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| 状态 |
2011年12月2日公开 |
| 标题 |
血样_2mg二氧化硅，暴露后0周_rep4 |
| 样品类型 |
核糖核酸 |
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| 源名称 |
2mg/m3二氧化硅，暴露后0周大鼠100血
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| 有机体 |
褐家鼠 |
| 特点 |
菌株：CDF Fisher 344
性别：男
年龄：3个月
组织：血液
处理：2mg二氧化硅
时间：暴露后0周
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| 治疗方案 |
通过吸入（1、2或15 mg/m3，每天6小时，5天）将大鼠暴露于空气（对照）或结晶二氧化硅中。在最后一次二氧化硅暴露后16小时，处死暴露于1或2 mg/m3、6小时/天、5天的大鼠和相应的对照组。在暴露后0、1、2、4、8和16周的时间间隔内，处死暴露于15 mg/m3、6小时/天、5天的大鼠和相应的对照组。
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| 生长方案 |
老鼠被安置在西弗吉尼亚州摩根敦国家职业安全与健康研究所（NIOSH）的动物设施中。动物被置于受控的光照（12小时的明暗循环）、温度（72±50华氏度）和湿度（50±20%）下，可以自由获取食物和水。
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| 提取的分子 |
总核糖核酸 |
| 提取协议 |
按照试剂盒制造商提供的方案，使用小鼠RibopureTM血液分离试剂盒（Ambion Inc，Austin，TX）从血样中分离出总RNA。按照供应商的建议，用RNase-freed DNase消化分离的总RNA，并使用RNeasy Mini试剂盒（加利福尼亚州巴伦西亚Qiagen Inc）进一步纯化。使用GlobinclearTM–小鼠/大鼠珠蛋白mRNA去除试剂盒（Ambion Inc，Austin，TX）去除血液RNA样本中大量存在的珠蛋白mRNA。
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| 标签 |
生物素
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| 标签协议 |
通过使用Illumina TotalPrep RNA扩增试剂盒（Ambion，Inc，Austin，TX）从375 ng RNA样本中生成生物素标记的cRNA。
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| 杂交协议 |
利用Illumina，Inc（加利福尼亚州圣地亚哥）提供的材料和方案，将每个标记的cRNA样品与RatRef-12 v1.0表达芯片（Illuminia，Inc）在580℃下杂交20小时。杂交后，清洗微阵列以去除未结合和非特异性杂交的靶分子，并用Cy3-链霉亲和素结合物染色（Illumina，Inc）。随后进行非严格洗涤以除去未结合的缀合物。
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| 扫描协议 |
按照制造商提供的协议，使用Illumina BeadStation 500平台对阵列进行扫描（Illuminia，Inc，San Diego，CA）。
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| 描述 |
微阵列的标记和杂交在西弗吉尼亚州莫根敦的国家职业安全与健康研究所（NIOSH）进行，扫描在宾夕法尼亚州匹兹堡的阿列格尼-辛格研究所基因组科学中心进行。
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| 数据处理 |
使用Illumina的BeadStudio软件（框架版本3.0.19.0）提取阵列数据。使用“lumi”和“limma”软件包在R/Bioconductor中对表达数据进行归一化和统计分析。“lumi”Bioconductor软件包涵盖了数据输入、质量控制、强制正背景校正、方差稳定、标准化和基因注释(http://bioconductor.org/packages/2.2/bioc/vignettes/lumi/inst/doc/lumi.pdf). 使用稳健的样条归一化来生成矩阵表中的值。归一化后，Lumi代码删除未检测到的基因，从而产生阵列上检测到的一个子集基因。使用R中的“limma”包进行线性模型分析，以确定差异表达基因。计算p值，并将对数折叠变化转换为标准折叠变化。使用Benjamini-Hochberg方法对产生的原始p值进行错误发现率校正。
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| 提交日期 |
2011年2月2日 |
| 上次更新日期 |
2011年12月2日 |
| 联系人姓名 |
拉金德兰·塞拉穆图 |
| 电子邮件 |
rajsella@indiana.edu
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| 组织名称 |
国家职业安全与健康研究所
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| 部门 |
持有
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| 门诊化验室 |
分子致癌作用
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| 街道地址 |
威洛代尔路1095号
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| 西蒂 |
摩根敦 |
| 省/自治区 |
WV公司 |
| 邮政编码 |
26505 |
| 国家 |
美国 |
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| 平台ID |
GPL6101标准 |
| 系列（1） |
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