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样品GSM667613 GSM667613的查询数据集
状态 2011年3月23日公开
标题 参考表观基因组：hESC H9细胞中H2BK5ac的ChIP-Seq分析；renlab公司。H2BK5ac.hESC。H9.02.01版
样品类型 SRA公司
 
源名称 来自詹姆斯·汤普森实验室的人类胚胎干细胞。细胞来自H9系。；renlab公司。H2BK5ac.hESC。H9.02.01版
有机体 智人
特点 样品别名：H9-02
样本通用名：H9 Cell Line
分子：基因组DNA
疾病：无
生物材料供应商：詹姆斯·汤普森实验室
biomaterial_type：细胞系
线路：H9
血统：胚胎干细胞
differentiation_stage：无
区分方法：无
通道：30至50
介质：mTeSER
性别：女性
批次：H9
实验类型：组蛋白H2BK5ac
extraction_protocol：请参阅http://bioinformatics-renlab.ucsd.edu/RenLabChipProtocolV1.pdf
超声波发生器的提取协议类型：生物破坏者
提取_协议_声波周期：80
chip_protocol：请参阅http://bioinformatics-renlab.ucsd.edu/RenLabChipProtocolV1.pdf
芯片_协议_染色质_含量：500微克
chip_protocol_bead_type：磁性抗兔
芯片_协议_珠_数量：33500000
芯片_协议_抗体_含量：5微克
芯片_抗体：H2BK5ac
chip_antibody_provider:活动Motif
芯片_实体_目录：39123
芯片_车身_零件：229
提取的分子 基因组DNA
提取协议 库构建协议：参见http://bioinformatics-renlab.ucsd.edu/RenLabLibraryProtocolV1.pdf
 
图书馆战略 ChIP-Seq公司
库源 基因组学
库选择 炸薯条
仪器型号 Illumina HiSeq 2000公司
 
说明 示例term_id:NTR_0000838
分析term_id:OBI_0000716
nucleic_acid_term_id:SO_0000352
设计说明：人胚胎干细胞H9细胞中H2BK5ac的ChIP-Seq分析。测序是在Illumina HiSeq 2000平台上完成的。
库名：AK29
EDACC Genboree实验页面：
http://genboree.org/java-bin/project.jsp？projectName=XML%20Submissions%2FUCSD%2FEDUMEMENT%2FEDACC.5957
EDACC Genboree样本页：
http://genboree.org/java-bin/project.jsp？projectName=XML%20Submissions%2FUCSD%2FSAMPLE%2FEDACC.4286
****************
有关数据使用条款和条件，请参阅：
http://www.drugabuse.gov/funding/funding-opportunities/nih-common-fund/epigenomics-data-access-policies
****************
数据处理 **********************************************************************

分析文件名：GSM667613_UCSD。H9.H2BK5ac.公司。AK29.床
分析中心：EDACC
分析ALIAS:renlab。H2BK5ac.hESC。H9.02.01.hg19.级别.1版本.3
分析标题：H9细胞系组蛋白H2BK5ac ChIP-Seq数据的映射
分析描述：使用Pash将H9细胞系AK29文库上组蛋白H2BK5ac ChIP Seq产生的Illumina读数映射到人类基因组。
分析类型：参考_校准
EDACC发电机分析页面：http://genboree.org/java-bin/project.jsp？projectName=XML%20提交%2FEDACC%2FANALYSIS%2FEDAC.6287
数据分析_级别：1
实验类型：ChIP-Seq
GENOME_ASSEMBLY:NCBI构建GRCh37/UCSC构建hg19
软件：Pash
软件版本：3.0
MAXIMUM_ALIGNMENT_LENGTH：读取长度
MISMATCHES_ALLOWED:读取长度的10%
允许的对齐：1
TREATMENT_OF_MULTIPLE_ALIGNMENTS：如果读取映射到多个位置，则将其从考虑中删除。
TREATMENT_OF_IDENTICAL_ALIGNMENTS_OF_MULTIPLE_READS：如果多个读取映射到+链上的同一开始位置或-链上的停止位置，则只保留一个读取。
ALIGNMENT_POSTPROCESSING:无
读取扩展：200bp
发布编号：人类表观基因组图谱3


质量分数：
NUMBER_OF_H2BK5ac_实验S_SCORED_IN_THIS_RELEASE:2
查找EAKS_SCORE:0.0072
查找EAKS_PERCENTILE:50
热点_范围：0.0367
热点百分比：50
IROC_核心：0.0
IROC_PERCENTILE:50
波松记分：0.1114
POISSON_PERCENTILE:50点

**********************************************************************

分析文件名：GSM667613_UCSD。H9.H2BK5ac.公司。AK29.wig公司
分析中心：EDACC
分析ALIAS:renlab。H2BK5ac.hESC。H9.02.01.hg19.级别.2.版本.3
分析标题：H9细胞系组蛋白H2BK5ac ChIP-Seq数据的原始信号密度图
分析描述：来自库AK29 H9细胞系的Illumina组蛋白H2BK5ac ChIP-Seq读取映射被处理成原始信号的密度图，表示对齐的读取密度。
分析类型：丰度_测量
EDACC发电机分析页面：http://genboree.org/java-bin/project.jsp？projectName=XML%20Submissions%2FEDACC%2FANALYSIS%2FEDAC.6629
数据分析_级别：2
实验类型：ChIP-Seq
GENOME_ASSEMBLY:NCBI构建GRCh37/UCSC构建hg19
软件：内部程序和脚本
软件版本：不适用
读取扩展：200bp
TREATMENT_OF_IDENTICAL_ALIGNMENTS_OF_MULTIPLE_READS：如果多个读取映射到+链上的同一开始位置或-链上的停止位置，则只保留一个读取。
GENOMIC_窗口：20bp
TREATMENT_OF_REGIONS_PRONE_TO_MULTIPLE_ALIGNMENTS：无
发布编号：人类表观基因组图谱3
浏览器TRACK_NAME:H9 H2BK5ac 29
浏览器_TRACK_DESCRIPTION:UCSD H9细胞系组蛋白H2BK5ac库AK29 EA版本3


质量分数：
NUMBER_OF_H2BK5ac_实验S_SCORED_IN_THIS_RELEASE:2
查找EAKS_SCORE:0.0072
查找EAKS_PERCENTILE:50
热点_核心：0.0367
热点百分比：50
IROC_核心：0.0
IROC_PERCENTILE:50
波松记分：0.1114
POISSON_PERCENTILE:50点

**********************************************************************
 
提交日期 2011年2月3日
上次更新日期 2019年5月15日
联系人姓名 UCSD和SALK
组织名称 加州大学圣地亚哥分校
街道地址 健康科学驱动
西蒂 拉乔拉
省/自治区 加利福尼亚州
邮政编码 92092
国家 美国
 
平台ID GPL11154号机组
系列（1）
GSE16256标准 UCSD人类参考表观基因组绘图项目
关系
SRA公司 SRX056725型
生物样品 SAMN00117209标准
命名注释 GSM667613_UCSD。H9.H2BK5ac.公司。AK29.wig.gz公司

补充文件 尺寸 下载 文件类型/资源
GSM667613_UCSD。H9.H2BK5ac.公司。AK29.bed.gz（AK29.床位.gz） 531.5兆字节 （英尺/平方英尺）（http） 床
GSM667613_UCSD。H9.H2BK5ac.公司。AK29.wig.gz公司 53.1兆字节 （英尺/平方英尺）（http） 假发
SRA运行选择器帮助
SRA中有原始数据
作为补充文件提供的处理数据
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