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| 状态 |
2020年9月3日公开 |
| 标题 |
F1编号2 |
| 样品类型 |
SRA公司 |
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| 源名称 |
伏隔核
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| 有机体 |
褐家鼠 |
| 特点 |
年龄：产后14天
品系：Sprague Dawley鼠
组织：伏隔核
生成：F1
治疗：出生后接触羟考酮
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| 治疗方案 |
对于子宫内暴露动物（IUO），使用递增给药程序，其中10 mg/kg/天剂量的羟考酮（oxy）经口灌胃5天，然后0.5 mg/kg/天剂量递增10天，达到15 mg/kg/天的最终剂量，之后F0只雌性与经证实的雄性繁殖者交配，在交配、妊娠和分娩期间，治疗方案一直持续到断奶。对于出生后暴露（PNO），F0代母鼠在分娩后至断奶前口服15 mg/kg/天的氧气。从幼崽中随机选择F1幼崽，与雄性一起繁殖以产生F2代。F1代动物在繁殖前/繁殖后未给氧；它们只在子宫内或通过母乳接触。
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| 提取的分子 |
总核糖核酸 |
| 提取协议 |
使用脑基质，从两代人的每组P14大脑中取出伏隔核切片。组织被冷冻在干冰上。根据制造商的说明，使用Zymo Direct-Zol RNA试剂盒从每个样品中分离出总RNA。
使用标准Illumina协议准备RNA文库进行测序
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| 图书馆战略 |
RNA-Seq号 |
| 库源 |
转录组学的 |
| 库选择 |
cDNA |
| 仪器型号 |
Illumina NovaSeq公司6000 |
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| 数据处理 |
准备干净的序列读取：构建的测序文库使用Illumina Novaseq 6000平台（配对，150 bp）进行测序。在组装之前，删除包含测序适配器的读码、包含测序引物的读码以及q质量分数低于20的序列。
读数对齐：使用HISAT2软件包将清洁的测序读数与参考基因组[褐家鼠]对齐。每个读取序列允许多次对齐（默认情况下最多20次），最多允许两次不匹配。HISAT2还建立了一个潜在拼接接头数据库。
转录物丰度估计和差异表达分析：使用StringTie组装单个样本的对齐读数。然后，使用LC Sciences（美国德克萨斯州休斯顿）的专有Perl脚本合并所有样本的转录组以重建综合转录组。转录组重建后，用StringTie评估FPKM读数，用edgeR评估差异表达基因。差异表达的mRNA和基因选择为log2（倍变）≥1或log2（倍变）≤-1，p值<0.05。
单核苷酸多态性（SNP）分析：samtools软件用于调用转录变体，ANNOVAR用于SNP/InDel注释。分析了SNP的功能、基因组位点和变异类型。
替代剪接分析：使用软件ASprofile识别用于识别替代剪接事件的替代，并分析样本之间的差异替代剪接。选择性剪接的分类如下：SKIP和MSKIP：跳过外显子；IR和MIR：保留内含子；AE：备选5'或3'拼接位置；TSS：选择性转录起始位点；TTS：选择性转录终止位点
基因组构建：GCA_ 000001895.4
Supplementary_files_forma_and_content：制表符分隔的文本文件包括每个样本的FPKM值
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| 提交日期 |
2020年9月2日 |
| 上次更新日期 |
2020年9月3日 |
| 联系人姓名 |
Sowmya V Yelamanchili公司 |
| 电子邮件 |
syelamanchili@unmc.edu
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| 电话 |
8589266110
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| 组织名称 |
内布拉斯加州大学医学中心
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| 部门 |
麻醉学
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| 街道地址 |
984455内布拉斯加州医疗中心
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| 西蒂 |
奥马哈 |
| 省/自治区 |
内布拉斯加州 |
| 邮政编码 |
68198-4455 |
| 国家 |
美国 |
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| 平台ID |
GPL25947型 |
| 系列（1） |
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| 关系 |
| 生物样品 |
SAMN15967471号 |
| SRA公司 |
SRX9058298型 |
