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样品GSM521908 GSM521908的查询数据集
状态 2010年3月22日公开
标题 参考表观基因组：IMR90细胞H3K79me1的ChIP-Seq分析；renlab公司。H3K79me1.IMR90-04.01
样品类型 SRA公司
 
源名称 IMR90细胞系，生物复制2；renlab公司。H3K79me1.IMR90-04.01
有机体 智人
特点 分子：基因组DNA
疾病：无
生物材料供应商：ATCC
biomaterial_type：细胞系
行：IMR90
血统：NA
批次：7
分化_阶段：胎肺成纤维细胞
区分方法：不适用
通道：NA
培养基：最低基本培养基，Eagle with Earle’s Balanced Salt Solution，补充10%胎牛血清（FBS），1%Pen/Strep（青霉素、链霉素），1%谷氨酰胺Max（稳定形式的谷氨酰胺）
性别：女性
实验类型：组蛋白H3K79me1
extraction_protocol：请参阅http://bioinformatics-renlab.ucsd.edu/RenLabChipProtocolV1.pdf
超声波发生器的提取协议类型：生物破坏者
提取_协议_声波周期：240
chip_protocol：请参阅http://bioinformatics-renlab.ucsd.edu/RenLabChipProtocolV1.pdf
芯片_协议_染色质_含量：500微克
chip_protocol_bead_type：磁性抗兔
芯片_协议_珠_数量：33500000
芯片_协议_抗体_含量：5微克
芯片_抗体：H3K79me1
chip_antibody_provider:Abcam
芯片antibody_catalog:ab2886
芯片_车身_零件：679856
提取的分子 基因组DNA
提取协议 库构建协议：参见http://bioinformatics-renlab.ucsd.edu/RenLabLibraryProtocolV1.pdf
 
图书馆战略 ChIP-Seq公司
库源 基因组学
库选择 炸薯条
仪器型号 Illumina基因组分析仪II
 
说明 sample_term_id:EFO_0001196
分析term_id:OBI_0000716
nucleic_acid_term_id:SO_0000352
设计说明：IMR90细胞中H3K79me1的ChIP-Seq分析。在Illumina GAII平台上进行测序。
库名：YL145
EDACC Genboree实验页面：
http://genboree.org/java-bin/project.jsp？projectName=XML%20Submissions%2FUCSD%2FEXPERIMENT%2FEDACC.2081
EDACC Genboree样本页：
http://genboree.org/java-bin/project.jsp？projectName=XML%20提交%2FUCSD%2FSAMPLE%2FEDACC.2046
****************
有关数据使用条款和条件，请参阅：
http://www.drugabuse.gov/funding/funding-opportunities/nih-common-fund/epigenomics-data-access-policies
****************
数据处理 **********************************************************************

分析文件名：GSM521908_UCSD。IMR90.H3K79me1.YL145.bed标准
分析中心：EDACC
分析ALIAS:renlab。H3K79me1.IMR90-04.01.hg19.等级.1
分析标题：IMR90细胞系组蛋白H3K79me1 ChIP-Seq数据的映射
分析描述：使用Pash将组蛋白H3K79me1 ChIP-Seq在IMR90细胞株YL145文库中产生的Illumina读数映射到人类基因组。
分析类型：参考_校准
EDACC发电机分析页面：http://genboree.org/java-bin/project.jsp？projectName=XML%20Submissions%2FEDACC%2FANALYSIS%2FEDACC.5152
数据分析_级别：1
实验类型：ChIP-Seq
GENOME_ASSEMBLY:NCBI构建GRCh37/UCSC构建hg19
软件：Pash
软件版本：3.0
MAXIMUM_ALIGNMENT_LENGTH：读取长度
MISMATCHES_ALLOWED:读取长度的10%
允许的对齐：1
TREATMENT_OF_MULTIPLE_ALIGNMENTS：如果读取映射到多个位置，则将其从考虑中删除。
TREATMENT_OF_IDENTICAL_ALIGNMENTS_OF_MULTIPLE_READS：如果多个读取映射到+链上的同一开始位置或-链上的停止位置，则只保留一个读取。
ALIGNMENT_POSTPROCESSING:无
读取扩展：200bp
发布编号：人类表观基因组图谱2


质量分数：
NUMBER_OF_H3K79me1_实验_评分：7
查找EAKS_SCORE:0.5501
查找EAKS_PERCENTILE:57
热点_核心：0.3555
热点百分比：86
IROC_核心：0.9774
IROC_PERCENTILE:57
波松记分：0.644
POISSON_PERCENTILE:57点

**********************************************************************

分析文件名：GSM521908_UCSD。IMR90.H3K79me1.YL145.假发
分析中心：EDACC
分析ALIAS:renlab。H3K79me1.IMR90-04.01.hg19.等级.2
分析标题：IMR90细胞系组蛋白H3K79me1 ChIP-Seq数据的原始信号密度图
分析描述：来自IMR90细胞系YL145文库的Illumina组蛋白H3K79me1 ChIP-Seq读取映射被处理成原始信号的密度图，表示对齐的读取密度。
分析类型：丰度_测量
EDACC发电机分析页面：http://genboree.org/java-bin/project.jsp？projectName=XML%20Submissions%2FEDACC%2FANALYSIS%2FEDAC.4450
数据分析_级别：2
实验类型：ChIP-Seq
GENOME_ASSEMBLY:NCBI构建GRCh37/UCSC构建hg19
软件：内部程序和脚本
软件版本：不适用
读取扩展：200bp
TREATMENT_OF_IDENTICAL_ALIGNMENTS_OF_MULTIPLE_READS：如果多个读取映射到+链上的同一开始位置或-链上的停止位置，则只保留一个读取。
GENOMIC_窗口：20bp
TREATMENT_OF_REGIONS_PRONE_TO_MULTIPLE_ALIGNMENTS：无
发布编号：人类表观基因组图谱2
浏览器TRACK_NAME:IMR90 H3K79me1 45
浏览器_TRACK_DESCRIPTION:UCSD IMR90细胞系组蛋白H3K79me1库YL145 EA版本2


质量分数：
NUMBER_OF_H3K79me1_实验_评分：7
FINDPEAKS_SCORE:0.5501
查找EAKS_PERCENTILE:57
热点_范围：0.3555
热点百分比：86
IROC_核心：0.9774
IROC_PERCENTILE:57
POISSON_SCORE:0.644分
POISSON_PERCENTILE:57点

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提交日期 2010年3月12日
上次更新日期 2019年5月15日
联系人姓名 UCSD和SALK
组织名称 加州大学圣地亚哥分校
街道地址 健康科学驱动
西蒂 拉乔拉
省/自治区 加利福尼亚州
邮政编码 92092
国家 美国
 
平台ID GPL9115型
系列（1）
GSE16256标准 UCSD人类参考表观基因组绘图项目
关系
SRA公司 SRX017527型
生物样品 SAMN00009765号
命名注释 GSM521908_UCSD。IMR90.H3K79me1.YL145.wig.gz型

补充文件 尺寸 下载 文件类型/资源
GSM521908_UCSD。IMR90.H3K79me1.YL145.bed.gz标准 194.0兆比特 （英尺/平方英尺）（http） 床
GSM521908_UCSD。IMR90.H3K79me1.YL145.wig.gz型 30.8兆字节 （英尺/平方英尺）（http） 假发
SRA运行选择器帮助
作为补充文件提供的处理数据
SRA中有原始数据
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