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| 状态 |
2021年7月22日公开 |
| 标题 |
FZ-2C-3型 |
| 样品类型 |
SRA公司 |
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| 源名称 |
来自新鲜猪克隆合子的2细胞
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| 有机体 |
苏斯克罗法 |
| 特点 |
样本类型：合子
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| 治疗方案 |
在化学激活后的以下时间点收集植入前发育各阶段的克隆胚胎：2细胞24小时（每个池4个），4细胞48小时（每个库2个），囊胚144小时（每个池1个）。
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| 增长协议 |
重组克隆胚胎在PZM-3中清洗三次，然后在上述条件下在相同的培养基中培养。
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| 提取的分子 |
总核糖核酸 |
| 提取协议 |
按照制造商的程序，使用Trizol试剂（Invitrogen，CA，USA）提取总RNA
根据TruSeq small RNA Sample Prep Kits（Illumina，San Diego，CA，USA）的方案，使用约5µg总RNA制备九个小RNA库。然后，Illumina Hiseq 2500按照供应商推荐的方案在LC-BIO对这些库进行测序。原始读取经过内部程序ACGT101-miR（LC Sciences，Houston，Texas，USA）处理，以去除适配器二聚体、垃圾、低复杂性、常见RNA家族（rRNA、tRNA、snRNA、snoSnoRNA）和重复。
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| 图书馆战略 |
RNA-Seq号 |
| 库源 |
转录组学的 |
| 库选择 |
cDNA |
| 仪器型号 |
Illumina HiSeq 2500公司 |
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| 数据处理 |
将这些胚胎转移到细胞裂解缓冲液中，立即冷冻在液氮中并储存在−80°C下。按照制造商的说明，使用SMART-Seq v4超低输入RNA试剂盒（美国塔卡拉生物公司，加利福尼亚州山景城，美国）生成全长cDNA。
简单地说，使用3'SMART-Seq CDS引物II A和SMART-Seq v4寡核苷酸合成第一链cDNA，然后通过LD-PCR进行cDNA扩增。然后将扩增的cDNA固定在AMPure XP珠上进行纯化，并在安捷伦2100生物分析仪上使用安捷伦高灵敏度DNA试剂盒进行验证（安捷伦科技，加利福尼亚州，美国）。
使用Illumina Nextera XT DNA样品制备试剂盒（Illuminia，San Diego，CA，USA）从等量的cDNA样品中生成文库制备，并在安捷伦2100生物分析仪中评估文库质量。
RNA-Seq由LC-BioSciences（中国杭州）在Illumina Novaseq™6000平台（Illuminia，San Diego，CA，USA）上以150 bp配对输入配置进行。
首先，Cutadapt删除了包含适配器污染、低质量底座和未确定底座的读数(https://code.google.com/p/cutadapt网站/). 然后是FastQC(http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/)用于验证序列质量。干净的读数被映射到Sus scrofa和Bowtie2的基因组数据(http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml)和Hisat2(https://daehwankimlab.github.io/hisat2/)，然后使用StringTie组装每个样本的映射读取(http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/). 最后，合并所有转录组以使用Perl脚本重建综合转录组。
补充文件_format_and_content:excel，表达式配置文件
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| 提交日期 |
2021年7月15日 |
| 上次更新日期 |
2021年7月22日 |
| 联系人姓名 |
德彩香 |
| 电子邮件 |
askalm@sina.com
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| 组织名称 |
云南省畜牧兽医研究所
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| 街道地址 |
青龙山
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| 西蒂 |
昆明 |
| 邮政编码 |
650224 |
| 国家 |
中国 |
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| 平台ID |
9176英镑 |
| 系列（1） |
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| 关系 |
| 生物样品 |
SAMN20253262标准 |
| SRA公司 |
SRX11475640型 |
