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| 状态 |
2021年3月17日公开 |
| 标题 |
338 |
| 样品类型 |
SRA公司 |
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| 源名称 |
肾皮质
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| 有机体 |
褐家鼠 |
| 特点 |
菌株：Zucker糖尿病患者Sprague Dawley
年龄：37周
组织：肾皮质
实验组：RYGB手术组
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| 提取的分子 |
总核糖核酸 |
| 提取协议 |
使用RNeasy Mini Kit（Qiagen）从肾皮质提取RNA。按照制造商的说明分离RNA。肾皮质样品在裂解步骤之前保存在干冰上。RNA样品在-80摄氏度下储存，直到RNA测序。测序前，使用生物分析仪系统检查RNA完整性。
使用标准Illumina协议制备RNA文库用于测序。文库准备试剂盒：TruSeq Straded Total RNA样品准备试剂盒（含Ribo-Zero Gold）。
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| 图书馆战略 |
RNA-Seq号 |
| 库源 |
转录组学的 |
| 库选择 |
cDNA |
| 仪器型号 |
Illumina NovaSeq公司6000 |
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| 数据处理 |
使用fastqc执行读取的质量控制。
使用trim_galore执行的读取的质量筛选。
使用STAR对准rn5大鼠参考基因组。
使用featureCounts（Subread包）量化对齐读取。
使用DESeq2进行差异表达分析。
基因组构建：rn5（Rnor_5.0）大鼠参考基因组
补充文件_format_and_content:*_featureCounts.txt：以制表符分隔的文本文件，为每个大鼠肾皮质样本提供对齐读取的原始计数。
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| 提交日期 |
2020年3月29日 |
| 上次更新日期 |
2021年3月17日 |
| 联系人姓名 |
威廉·P·马丁 |
| 电子邮件 |
liampvmartin19992@gmail.com, william.martin@ucd.ie公司
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| 组织名称 |
都柏林大学学院
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| 街道地址 |
都柏林大学学院康威研究所糖尿病并发症研究中心
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| 西蒂 |
都柏林 |
| 省/自治区 |
-选择省/自治区- |
| 邮政编码 |
都柏林4 |
| 国家 |
爱尔兰 |
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| 平台ID |
GPL25947型 |
| 系列（1） |
| GSE147706标准 |
Zucker糖尿病Sprague-Dawley大鼠糖尿病肾病模型肾皮质对Roux-en-Y胃旁路手术和Roux-en-Y胃旁路联合手术及药物治疗反应的RNA序列特征 |
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| 关系 |
| 生物样品 |
SAMN14483222号 |
| SRA公司 |
SRX8023364型 |
