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| 状态 |
2020年9月14日公开 |
| 标题 |
成人肠道10：cre；樱桃_阴性_1 |
| 样品类型 |
SRA公司 |
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| 源名称 |
成人肠道10：cre；樱桃_阴性
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| 有机体 |
达尼奥雷里奥 |
| 特点 |
组织：成人肠道
电池类型：非ENS
rna分数：核mRNA
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| 治疗方案 |
通过FACS（荧光激活细胞分选）纯化细胞核，代表Tg（sox10:Cre；Cherry）斑马鱼肠道的Cherry+（整个ENS）和Cherry-（非ENS）外肌层细胞群
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| 生长方案 |
不适用
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| 提取的分子 |
核RNA |
| 提取协议 |
根据制造商的说明，使用PureLink RNA Micro Kit（Invitrogen#12183016）分离核RNA。
使用Ovation RNA-Seq System V2（NuGen Technologies，Inc.）产生双链全长cDNA。cDNA在Qubit 3.0荧光仪（Thermo Fisher Scientific，Inc.）上定量，然后使用Covaris E220仪器（Covaris，Inc.）在标准设置下通过声波剪切将cDNA片段化为200bp。然后将片段cDNA标准化为100ng，并使用Ovation Ultralow System V2 1-96协议（NuGen Technologies，Inc.）对文库进行测序。共使用8个PCR周期进行文库扩增。最终库的质量和数量通过TapeStation D1000 Assay（安捷伦科技公司）进行评估。然后将这些库标准化为4 nM，合并并加载到HiSeq4000（Illumina，Inc.）上，以生成100 bp的配对读取。
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| 图书馆战略 |
RNA-Seq号 |
| 库源 |
转录组学的 |
| 库选择 |
cDNA |
| 仪器型号 |
Illumina HiSeq 4000公司 |
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| 描述 |
PE_段1
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| 数据处理 |
RSEM软件包（1.3.0版）与STAR比对算法（2.5.2版）一起用于Ensembl GRCm38-release-89转录组测序读数的定位和随后的基因水平计数
在R编程环境（3.3.2版）中使用DESeq2包（1.10.1版）进行差异表达分析
基因组构建：GRCm38
补充文件_format_and_content：包含TMM规范化数据的制表符分隔文本文件。行表示集合基因标识符，列表示单个样本。
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| 提交日期 |
2020年2月25日 |
| 上次更新日期 |
2020年9月14日 |
| 联系人姓名 |
瓦西里斯·帕奇尼斯 |
| 电子邮件 |
Vassilis.Pathnis@crick.ac.uk
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| 电话 |
+442037961556
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| 组织名称 |
弗朗西斯·克里克研究所
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| 部门 |
神经系统实验室的发展与平衡
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| 门诊化验室 |
帕奇尼斯
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| 街道地址 |
米德兰路1号
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| 西蒂 |
伦敦 |
| 省/自治区 |
伦敦 |
| 邮政编码 |
NW1 1AT公司 |
| 国家 |
大不列颠联合王国 |
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| 平台ID |
GPL21741型 |
| 系列（1） |
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| 关系 |
| 生物样品 |
SAMN14205184号 |
| SRA公司 |
SRX7798806型 |
