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样品GSM468792 GSM468792的查询数据集
状态 2010年1月6日公开
标题 IMR90细胞系染色质可及性分析；DS11759型
样品类型 SRA公司
 
来源名称 IMR90细胞系；DS11759型
有机体 智人
特点 分子：基因组DNA
疾病：无
生物材料供应商：ATCC
biometrial_type：细胞系
行：IMR90
血统：NA
分化_阶段：胎肺成纤维细胞
区分方法：不适用
通道：4
介质：Eagle最低基本介质，目录号30-2003。
性别：女性
批次：CCL-186
experiat_type：染色质可访问性
萃取协议：Qiagen minElut
dnase_protocol:Stamlab dnase协议
提取的分子 基因组DNA
提取协议 图书馆建设协议：单读-Illumina
 
图书馆战略 DNA酶敏感性
库源 基因组学
库选择 挪威船级社
仪器型号 Illumina基因组分析仪II
 
描述 设计说明：通过DNase-seq确定染色质可及性
库名称：DS11759
EDACC Genboree示例页：
http://genboree.org/java-bin/project.jsp？projectName=XML%20Submissions%2FUniversity%20of%20Washington%2FSAMPLE%2FEDACC.1632
EDACC Genboree实验页面：
http://genboree.org/java-bin/project.jsp？projectName=XML%20Submissions%2FUniversity%20of%20Washington%2FEDIMENT%2FEDACC.1633
****************
有关数据使用条款和条件，请参阅：
http://www.drugabuse.gov/funding/funding-opportunities/nih-common-fund/epigenomics-data-access-policies
****************
数据处理 **********************************************************************

分析文件名：GSM468792_IMR90-DS11759.UWStam_090902_SOLEXA-1GA-1_0021_FC42KVW_2.bam
分析别名：UW。IMR90.染色质可访问性。1.1级
分析标题：IMR90染色质可及性数据的映射
分析描述：使用Pash将DNAse-Seq在IMR90细胞株上产生的Illumina读数映射到人类基因组（NCBI构建36.1）。
分析类型：参考_校准
EDACC发电机分析页面：http://genboree.org/java-bin/project.jsp？projectName=XML%20Submissions%2FEDACC%2FANALYSIS%2FEDAC.1844
数据分析_级别：1
实验类型：染色质可及性
软件：Pash
软件版本：3.0
MAXIMUM_ALIGNMENT_LENGTH：读取长度
MISMATCHES_ALLOWED:读取长度的10%
校准_允许：1
TREATMENT_OF_MULTIPLE_ALIGNMENTS：如果读取映射到多个位置，则将其从考虑中删除。
TREATMENT_OF_IDENTICAL_ALIGNMENTS_OF_MULTIPLE_READS：无
ALIGNMENT_POSTPROCESSING:无

**********************************************************************

分析文件名：GSM468792_IMR90-DS11759.UWStam_090921_SOLEXA-1GA-1_0028_FC42YD0_4.bam
ALIAS分析：UW。IMR90.染色质可访问性。1.2级
分析标题：IMR90染色质可及性数据的映射
分析描述：使用Pash将DNAse-Seq在IMR90细胞株上产生的Illumina读数映射到人类基因组（NCBI构建36.1）。
分析类型：参考_校准
EDACC发电机分析页面：http://genboree.org/java-bin/project.jsp？projectName=XML%20Submissions%2FEDACC%2FANALYSIS%2FEDAC.1846
数据分析_级别：1
实验类型：染色质可及性
软件：Pash
软件版本：3.0
MAXIMUM_ALIGNMENT_LENGTH：读取长度
MISMATCHES_ALLOWED:读取长度的10%
校准_允许：1
TREATMENT_OF_MULTIPLE_ALIGNMENTS：如果读取映射到多个位置，则将其从考虑中删除。
TREATMENT_OF_IDENTICAL_ALIGNMENTS_OF_MULTIPLE_READS：无
ALIGNMENT_POSTPROCESSING:无

**********************************************************************

分析文件名：GSM468792_UW。IMR90.rep1.染色质可访问性。IMR90-DS11759.假发
ALIAS分析：UW。IMR90.染色质可访问性。2级组合1
分析标题：IMR90染色质可及性复制1数据的原始信号密度图
分析描述：来自IMR90细胞系的Illumina DNAse-Seq读取映射被处理成原始信号密度图，表示对齐的读取密度。
分析类型：丰度_测量
EDACC发电机分析页面：http://genboree.org/java-bin/project.jsp？projectName=XML%20Submissions%2FEDACC%2FANALYSIS%2FEDAC.1857
数据分析_级别：2
实验类型：染色质可及性
软件：内部程序和脚本
软件版本：不适用
读取扩展：200bp
GENOMIC_窗口：20bp
TREATMENT_OF_REGIONS_PRONE_TO_MULTIPLE_ALIGNMENTS：无

