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| 状态 |
2023年11月22日公开 |
| 标题 |
H9C2，缺氧，模拟控制1 |
| 样品类型 |
SRA公司 |
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| 源名称 |
H9C2型
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| 有机体 |
褐家鼠 |
| 特点 |
细胞系：H9C2
细胞类型：心肌成肌细胞
治疗：模拟控制
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| 治疗方案 |
在70%汇合时，根据制造商的说明书转染25nmol/L模拟对照（MC）、miR-125b模拟物（miR-125b）或异miR，包括添加A（Plus A）、删除A（Trim A）、删除AG（Trim AG）和删除AGU（Trim AGU）。
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| 生长方案 |
H9C2细胞（一种大鼠心肌成肌细胞系）购自美国型培养物收藏中心（弗吉尼亚州马纳萨斯），并在添加10%（vol/vol）胎牛血清、2mM谷氨酰胺、100单位/ml青霉素和100 g/ml链霉素的Dulbecco改良Eagle's培养基（DMEM）中培养，37°C，5%CO2。
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| 提取的分子 |
总核糖核酸 |
| 提取协议 |
使用TRIzol试剂（Invitrogen，Thermo Fisher Scientific Inc，Singapore）提取H9C2的总RNA，然后进行DNase I处理。用纳米滴和生物分析仪测定RNA质量。
RNA-测序采用非串接poly-A文库方法。简单地说，使用多T寡核苷酸连接的磁珠从总RNA中纯化mRNA。片段化后，使用随机六聚体引物合成第一链cDNA，然后使用dTTP进行非定向文库的第二链cDNA合成。这是继图书馆建设之后的。用Qubit和实时PCR对文库进行定量检查，用生物分析仪检测大小分布。定量文库将在Illumina平台上根据有效文库浓度和数据量进行测序。
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| 图书馆战略 |
RNA-Seq号 |
| 库源 |
转录组学的 |
| 库选择 |
cDNA |
| 仪器型号 |
Illumina NovaSeq 6000公司 |
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| 说明 |
Hy_125bvsHy_MC_deg
Hy_MC_1
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| 数据处理 |
fastq格式的原始数据（原始读取）首先通过内部perl脚本进行处理。在这一步中，通过从原始数据中删除包含适配器的读取、包含ploy-N的读取和低质量的读取，可以获得干净的数据（干净的读取）。同时，计算了Q20、Q30和GC含量的清洁数据。所有下游分析均基于高质量的干净数据
将干净的读数映射到参考基因组或转录组是下一步分析的基础。我们使用HISAT2完成映射。如果只需要差异表达的重要基因，我们将读取结果直接映射到转录组。
来自所有样本的映射信息被组合并放置为常规StringTie汇编程序的输入。然后将组装好的转换与参考转录本进行比较，以确定它们是否有足够的差异，从而被认为是新颖的。
转录物的丰度直接反映了基因表达水平。在RNA-seq实验中，我们通过映射到基因组或外显子的转录物丰度（测序计数）来估计基因表达水平。读取数与基因表达水平、基因长度和测序深度成正比。FPKM（每百万碱基对中转录序列每千碱基预期片段数的缩写）是估计基因表达水平的最常用方法，它考虑了测序深度和基因长度对片段计数的影响。
差异基因表达分析的输入数据是从基因表达水平分析中读取计数。
集合：ensembly_rattus_norvegicus_rnor_6_0_gca_00001895_4
补充文件的格式和内容：xls文件包括带读取计数归一化的差异基因表达、模型依赖的pvalue估计和基于多假设检验的FDR值估计
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| 提交日期 |
2023年3月22日 |
| 上次更新日期 |
2023年11月22日 |
| 联系人姓名 |
李·李·王 |
| 电子邮件 |
mdcwll@nus.edu.sg
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| 组织名称 |
新加坡国立大学
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| 部门 |
医学
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| 门诊化验室 |
心血管研究所
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| 街道地址 |
医疗大道14号，08-01
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| 西蒂 |
新加坡 |
| 邮政编码 |
117599 |
| 国家 |
新加坡 |
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| 平台ID |
GPL25947型 |
| 系列（1） |
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| 关系 |
| 生物样品 |
SAMN33864250标准 |
| SRA公司 |
SRX19751344型 |
