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| 状态 |
2011年5月11日公开 |
| 标题 |
LBJ070型 |
| 样品类型 |
核糖核酸 |
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| 源名称 |
乳腺癌，样本LBJ/IN/GEI-LBJ070
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| 有机体 |
智人 |
| 特点 |
样品编号：LBJ070
来源：LBJ/IN/GEI
年龄：38.0
er状态_ihc:P
pr_状态_ihc:P
her2_状态：N
临床_阶段：T3
临床_日常_状态：N0
临床_临床_阶段：IIB
等级：3
病理学应答_pcr_rd:rd
病理学应答类别：rcb-II
drfs_1_event_0_传感器：0
drfs事件时间年份：4.02190280629706
type_taxane：紫杉醇
esr1_s状态：P
erbb2_状态：N
set_class：设置-低
化学敏感性_预测：Rx敏感性
ggi_class：高
pam50_class:Her2
dlda30_预测：RD
rcb_0_i_prediction:rcb-0/i
组织：乳腺癌肿瘤
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| 治疗方案 |
患者前瞻性地同意在任何系统治疗之前通过细针抽吸（FNA）或核心活检（CBX）进行研究活检，并同意未来评估病理反应和/或生存终点
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| 提取的分子 |
总核糖核酸 |
| 提取协议 |
使用Qiagen-Rneasy柱从组织中提取总RNA
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| 标签 |
生物素
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| 标签协议 |
使用单轮T7扩增产生生物素标记的cRNA用于杂交。cRNA合成需要至少1 ug的RNA。
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| 杂交协议 |
在片段化后，在46℃下将10 ug cRNA在Affymetrix U133A阵列上杂交过夜。基因芯片在Affymetrix Fluidics Station 400中清洗和染色。
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| 扫描协议 |
使用诊断级Affymetrix扫描仪3000DX扫描基因芯片
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| 数据处理 |
使用Affymetrix默认分析设置，使用Microarray Suite 5.0版（MAS 5.0）量化探针强度。使用全局缩放对CEL文件进行规范化，使用simpleafy包中的MAS5算法将每个阵列的修剪平均目标强度任意设置为600(http://bioconductor.org/packages/2.4/bioc/html/simpleaffy.html).
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| 提交日期 |
2010年11月1日 |
| 上次更新日期 |
2022年6月6日 |
| 联系人姓名 |
克里斯托斯·哈齐斯 |
| 电子邮件 |
christos@nuverabio.com
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| 电话 |
781-938-3830
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| 统一资源定位地址 |
网址：http://www.nuverabio.com
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| 组织名称 |
努维拉生物科学公司
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| 街道地址 |
西卡明斯公园400号5350室
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| 西蒂 |
沃本 |
| 省/自治区 |
妈妈 |
| 邮政编码 |
01801 |
| 国家 |
美国 |
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| 平台ID |
GPL96型 |
| 系列（2） |
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| 关系 |
| 重新分析人 |
GSE205568标准 |
