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| 状态 |
2023年4月23日公开 |
| 标题 |
大脑，BDL_AAV_GFP2 |
| 样品类型 |
SRA公司 |
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| 源名称 |
大脑
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| 有机体 |
褐家鼠 |
| 特点 |
菌株：Sprague-Dawley
年龄：产后60天
方案：胆管结扎术（BDL）
bdl建模时间：4周
治疗：AAV-GFP
组织：大脑
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| 治疗方案 |
AAV在磷酸盐缓冲盐水（PBS）中制备，浓度为1.5 x 1011 GC/大鼠，总体积为20μl。将一根30号针头与充满AAV溶液的PE10管相连，插入大池3 mm深。用50μl注射器（Hamilton Company，Reno，NV）和注射泵（Harvard Apparatus，Holliston，MA）将20μl溶液以1.6μl/min的速率（两组均为1.5 x 1011 GC/大鼠）注射到大池中
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| 提取的分子 |
总核糖核酸 |
| 提取协议 |
取下大脑，在干冰上快速冷冻，并使用Trizol试剂收集RNA。Illumina TruSeq RNA样品制备试剂盒（Cat#FC-122-1001）与200 ng总RNA一起用于构建测序文库。
使用标准Illumina协议准备RNA文库进行测序
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| 图书馆战略 |
RNA-Seq号 |
| 库源 |
转录组学的 |
| 库选择 |
cDNA |
| 仪器型号 |
Illumina NovaSeq公司6000 |
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| 数据处理 |
使用FastQC软件评估修剪适配器前后的原始fastq文件质量。使用Trimmomatic 0.36，最终保留最小长度为50 bp且Phred质量分数>30的读数
为基因组文件构建索引，并使用HISAT2将读取结果与参考基因组对齐
使用featureCounts命令计算映射到每个基因的片段数
基因组构建：RGSC 6.0/rn6
补充文件_format_and_content:制表符分隔的文本文件包含每个样本的计数值
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| 提交日期 |
2020年4月23日 |
| 上次更新日期 |
2023年4月23日 |
| 联系人姓名 |
张池浩 |
| 电子邮件 |
chihao.zhang@yale.edu
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| 组织名称 |
耶鲁大学
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| 部门 |
内科
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| 门诊化验室 |
岩崎实验室
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| 街道地址 |
雪松街300号
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| 西蒂 |
纽黑文 |
| 省/自治区 |
计算机断层扫描 |
| 邮政编码 |
06519 |
| 国家 |
美国 |
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| 平台ID |
GPL25947型 |
| 系列（1） |
| GSE149227 |
血管内皮生长因子C治疗BDL诱导肝硬化肝性脑病大鼠脑组织的RNA-seq分析 |
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| 关系 |
| 生物样品 |
SAMN14680921号 |
| SRA公司 |
SRX8166989型 |
