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| 状态 |
2010年12月15日公开 |
| 标题 |
NEC_p300型 |
| 样品类型 |
SRA公司 |
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| 源名称 |
来源于H9 ESC的神经外胚层球细胞（NEC）
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| 有机体 |
智人 |
| 特点 |
细胞系：NEC
芯片抗体：p300
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| 治疗方案 |
使用先前描述的分化方案21将hESCs分化为hNEC。简而言之，用2mg/ml胶原酶培养人胚胎干细胞。分离后，将细胞置于NEC分化培养基中：1:1神经基底培养基/D-MEM F-12培养基（Invitrogen）、0.5x B-27补充剂减去维生素A（50x库存，Invitrogen）、0.5 x N-2补充剂（100x库存，Invitrogen，0.1µg/ml重组人NOGGIN（Peprotech），1份谷氨酰胺-I补充剂（100份库存，Invitrogen）。细胞分化7天，每隔一天更换培养基。
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| 生长方案 |
hESCs（H9系，Wi-Cell）在StemCell技术的无饲养者、无血清培养基mTESR-1中扩增。细胞每5-6天以1:7的比例传代，与accutase（Invitrogen）长时间孵育，随后将生成的小细胞簇重新涂覆在涂有生长因子减少基质凝胶（BD biosciences）的组织培养皿上过夜。通过评估一组hESC标记物（例如碱性磷酸酶，OCT4）的表达和分化为来自三个胚层的细胞类型的能力，定期检测hESCs的质量。
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| 提取的分子 |
基因组DNA |
| 提取协议 |
从声波核中澄清裂解物，并用抗体分离出ChIP-DNA复合物。文库是根据Illumina公司随DNA样本试剂盒（零件号0801-0303）提供的说明准备的。简言之，使用T4 DNA聚合酶、大肠杆菌DNA Pol I大片段（Klenow聚合酶）和T4多核苷酸激酶组合对DNA进行最终修复。用Klenow片段（32到52个外显子负）和dATP处理钝的磷酸化末端，以产生一个突出的3-“a”碱基，用于结扎Illumina的适配器，该适配器在3”末端有一个“T”碱基悬垂。连接适配器后，在琼脂糖凝胶上选择200-700 bp的DNA大小。然后用Illumina引物对分离的DNA进行18个周期的PCR扩增。纯化的DNA被捕获在Illumina流式细胞上以生成簇。根据制造商的协议，在基因组分析仪上对文库进行测序。
使用的抗体：p300：圣克鲁斯生物技术公司（sc-585）。批号K1609BRG1：克隆JA1，来自G.CrabtreeH3K4me1博士的礼物：Abcam（ab8895），批号730178H3K27ac：Abcam（ab4729），批号#733245H3K17me3：Active Motif（39536）批号09508002H3K4me3：Active Motif（39 159）批号01609004
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| 图书馆战略 |
ChIP-Seq公司 |
| 库源 |
基因组学 |
| 库选择 |
炸薯条 |
| 仪器型号 |
基因组分析仪 |
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| 描述 |
ChIP对p300
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| 数据处理 |
所有序列均通过ELAND软件（Illumina Inc）使用hg18人类基因组组装图绘制，并通过QuEST 2.4软件进行分析（Valouev等人（2008））。ChIP-seq富集区是根据QuEST建议使用设置来确定的。Valouev，A.等人。基于ChIP-Seq数据的转录因子结合位点的全基因组分析。Nat方法5829-834（2008）。
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| 提交日期 |
2010年9月29日 |
| 上次更新日期 |
2019年5月15日 |
| 联系人姓名 |
阿尔瓦罗·拉达 |
| 电子邮件 |
阿尔瓦罗@stanford.edu
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| 组织名称 |
斯坦福大学
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| 部门 |
化学与系统生物学
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| 门诊化验室 |
威索卡实验室
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| 街道地址 |
CCSR大楼校园路269号
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| 西蒂 |
斯坦福大学 |
| 省/自治区 |
加利福尼亚州 |
| 邮政编码 |
94305 |
| 国家 |
美国 |
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| 平台ID |
GPL9052型 |
| 系列（1） |
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| 关系 |
| SRA公司 |
SRX027490型 |
| 生物样品 |
SAMN00113798标准 |
