01骨形态发生蛋白
样品类型 SRA公司
 
源名称 来自詹姆斯·汤姆森实验室的人类胚胎干细胞。细胞来自H1系，经BMP4处理后分化为滋养层细胞。；renlab公司。H3K14ac.公司。BMP4T.02.01骨形态发生蛋白
有机体 智人
特点 样本别名：BMP4-10
样本通用名称：H1 BMP4衍生滋养层细胞培养
分子：基因组DNA
疾病：无
生物材料供应商：詹姆斯·汤姆森实验室
biomaterial_type：细胞系
行：H1
血统：胚胎干细胞
分化阶段：BMP4处理胚胎干细胞分化为滋养层细胞
分化方法：H1细胞在不含含50ng/mL BMP4的bFGF的mTeSR1培养基中培养5天
通道：31
介质：mTeSR1
性别：男
批次：BMP4-10
实验类型：组蛋白H3K14ac
extraction_protocol：请参阅http://bioinformatics-renlab.ucsd.edu/RenLabChipProtocolV1.pdf
超声波发生器的提取协议类型：生物破坏者
提取_协议_声波周期：80
chip_protocol：请参阅http://bioinformatics-renlab.ucsd.edu/RenLabChipProtocolV1.pdf
芯片_协议_染色质_含量：500微克
chip_protocol_bead_type：磁性抗兔
芯片_协议_珠_数量：33500000
芯片_协议_抗体_含量：5微克
芯片_抗体：H3K14ac
chip_antibody_provider:Abcam
芯片_车身_目录：ab52946
芯片_车身_零件：GR10517-1
提取的分子 基因组DNA
提取协议 库构建协议：参见http://bioinformatics-renlab.ucsd.edu/RenLabLibraryProtocolV1.pdf
 
图书馆战略 ChIP-Seq公司
库源 基因组学
库选择 炸薯条
仪器型号 Illumina HiSeq 2000公司
 
说明 示例_参数_标识：UBERON_ 0000088
分析term_id:OBI_0000716
nucleic_acid_term_id:SO_0000352
设计描述：BMP4滋养层细胞中H3K14ac的ChIP-Seq分析。测序是在Illumina HiSeq 2000平台上完成的。
库名：AY226
EDACC Genboree实验页面：
http://genboree.org/java-bin/project.jsp？projectName=XML%20Submissions%2FUCSD%2FBERITE%2FDACC.12125
EDACC Genboree样本页：
http://genboree.org/java-bin/project.jsp？projectName=XML%20Submissions%2FUCSD%2FSAMPLE%2FEDACC.12116
****************
有关数据使用条款和条件，请参阅：
http://www.drugabuse.gov/funding/funding-opportunities/nih-common-fund/epigenomics-data-access-policies
****************
数据处理 **********************************************************************

分析文件名：GSM908946_UCSD。H1_BMP4衍生滋养层培养细胞。H3K14ac.公司。AY226.bed公司
分析中心：EDACC
分析ALIAS:renlab。H3K14ac.公司。BMP4T.02.01.hg19.级别.1版本.8
分析标题：H1 BMP4衍生滋养层细胞培养H3K14ac ChIP-Seq数据的映射
分析描述：H3K14ac ChIP-Seq对H1 BMP4衍生滋养层培养细胞AY226文库产生的Illumina读数使用Pash映射到人类基因组。
分析类型：参考_校准
EDACC发电机分析页面：http://genboree.org/java-bin/project.jsp？projectName=XML%20Submissions%2FEDACC%2FANALYSIS%2FEDAC.13501
数据分析_级别：1
实验类型：ChIP-Seq
GENOME_ASSEMBLY:NCBI构建GRCh37/UCSC构建hg19
软件：Pash
软件版本：3.0
MAXIMUM_ALIGNMENT_LENGTH：读取长度
MISMATCHES_ALLOWED:读取长度的10%
允许的对齐：1
TREATMENT_OF_MULTIPLE_ALIGNMENTS：如果读取映射到多个位置，则将其从考虑中删除。
TREATMENT_OF_IDENTICAL_ALIGNMENTS_OF_MULTIPLE_READS：如果多个读取映射到+链上的同一开始位置或-链上的停止位置，则只保留一个读取。
ALIGNMENT_POSTPROCESSING:无
读取扩展：200bp
发布编号：人类表观基因组图谱8


