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| 状态 |
2024年2月1日公开 |
| 标题 |
伪装 |
| 样品类型 |
SRA公司 |
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| 源名称 |
步行者256
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| 有机体 |
褐家鼠 |
| 特点 |
组织：脊髓细胞
注射细胞类型：静水压癌细胞
注射细胞系：Walker256
治疗：假手术
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| 生长方案 |
收集对数期Walker256细胞，用PBS洗涤3次。将细胞浓度调节为1×107cells/ml，并将0.5ml注入SD大鼠腹腔。9～12天后，腹水离心收集Walker 256细胞，将5μl（4×105细胞）细胞悬液注入胫骨下0.5cm的骨髓腔内，假手术组注射Walker 256-细胞煮沸20min，手术步骤同上。BCP组和假对照组各由3只动物组成，术后保存21天，随后麻醉并处死。
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| 提取的分子 |
总核糖核酸 |
| 提取协议 |
根据制造商的说明，使用Trizol（美国加利福尼亚州卡尔斯巴德生命科技公司）分离细胞总RNA，然后进行DNase I消化30分钟以去除基因组DNA
用RiboMinus试剂盒（生命技术公司）处理总RNA以去除核糖体RNA；RNAs与16单位RNase R（Sigma–Aldrich，St.Louis，MO，USA）在37℃孵育15分钟，以耗尽线性和丰富circRNAs；剩余的RNA被片段化，并使用随机引物和逆转录酶进行反转录；使用DNA聚合酶I和RNase H完成第二链cDNA合成。第六，使用Illumina系列KAPA文库制备试剂盒（KAPA Biosystems）进行末端修复、dA拖尾和适配器连接；使用尿嘧啶特异性切除试剂（USER）酶（新英格兰生物实验室）在37°C下消化dUTP标记的第二链30分钟；通过PCR扩增富集cDNA以创建最终cDNA文库。
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| 图书馆战略 |
RNA-Seq号 |
| 库源 |
转录组学的 |
| 库选择 |
cDNA |
| 仪器型号 |
Illumina NovaSeq 6000公司 |
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| 说明 |
circRNA-seq
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| 数据处理 |
Illumina CASAVA 1.8软件用于基本呼叫。
丢弃了含有20%以上低碱基质量或适配器序列污染读数的低质量。然后使用BWA mem比对模块将高质量的读数与参考基因组进行比对。基于以下过程，CIRI2软件使用CircRNA识别和表征。首先，在没有任何修剪的情况下，与基因组相邻排列的读数被丢弃。剩余的读数用于circRNA候选检测。接下来，提取终端序列（锚）并独立重新对齐，以找到唯一的锚位置。反向（头对尾）排列的锚表示circRNA剪接（反向剪接）。
以下标准用于筛选结果剪接事件：1）剪接位点两侧的GT/AG信号；2） 明确的断点检测；3） 扩展过程中不超过两个不匹配项；4） 断点位于锚内最多两个核苷酸；5） 支持头尾拼接接头的独立读取不到两个。
通过识别的反向拼接的读取映射计数由读取映射数（拼接标签读取/百万映射，TPM）进行标准化，这允许在两个circRNAs之间进行表达式比较。使用先前的统计模型对两个样本进行差异表达分析。使用Benjamini和Hochberg的方法调整产生的P值，以控制错误发现率。调整后P值<0.05的CircRNA被指定为差异表达。
装配：rn6
补充文件格式和内容：以制表符分隔的文本文件包括每个示例的TPM值
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| 提交日期 |
2023年2月2日 |
| 上次更新日期 |
2024年2月1日 |
| 联系人姓名 |
陈伟芬 |
| 电子邮件 |
chenwf0927@gmail.com
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| 电话 |
13713896659
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| 组织名称 |
Forevergen公司
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| 街道地址 |
国际生物科技岛标准地产3单元1号楼4楼
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| 西蒂 |
广州 |
| 邮政编码 |
510300 |
| 国家 |
中国 |
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| 平台ID |
GPL25947型 |
| 系列（1） |
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| 关系 |
| 生物样品 |
SAMN33023695号 |
| SRA公司 |
SRX19263487型 |
