GEO出版物 讲义 NAR 2024（最新） NAR 2002（原件） 所有出版物 常见问题解答 MIAME公司 发送电子邮件给GEO    美国国立生物技术信息中心>地理>登录显示 未登录|登录 GEO帮助：将鼠标悬停在屏幕元素上以获取信息。 范围：自我 站台 样品 系列 家庭   格式：HTML格式 柔软 MINiML公司   数量：简介 快  GEO加入：   样品GSM818024 GSM818024的查询数据集 状态 2011年10月15日公开 标题 参考表观基因组：神经前体细胞H3K18ac的ChIP-Seq分析；renlab公司。H3K18ac。2001年1月1日 样品类型 SRA公司   源名称 来自詹姆斯·汤姆森实验室的人类胚胎干细胞。细胞来自H1系并分化为神经祖细胞。；renlab公司。H3K18交流。NPC.01.01号 有机体 智人 特点 样品别名：NPC-05 样本通用名称：H1衍生神经祖细胞培养 分子：基因组DNA 疾病：无 生物材料供应商：詹姆斯·汤姆森实验室 biomaterial_type：细胞系 行：H1 血统：胚胎干细胞 分化阶段：胚胎干细胞分化为神经祖细胞 differention_method：正在发布 通道：27 媒体：正在发布 性别：男 批次：NPC-5 实验类型：组蛋白H3K18ac extraction_protocol：请参阅http://bioinformatics-renlab.ucsd.edu/RenLabChipProtocolV1.pdf 超声波发生器的提取协议类型：生物破坏者 提取_协议_声波周期：80 chip_protocol：请参阅http://bioinformatics-renlab.ucsd.edu/RenLabChipProtocolV1.pdf 芯片_协议_染色质_含量：500微克 chip_protocol_bead_type：磁性抗兔 芯片_协议_珠_数量：33500000 芯片_协议_抗体_含量：5微克 芯片_抗体：H3K18ac chip_antibody_provider:Abcam 芯片_车身_目录：ab1191 芯片_车身_零件：527530 提取的分子 基因组DNA 提取协议 库构建协议：参见http://bioinformatics-renlab.ucsd.edu/RenLabLibraryProtocolV1.pdf   图书馆战略 ChIP-Seq公司 库源 基因组学 库选择 炸薯条 仪器型号 Illumina HiSeq 2000公司   说明 示例term_id:CL_ 0000047 分析term_id:OBI_0000716 nucleic_acid_term_id:SO_0000352 设计描述：神经前体细胞中H3K18ac的ChIP-Seq分析。测序是在Illumina HiSeq 2000平台上完成的。 库名：AK254 EDACC Genboree实验页面： http://genboree.org/java-bin/project.jsp？projectName=XML%20Submissions%2FUCSD%2FEXPERIMENT%2FEDACC.10145 EDACC Genboree样本页： http://genboree.org/java-bin/project.jsp？projectName=XML%20Submissions%2FUCSD%2FSAMPLE%2FEDACC.10100 **************** 有关数据使用条款和条件，请参阅： http://www.drugabuse.gov/funding/funding-opportunities/nih-common-fund/epigenomics-data-access-policies **************** 数据处理 ********************************************************************** 分析文件名：GSM818024_UCSD。H1_衍生_神经元_发送者_培养_细胞。H3K18交流。254英镑 分析中心：EDACC 分析ALIAS:renlab。H3K18交流。NPC.01.01.hg19.级别.1.版本.6 分析标题：H1衍生的神经元祖细胞培养细胞组蛋白H3K18ac ChIP序列数据的映射 分析描述：利用Pash将组蛋白H3K18ac ChIP-Seq在H1衍生神经祖细胞培养细胞库AK254上产生的Illumina读数映射到人类基因组。 分析类型：参考_校准 EDACC发电机分析页面：http://genboree.org/java-bin/project.jsp？