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| 状态 |
2023年4月20日公开 |
| 标题 |
RP-42型 |
| 样品类型 |
SRA公司 |
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| 源名称 |
肾
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| 有机体 |
褐家鼠 |
| 特点 |
菌株：Sprague Dawley
组织：肾脏
时间点（暴露后持续时间）：10小时
药剂：溴苯
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| 提取的分子 |
总核糖核酸 |
| 提取协议 |
使用TRIzol试剂（Thermo Fisher Scientific，Waltham，MA）和direct-zol RNA MiniPrep试剂盒（Zymo Research，Irvine，CA）从培养细胞中分离出总RNA。然后将分离的RNA样品提交给范德比尔特大学医学中心VANTAGE Core（田纳西州纳什维尔）进行RNA质量测定和测序。使用2100生物分析仪（安捷伦，圣克拉拉，加利福尼亚州）评估总RNA质量。
使用带有索引适配器的KAPA Stranded mRNA样本试剂盒（新英格兰生物实验室），使用至少200 ng具有高RNA完整性的DNA酶处理总RNA来生成富含多A的mRNA文库。使用2100生物分析仪（安捷伦）评估文库质量，并使用KAPA文库定量试剂盒（KAPA Biosystems）对文库进行定量。根据制造商的协议（Illumina NovaSeq6000），对汇集的文库进行150-bp配对测序。Bcl2fastq2转换软件（Illumina）用于生成去复用的Fastq文件。
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| 图书馆战略 |
RNA-Seq号 |
| 库源 |
转录组学的 |
| 库选择 |
cDNA |
| 仪器型号 |
Illumina NovaSeq公司6000 |
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| 描述 |
治疗
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| 数据处理 |
使用Kallisto工具（版本0.42.4）分析RNA-seq数据，以进行读取对齐和量化。
我们通过在用替换重新取样后重复分析100次来计算转录物丰度估计的不确定性。我们将读取结果与从Ensembl网站下载的老鼠转录组（Rnor_6.0）进行了伪对齐
Kallisto输入：Kallisto quant-i$REF_KAL2-b 100-o Rat/“$sample”$DATA_DIR/2516-“$p”_R1_001.fastq.gz$DATA_DIR/2516-“$p”_R2_001.fastq.gz-t 14
基因组构建：褐家鼠Rnor6.0版本92
补充文件_format_and_content:制表符分隔的文本文件，包括丰度测量
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| 提交日期 |
2020年4月17日 |
| 上次更新日期 |
2023年4月22日 |
| 联系人姓名 |
文卡特·潘纳拉 |
| 电子邮件 |
vpannala@bhsai.org
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| 电话 |
+1 (301) 619-1976
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| 组织名称 |
亨利·杰克逊军事医学促进基金会。
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| 部门 |
国防部BHSAI
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| 街道地址 |
2405 Whittier博士，200号
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| 西蒂 |
弗雷德里克 |
| 省/自治区 |
马里兰州 |
| 邮政编码 |
21704 |
| 国家 |
美国 |
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| 平台ID |
GPL25947型 |
| 系列（2） |
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| 关系 |
| 生物样品 |
SAMN14612244号 |
| SRA公司 |
SRX8131269号 |
