|
| 状态 |
2024年4月5日公开 |
| 标题 |
深_Wk14D |
| 样品类型 |
SRA公司 |
| |
|
| 源名称 |
肺腺癌
|
| 有机体 |
小家鼠 |
| 特点 |
组织：肺腺癌
时间点：Wk14
电池类型：NA
基因型：KrasLSL-G12D/+；Trp53LSL-R172H/+
治疗：假的
|
| 治疗方案 |
在5-9周龄的小鼠中，通过鼻腔滴注Adeno-Cre-CMV病毒激活肿瘤。腺病毒感染后两周开始细菌或PBS滴注，然后每两周进行一次，共进行六次细菌滴注。在两个时间点处死小鼠，10周（5次滴注）或14周（6次滴注。
|
| 生长方案 |
克拉斯LSL-G12D/+；Trp53LSL-R172H/+（KP）小鼠从Jackson Laboratory（ME Bar Harbor）购买，并根据批准的NIH-NCI/CCR动物使用协议（#ASP-19-334）和生物安全协议（#19-51）在SPF条件下饲养
|
| 提取的分子 |
总核糖核酸 |
| 提取协议 |
RNA由Quick-DNA/RNA Miniprep试剂盒（Zymo Research）提取，质量由TapeStation（Agilent）测定。
1µg RNA富含多聚A，cDNA合成采用第一链随机六聚体逆转录。根据制造商的说明书（BGI），将适配器连接到cDNA上，然后闭合以形成单链环状DNA，并进行滚圈再定位以进行测序。
|
| |
|
| 图书馆战略 |
RNA-Seq号 |
| 库源 |
转录组学的 |
| 库选择 |
cDNA |
| 仪器型号 |
BGISEQ-500标准 |
| |
|
| 数据处理 |
原始读取被BGI管道SOAPnuke过滤。使用Bowtie2将清理后的读数映射到小鼠基因组mm10。
FPKM值是使用FPKM（）函数从DESeq2中的原始计数计算得出的。
装配：mm10
补充文件格式和内容：以制表符分隔的文本文件包含每个样本的FPKM值。
|
| |
|
| 提交日期 |
2024年2月27日 |
| 上次更新日期 |
2024年4月5日 |
| 联系人姓名 |
乔什·斯通 |
| 电子邮件 |
josh.stone@nih.gov, harrisc@nih.gov, khanm@mail.nih.gov
|
| 电话 |
240-760-7261
|
| 组织名称 |
国家癌症研究所
|
| 部门 |
中央控制室
|
| 门诊化验室 |
大型强子对撞机
|
| 街道地址 |
9000 Rockville派克
|
| 西蒂 |
贝塞斯达 |
| 省/自治区 |
医学博士 |
| 邮政编码 |
20892 |
| 国家 |
美国 |
| |
|
| 平台ID |
GPL23479型 |
| 系列（1） |
|
| 关系 |
| 生物样品 |
SAMN40178309标准 |
| SRA公司 |
SRX23770781型 |
