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| 状态 |
2024年4月9日公开 |
| 标题 |
患者IMF019 ROI 009 |
| 样品类型 |
SRA公司 |
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| 源名称 |
肺
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| 有机体 |
智人 |
| 特点 |
组织：肺
患者编号：IMF019
疾病：ES-SCLC
年龄：78岁
性别：男
吸烟状态：主动吸烟者
基线时的ecog性能状态：1
基线检查时的中枢神经系统转移：否
基线检查时的肝转移：否
基线骨转移：否
给予铂：卡铂
最佳治疗反应：部分反应
第一次给药日期：2020年4月8日
最后一次给药日期：2021年3月3日
疾病进展或疾病死亡：是
疾病进展或死亡：是
死亡：是的
疾病死亡：是
疾病进展或死亡日期：2021年3月3日
死亡日期：2021年8月27日
上次随访日期：2021年8月27日
治疗：阿替佐单抗+卡铂/顺铂+足叶乙甙
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| 提取的分子 |
总核糖核酸 |
| 提取协议 |
福尔马林固定组织石蜡包埋（FFPE），用切片机切取5mm组织切片。
根据GeoMx数字空间轮廓仪（DSP）NGS读出用户手册（MAN-10153-04）准备空间转录组测序库。
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| 图书馆战略 |
其他 |
| 库源 |
转录组学的 |
| 库选择 |
其他 |
| 仪器型号 |
NextSeq 2000（下一序列2000） |
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| 描述 |
IMF-019-020|009|几何段
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| 数据处理 |
使用Illumina NextSeq 2000仪器生成原始测序数据FASTQ文件。
使用GeoMx NGS Pipeline 3.1版软件处理原始测序数据FASTQ文件，以生成DCC文件。
DCC文件上传至GeoMx DSP仪器，以获取基因表达原始计数数据。
使用GeoMx数字空间剖面仪（DSP）软件对mRNA数据进行质量控制（QC）和Q3归一化。
装配：GRCh38.p13
补充文件格式和内容：.dcc和.pkc文件。
补充文件格式和内容：IMfirst_DSP_rawcounts.xlsx：基因表达原始计数数据。
补充文件格式和内容：IMfirst_DSP_normalizedcounts.xlsx：基因表达规范化计数数据。
补充文件格式和内容：.png：组织图像和ROI。
图书馆策略：空间转录组学
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| 提交日期 |
2024年3月11日 |
| 上次更新日期 |
2024年4月9日 |
| 联系人姓名 |
乔恩·祖加扎戈提亚 |
| 电子邮件 |
j.zugazagoitia.imas12@h12o.es
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| 组织名称 |
10月12日大学医院
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| 部门 |
医学肿瘤学
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| 门诊化验室 |
肿瘤微环境与免疫治疗
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| 街道地址 |
科尔多瓦大街
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| 西蒂 |
马德里 |
| 邮政编码 |
28041 |
| 国家 |
西班牙 |
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| 平台ID |
GPL30173标准 |
| 系列（1） |
| GSE261348标准 |
广泛期小细胞肺癌化疗免疫治疗结果的空间保留多区域转录组亚型和生物标记物[IMfirst_DSP队列] |
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| 关系 |
| 生物样品 |
SAMN40379789号 |