**********************************************************************

分析文件名：GSM468792_UW。IMR90.染色质可访问性。DS11759.bed号
分析ALIAS:DS11759.hg19.level.1
分析标题：IMR90细胞系染色质可及性数据的映射
分析描述：使用Pash将DNAse-Seq在IMR90细胞株库DS11759上产生的Illumina读数映射到人类基因组。
分析类型：参考_校准
EDACC发电机分析页面：http://genboree.org/java-bin/project.jsp？projectName=XML%20提交%2FEDACC%2FANALYSIS%2FEDAC.4126
数据分析_级别：1
实验类型：染色质可及性
GENOME_ASSEMBLY:NCBI构建GRCh37/UCSC构建hg19
软件：Pash
软件版本：3.0
MAXIMUM_ALIGNMENT_LENGTH：读取长度
MISMATCHES_ALLOWED:读取长度的10%
校准_允许：1
TREATMENT_OF_MULTIPLE_ALIGNMENTS：如果读取映射到多个位置，则将其从考虑中删除。
TREATMENT_OF_IDENTICAL_ALIGNMENTS_OF_MULTIPLE_READS：无
ALIGNMENT_POSTPROCESSING:无
RELEASE_NUMBER：人类表基因组图谱2


质量分数：
NUMBER_OF_CHROMATIN_ACCESSIBILITY_EXPERIMENTS_SCORED:40个
查找表_核心：0.3846
查找EAKS_PERCENTILE:5
热点_范围：0.2914
热点百分比：5
IROC_核心：0.9966
IROC_透视图：37
波松记分：0.3873
POISSON_PERCENTILE:10点

**********************************************************************

分析文件名：GSM468792_UW。IMR90.染色质可访问性。DS11759.假发
分析ALIAS:DS11759.hg19.level.2
分析标题：IMR90细胞系染色质可及性数据的原始信号密度图
分析描述：来自IMR90细胞株库DS11759的Illumina DNAse-Seq读取映射被处理成原始信号的密度图，表示对齐的读取密度。
分析类型：丰度_测量
EDACC发电机分析页面：http://genboree.org/java-bin/project.jsp？projectName=XML%20提交%2FEDACC%2FANALYSIS%2FEDAC.4086
数据分析_级别：2
实验类型：染色质可及性
GENOME_ASSEMBLY:NCBI构建GRCh37/UCSC构建hg19
软件：内部程序和脚本
软件版本：不适用
读取扩展：0bp
GENOMIC_WINDOW:150bp（发电机_窗口）
TREATMENT_OF_REGIONS_PRONE_TO_MULTIPLE_ALIGNMENTS：无
发布编号：人类表观基因组图谱2
浏览器TRACK_NAME:IMR90数据库59 59
BROWSER_TRACK_DESCRIPTION:UW IMR90细胞系DNA酶超敏文库DS11759 EA Release 2


质量分数：
NUMBER_OF_CHROMATIN_ACCESSIBILITY_EXPERIMENTS_SCORED:40个
查找表_核心：0.3846
查找EAKS_PERCENTILE:5
热点_范围：0.2914
热点百分比：5
IROC_核心：0.9966
百分位数：37
泊松分数：0.3873
POISSON_PERCENTILE:10点
 
提交日期 2009年11月6日
上次更新日期 2019年5月15日
联系人姓名 西北REMC
电子邮件 rharis1@bcm.tmc.edu
组织机构名称 华盛顿大学
街道地址 -
西蒂 西雅图
省/自治区 华盛顿州
邮政编码 98195
国家 美国
 
平台ID GPL9115型
系列（1）
GSE18927标准 华盛顿大学人类参考表观基因组绘图项目
关系
SRA公司 SRX012425型
生物样品 SAMN00004755号
命名注释 GSM468792_UW。IMR90.rep1.染色可访问性。IMR90-DS11759.wig.gz标准
命名注释 GSM468792_UW。IMR90.染色质可访问性。DS11759.wig.gz

补充文件 大小 下载 文件类型/资源
GSM468792_IMR90-DS11759.UWStam_090902_SOLEXA-1GA-1_0021_FC42KVW_2.bam公司 1.1 Gb （英尺/平方英尺）（http） 巴姆
GSM468792_IMR90-DS11759.UWStam_090921_SOLEXA-1GA-1_0028_FC42YD0_4.bam 1.3 Gb （英尺/平方英尺）（http） 巴姆
GSM468792_UW。IMR90.染色质可访问性。DS11759.bed.gz 409.5兆字节 （英尺/平方英尺）（http） 床
GSM468792_UW。IMR90.染色质可访问性。DS11759.重量.gz 217.5兆字节 （英尺/平方英尺）（http） 假发
GSM468792_UW。IMR90.rep1.染色可访问性。IMR90-DS11759.wig.gz标准 454百万 （英尺/平方英尺）（http） 假发
SRA运行选择器帮助
SRA中有原始数据
作为补充文件提供的处理数据
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