质量分数：
地图编号：24217989
NUMBER_OF_H3K14ac_实验S_SCORED_IN_THIS_RELEASE:4
FINDPEAKS_芯：0.3594
查找EAKS_PERCENTILE:75
热点_范围：0.4285
热点百分比：75
IROC_核心：0.987
IROC_透视图：100
波松记分：0.5333
POISSON_PERCENTILE:75个
最大重复相关性：0.97

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分析文件名：GSM908946_UCSD。H1_BMP4_Derived_滋养细胞_Cultured_Cells。H3K14ac.公司。AY226.假发
分析中心：EDACC
分析ALIAS:renlab。H3K14ac.公司。BMP4T.02.01.hg19.级别.2.版本.8
分析标题：H1 BMP4衍生滋养层细胞培养细胞H3K14ac ChIP-Seq数据的原始信号密度图
分析描述：来自H1 BMP4衍生滋养层细胞培养库AY226的Illumina H3K14ac ChIP-Seq读取映射被处理成表示对齐读取密度的原始信号密度图。
分析类型：丰度_测量
EDACC发电机分析页面：http://genboree.org/java-bin/project.jsp？projectName=XML%20Submissions%2FEDACC%2FANALYSIS%2FEDACC.13621
数据分析_级别：2
实验类型：ChIP-Seq
GENOME_ASSEMBLY:NCBI构建GRCh37/UCSC构建hg19
软件：内部程序和脚本
软件版本：不适用
读取扩展：200bp
TREATMENT_OF_IDENTICAL_ALIGNMENTS_OF_MULTIPLE_READS：如果多个读取映射到+链上的同一开始位置或-链上的停止位置，则只保留一个读取。
GENOMIC_窗口：20bp
TREATMENT_OF_REGIONS_PRONE_TO_MULTIPLE_ALIGNMENTS：无
RELEASE_NUMBER：人类表观基因组图谱8
浏览器TRACK_NAME:HBDT H3K14ac 26
浏览器_TRACK_DESCRIPTION:UCSD H1 BMP4衍生滋养层培养细胞组蛋白H3K14ac库AY226 EA版本8


质量分数：
NUMBER_OF_MAPPED_READS编号：24217989
NUMBER_OF_H3K14ac_实验S_SCORED_IN_THIS_RELEASE:4
FINDPEAKS_芯：0.3594
查找EAKS_PERCENTILE:75
热点_核心：0.4285
热点百分比：75
IROC_核心：0.987
IROC_透视图：100
波松记分：0.5333
POISSON_PERCENTILE:75个
最大重复相关性：0.97

**********************************************************************
 
提交日期 2012年4月3日
上次更新日期 2019年5月15日
联系人姓名 UCSD和SALK
组织名称 加州大学圣地亚哥分校
街道地址 健康科学驱动
西蒂 拉乔拉
省/自治区 加利福尼亚州
邮政编码 92092
国家 美国
 
平台ID GPL11154号机组
系列（1）
GSE16256标准 UCSD人类参考表观基因组绘图项目
关系
SRA公司 SRX135217型
生物样品 SAMN00849450号
命名注释 GSM908946_UCSD。H1_BMP4衍生滋养层培养细胞。H3K14ac.公司。AY226.wig.gz公司

补充文件 尺寸 下载 文件类型/资源
GSM908946_UCSD。H1_BMP4衍生滋养层培养细胞。H3K14ac.公司。AY226.bed.gz号 361.2兆字节 （英尺/平方英尺）（http） 床
GSM908946_UCSD。H1_BMP4衍生滋养层培养细胞。H3K14ac.公司。AY226.wig.gz公司 38.3兆字节 （英尺/平方英尺）（http） 假发
SRA运行选择器帮助
SRA中有原始数据
作为补充文件提供的处理数据
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