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| 状态 |
2022年12月13日公开 |
| 标题 |
Cmg2-KO代表4 |
| 样品类型 |
SRA公司 |
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| 源名称 |
肺
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| 有机体 |
褐家鼠 |
| 特点 |
菌株：Sprague Dawley
组织：肺
年龄：8周龄
基因型：Cmg2-KO
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| 提取的分子 |
总核糖核酸 |
| 提取协议 |
取出肺部，在液氮中快速冷冻，并使用Trizol试剂收集RNA。用于Illumina®的NEBNext®UltraTM RNA文库准备试剂盒与1 ug总RNA一起用于构建测序文库。
使用标准Illumina协议准备RNA文库进行测序
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| 图书馆战略 |
RNA-Seq号 |
| 库源 |
转录组学的 |
| 库选择 |
cDNA |
| 仪器型号 |
Illumina NovaSeq公司6000 |
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| 描述 |
ANTXR2_4型
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| 数据处理 |
Illumina Casava1.7软件用于基本呼叫。
对适配器序列的序列读取进行修剪，并对低复杂性或低质量序列进行屏蔽，然后使用HISAT2 v2.0.5将其映射到Rattus_norvegicus_Ensemple_94全基因组。
使用FeatureCounts v1.50-p3计算每个基因对应的读取数。然后根据基因长度计算每个基因的FPKM，并读取映射到该基因的计数。FPKM，即每百万个碱基对测序的转录序列的预期每千碱基片段数，同时考虑测序深度和基因长度对读数计数的影响，是目前最常用的估计基因表达水平的方法。
基因组构建：Rattus_norvegius_Ensemble_94
补充文件_format_and_content:文本文件包括FPKM值和统计信息。
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| 提交日期 |
2019年12月16日 |
| 上次更新日期 |
2022年12月13日 |
| 联系人姓名 |
刘晓燕 |
| 电子邮件 |
lxycyyy@mail.ccmu.edu.cn, lxy-213@163.com
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| 组织名称 |
北京朝阳医院
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| 街道地址 |
朝阳区公仁体育场南路8号
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| 西蒂 |
北京 |
| 邮政编码 |
100020 |
| 国家 |
中国 |
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| 平台ID |
GPL25947型 |
| 系列（1） |
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| 关系 |
| 生物样品 |
SAMN13575703号 |
| SRA公司 |
SRX7388307型 |
