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状态 |
2011年5月11日公开 |
标题 |
M647型 |
样品类型 |
核糖核酸 |
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源名称 |
乳腺癌,样本MDACC-M647
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有机体 |
智人 |
特点 |
样品编号:M647 来源:MDACC 年龄:65.0 er状态_ihc:N pr_status_ihc:N her2_状态:N er_status_ihc_esr1_表示不确定:N 临床_阶段:T3 临床nodal_status:N1 临床_临床_阶段:IIIA 等级:3 病理学应答_pcr_rd:rd 病理学应答类别:rcb-III drfs_1_event_0_censored:1 drfs_even_time_years年数:0.797 esr1_s状态:P erbb2_状态:N set_class:设置-低 化学敏感性预测:Rx不敏感 ggi_class:高 pam50_class:基本 dlda30_预测:RD rcb_0_i_prediction:rcb-0/i
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治疗方案 |
患者前瞻性地同意在任何系统治疗之前通过细针抽吸(FNA)或核心活检(CBX)进行研究活检,并同意未来评估病理反应和/或生存终点
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提取的分子 |
总核糖核酸 |
提取协议 |
使用Qiagen-Rneasy柱从组织中提取总RNA
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标签 |
生物素
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标签协议 |
使用单轮T7扩增产生生物素标记的cRNA用于杂交。cRNA合成需要至少1 ug的RNA。
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杂交协议 |
在片段化后,在46℃下将10 ug cRNA在Affymetrix U133A阵列上杂交过夜。基因芯片在Affymetrix Fluidics Station 400中清洗和染色。
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扫描协议 |
使用诊断级Affymetrix扫描仪3000DX扫描基因芯片
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数据处理 |
使用Affymetrix默认分析设置,使用Microarray Suite 5.0版(MAS 5.0)量化探针强度。使用全局缩放对CEL文件进行规范化,使用simpleafy包中的MAS5算法将每个阵列的修剪平均目标强度任意设置为600(http://bioconductor.org/packages/2.4/bioc/html/simpleaffy.html).
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提交日期 |
2010年11月1日 |
上次更新日期 |
2022年6月6日 |
联系人姓名 |
克里斯托斯·哈齐斯 |
电子邮件 |
christos@nuverabio.com
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电话 |
781-938-3830
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统一资源定位地址 |
网址:http://www.nuverabio.com
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组织名称 |
努维拉生物科学公司
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街道地址 |
西卡明斯公园400号5350室
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西蒂 |
沃本 |
省/自治区 |
妈妈 |
邮政编码 |
01801 |
国家 |
美国 |
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平台ID |
GPL96型 |
系列(2) |
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关系 |
重新分析人 |
GSE205568标准 |