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| 状态 |
2010年12月6日公开 |
| 标题 |
ALVA31细胞在GFR基质中培养11天。代表2 |
| 样品类型 |
核糖核酸 |
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| 源名称 |
GFR Matrigel 3D文化
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| 有机体 |
智人 |
| 特点 |
细胞系：ALVA31
器官：前列腺
细胞来源：前列腺腺癌
3d中的天数：11
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| 治疗方案 |
单层培养物在10 cm的细胞培养皿中繁殖。3D前列腺素在6孔板（Costar）上的1.0µm PET透明膜（Millipore）的Millicell悬挂细胞培养插入物中培养。用基质凝胶/培养基混合物（1:1）预涂膜，并在37˚C下培养1小时，以防止细胞在膜上作为单层生长。将细胞悬浮液与基质凝胶以1:4混合，并转移到涂层膜上，在37˚C下聚合过夜。每隔一天加入新鲜培养基。
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| 生长方案 |
所有细胞在37˚C的标准细胞培养条件（5%CO2，95%湿度）下繁殖。非转化细胞及其衍生物（EP156T、RWPE-1、PrEC和RWPE-2/w99）在补充有2%（v/v）胎牛血清、12.5 mg/l牛垂体提取物（BPE）和1.25µg/l EGF的无角质形成细胞血清培养基（KSFM）中培养。所有转化细胞（PC-3、PC-3M、ALVA31、DU145、LNCaP、22rv1）在添加10%（v/v）胎牛血清的RPMI-1640中培养。
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| 提取的分子 |
总核糖核酸 |
| 提取协议 |
3D前列腺素培养物用冷冻PBS清洗，用手术刀切除膜，凝胶（加前列腺素）转移到6孔板中。将凝胶与PBS中的5mM EDTA剧烈混合，转移到Falcon管中，并在桌面摇床上孵育45分钟，以从Matrigel中分离前列腺素。游离前列腺素通过离心沉淀并用RLT缓冲液（Qiagen）溶解。单层培养的细胞在90%的汇合处用RLT缓冲液直接在10cm细胞培养皿上溶解。根据试剂盒提供的规定方案，使用QIAGEN RNeasy Mini试剂盒提取RNA。使用安捷伦生物分析仪进行质量控制。
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| 标签 |
生物素
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| 标签协议 |
使用Ambion的Illumina TotalPrep RNA扩增试剂盒（Ambion）扩增总RNA。隔夜进行体外转录反应，以产生足够生物素化的cRNA。用Nanodrop ND-1000检查cRNA浓度和cRNA质量时，由BioRad的Experion电泳站控制。
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| 杂交协议 |
根据《Illumina全基因组基因表达直接杂交指南》，将样品在58°C的温度下与Illuminia的Sentrix HumanRef-8 v3 Expression BeadChips杂交过夜。
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| 扫描协议 |
使用Illumina BeadArray Reader扫描芯片。
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| 描述 |
复制2
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| 数据处理 |
使用Beadarray R包对原始微阵列数据进行分位数标准化和log2转换
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| 提交日期 |
2009年12月11日 |
| 上次更新日期 |
2009年12月11日 |
| 联系人姓名 |
马蒂亚斯·奈斯 |
| 电子邮件 |
matthias.nees@vtt.fi
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| 电话 |
+358 40 8314 839
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| 传真 |
+358 2 720 2840
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| 统一资源定位地址 |
网址：http://www.vtt.fi
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| 组织名称 |
芬兰VTT技术研究中心
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| 部门 |
医学生物技术
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| 街道地址 |
Itäinen Pitkäkatu四C
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| 西蒂 |
图尔库 |
| 邮政编码 |
20521 |
| 国家 |
芬兰 |
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| 平台ID |
GPL6883型 |
| 系列（1） |
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