|
| 状态 |
2023年6月22日公开 |
| 标题 |
INS-SMA代表1 |
| 样品类型 |
SRA公司 |
| |
|
| 源名称 |
INS-1β细胞
|
| 有机体 |
褐家鼠 |
| 特点 |
基因型：SMA过度表达
细胞类型：大鼠胰岛素瘤细胞
细胞系：INS-1
通道：7~15
|
| 治疗方案 |
我们用慢病毒在INS-1β细胞中构建了α-SMA基因表达细胞。
|
| 生长方案 |
大鼠INS-1β细胞在添加有10%胎牛血清和100 U/ml青霉素链霉素（美国Gbico）的RPMI 1640培养基中培养，37℃，5%CO2气氛。
|
| 提取的分子 |
总核糖核酸 |
| 提取协议 |
使用Trizol（北京天根）提取总RNA，并使用安捷伦2100生物分析仪（安捷伦科技，加州圣克拉拉，美国）和Qubit荧光计（Invitrogen）进行评估。随后的实验中使用了满足以下要求的总RNA样本：RNA完整性数（RIN）>7.0，28S:18S比率>1.8。
按照制造商的标准CapitalBio Technology（中国北京）和测序协议，在NovaSeq 6000平台上进行聚类形成和测序。
|
| |
|
| 图书馆战略 |
RNA-Seq号 |
| 库源 |
转录组学的 |
| 库选择 |
cDNA |
| 仪器型号 |
Illumina NovaSeq公司6000 |
| |
|
| 描述 |
INS-SMA代表1
|
| 数据处理 |
使用Fast QC（0.11.5版）评估测序质量，然后使用NGSQC（v0.4）过滤低质量数据，超过50%的读取碱基的质量值小于5，并修剪适配器序列，并使用内部perl脚本删除包含poly-N的读取。
然后使用具有默认参数的HISAT2（美国约翰斯·霍普金斯大学）将干净的读数与参考基因组进行比对（Liu等人，2015）。使用HISAT（美国约翰斯·霍普金斯大学）将每个样本的处理读数与相应的hg19参考基因组进行比对。用StringTie进行基因表达分析。DESeq2用于分析样品之间的二甘醇。分别对DEG进行了数千项独立的统计假设检验。然后得到一个p值，并用FDR方法进行校正。用BH法进行校正，计算校正后的P值（q值）。采用p值或q值进行显著性分析。对DEG进行显著分类的参数是转录物丰度和q<0.05的≥2倍差异（|log2FC|≥1，FC:表达的倍变化）（Parreira et al.，2016）。通过搜索ENSEMBL、NCBI、Uniprot、GO和KEGG数据库，执行BLAST（基本局部对齐搜索工具）对齐以确定DEG的功能注释。选择最佳匹配项对DEG进行注释。最后，使用Goseq R软件包和KOBAS 3.0软件（在线提供：网址：http://kobas.cbi.pku.edu.cn) . P值（或Q值）小于0.05的GO项和通路项被认为是目标基因的显著富集。
基因组构建（_B）：rn6
补充文件_format_and_content:count文件
|
| |
|
| 提交日期 |
2020年6月22日 |
| 上次更新日期 |
2023年6月22日 |
| 联系人姓名 |
杨西 |
| 电子邮件 |
xiyang@nbu.edu.cn
|
| 组织名称 |
宁波大学
|
| 部门 |
医学院
|
| 街道地址 |
奉化路
|
| 西蒂 |
宁波 |
| 邮政编码 |
315211 |
| 国家 |
中国 |
| |
|
| 平台ID |
GPL25947型 |
| 系列（1） |
| GSE152945 |
α-SMA的过度表达导致INS-1细胞中的差异基因表达（RNA-seq） |
|
| 关系 |
| 生物样品 |
SAMN15340030号 |
| SRA公司 |
SRX8594626型 |