projectName=XML%20提交%2FEDACC%2FANALYSIS%2FEDAC.12382 数据分析_级别：1 实验类型：ChIP-Seq GENOME_ASSEMBLY:NCBI构建GRCh37/UCSC构建hg19 软件：Pash 软件版本：3.0 MAXIMUM_ALIGNMENT_LENGTH：读取长度 MISMATCHES_ALLOWED:读取长度的10% 允许的对齐：1 TREATMENT_OF_MULTIPLE_ALIGNMENTS：如果读取映射到多个位置，则将其从考虑中删除。 TREATMENT_OF_IDENTICAL_ALIGNMENTS_OF_MULTIPLE_READS：如果多个读取映射到+链上的同一开始位置或-链上的停止位置，则只保留一个读取。 ALIGNMENT_POSTPROCESSING:无 读取扩展：200bp 发布编号：人类表观基因组图谱6 质量分数： NUMBER_OF_MAPPED_READS编号：34899808 NUMBER_OF_H3K18ac_EXPERIMENTS_SCORED_IN_THIS_RELEASE:3号 查找EAKS_SCORE:0.0653 发现峰值百分比：33 热点_核心：0.136 热点百分比：33 IROC_核心：0.8621 IROC_透视图：33 波松记分：0.4045 POISSON_PERCENTILE:67点 最大重复相关性：不适用 ********************************************************************** 分析文件名：GSM818024_UCSD。H1_衍生_神经元_发送者_培养_细胞。H3K18交流。AK254.假发 分析中心：EDACC 分析ALIAS:renlab。H3K18交流。NPC.01.01.hg19.级别.2.版本.6 分析标题：H1衍生神经前体培养细胞组蛋白H3K18ac ChIP-Seq数据的原始信号密度图 分析描述：来自H1衍生神经祖细胞培养细胞库AK254的Illumina组蛋白H3K18ac ChIP-Seq读取映射被处理成表示对齐读取密度的原始信号密度图。 分析类型：丰度_测量 EDACC发电机分析页面：http://genboree.org/java-bin/project.jsp？projectName=XML%20Submissions%2FEDACC%2FANALYSIS%2FEDAC.12455 数据分析_级别：2 实验类型：ChIP-Seq GENOME_ASSEMBLY:NCBI构建GRCh37/UCSC构建hg19 软件：内部程序和脚本 软件版本：不适用 读取扩展：200bp TREATMENT_OF_IDENTICAL_ALIGNMENTS_OF_MULTIPLE_READS：如果多个读取映射到+链上的同一开始位置或-链上的停止位置，则只保留一个读取。 GENOMIC_窗口：20bp TREATMENT_OF_REGIONS_PRONE_TO_MULTIPLE_ALIGNMENTS：无 发布编号：人类表观基因组图谱6 浏览器TRACK_NAME:HDNP H3K18ac 54 浏览器_TRACK_DESCRIPTION:UCSD H1衍生神经祖细胞培养细胞组蛋白H3K18ac库AK254 EA Release 6 质量分数： NUMBER_OF_MAPPED_READS编号：34899808 NUMBER_OF_H3K18ac_EXPERIMENTS_SCORED_IN_THIS_RELEASE:3号 查找EAKS_SCORE:0.0653 查找EAKS_PERCENTILE:33 热点_范围：0.136 热点百分比：33 IROC_核心：0.8621 IROC_透视图：33 波松记分：0.4045 POISSON_PERCENTILE:67点 最大重复相关性：不适用 **********************************************************************   提交日期 2011年10月14日 上次更新日期 2019年5月15日 联系人姓名 UCSD和SALK 组织名称 加州大学圣地亚哥分校 街道地址 健康科学驱动 西蒂 拉乔拉 省/自治区 加利福尼亚州 邮政编码 92092 国家 美国   平台ID GPL11154号机组 系列（1） GSE16256标准 UCSD人类参考表观基因组绘图项目 关系 SRA公司 SRX101227型 生物样品 山姆00739303 命名注释 GSM818024_UCSD。H1_衍生_神经元_发送者_培养_细胞。H3K18交流。AK254.wig.gz公司 补充文件 尺寸 下载 文件类型/资源 GSM818024_UCSD。H1_衍生_神经元_发送者_培养_细胞。H3K18ac。AK254，每盎司 507.9兆字节 （英尺/平方英尺）（http） 床 GSM818024_UCSD。H1_衍生_神经元_发送者_培养_细胞。H3K18交流。AK254.wig.gz公司 39.8兆字节 （英尺/平方英尺）（http） 假发 SRA运行选择器 SRA中有原始数据 作为补充文件提供的处理数据 |国家土地管理局|国家卫生研究院|GEO帮助|免责声明|无障碍|