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| 状态 |
2021年3月1日公开 |
| 标题 |
热_样品_1 |
| 样品类型 |
SRA公司 |
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| 源名称 |
胎盘间盘
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| 有机体 |
褐家鼠 |
| 特点 |
组织：胎盘盘
基因型：Ascl2突变
应变：霍尔兹曼
妊娠日：12.5
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| 提取的分子 |
总核糖核酸 |
| 提取协议 |
Holtzman Sprague-Dawley大鼠被安置在堪萨斯大学医学中心（KUMC）的一个环境控制设施中，0600至2000小时内灯亮，允许自由获取食物和水。雌性大鼠（8-10周龄）与成年雄性大鼠（>3个月龄）交配。通过检查阴道灌洗液来评估交配情况。阴道中存在精子被指定为gd 0.5。在妊娠第12.5天解剖胎盘部位，分离胎盘间盘。将解剖的胎盘间盘组织在液氮中快速冷冻，并在-80°C下保存，直到进行RNA分离。使用TRIzol试剂（Thermo Fisher Scientific，目录号15596018）从组织中分离出总RNA。所有大鼠均按照机构政策进行饲养，以便在研究中使用KUMC动物饲养和使用委员会批准的方案来饲养脊椎动物。
使用TRIzol试剂（货号15596018，Thermo Fisher，Waltham，MA）从细胞和组织中分离出总RNA。
使用Illumina TruSeq RNA制备试剂盒（Illuminia，San Diego，CA）从总RNA样本中制备互补DNA文库。使用KUMC基因组测序设施中的TruSeq 200-cycle SBS试剂盒（Illumina），使用HiSeq2000 DNA测序器（100-bp配对读取）对条形码cDNA文库进行多路复用和测序。使用CLC Genomics Workbench 12.0将*.fastq文件中的读数映射到大鼠参考基因组（Ensembl Rnor_5.0.78）（加利福尼亚州红木市齐亚根）。mRNA丰度以外显子每kb读数/百万读数映射表示。假发现率0.05被用作显著差异表达（正常血糖与高血糖）的临界值。
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| 图书馆战略 |
RNA-Seq号 |
| 库源 |
转录组学的 |
| 库选择 |
cDNA |
| 仪器型号 |
Illumina NovaSeq公司6000 |
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| 数据处理 |
使用CLC Genomics Workbench 12.0将*.fastq文件中的读数映射到大鼠参考基因组（Ensembl Rnor_5.0.78）（加利福尼亚州红木市齐亚根）。
mRNA丰度以外显子每kb读数/百万读数映射表示。
假发现率0.05被用作显著差异表达的临界值。
使用Ingenuity Pathway Analysis（Qiagen）分析转录表达的功能模式。
基因组构建：大鼠参考基因组（Ensemble Rnor_5.0.78）
基因组构建：人类参考基因组（GRCh37）
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| 提交日期 |
2020年7月13日 |
| 上次更新日期 |
2021年3月1日 |
| 联系人姓名 |
凯拉·玛格丽特·瓦伯格 |
| 电子邮件 |
kaelasevent@gmail.com, kmvarberg@cmh.edu
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| 电话 |
7852181354
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| 组织名称 |
儿童慈善
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| 部门 |
儿科
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| 门诊化验室 |
瓦伯格实验室
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| 街道地址 |
吉勒姆路2401号；CMRI 7902.19号
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| 西蒂 |
堪萨斯城 |
| 省/自治区 |
卫生官员 |
| 邮政编码 |
64108 |
| 国家 |
美国 |
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| 平台ID |
GPL25947型 |
| 系列（1） |
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| 关系 |
| 生物样品 |
SAMN15519044号 |
| SRA公司 |
SRX8722504型 |
