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状态 |
2010年8月1日公开 |
标题 |
colon_young_PPB_3 |
样品类型 |
核糖核酸 |
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源名称 |
PPB饮食1年后1年的结肠组织
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有机体 |
家犬 |
特点 |
组织:结肠 年龄:1岁 饮食:基于植物蛋白 品种:比格犬 性别:女性
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治疗方案 |
狗被分为两种饮食中的一种,喂养12个月:1)动物蛋白基(APB)饮食主要由高度易消化的动物源性成分组成,其配方超过美国饲料控制官员协会(AAFCO)对生长和繁殖的蛋白质和脂肪建议;或2)植物蛋白基(PPB)饮食,主要由适度消化的植物衍生成分组成,配方符合AAFCO对生长和繁殖的蛋白质和脂肪建议。饮食中10%的肉骨粉是个例外。所有样本均在隔夜限食期后采集。
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生长方案 |
在整个研究过程中,随意喂食幼犬(基线时平均年龄=8周),以使其充分生长;喂食老年犬(基线时平均年龄=11.1岁)以维持基线体重。
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提取的分子 |
总核糖核酸 |
提取协议 |
按照制造商的建议,使用Trizol从上皮刮片中提取总RNA。
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标签 |
生物素
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标签协议 |
根据制造商的说明,使用Affymetrix GeneChip Expression 3'-扩增试剂(单循环靶标记和对照试剂包)制作生物素标记的cRNA样品。
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杂交协议 |
按照Affymetrix的指示,使用Affym特里克斯的基因芯片流体站450将纯化的片段cRNA杂交到Affymotrix的犬基因组阵列(版本1)。
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扫描协议 |
基因芯片使用Affymetrix基因芯片扫描仪3000进行扫描。
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描述 |
使用PPB饮食1年后1岁狗结肠组织的基因表达数据。 上校_你_PPB_3
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数据处理 |
在R和Bioconductor封装中使用GCRMA算法进行预处理。
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提交日期 |
2010年2月28日 |
上次更新日期 |
2010年2月28日 |
联系人姓名 |
凯莉·斯科特·斯旺森 |
电子邮件 |
ksswanso@uiuc.edu
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组织名称 |
伊利诺伊大学
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街道地址 |
1207 W.Gregory博士。
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西蒂 |
乌尔班纳 |
省/自治区 |
伊利诺伊州 |
邮政编码 |
61801 |
国家 |
美国 |
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平台ID |
GPL3979标准 |
系列(1) |
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